60S рибосомальный белок L41

РПЛ41
Доступные структуры
ПДБ	Поиск Human UniProt: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	5AJ0, 4UG0, 4V6X, 5A2Q
Идентификаторы
Псевдонимы	RPL41 , L41, рибосомальный белок L41
Внешние идентификаторы	Опустить : 613315 ; Генные карты : RPL41 ; ОМА : RPL41 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	56,117,967 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	left ovary; ; ventricular zone; ; right ovary; ; ganglionic eminence; ; canal of the cervix; ; uterine tube; ; right uterine tube; ; skin of abdomen; ; thyroid gland; ; granulocyte;
	n/a
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	RNA binding; structural constituent of ribosome; mRNA 3'-UTR binding; mRNA 5'-UTR binding;
Cellular component	ribosome; cytosol; cytosolic large ribosomal subunit; polysomal ribosome;
Biological process	nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane; viral transcription; translational initiation; protein biosynthesis; rRNA processing; cytoplasmic translation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	6171
	н/д
	ENSG00000229117
	н/д
	P62945
	н/д
	НМ_021104 ; НМ_001035267
	н/д
	НП_001030344 ; НП_066927
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека

60S рибосомальный белок L41 – белок , специфичный ^{[ нужна ссылка ]} человеку и кодируется RPL41 геном , ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} также известный как HG12 и большой эукариотический рибосомальный белок eL41. ^{[ 6 ]} Семейство генов HGNC представляет собой L-рибосомальные белки. Сам белок также описан как P62945-RL41_HUMAN в базе данных GeneCards. ^{[ 7 ]} Этот ген RPL41 расположен на хромосоме 12. ^{[ 6 ]}

Рибосомы , органеллы , катализирующие синтез белка , состоят из небольшой субъединицы 40S и большой субъединицы 60S . Вместе эти субъединицы состоят из 4 видов РНК и примерно 80 структурно различных белков. Субъединица 60S представляет собой цепь всего из 25 аминокислот и содержит альфа-спираль и виток. Это значительно меньше, чем у большинства рибосомальных последовательностей, состоящих примерно из 80 аминокислот. Альфа-спираль находится от аминокислоты с третьей по четырнадцатую, а поворот — с позиции пятнадцатой по восемнадцатую. ^{[ 6 ]} Из этих 25 аминокислот большую часть составляют аргинин или лизин. ^{[ 8 ]} Этот ген кодирует рибосомальный белок , который является компонентом субъединицы 60S. Белок, который имеет сходство последовательности с дрожжевым рибосомным белком YL41, принадлежит к семейству рибосомальных белков L41E. Он расположен в цитоплазме . Ген состоит из трех интронов между четырьмя экзонами. Длина экзона 1 составляет 36 нуклеотидов, длина экзона 2 — 25 нуклеотидов, длина экзона 3 — 23 нуклеотида, а длина экзона 4 — 346 нуклеотидов. Интрон 1 состоит из 115 нуклеотидов, интрон 2 — 389 нуклеотидов, а интрон 3 — 275 нуклеотидов. В отличие от гена дрожжей, в гене человека наблюдались только интроны, хотя экзоны были гомологичны на 99,5%. ^{[ 9 ]}

Экспрессия генов

Белок содержится в шести тканях: иммунной, нервной, мышечной, внутренней, секреторной и репродуктивной системах. В таблицу GeneCards включено 37 основных тканей. ^{[ 7 ]} В целом, экспрессия генов в основных тканях этих шести систем является самой высокой при секвенировании РНК: экспрессия наблюдается в 32 из 37 основных тканей. Наименьшее количество экспрессии генов наблюдалось при последовательном анализе экспрессии генов (SAGE): экспрессия наблюдалась в 20 из 37 тканей. Средняя степень экспрессии RPL41 составила 27 из 37 тканей на микрочипе. ^{[ 7 ]}

