28S рибосомальная РНК

28S рибосомальная РНК представляет собой структурную рибосомальную РНК (рРНК) большой субъединицы (LSU) цитоплазматических рибосом эукариот и, таким образом, является одним из основных компонентов всех эукариотических клеток. Он имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда и название 25S–28S рРНК . ^[1]

В сочетании с 5,8S рРНК на 5'-стороне он является эукариотическим ядерным гомологом прокариотических 23S и митохондриальных 16S рибосомальных РНК. ^[2]^[3]^[4]

Использование в филогении

Гены, кодирующие 28S рРНК, называются 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев , например у простейших . ^[5] грибы , ^[6] насекомые , ^[7] паукообразные , ^[8] тихоходки , ^[9] и позвоночные животные . ^[10]^[11]

Структура

Длина 28S рРНК обычно составляет 4000–5000 нт. ^[12]

Некоторые эукариоты расщепляют 28S рРНК на две части перед сборкой обеих в рибосому - явление, названное «скрытым разрывом». ^[12]

Базы данных

Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для целей сравнения :

РДП, ^[13] проект рибосомальной базы данных; ^[14]^[15]
SILVA, проект базы данных генов рибосомальной РНК. ^[16]

Ссылки

^ Лодиш, Харви Ф.; Дарнелл, Джеймс Э. (1 января 1995 г.). Молекулярно-клеточная биология . Научные американские книги. ISBN 978-0-7167-2380-6 . OCLC 30783343 .
^ Эперон, ИЦ; Андерсон, С.; Нирлих, ДП (31 июля 1980 г.). «Отличительная последовательность генов митохондриальной рибосомальной РНК человека». Природа . 286 (5772): 460–467. Бибкод : 1980Natur.286..460E . дои : 10.1038/286460a0 . ПМИД 6157106 . S2CID 4262269 .
^ Дорис, Стивен М.; Смит, Дебора Р.; Бимсдерфер, Джулия Н.; Рафаэль, Бенджамин Дж.; Натансон, Джудит А.; Герби, Сьюзен А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и домен-специфические последовательности в 23S–28S рибосомальной РНК, идентифицированные с помощью компьютерной филогенетики» . РНК . 21 (10): 1719–1730. дои : 10.1261/rna.051144.115 . ПМЦ 4574749 . ПМИД 26283689 .
^ Лафонтен, DLJ; Толлерви, Д. (2001). «Функция и синтез рибосом». Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 2 (7): 514–520. дои : 10.1038/35080045 . hdl : 1842/729 . ПМИД 11433365 . S2CID 2637106 .
^ Бароин, А.; Перассо, Р.; Цюй, Л.Х.; Бружероль, Г.; Бачеллери, Япония; Адутте, А. (1 мая 1988 г.). «Частичная филогения одноклеточных эукариот, основанная на быстром секвенировании части 28S рибосомальной РНК» . Труды Национальной академии наук . 85 (10): 3474–3478. Бибкод : 1988PNAS...85.3474B . дои : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . ПМК 280234 . ПМИД 3368456 .
^ Джеймс, Тимоти Ю.; Кауфф, Фрэнк; Шох, Конрад Л.; Мэтени, П. Брэндон; Хофстеттер, Валери; Кокс, Саймон Дж.; Селио, Гейл; Гидан, Сесиль; Фрейкер, Эмили (2006). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении из шести генов». Природа . 443 (7113): 818–822. Бибкод : 2006Natur.443..818J . дои : 10.1038/nature05110 . ПМИД 17051209 . S2CID 4302864 .
^ Уайтинг, Майкл Ф.; Карпентер, Джеймс К.; Уилер, Квентин Д.; Уилер, Уорд К. (1 марта 1997 г.). «Проблема Strepsiptera: филогения отрядов голометаболических насекомых, выведенная на основе последовательностей и морфологии рибосомальной ДНК 18S и 28S» . Систематическая биология . 46 (1): 1–68. дои : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN 1063-5157 . ПМИД 11975347 .
^ Хедин, маршал К.; Мэддисон, Уэйн П. (март 2001 г.). «Комбинированный молекулярный подход к филогении подсемейства пауков-прыгунов Dendryphantinae (Araneae: Salticidae)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 18 (3): 386–403. дои : 10.1006/mpev.2000.0883 . ПМИД 11277632 .
^ Йоргенсен, Аслак; Форби, Сорен; Хансен, Йеспер Г.; Мёбьерг, Надя; Кристенсен, Рейнхардт М. (01 марта 2010 г.). «Молекулярная филогения Arthrotardigrada (Tardigrada)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 54 (3): 1006–1015. дои : 10.1016/j.ympev.2009.10.006 . ПМИД 19822216 .
^ Ле, Хок Лань Ван; Лекуантр, Гийом; Перассо, Роланд (1 марта 1993 г.). «Филогения челюстноротых на основе 28S рРНК: первые шаги в анализе конфликта и соответствия с морфологически обоснованными кладограммами». Молекулярная филогенетика и эволюция . 2 (1): 31–51. дои : 10.1006/mpev.1993.1005 . ПМИД 8081546 .
^ Маллат, Джон; Салливан, Джек (декабрь 1998 г.). «Последовательности 28S и 18S рДНК поддерживают монофилию миног и миксин». Молекулярная биология и эволюция . 15 (12): 1706–1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . ПМИД 9866205 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Нацидис, Пасхалис; Шиффер, Филипп Х.; Сальвадор-Мартинес, Ирепан; Телфорд, Максимилиан Дж. (декабрь 2019 г.). «Вычислительное обнаружение скрытых разрывов в 28S рибосомальных РНК у эукариот и последствия для показателей целостности РНК» . Научные отчеты . 9 (1): 19477. Бибкод : 2019NatSR...919477N . дои : 10.1038/s41598-019-55573-1 . ПМЦ 6925239 . ПМИД 31863008 .
^ «Проект рибосомальной базы данных» . RDP, выпуск 11, обновление 5 . 30 сентября 2016 г. Архивировано из оригинала 19 августа 2020 г. Проверено 31 декабря 2016 г.
^ Олсен, Дж.Дж.; Овербек, Р.; Ларсен, Н.; Марш, TL; МакКоги, MJ; Мацюкенас, Массачусетс; Куан, В.-М.; Маке, Ти Джей; Син, Ю. (11 мая 1992 г.). «Проект рибосомальной базы данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (приложение): 2199–2200. дои : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN 0305-1048 . ПМК 333993 . ПМИД 1598241 .
^ Коул, Джеймс Р.; Ван, Цюн; Фиш, Джордан А.; Чай, Бенли; МакГаррелл, Донна М.; Сан, Янни; Браун, К. Титус; Поррас-Альфаро, Андреа; Куск, Шерил Р. (1 января 2014 г.). «Проект рибосомальной базы данных: данные и инструменты для высокопроизводительного анализа рРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д633–Д642. дои : 10.1093/нар/gkt1244 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 3965039 . ПМИД 24288368 .
^ Кваст, К.; Прюсс, Э.; Йылмаз, П.; Геркен, Дж.; Швеер, Т.; Ярза, П.; Пеплиес, Дж.; Глокнер, ФО (1 января 2013 г.). «Проект базы данных генов рибосомальных РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д590–Д596. дои : 10.1093/nar/gks1219 . ISSN 0305-1048 . ПМК 3531112 . ПМИД 23193283 .

