Ресурс «Эукариотический линейный мотив»

ЭЛМ
Содержание
Описание	эукариотические линейные мотивы.
Контакт
Авторы	Хольгер Динкель ; Тоби Гибсон
Первичное цитирование	Динкель и др. (2012)
Дата выпуска	2011
Доступ
Веб-сайт	вяз .Евросоюз .org

Ресурс Eukaryotic Linear Motif (ELM) — это ресурс вычислительной биологии (разработанный в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL)) для исследования коротких линейных мотивов (SLiM) в эукариотических белках . ^[2]^[3] В настоящее время это самая большая коллекция классов линейных мотивов с аннотированными и экспериментально проверенными экземплярами линейных мотивов.

Линейные мотивы задаются как шаблоны с использованием правил регулярных выражений . Эти выражения используются в конвейере прогнозирования ELM, который обнаруживает предполагаемые экземпляры мотивов в белковых последовательностях.Для повышения эффективности прогнозирования разрабатываются контекстно-ориентированные правила и логические фильтры.применяется для уменьшения количества ложноположительных совпадений.

По состоянию на 2010 год ELM содержал 146 различных мотивов, которые аннотируют более 1300 экспериментально определенных случаев внутри белков. ^[3] Текущая версия сервера ELM обеспечивает фильтрацию по компартменту клеток, филогении, конфликту глобулярных доменов (с использованием баз данных SMART / Pfam ) и структуре. ^[4] Кроме того, идентифицируются и отображаются как известные экземпляры ELM, так и любые позиционно-консервативные совпадения в последовательностях, подобных последовательностям экземпляров ELM.

См. также

Ссылки

^ Динкель, Хольгер; Майкл Сушама; Уэзеритт Роберт Дж; Дэйви Норман Э; Ван Рой Ким; Альтенберг Бриджит; Тоедт Гриша; Уяр Бора; Производитель веревок Маркус; Бадд Эйдан; Йодике Лиза; Даммерт Марсель А; Шретер Кристиан; Хаммер Мария; Шмидт Тобиас; Джел Питер; Макгиган Кэролайн; Дымецка Магдалена; Чика Клаудия; Удачи Катя; Виа Аллегра; Чатр Арьямонтри Эндрю; Хаслам Найл; Гребнев Глеб; Эдвардс Ричард Дж; каменщик Мишель О; Майзельбах Хайке; Диэлла Франческа; Гибсон Тоби Дж. (январь 2012 г.). «ELM - база данных линейных мотивов эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Д1): Д242–Д251. дои : 10.1093/nar/gkr1064 . ПМК 3245074 . ПМИД 22110040 .
^ Пунтерволл П., Линдинг Р., Гемюнд С. и др. (июль 2003 г.). «Сервер ELM: новый ресурс для исследования коротких функциональных участков в модульных эукариотических белках» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (13): 3625–30. дои : 10.1093/нар/gkg545 . ПМК 168952 . ПМИД 12824381 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Гулд CM, Диелла Ф, Виа А и др. (январь 2010 г.). «ELM: статус ресурса эукариотических линейных мотивов 2010 года» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D167–80. дои : 10.1093/нар/gkp1016 . ПМК 2808914 . ПМИД 19920119 .
^ Через А, Гулд СМ, Гемюнд С, Гибсон Т.Дж., Хельмер-Циттерих М. (2009). «Структурный фильтр для ресурса эукариотических линейных мотивов» . БМК Биоинформатика . 10 :351. дои : 10.1186/1471-2105-10-351 . ПМК 2774702 . ПМИД 19852836 .

Внешние ссылки

ЭЛМ Домашняя страница

[pmid22110040-1] Динкель, Хольгер; Майкл Сушама; Уэзеритт Роберт Дж; Дэйви Норман Э; Ван Рой Ким; Альтенберг Бриджит; Тоедт Гриша; Уяр Бора; Производитель веревок Маркус; Бадд Эйдан; Йодике Лиза; Даммерт Марсель А; Шретер Кристиан; Хаммер Мария; Шмидт Тобиас; Джел Питер; Макгиган Кэролайн; Дымецка Магдалена; Чика Клаудия; Удачи Катя; Виа Аллегра; Чатр Арьямонтри Эндрю; Хаслам Найл; Гребнев Глеб; Эдвардс Ричард Дж; каменщик Мишель О; Майзельбах Хайке; Диэлла Франческа; Гибсон Тоби Дж. (январь 2012 г.). «ELM - база данных линейных мотивов эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Д1): Д242–Д251. дои : 10.1093/nar/gkr1064 . ПМК 3245074 . ПМИД 22110040 .

[pmid12824381-2] Пунтерволл П., Линдинг Р., Гемюнд С. и др. (июль 2003 г.). «Сервер ELM: новый ресурс для исследования коротких функциональных участков в модульных эукариотических белках» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (13): 3625–30. дои : 10.1093/нар/gkg545 . ПМК 168952 . ПМИД 12824381 .

[pmid19920119-3] Перейти обратно: ^а ^б Гулд CM, Диелла Ф, Виа А и др. (январь 2010 г.). «ELM: статус ресурса эукариотических линейных мотивов 2010 года» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D167–80. дои : 10.1093/нар/gkp1016 . ПМК 2808914 . ПМИД 19920119 .

[pmid19852836-4] Через А, Гулд СМ, Гемюнд С, Гибсон Т.Дж., Хельмер-Циттерих М. (2009). «Структурный фильтр для ресурса эукариотических линейных мотивов» . БМК Биоинформатика . 10 :351. дои : 10.1186/1471-2105-10-351 . ПМК 2774702 . ПМИД 19852836 .

[1]

[2]

[3]

[4]