Эукариотическая большая субъединица рибосомы (60S)
Рибосомальные частицы обозначаются в соответствии с их коэффициентами седиментации в единицах Сведберга . Субъединица 60S является большой субъединицей эукариотических 80S рибосом , а другим основным компонентом является малая рибосомная субъединица эукариот (40S) . Он структурно и функционально связан с 50S субъединицей рибосом 70S прокариотических . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Однако субъединица 60S намного больше, чем субъединица 50S прокариот, и содержит множество дополнительных белковых сегментов, а также сегментов расширения рибосомальной РНК .
Общая структура
[ редактировать ]Характерные особенности большой субъединицы, показанные ниже на «Виде короны», включают центральный выступ (CP) и две ножки, которые названы в соответствии с их бактериальными белковыми компонентами (стебель L1 слева, если смотреть со стороны границы субъединицы и L7/L12 справа). Существует три сайта связывания тРНК : A-сайт, P-сайт и E-сайт ( см. В статье о трансляции белков подробности ).Ядро субъединицы 60S образовано 28S рибосомальной РНК (сокращенно 28S рРНК), которая гомологична прокариотической 23S рРНК , которая также участвует в активном сайте ( пептидилтрансферазный центр, ПТЦ) рибосомы. [2] [4] Ядро рРНК украшено десятками белков. На рисунке «Кристаллическая структура эукариотической 60S рибосомальной субъединицы T. thermophila » ядро рибосомальной РНК представлено в виде серой трубки, а сегменты расширения показаны красным. Белки, имеющие гомологи у эукариот, архей и бактерий, показаны синими лентами. Белки, общие только для эукариот и архей, показаны оранжевыми лентами, а белки, специфичные для эукариот, показаны красными лентами.
Субблок 60S , вид со стороны интерфейса субблока, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
Субъединица 60S , вид со стороны, подвергающейся воздействию растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19.
60S рибосомальные белки
[ редактировать ]В таблице «60S рибосомальные белки» показаны отдельные белковые складки субъединицы 60S, окрашенные в результате консервации, как указано выше. Специфические для эукариот расширения, начиная от нескольких остатков или петель и заканчивая очень длинными альфа-спиралями и дополнительными доменами, выделены красным. [2]
Исторически для рибосомальных белков использовались разные номенклатуры. Например, в экспериментах по гель-электрофорезам белки были пронумерованы в соответствии с их миграционными свойствами . Следовательно, разные названия могут относиться к гомологичным белкам из разных организмов, тогда как одинаковые названия не обязательно обозначают гомологичные белки. В таблице «60S рибосомальные белки» даны перекрестные ссылки названий рибосомальных белков человека с дрожжевыми, бактериальными и архейными гомологами. [7] Дополнительную информацию можно найти в базе данных генов рибосомальных белков (RPG) . [7]