[1] Лодиш, Харви Ф.; Дарнелл, Джеймс Э. (1 января 1995 г.). Молекулярно-клеточная биология . Научные американские книги. ISBN 978-0-7167-2380-6 . OCLC 30783343 .

[2] Эперон, ИЦ; Андерсон, С.; Нирлих, ДП (31 июля 1980 г.). «Отличительная последовательность генов митохондриальной рибосомальной РНК человека». Природа . 286 (5772): 460–467. Бибкод : 1980Natur.286..460E . дои : 10.1038/286460a0 . ПМИД 6157106 . S2CID 4262269 .

[3] Дорис, Стивен М.; Смит, Дебора Р.; Бимсдерфер, Джулия Н.; Рафаэль, Бенджамин Дж.; Натансон, Джудит А.; Герби, Сьюзен А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и домен-специфические последовательности в 23S–28S рибосомальной РНК, идентифицированные с помощью компьютерной филогенетики» . РНК . 21 (10): 1719–1730. дои : 10.1261/rna.051144.115 . ПМЦ 4574749 . ПМИД 26283689 .

[4] Лафонтен, DLJ; Толлерви, Д. (2001). «Функция и синтез рибосом». Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 2 (7): 514–520. дои : 10.1038/35080045 . hdl : 1842/729 . ПМИД 11433365 . S2CID 2637106 .

[5] Бароин, А.; Перассо, Р.; Цюй, Л.Х.; Бружероль, Г.; Бачеллери, Япония; Адутте, А. (1 мая 1988 г.). «Частичная филогения одноклеточных эукариот, основанная на быстром секвенировании части 28S рибосомальной РНК» . Труды Национальной академии наук . 85 (10): 3474–3478. Бибкод : 1988PNAS...85.3474B . дои : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . ПМК 280234 . ПМИД 3368456 .

