Сохраненная база данных доменов

CDD
Содержание
Описание	База данных консервативных доменов для функциональной аннотации белков.
Контакт
Исследовательский центр	Национальный центр биотехнологической информации
Авторы	Арон Марчлер-Бауэр
Первичное цитирование	Марчлер-Бауэр и др. (2013)
Дата выпуска	2003
Доступ
Веб-сайт	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

База данных консервативных доменов ( CDD ) представляет собой базу данных хорошо аннотированных моделей множественного выравнивания последовательностей и производных моделей поиска в базе данных для древних доменов и полноразмерных белков. ^[1]

Философия

Домены можно рассматривать как отдельные функциональные и/или структурные единицы белка. На самом деле эти две классификации довольно часто совпадают, и то, что обнаруживается как независимая сворачивающаяся единица полипептидной цепи, также несет специфическую функцию. Домены часто идентифицируются как повторяющиеся единицы (последовательность или структура), которые могут существовать в различных контекстах. В молекулярной эволюции такие домены могли использоваться в качестве строительных блоков и рекомбинироваться в различных формах для модуляции функции белка. CDD определяет консервативные домены как повторяющиеся единицы молекулярной эволюции, размеры которых можно определить с помощью анализа последовательности и структуры.

Цель проекта по курированию консервативных доменов NCBI — предоставить пользователям базы данных информацию о том, как закономерности сохранения и дивергенции остатков в семействе связаны с функциональными свойствами, а также предоставить полезные ссылки на более подробную информацию, которая может помочь понять эту последовательность/структуру. /функциональные отношения. Для этого кураторы CDD включают следующие типы информации, чтобы дополнить и обогатить традиционные множественные выравнивания последовательностей, которые составляют основу моделей доменов: трехмерные структуры и консервативные основные мотивы, консервативные признаки/сайты, филогенетическая организация, ссылки на электронные литературные ресурсы.

Содержание

Содержимое CDD включает модели предметной области, созданные вручную NCBI, и модели предметной области, импортированные из ряда внешних исходных баз данных ( Pfam , SMART, COG, PRK, TIGRFAMs ). Уникальность доменов, курируемых NCBI, заключается в том, что они используют информацию о трехмерной структуре для явного определения границ доменов, выравнивания блоков, изменения деталей выравнивания и предоставления информации об отношениях последовательность/структура/функция. Модели, созданные вручную, организуются иерархически, если они описывают семейства доменов, которые явно связаны общим происхождением. Чтобы обеспечить неизбыточное представление данных, CDD группирует схожие модели предметной области из различных источников в суперсемейства.

Поиск в базе данных

Коллекция также является частью поисково-поисковой системы NCBI Entrez , имеющей перекрестные ссылки на множество других ресурсов. CDD обеспечивает аннотацию следов домена и консервативных функциональных сайтов на белковых последовательностях. Предварительно рассчитанную аннотацию домена можно получить для белковых последовательностей, отслеживаемых в системе Entrez NCBI, а в коллекции моделей CDD можно запросить новые белковые последовательности через * «Служба поиска компакт-дисков» . Национальный центр биотехнологической информации США. , или в* «Пакетный CD-поиск» . Национальный центр биотехнологической информации США. , что позволяет вычислять и загружать аннотации для больших наборов белковых запросов.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Марчлер-Бауэр, А.; Чжэн, К.; Чицаз, Ф.; Дербишир, МК; Гир, Л.Ю.; Гир, RC; Гонсалес, Северная Каролина; Гвадз, М.; Гурвиц, Д.И.; Ланцицкий, CJ; Лу, Ф.; Лу, С.; Марчлер, Г.Х.; Сонг, Дж.С.; Саки, Н.; Ямасита, РА; Чжан, Д.; Брайант, С.Х. (2012). «CDD: консервативные домены и трехмерная структура белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D348–D352. дои : 10.1093/nar/gks1243 . ПМЦ 3531192 . ПМИД 23197659 .

Внешние ссылки

«База данных консервативных доменов (CDD) и группа ресурсов» . Национальный центр биотехнологической информации США.

[CDD_reference-1] Jump up to: ^а ^б Марчлер-Бауэр, А.; Чжэн, К.; Чицаз, Ф.; Дербишир, МК; Гир, Л.Ю.; Гир, RC; Гонсалес, Северная Каролина; Гвадз, М.; Гурвиц, Д.И.; Ланцицкий, CJ; Лу, Ф.; Лу, С.; Марчлер, Г.Х.; Сонг, Дж.С.; Саки, Н.; Ямасита, РА; Чжан, Д.; Брайант, С.Х. (2012). «CDD: консервативные домены и трехмерная структура белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D348–D352. дои : 10.1093/nar/gks1243 . ПМЦ 3531192 . ПМИД 23197659 .

[1]