В иммунной системе белок экспрессируется в клетках цельной крови, лейкоцитах и лимфатических узлах секвенирования РНК. Белок экспрессируется для последовательного анализа экспрессии генов (SAGE) в костном мозге и лимфатических узлах. Микрочип показывает экспрессию белка в костном мозге, клетках цельной крови, лимфатических узлах и тимусе. Единственная основная ткань иммунной системы, экспрессия которой измеряется для всех трех категорий; Секвенирование РНК, Microarray, SAGE, проводится в лимфатических узлах. ^{[ 7 ]}

В нервной системе белок экспрессируется в головном мозге, коре головного мозга, мозжечке, спинном мозге и большеберцовом нерве при секвенировании РНК. Эти ткани также экспрессируют белок, за исключением большеберцового нерва и включая сетчатку. Микрочип показывает экспрессию белка в головном мозге, мозжечке, сетчатке и спинном мозге. ^{[ 7 ]}

В мышечной системе как сердце, так и скелетные мышцы демонстрируют экспрессию гена RPL41 при секвенировании РНК, микрочипах и SAGE. Экспрессия белка в артериях проявляется только при секвенировании РНК. Гладкая мускулатура демонстрирует экспрессию белка только на микроматрице. ^{[ 7 ]}

Экспрессия гена наблюдается во всех основных тканях внутренней системы секвенирования РНК; тонкая кишка, толстая кишка, адипоциты, почки, печень, легкие, селезенка, желудок, пищевод и мочевой пузырь. При использовании микрочипа экспрессия генов обнаруживается в тонком и толстом кишечнике, адипоцитах, почках, печени и легких. При SAGE экспрессия генов происходит в толстой кишке, почках, печени и легких. ^{[ 7 ]}

Экспрессия гена наблюдается во всех основных тканях секреторной системы секвенирования РНК; поджелудочная железа, щитовидная железа, слюнная железа, надпочечник, гипофиз, молочная железа и кожа. В микрочипе экспрессия генов обнаружена в поджелудочной железе, щитовидной железе, слюнной железе, надпочечниках и коже. При SAGE экспрессия генов происходит в поджелудочной железе, щитовидной железе, молочной железе и коже. ^{[ 7 ]}

Экспрессия гена Microarray наблюдается во всех основных тканях репродуктивной системы; яичник, матка, плацента, простата и яички. При секвенировании РНК экспрессия генов обнаруживается в яичниках, матке, простате и семенниках. При SAGE экспрессия генов наблюдается только в плаценте и семенниках. ^{[ 7 ]}

Сравнение видов

Подобно 60S рибосомальному белку L41, PsRbL41 в чехликах гороха имеет почти такую же цепочку аминокислот. Они также тесно связаны с 60S рибосомным белком YL41 у дрожжей и хлопка. Этот PsRbL41 белок действует совместно с PsHRGP1 и PsCaP23 в процессе размножения клеток. ^{[ 10 ]} Юэнь-Линг Чан, Джо Олвера и Айра Г. Вул сравнили субъединицу рибосомы L41 человека 60S с той же последовательностью ДНК у крыс. Рибосомальные белки L4 и L41 у крыс были выделены и реплицированы для анализа последовательностей. В целом последовательности были на 93% идентичны у крысы и человека. Начало последовательности имело более близкое совпадение 97%, чем конец последовательности 75%. Эта разница также имела место по сравнению с другими видами: 92% и 39% Xenopus laevis L1a и L1b. ^{[ 11 ]}