[6] Джеймс, Тимоти Ю.; Кауфф, Фрэнк; Шох, Конрад Л.; Мэтени, П. Брэндон; Хофстеттер, Валери; Кокс, Саймон Дж.; Селио, Гейл; Гидан, Сесиль; Фрейкер, Эмили (2006). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении из шести генов». Природа . 443 (7113): 818–822. Бибкод : 2006Natur.443..818J . дои : 10.1038/nature05110 . ПМИД 17051209 . S2CID 4302864 .

[7] Уайтинг, Майкл Ф.; Карпентер, Джеймс К.; Уилер, Квентин Д.; Уилер, Уорд К. (1 марта 1997 г.). «Проблема Strepsiptera: филогения отрядов голометаболических насекомых, выведенная на основе последовательностей и морфологии рибосомальной ДНК 18S и 28S» . Систематическая биология . 46 (1): 1–68. дои : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN 1063-5157 . ПМИД 11975347 .

[8] Хедин, маршал К.; Мэддисон, Уэйн П. (март 2001 г.). «Комбинированный молекулярный подход к филогении подсемейства пауков-прыгунов Dendryphantinae (Araneae: Salticidae)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 18 (3): 386–403. дои : 10.1006/mpev.2000.0883 . ПМИД 11277632 .

[9] Йоргенсен, Аслак; Форби, Сорен; Хансен, Йеспер Г.; Мёбьерг, Надя; Кристенсен, Рейнхардт М. (01 марта 2010 г.). «Молекулярная филогения Arthrotardigrada (Tardigrada)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 54 (3): 1006–1015. дои : 10.1016/j.ympev.2009.10.006 . ПМИД 19822216 .

[10] Ле, Хок Лань Ван; Лекуантр, Гийом; Перассо, Роланд (1 марта 1993 г.). «Филогения челюстноротых на основе 28S рРНК: первые шаги в анализе конфликта и соответствия с морфологически обоснованными кладограммами». Молекулярная филогенетика и эволюция . 2 (1): 31–51. дои : 10.1006/mpev.1993.1005 . ПМИД 8081546 .

[11] Маллат, Джон; Салливан, Джек (декабрь 1998 г.). «Последовательности 28S и 18S рДНК поддерживают монофилию миног и миксин». Молекулярная биология и эволюция . 15 (12): 1706–1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . ПМИД 9866205 .

[hb-12] Перейти обратно: ^а ^б Нацидис, Пасхалис; Шиффер, Филипп Х.; Сальвадор-Мартинес, Ирепан; Телфорд, Максимилиан Дж. (декабрь 2019 г.). «Вычислительное обнаружение скрытых разрывов в 28S рибосомальных РНК у эукариот и последствия для показателей целостности РНК» . Научные отчеты . 9 (1): 19477. Бибкод : 2019NatSR...919477N . дои : 10.1038/s41598-019-55573-1 . ПМЦ 6925239 . ПМИД 31863008 .

[13] «Проект рибосомальной базы данных» . RDP, выпуск 11, обновление 5 . 30 сентября 2016 г. Архивировано из оригинала 19 августа 2020 г. Проверено 31 декабря 2016 г.

[14] Олсен, Дж.Дж.; Овербек, Р.; Ларсен, Н.; Марш, TL; МакКоги, MJ; Мацюкенас, Массачусетс; Куан, В.-М.; Маке, Ти Джей; Син, Ю. (11 мая 1992 г.). «Проект рибосомальной базы данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (приложение): 2199–2200. дои : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN 0305-1048 . ПМК 333993 . ПМИД 1598241 .

[15] Коул, Джеймс Р.; Ван, Цюн; Фиш, Джордан А.; Чай, Бенли; МакГаррелл, Донна М.; Сан, Янни; Браун, К. Титус; Поррас-Альфаро, Андреа; Куск, Шерил Р. (1 января 2014 г.). «Проект рибосомальной базы данных: данные и инструменты для высокопроизводительного анализа рРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д633–Д642. дои : 10.1093/нар/gkt1244 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 3965039 . ПМИД 24288368 .

[16] Кваст, К.; Прюсс, Э.; Йылмаз, П.; Геркен, Дж.; Швеер, Т.; Ярза, П.; Пеплиес, Дж.; Глокнер, ФО (1 января 2013 г.). «Проект базы данных генов рибосомальных РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д590–Д596. дои : 10.1093/nar/gks1219 . ISSN 0305-1048 . ПМК 3531112 . ПМИД 23193283 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]