База данных рибосомальных РНК SILVA

SILVA — рибосомальных РНК. база данных ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} создан в сотрудничестве между Группой микробной геномики Института морской микробиологии Макса Планка в Бремене, Германия, кафедрой микробиологии Мюнхенского технического университета и компанией Ribocon . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Версия 117 базы данных (январь 2014 г.) содержала более 4 000 000 малых субъединиц (SSU- 16S / 18S ) и 400 000 больших субъединиц (LSU- 23S / 28S ). последовательностей ^{[ 6 ]}^{[ не удалось пройти проверку ]} Последовательности предоставляются в виде файлов для программной среды ARB. ^{[ 4 ]}

См. также

Список биологических баз данных § Базы данных РНК

Ссылки

^ Кристиан Кваст, Эльмар Прюссе, Пелин Йилмаз, Ян Геркен, Тимми Швеер, Пабло Ярза, Йорг Пеплиес, Фрэнк Оливер Глёкнер (2013). Проект базы данных генов рибосомальных РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты . Исследование нуклеиновых кислот 41 (D1): D590-D596. дои : 10.1093/nar/gks1219 ^{[ нужен сторонний источник ]}
^ Пелин Йылмаз; Лаура Вегенер Парфри ; Пабло Ярса; Ян Геркен; Эльмар Прюссе; Кристиан Кваст; Тимми Швеер; Йорг Пеплиес; Вольфганг Людвиг; Фрэнк Оливер Глёкнер (2014). Таксономические рамки SILVA и «Проекта живых деревьев для всех видов (LTP)» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д643–Д648. дои : 10.1093/нар/gkt1209 . ПМЦ 3965112 . ПМИД 24293649 .
^ Эльмар Прюссе, Кристиан Кваст, Катрин Книттель, Бернхард М. Фукс, Вольфганг Людвиг, Йорг Пеплиес, Фрэнк Оливер Глёкнер (2007). SILVA: комплексный онлайн-ресурс для проверенных и согласованных по качеству данных о последовательностях рибосомальных РНК, совместимых с ARB . Исследования нуклеиновых кислот 35 (21): 7188-7196. дои : 10.1093/nar/gkm864 ^{[ нужен сторонний источник ]}
^ Перейти обратно: ^а ^б Сильва . Рибокон ГмбХ. По состоянию на ноябрь 2016 г.
^ Экологическая биоинформатика . Группа микробной геномики и биоинформатики, Институт морской микробиологии Макса Планка. По состоянию на ноябрь 2016 г. ^{[ нужен сторонний источник ]}
^ Марк П. Хоппнер, Ларс Э. Барквист, Пол П. Гарднер (2014). Введение в базы данных РНК . Методы молекулярной биологии 1097 : 107–123. дои : 10.1007/978-1-62703-709-9_6 .

Внешние ссылки

Проект базы данных SILVA рРНК

[nar-1] Кристиан Кваст, Эльмар Прюссе, Пелин Йилмаз, Ян Геркен, Тимми Швеер, Пабло Ярза, Йорг Пеплиес, Фрэнк Оливер Глёкнер (2013). Проект базы данных генов рибосомальных РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты . Исследование нуклеиновых кислот 41 (D1): D590-D596. дои : 10.1093/nar/gks1219 ^{[ нужен сторонний источник ]}

[nar2-2] Пелин Йылмаз; Лаура Вегенер Парфри ; Пабло Ярса; Ян Геркен; Эльмар Прюссе; Кристиан Кваст; Тимми Швеер; Йорг Пеплиес; Вольфганг Людвиг; Фрэнк Оливер Глёкнер (2014). Таксономические рамки SILVA и «Проекта живых деревьев для всех видов (LTP)» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д643–Д648. дои : 10.1093/нар/gkt1209 . ПМЦ 3965112 . ПМИД 24293649 .

[nar3-3] Эльмар Прюссе, Кристиан Кваст, Катрин Книттель, Бернхард М. Фукс, Вольфганг Людвиг, Йорг Пеплиес, Фрэнк Оливер Глёкнер (2007). SILVA: комплексный онлайн-ресурс для проверенных и согласованных по качеству данных о последовательностях рибосомальных РНК, совместимых с ARB . Исследования нуклеиновых кислот 35 (21): 7188-7196. дои : 10.1093/nar/gkm864 ^{[ нужен сторонний источник ]}

[self-4] Перейти обратно: ^а ^б Сильва . Рибокон ГмбХ. По состоянию на ноябрь 2016 г.

[mpi-5] Экологическая биоинформатика . Группа микробной геномики и биоинформатики, Институт морской микробиологии Макса Планка. По состоянию на ноябрь 2016 г. ^{[ нужен сторонний источник ]}

[hoepp-6] Марк П. Хоппнер, Ларс Э. Барквист, Пол П. Гарднер (2014). Введение в базы данных РНК . Методы молекулярной биологии 1097 : 107–123. дои : 10.1007/978-1-62703-709-9_6 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]