Функция

Белок может взаимодействовать с бета-субъединицей протеинкиназы CKII и стимулировать фосфорилирование ДНК- топоизомеразы II-альфа с помощью CKII. Основные функции заключаются в обеспечении связывания 3'-UTR мРНК и формировании структуры рибосомы. Он также участвует в удлинении пептидной цепи и обрабатывает рРНК в ядре и цитозоле. ^{[ 7 ]} У дрожжей длина UTR отличается от других генов: 18–22 нуклеотида на 5’-стороне и 203–210 на 3’-стороне. В исследовании Сян Юя и Джонатана Р. Уорнера расчетное время трансляции рибосомы L41 составило примерно 2 секунды. ^{[ 12 ]} В средстве просмотра вариантов рибосомального белка L41 UniProt 60S показаны 15 возможных вариантов аминокислот в положениях с 3 по 20. Все эти изменения вызваны миссенс-мутациями замены оснований, за исключением одной нонсенс-мутации с добавлением стоп-кодона. На диаграмме показаны 14 вариантов, которые, по прогнозам, будут иметь последствия, и 1 вариант неопределенный. ^{[ 6 ]} Наиболее распространенными заменами аминокислот являются G на A и G на T. Другие наблюдаемые мутации были G на C, C на A и A на C. Не наблюдалось мутаций сдвига рамки делеции или вставки, только изменения аминокислот. Метилирование также не наблюдается во взаимодействиях субъединицы 60S рибосомального белка L41. Для описанных мутаций не обнаружено лекарственной устойчивости. ^{[ 13 ]} Хотя ген обычно экспрессируется, удаление рибосомального белка L41 у дрожжей не предотвращает рост организма. ^{[ 12 ]} два альтернативных варианта сплайсинга Были идентифицированы , оба кодирующие один и тот же белок. Как это типично для генов, кодирующих рибосомальные белки, по геному рассеяно множество процессированных псевдогенов этого гена. ^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000229117 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Клаудини Дж., фон дер Каммер Х., Шейт К.Х. (сентябрь 1992 г.). «Характеристика путем клонирования кДНК мРНК высокоосновного человеческого белка, гомологичного дрожжевому рибосомальному белку YL41». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 187 (2): 901–906. дои : 10.1016/0006-291X(92)91282-U . ПМИД 1326959 .
^ Кенмоти Н., Кавагути Т., Розен С., Дэвис Э., Гудман Н., Хадсон Т.Дж. и др. (май 1998 г.). «Карта 75 генов рибосомальных белков человека» . Геномные исследования . 8 (5): 509–523. дои : 10.1101/гр.8.5.509 . ПМИД 9582194 .
^ Jump up to: ^а ^б «Рибосомальный белок L41 RPL41» . Энтрез Джин . Национальная медицинская библиотека США.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д "RL41_ЧЕЛОВЕК" . ЮниПрот . Р62945 . Проверено 2 мая 2023 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж «РПЛ41» . Генные карты .
^ «Рибосомальный белок L41» . ИнтерПро . ИПР007836.
^ Го Х., Миядо К., Танигучи С. (декабрь 1998 г.). «Геномная структура гена рибосомного белка L41 человека» . Международная биохимия и молекулярная биология . 46 (6): 1227–1231. дои : 10.1080/15216549800204792 . ПМИД 9891856 .
^ Ву Х.Х., Hawes MC (декабрь 1997 г.). «Клонирование генов, экспрессия которых коррелирует с митозом и локализована в делящихся клетках корневых чехликов Pisum sativum L». Молекулярная биология растений . 35 (6): 1045–1051. дои : 10.1023/а:1005930625920 . ПМИД 9426627 . S2CID 38182221 .
^ Чан Ю.Л., Олвера Дж., Вул И.Г. (сентябрь 1995 г.). «Первичные структуры рибосомальных белков L4 и L41 крысы». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 214 (3): 810–818. дои : 10.1006/bbrc.1995.2359 . ПМИД 7575549 .
^ Jump up to: ^а ^б Ю Х, Уорнер-младший (сентябрь 2001 г.). «Экспрессия микробелка» . Журнал биологической химии . 276 (36): 33821–33825. дои : 10.1074/jbc.M103772200 . ПМИД 11451953 .
^ «Взгляд на ген RPL41» . Каталог соматических мутаций при раке .