| Структура (эукариотическая) [8] | Х. сапиенс [7] [9] | Универсальное имя [10] | Аминокислоты [11] | Сохранение [12] | С. cerevisiae [13] | Бактериальный гомолог ( E. coli ) | Архейный гомолог |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | РПЛП0 | uL10 | 318 | ЕАБ | Р0 | Л10 | Л10 |
 | РПЛ3 | уЛ3 | 404 | ЕАБ | Л3 | Л3 | Л3 |
 | РПЛ4 | uL4 | 428 | ЕАБ | Л4 | Л4 | Л4 |
 | РПЛ5 | uL18 | 298 | ЕАБ | Л5 | Л18 | Л18п |
 | РПЛ6 | eL6 | 289 | И | Л6 | н/д | н/д |
 | РПЛ7 | uL30 | 254 | ЕАБ | Л7 | Л30 | Л30 |
 | РПЛ7А | eL8 | 267 | советник | Л8 | н/д | L7 Да |
 | РПЛ8 | и L2 | 258 | ЕАБ | Л2 | Л2 | Л2 |
 | РПЛ9 | uL6 | 193 | ЕАБ | Л9 | Л6 | Л6 |
 | РПЛ10 | uL16 | 215 | ЕАБ | Л10 | Л16 | L10e |
 | РПЛ11 | uL5 | ЕАБ | Л11 | Л5 | Л5 | |
 | РПЛ13 | eL13 | советник | Л13 | н/д | L13e | |
 | РПЛ13А | uL13 | 204 | ЕАБ | Л16 | Л13 | Л13 |
 | РПЛ14 | EL14 | 221 | советник | Л14 | н/д | L14e |
 | РПЛ15 | EL15 | 205 | советник | Л15 | н/д | L15e |
 | РПЛ17 | uL22 | 185 | ЕАБ | Л17 | Л22 | Л22 |
 | РПЛ18 | EL18 | 189 | советник | Л18 | н/д | L18e |
 | РПЛ18А | эл20 | 177 | советник | Л20 | н/д | Лк |
 | РПЛ19 | EL19 | 197 | советник | Л19 | н/д | Л19 |
 | РПЛ21 | eL21 | 161 | советник | Л21 | н/д | L21e |
 | РПЛ22 , РПЛ22Л1 | eL22 | 129 | И | Л22 | н/д | н/д |
 | РПЛ23 | uL14 | 141 | ЕАБ | Л23 | Л14 | Л14п |
 | РПЛ23А | uL23 | 157 | ЕАБ | Л25 | Л23 | Л23 |
 | РПЛ24 | eL24 | 158 | советник | Л24 | н/д | L24e |
 | РПЛ26 | uL24 | 146 | ЕАБ | Л26 | Л24 | Л24 |
 | РПЛ27 | eL27 | 137 | И | Л27 | н/д | н/д |
 | РПЛ27А | uL15 | 149 | ЕАБ | Л28 | Л15 | Л15 |
 | РПЛ28 | eL28 | И | н/д [2] [3] [14] | н/д | н/д | |
 | РПЛ29 | eL29 | И | Л29 | н/д | н/д | |
 | РПЛ30 | EL30 | 116 | советник | Л30 | н/д | L30e |
 | РПЛ31 | eL31 | 126 | советник | Л31 | н/д | L31e |
 | РПЛ32 | eL32 | 136 | советник | Л32 | н/д | L32e |
 | РПЛ34 | eL34 | 118 | советник | Л34 | н/д | L34e |
 | РПЛ35 | uL29 | 124 | ЕАБ | Л35 | Л29 | Л29 |
 | РПЛ35А | eL33 | советник | Л33 | н/д | L35Ae | |
 | РПЛ36 | eL36 | 106 | И | Л36 | н/д | н/д |
 | РПЛ36А | eL42 | 107 | советник | Л42 | н/д | L44e |
 | РПЛ37 | eL37 | 98 | советник | Л37 | н/д | L37e |
 | РПЛ37А | eL43 | советник | Л43 | н/д | L37Ae | |
 | РПЛ38 | eL38 | советник | Л38 | н/д | L38e | |
 | РПЛ39 | eL39 | 52 | советник | Л39 | н/д | L37Ae |
 | РПЛ40 | EL40 | 129 | советник | Л40 | н/д | L40e |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ 60S + рибосома + субъединицы Национальной медицинской библиотеки США в медицинских предметных рубриках (MeSH)
- ^ Jump up to: а б с д Клинге, С; Фойгтс-Хоффманн, Ф; Лейбундгут, М; Арпагаус, С; Бан, Н. (2011). «Кристаллическая структура эукариотической рибосомальной субъединицы 60S в комплексе с фактором инициации 6». Наука . 334 (6058): 941–948. Бибкод : 2011Sci...334..941K . дои : 10.1126/science.1211204 . ПМИД 22052974 . S2CID 206536444 .
