Фактор рибозилирования АДФ
 Мембраносвязанный белок 2, подобный фактору рибозилирования ADP ( мышь ARL2 , красный), комплекс с дельта -фосфодиэстеразой (желтый) ( 1 кг ) Синие точки показывают углеводородную границу липидного бислоя | |||
| Идентификаторы | |||
|---|---|---|---|
| Символ | Арф | ||
| Пфам | PF00025 | ||
| ИнтерПро | ИПР006689 | ||
| УМНЫЙ | АРФ | ||
| PROSITE | PDOC01020 | ||
| СКОП2 | 1 час / ОБЛАСТЬ / СУПФАМ | ||
| Суперсемейство OPM | 124 | ||
| белок OPM | 1 кг | ||
| CDD | cd00878 | ||
| Мембраном | 1103 | ||
| |||
Факторы рибозилирования АДФ ( ARF ) являются членами семейства ARF GTP-связывающих белков Ras суперсемейства . Белки семейства ARF повсеместно распространены в эукариотических клетках, и шесть высококонсервативных членов этого семейства были идентифицированы в клетках млекопитающих. Хотя ARF растворимы, они обычно связываются с мембранами из-за N-конца миристоилирования . Они функционируют как регуляторы везикулярного транспорта и ремоделирования актина .
Малые GTP-связывающие белки фактора рибозилирования ADP (Arf) являются основными регуляторами биогенеза везикул во внутриклеточном движении. [1] Они являются членами-основателями растущего семейства, в которое входят белки Arl (Arf-подобные), Arp (белки, родственные Arf) и отдаленно родственные белки Sar (связанные с секрецией и связанные с Ras). Белки Arf циклически переключаются между неактивными GDP-связанными и активными GTP-связанными формами, которые избирательно связываются с эффекторами. Классический структурный переключатель GDP/GTP характеризуется конформационными изменениями в так называемых областях переключателя 1 и переключателя 2, которые прочно связываются с гамма-фосфатом GTP, но плохо или совсем не связываются с нуклеотидом GDP. Структурные исследования Arf1 и Arf6 показали, что, хотя эти белки имеют конформационные изменения переключателя 1 и 2, они отличаются от других небольших GTP-связывающих белков тем, что используют дополнительный уникальный переключатель для распространения структурной информации с одной стороны белка на другую. другой.
Структурные циклы GDP/GTP человеческих Arf1 и Arf6 характеризуются уникальными конформационными изменениями, которые затрагивают цепи бета2бета3, соединяющие переключатель 1 и переключатель 2 (межпереключатель), а также амфипатический спиральный N-конец. В GDP-связанных Arf1 и Arf6 межпереключатель втягивается и образует карман, с которым связывается N-концевая спираль, причем последняя служит молекулярной застежкой для поддержания неактивной конформации. В GTP-связанной форме этих белков межпереключатель претерпевает сдвиг регистра на два остатка, который поднимает переключатель 1 и переключатель 2 вверх, восстанавливая активную конформацию, которая может связывать GTP. В этой конформации интерпереключатель выступает из белка и выдавливает N-концевую застежку, закрывая ее связывающий карман.
Регуляторные белки
[ редактировать ]ARF регулярно связываются с двумя типами белков: теми, которые участвуют в катализе обмена GTP/GDP, и теми, которые выполняют другие функции. ARF действуют как регуляторная субъединица, которая контролирует сборку оболочки белка I оболочки ( COPI ) и везикул, покрытых клатрином . [ нужна ссылка ]
Обменные белки GTP/GDP
[ редактировать ]ARF связывается с двумя формами гуанозинового нуклеотида: гуанозинтрифосфатом (GTP) и гуанозиндифосфатом (GDP). Форма молекулы ARF зависит от формы, с которой она связана, что позволяет ей выполнять регуляторную функцию. ARF требуется помощь других белков, чтобы переключаться между связыванием с GTP и GDP. Белки, активирующие ГТФазу (GAP), заставляют ARF гидролизовать связанный GTP до GDP, а факторы обмена гуаниновых нуклеотидов заставляют ARF принимать новую молекулу GTP вместо связанного GDP.
