эЭФ-1
| Фактор элонгации 1, бета-центральная кислая область, эукариот | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | EF1_beta_acid | ||
| Пфам | PF10587 | ||
| ИнтерПро | ИПР018940 | ||
| УМНЫЙ | SM01182 | ||
| |||
| Фактор элонгации трансляции EF1B, бета/дельта-субъединица, обменный домен гуаниновых нуклеотидов | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | EF1_GNE | ||
| Пфам | PF00736 | ||
| ИнтерПро | ИПР014038 | ||
| УМНЫЙ | SM00888 | ||
| CDD | cd00292 | ||
| |||
eEF-1 — два эукариотических фактора элонгации . Он образует два комплекса: EF-Tu гомолог EF-1A и EF-Ts гомолог EF-1B , фактор гуанидного обмена первого. [ 1 ] Оба также встречаются у архей . [ 2 ]
Структура
[ редактировать ]Номенклатура субъединиц eEF-1 несколько изменилась примерно в 2001 году, поскольку было признано, что комплексы EF-1A и EF-1B в некоторой степени независимы друг от друга. [ 1 ] Компоненты, признанные и названные в настоящее время, включают: [ 3 ]
| Текущая номенклатура | Старая номенклатура | Человеческие гены | Каноническая функция |
|---|---|---|---|
| eEF1A | eEF1α | ЭЭФ1А1 , ЭЭФ1А2 EEF1A1P43 |
доставка аа-тРНК к рибосоме; связывается с комплексом аа-тРНК-синтазы. |
| eEF1Bα | eEF1β (животное, грибы) eEF1β' (растение) |
ЭЭФ1Б2 ЭЭФ1Б2П1 , ЭЭФ1Б2П2 , ЭЭФ1Б2П3 |
ГЭФ для eEF1A. |
| eEF1Bβ | eEF1β (растение) | (Никто) | Дополнительный GEF для eEF1A у растений с активностью, контролируемой CDF-киназой. [ 3 ] |
| eEF1Bγ | eEF1γ | ЭЭФ1Г | Структурная составляющая. |
| eEF1Bδ | eEF1δ | ЭЭФ1Д | Дополнительный GEF для eEF1A у животных. |
| eEF1ε | eEF1ε | ЭЭФ1Е1 | Это не совсем фактор удлинения. Каркас для комплекса аа-тРНК-синтазы. [ 4 ] |
| Вал-РС | Вал-РС | ЧЕЙ | Валил-тРНК-синтетаза связывает eEF1Bδ у кроликов. [ 3 ] |
Точный способ прикрепления субъединицы eEF1B к eEF1A зависит от органа и вида. [ 3 ] eEF1A также связывает актин . [ 3 ]
Другие виды
[ редактировать ]Различные виды зеленых , красных водорослей , хромальвеолатов и грибов лишены гена EF-1α, но вместо этого обладают родственным геном, называемым EFL (фактор элонгации). Хотя его функция не была глубоко изучена, он, по-видимому, аналогичен EF-1α.
По состоянию на 2009 год [update]Известно, что только два организма имеют как EF-1α, так и EFL: гриб Basidiobolus и диатомовая водоросль Thalassiosira . Эволюционная история EFL неясна. Это могло возникнуть один или несколько раз с последующей потерей EFL или EF-1α. присутствие в трех различных группах эукариот (грибы, хромальвеолаты и архепластиды ) является результатом двух или более событий горизонтального переноса генов . Согласно обзору 2009 года, [ 5 ] В отчете 2013 года обнаружено еще 11 видов с обоими генами и предложена альтернативная гипотеза о том, что предок эукариот мог иметь оба гена. Во всех известных организмах, где присутствуют оба гена, EF-1α имеет тенденцию к репрессии транскрипции. Если гипотеза подтвердится, ученые ожидают найти организм с подавленным EFL и полностью функционирующим EF-1α. [ 6 ]
Обзор эукариот, обладающих EF-1α/EFL, в 2014 году считает, что оба объяснения сами по себе недостаточны для объяснения сложного распределения этих двух белков у эукариот. [ 7 ]
родственная ГТФаза, называемая eRF3 У эукариот в терминации трансляции участвует . С другой стороны, архейный EF-1α выполняет все функции, выполняемые этими субфункциональными вариантами. [ 8 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Андерсен Г.Р., Нюборг Дж. (2001). «Структурные исследования факторов элонгации эукариот». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 66 : 425–37. дои : 10.1101/sqb.2001.66.425 . ПМИД 12762045 .
- ^ Витальяно Л., Масулло М., Сика Ф., Загари А., Боккини В. (октябрь 2001 г.). «Кристаллическая структура фактора элонгации 1альфа Sulfolobus solfataricus в комплексе с GDP обнаруживает новые особенности связывания и обмена нуклеотидов» . Журнал ЭМБО . 20 (19): 5305–11. дои : 10.1093/emboj/20.19.5305 . ПМК 125647 . ПМИД 11574461 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и Сасикумар А.Н., Перес В.Б., Кинзи Т.Г. (2011). «Множество ролей эукариотического комплекса фактора элонгации 1» . Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 3 (4): 543–55. дои : 10.1002/wrna.1118 . ПМЦ 3374885 . ПМИД 22555874 .
- ^ Каминска М, Гавриленко С, Декоттиньи П, Жилле С, Ле Марешаль П, Негруцкий Б, Миранд М (март 2009 г.). «Вскрытие структурной организации комплекса аминоацил-тРНК-синтетазы» . Журнал биологической химии . 284 (10): 6053–60. дои : 10.1074/jbc.M809636200 . ПМИД 19131329 .
- ^ Эллен Кокквит; Потребление героина; Фредерик Лелиарт; Фредерик В. Зехман; Коэн Саббе; Оливье Де Клерк (2009), «Приобретение и потеря генов фактора элонгации у зеленых водорослей», BMC Evol. Биол. , 9 (1): 39, Bibcode : 2009BMCEE...9...39C , doi : 10.1186/1471-2148-9-39 , PMC 2652445 , PMID 19216746
- ^ Камикава Р., Браун М.В., Нишимура Ю., Сако Ю., Хейсс А.А., Юбуки Н. и др. (июнь 2013 г.). «Параллельное ремоделирование функции EF-1α: дивергентные гены EF-1α встречаются одновременно с генами EFL у различных отдаленно родственных эукариот» . Эволюционная биология BMC . 13 (1): 131. Бибкод : 2013BMCEE..13..131K . дои : 10.1186/1471-2148-13-131 . ПМК 3699394 . ПМИД 23800323 .
- ^ Михайлов К.В., Янушковец Ю., Тихоненков Д.В., Мирзаева Г.С., Дякин А.Ю., Симдянов Т.Г. и др. (сентябрь 2014 г.). «Сложное распределение GTPases EF1A и EFL семейства элонгации в базальных альвеолятных линиях» . Геномная биология и эволюция . 6 (9): 2361–7. дои : 10.1093/gbe/evu186 . ПМК 4217694 . ПМИД 25179686 .
- ^ Сайто К., Кобаяши К., Вада М., Кикуно И., Такусагава А., Мотидзуки М. и др. (ноябрь 2010 г.). «Всемогущая роль архейного фактора элонгации 1 альфа (EF1α в трансляционной элонгации и терминации, а также контроле качества синтеза белка» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (45): 19242–7. Bibcode : 2010PNAS..10719242S / doi : 10.1073 . PMC 2984191 . pnas.1009599107
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Пептид + Элонгация + Фактор + 1 в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)