- ^ Jump up to: а б Бен-Шем, А; Гарро; де Лубресс, Н.; Мельников С; Дженнер, Л; Юсупова Г; Юсупов, М. (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы с разрешением 3,0 Å» . Наука . 334 (6062): 1524–1529. Бибкод : 2011Sci...334.1524B . дои : 10.1126/science.1212642 . ПМИД 22096102 . S2CID 9099683 .
- ^ Jump up to: а б Бан, Н; Ниссен, П; Хансен, Дж; Мур, П.Б.; Стейтц, Т.А. (август 2000 г.). «Полная атомная структура большой субъединицы рибосомы с разрешением 2,4 А». Наука . 289 (5481): 905–920. Бибкод : 2000Sci...289..905B . дои : 10.1126/science.289.5481.905 . ПМИД 10937989 .
- ^ Кейт, Дж. Х.; Юсупов, М.М.; Юсупова, Г.З.; Эрнест, Теннесси; Ноллер, Х.Ф. (сентябрь 1999 г.). «Рентгенокристаллические структуры функциональных комплексов рибосом 70S». Наука . 285 (5436): 2095–2104. дои : 10.1126/science.285.5436.2095 . ПМИД 10497122 .
- ^ Юсупов, М.М.; Юсупова, Г.З.; Бауком, А; Либерман, К; Эрнест, Теннесси; Кейт, Дж. Х.; Ноллер, Х.Ф. (май 2001 г.). «Кристаллическая структура рибосомы при разрешении 5,5 А» . Наука . 292 (5518): 883–896. Бибкод : 2001Sci...292..883Y . дои : 10.1126/science.1060089 . ПМИД 11283358 . S2CID 39505192 .
- ^ Jump up to: а б с Накао, А; Ёшихама, М; Кенмоти, Н. (2004). «RPG: база данных генов рибосомальных белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (90001): Д168–70. дои : 10.1093/nar/gkh004 . ПМК 308739 . ПМИД 14681386 .
- ^ Структура 'T. thermophila', белки из структур большой субъединицы PDBS 417, 4А19
- ^ Номенклатура согласно базе данных генов рибосомальных белков, относится к H. sapiens и T. thermophila.
- ^ Бан, Ненад; Бекманн, Роланд; Кейт, Джейми HD; Динман, Джонатан Д.; Дракон, Франсуа; Эллис, Стивен Р.; Лафонтен, Денис LJ; Линдаль, Лассе; Лильяс, Андерс; Липтон, Джеффри М; Макалир, Майкл А; Мур, Питер Б; Ноллер, Гарри Ф; Ортега, Хоакин; Пансе, Викрам Говинд; Рамакришнан, В; Спан, Кристиан М.Т.; Стейтц, Томас А; Чоржевский, Марек; Толлерви, Дэвид; Уоррен, Алан Дж; Уильямсон, Джеймс Р.; Уилсон, Дэниел; Йонат, Ада; Юсупов, Марат (2014). «Новая система наименования рибосомальных белков» . Современное мнение в области структурной биологии . 24 . Эльзевир Б.В.: 165–169. дои : 10.1016/j.sbi.2014.01.002 . ISSN 0959-440X . ПМЦ 4358319 . ПМИД 24524803 .
- ^ Ёшихама, Маки; Уэчи, Тамайо; Асакава, Шуичи; Кавасаки, Каухико (2002). «Гены рибосомальных белков человека: секвенирование и сравнительный анализ 73 генов» . Геномные исследования . 12 (3): 379–390. дои : 10.1101/гр.214202 . ПМК 155282 . ПМИД 11875025 .
- ^ EAB означает консервативный у эукариот, архей и бактерий, EA означает консервативный у эукариот и архей, а E означает белок, специфичный для эукариот.
- ^ Традиционно рибосомальные белки назывались в соответствии с их кажущейся молекулярной массой при гель-электрофорезе, что приводило к разным названиям гомологичных белков из разных организмов. RPG предлагает единую номенклатуру генов рибосомальных белков, основанную на гомологии.
- ^ RPL28 не имеет обнаруживаемого гомолога в дрожжах.