ТИГРФАМ

TIGRFAMs — это база данных семейств белков , предназначенная для поддержки ручной и автоматической аннотации генома . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Каждая запись включает в себя множественное выравнивание последовательностей и скрытую модель Маркова (HMM), построенную на основе выравнивания. Последовательности, которые превышают определенные пороговые значения для данного TIGRFAMs HMM, относят к этому семейству белков и могут иметь соответствующие аннотации. Большинство моделей описывают семейства белков, обнаруженные у бактерий и архей.

Как и Pfam , TIGRFAMs использует пакет HMMER, написанный Шоном Эдди. ^{[ 4 ]}

История

Первоначально TIGRFAM производился в Институте геномных исследований (TIGR) и его преемнике, Институте Дж. Крейга Вентера (JCVI), но в апреле 2018 года он был переведен в Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). TIGRFAMs остается членом базы данных InterPro . Последняя версия JCVI, выпуск 15.0, содержала 4488 моделей. TIGRFAM теперь продолжает работать в NCBI как часть более крупной коллекции HMM, называемой NCBIFAM, используемой в конвейерах аннотации генома RefSeq и PGAP. ^{[ 5 ]} Активное курирование и пересмотр моделей TIGRFAM продолжается в NCBI, но создание моделей TIGRFAM как таковых закончилось, поскольку вновь созданные HMM из группы RefSeq получают разные обозначения при добавлении в NCBIFAM.

Ссылки

^ Хафт, Д.Х.; Селенгут, доктор медицинских наук; Уайт, О (2003). «База данных семейств белков TIGRFAMs» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 371–3. дои : 10.1093/нар/gkg128 . ПМК 165575 . ПМИД 12520025 .
^ Селенгут, доктор медицинских наук; Хафт, Д.Х.; Дэвидсен, Т; Ганапати, А; Гвинн-Джильо, М; Нельсон, WC; Рихтер, Арканзас; Уайт, О (2007). «TIGRFAM и свойства генома: инструменты для определения молекулярных функций и биологических процессов в геномах прокариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D260–4. дои : 10.1093/нар/gkl1043 . ПМЦ 1781115 . ПМИД 17151080 .
^ Хафт, Д.Х.; Селенгут, доктор медицинских наук; Рихтер, РА; Харкинс, DM; Басу, МК; Бек, Э (2012). «TIGRFAM и свойства генома в 2013 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D387-95. дои : 10.1093/nar/gks1234 . ПМК 3531188 . ПМИД 23197656 .
^ Эдди, СР (2009). «Новое поколение инструментов поиска гомологии, основанное на вероятностном выводе». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике . 23 (1): 205–11. ПМИД 20180275 .
^ Ли В., О'Нил К.Р., Хафт Д.Х., ДиКуччио М., Четвернин В., Бадретдин А.; и др. (2021). «RefSeq: расширение возможностей конвейера аннотаций генома прокариот за счет курирования модели семейства белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 49 (Д1): Д1020–Д1028. дои : 10.1093/nar/gkaa1105 . ПМК 7779008 . ПМИД 33270901 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Внешние ссылки

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/tigrfams/ — домашняя страница TIGRFAM
https://www.ebi.ac.uk/interpro/ - домашняя страница ИнтерПро
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protfam/?term=TIGRFAM%5Bfilter%5D — текстовый поиск TIGRFAM в NCBI
https://ftp.ncbi.nih.gov/hmm/current — FTP-сайт с самыми последними версиями TIGRFAM как часть более крупной коллекции.

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Хафт, Д.Х.; Селенгут, доктор медицинских наук; Уайт, О (2003). «База данных семейств белков TIGRFAMs» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 371–3. дои : 10.1093/нар/gkg128 . ПМК 165575 . ПМИД 12520025 .

[2] Селенгут, доктор медицинских наук; Хафт, Д.Х.; Дэвидсен, Т; Ганапати, А; Гвинн-Джильо, М; Нельсон, WC; Рихтер, Арканзас; Уайт, О (2007). «TIGRFAM и свойства генома: инструменты для определения молекулярных функций и биологических процессов в геномах прокариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D260–4. дои : 10.1093/нар/gkl1043 . ПМЦ 1781115 . ПМИД 17151080 .

[3] Хафт, Д.Х.; Селенгут, доктор медицинских наук; Рихтер, РА; Харкинс, DM; Басу, МК; Бек, Э (2012). «TIGRFAM и свойства генома в 2013 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D387-95. дои : 10.1093/nar/gks1234 . ПМК 3531188 . ПМИД 23197656 .

[4] Эдди, СР (2009). «Новое поколение инструментов поиска гомологии, основанное на вероятностном выводе». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике . 23 (1): 205–11. ПМИД 20180275 .

[pmid33270901-5] Ли В., О'Нил К.Р., Хафт Д.Х., ДиКуччио М., Четвернин В., Бадретдин А.; и др. (2021). «RefSeq: расширение возможностей конвейера аннотаций генома прокариот за счет курирования модели семейства белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 49 (Д1): Д1020–Д1028. дои : 10.1093/nar/gkaa1105 . ПМК 7779008 . ПМИД 33270901 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]