Другие белки
[ редактировать ]Другие белки взаимодействуют с ARF, в зависимости от того, связан ли он с GTP или GDP. Активная форма, ARF*GTP, связывается с белками оболочки и адаптерами везикул, включая белок оболочки I (COPI) и различные фосфолипиды. Известно, что неактивная форма связывается только с классом трансмембранных белков.Различные типы ARF специфически связывают разные виды эффекторных белков.
Филогения
[ редактировать ]В настоящее время известно 6 белков ARF млекопитающих, которые разделены на три класса ARF:
Структура
[ редактировать ]ARF представляют собой небольшие белки примерно 20 кДа размером . Они содержат две области переключения, которые меняют относительные положения между циклами связывания GDP/GTP. ARF часто миристоилируются в N-концевой области, что способствует их мембранной ассоциации.
Примеры
[ редактировать ]Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:
- АРФ1 АРФ3 АРФ4 АРФ5 АРФ6 АРФРП1
- ARL1 ARL2 ARL2L1 ARL3 ARL4A ARL4C ARL4D ARL5 ARL5A ARL5B
- АРЛ10 АРЛ11 АРЛ13А АРЛ13Б АРЛ14 АРЛ15 АРЛ16 АРЛ17
- АРЛ6 АРЛ7 АРЛ8А АРЛ8Б АРЛ9
- MGC57346
- SAR1A SAR1B SAR1P3 SARA1 TRIM23
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Паскуалато С, Рено Л, Черфилс Дж (2002). «Белки Arf, Arl, Arp и Sar: семейство GTP-связывающих белков со структурным устройством для связи «перед-зад»» . Отчеты ЭМБО . 3 (11): 1035–1041. дои : 10.1093/embo-reports/kvf221 . ПМЦ 1307594 . ПМИД 12429613 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Дональдсон Дж.Г., Хонда А (2005 г.). «Локализация и функции GTPases семейства Arf». Труды Биохимического общества . 33 (4): 639–642. дои : 10.1042/BST0330639 . ПМИД 16042562 .
- Ни З., Хирш Д.С., Рандаццо П.А. (2003). «Арф и его многочисленные интеракторы». Современное мнение в области клеточной биологии . 15 (4): 396–404. дои : 10.1016/S0955-0674(03)00071-1 . ПМИД 12892779 .
- Амор Дж.К., Харрисон Д.Х., Кан Р.А., Ринге Д. (1994). «Структура человеческого фактора АДФ-рибозилирования 1 в комплексе с ВВП». Природа . 372 (6507): 704–708. Бибкод : 1994Natur.372..704C . дои : 10.1038/372704a0 . ПМИД 7990966 . S2CID 4362056 .
- Мосс Дж., Воган М.; Воган (1995). «Структура и функции белков ARF: активаторы холерного токсина и критические компоненты процессов внутриклеточного везикулярного транспорта» . Журнал биологической химии . 270 (21): 12327–12330. дои : 10.1074/jbc.270.21.12327 . ПМИД 7759471 .
- Боман А.Л., Кан Р.А.; Кан (1995). «Арф-белки: Мембранная ГИБДД?». Тенденции биохимических наук . 20 (4): 147–150. дои : 10.1016/s0968-0004(00)88991-4 . ПМИД 7770914 .
- Кан Р.А., Керн Ф.Г., Кларк Дж., Гельманн Э.П., Рулка С. (1991). «Факторы АДФ-рибозилирования человека. Функционально консервативное семейство GTP-связывающих белков» . Журнал биологической химии . 266 (4): 2606–2614. дои : 10.1016/S0021-9258(18)52288-2 . ПМИД 1899243 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива TRG_Cilium_Arf4_1