Дальнейшее чтение

Вул И.Г., Чан Ю.Л., Глюк А. (1996). «Структура и эволюция рибосомальных белков млекопитающих». Биохимия и клеточная биология . 73 (11–12): 933–947. дои : 10.1139/o95-101 . ПМИД 8722009 .
Като С., Секине С., О С.В., Ким Н.С., Умезава Ю., Абэ Н. и др. (декабрь 1994 г.). «Создание банка полноразмерной кДНК человека». Джин . 150 (2): 243–250. дои : 10.1016/0378-1119(94)90433-2 . ПМИД 7821789 .
Ли Дж. Х., Ким Дж. М., Ким М. С., Ли Ю. Т., Маршак Д. Р., Бэ Ю. С. (сентябрь 1997 г.). «Высокоосновный рибосомальный белок L41 взаимодействует с бета-субъединицей протеинкиназы CKII и стимулирует фосфорилирование ДНК-топоизомеразы IIальфа с помощью CKII» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 238 (2): 462–467. дои : 10.1006/bbrc.1997.7317 . ПМИД 9299532 .
Го Х., Миядо К., Танигучи С. (декабрь 1998 г.). «Геномная структура гена рибосомного белка L41 человека» . Международная биохимия и молекулярная биология . 46 (6): 1227–1231. дои : 10.1080/15216549800204792 . ПМИД 9891856 . S2CID 6514753 .
Уэчи Т., Танака Т., Кенмоти Н. (март 2001 г.). «Полная карта генов рибосомальных белков человека: отнесение 80 генов к цитогенетической карте и последствия для заболеваний человека». Геномика . 72 (3): 223–230. дои : 10.1006/geno.2000.6470 . ПМИД 11401437 .
Ан Б.Х., Ким Т.Х., Бэ Ю.С. (октябрь 2001 г.). «Картирование домена взаимодействия бета-субъединицы протеинкиназы CKII с белками-мишенями» . Молекулы и клетки . 12 (2): 158–163. дои : 10.1016/S1016-8478(23)17077-4 . ПМИД 11710515 .

Внешние ссылки

Расположение генома человека RPL41 и RPL41 страница сведений о гене в браузере генома UCSC .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P62945 (60S рибосомальный белок L41) в PDBe-KB .

Эта белках статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000229117 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid1326959-3] Клаудини Дж., фон дер Каммер Х., Шейт К.Х. (сентябрь 1992 г.). «Характеристика путем клонирования кДНК мРНК высокоосновного человеческого белка, гомологичного дрожжевому рибосомальному белку YL41». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 187 (2): 901–906. дои : 10.1016/0006-291X(92)91282-U . ПМИД 1326959 .

[pmid9582194-4] Кенмоти Н., Кавагути Т., Розен С., Дэвис Э., Гудман Н., Хадсон Т.Дж. и др. (май 1998 г.). «Карта 75 генов рибосомальных белков человека» . Геномные исследования . 8 (5): 509–523. дои : 10.1101/гр.8.5.509 . ПМИД 9582194 .

[entrez-5] Jump up to: ^а ^б «Рибосомальный белок L41 RPL41» . Энтрез Джин . Национальная медицинская библиотека США.

[P62945-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д "RL41_ЧЕЛОВЕК" . ЮниПрот . Р62945 . Проверено 2 мая 2023 г.

[GeneCards_RPL41-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж «РПЛ41» . Генные карты .

[8] «Рибосомальный белок L41» . ИнтерПро . ИПР007836.

[pmid9891856-9] Го Х., Миядо К., Танигучи С. (декабрь 1998 г.). «Геномная структура гена рибосомного белка L41 человека» . Международная биохимия и молекулярная биология . 46 (6): 1227–1231. дои : 10.1080/15216549800204792 . ПМИД 9891856 .

[pmid9426627-10] Ву Х.Х., Hawes MC (декабрь 1997 г.). «Клонирование генов, экспрессия которых коррелирует с митозом и локализована в делящихся клетках корневых чехликов Pisum sativum L». Молекулярная биология растений . 35 (6): 1045–1051. дои : 10.1023/а:1005930625920 . ПМИД 9426627 . S2CID 38182221 .

[pmid7575549-11] Чан Ю.Л., Олвера Дж., Вул И.Г. (сентябрь 1995 г.). «Первичные структуры рибосомальных белков L4 и L41 крысы». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 214 (3): 810–818. дои : 10.1006/bbrc.1995.2359 . ПМИД 7575549 .

[Yu_2001-12] Jump up to: ^а ^б Ю Х, Уорнер-младший (сентябрь 2001 г.). «Экспрессия микробелка» . Журнал биологической химии . 276 (36): 33821–33825. дои : 10.1074/jbc.M103772200 . ПМИД 11451953 .

[13] «Взгляд на ген RPL41» . Каталог соматических мутаций при раке .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]