✖


Jump to content

Короткий линейный мотив

Add links
вируса папилломы человека E7 Онкопротеин , имитирующий мотив LxCxE (красный), связанный с белком ретинобластомы хозяина (темно-серый) ( PDB : 1gux )

В молекулярной биологии короткие линейные мотивы ( SLiM ), линейные мотивы или минимотивы представляют собой короткие участки белковой последовательности , которые опосредуют белок-белковое взаимодействие . [ 1 ] [ 2 ]

Первое определение дал Тим Хант : [ 3 ]

«Последовательности многих белков содержат короткие, консервативные мотивы, которые участвуют в распознавании и нацеливании, часто отделены от других функциональных свойств молекулы, в которой они встречаются. Эти мотивы линейны в том смысле, что трехмерная организация не требуется. объединить удаленные сегменты молекулы вместе, чтобы создать узнаваемую единицу. Сохранение этих мотивов варьируется: некоторые из них высококонсервативны, в то время как другие, например, допускают замены, которые сохраняют только определенный образец заряда в мотиве».

Атрибуты

[ редактировать ]

SLiM обычно расположены в внутренне неупорядоченных областях. [ 4 ] (более 80% известных SLiM), однако при взаимодействии со структурированным партнером вторичная структура часто индуцируется . Большинство аннотированных SLiM состоят из от 3 до 11 смежных аминокислот , в среднем чуть более 6 остатков. Однако только несколько остатков «горячих точек» (в среднем 1 «горячая точка» на каждые 3 остатка в мотиве) вносят большую часть свободной энергии связывания и определяют большую часть аффинности и специфичности взаимодействия. Хотя большинство мотивов не имеют позиционных предпочтений, некоторые из них должны быть локализованы на концах белка, чтобы быть функциональными. [ 5 ] [ 6 ] Ключевой определяющий атрибут SLiM — наличие ограниченного числа остатков, которые напрямую контактируют с партнером по связыванию, имеет два основных последствия. Во-первых, лишь немногие или даже одна мутация могут привести к генерации функционального мотива, а дальнейшие мутации фланкирующих остатков позволяют настроить аффинность и специфичность. [ 7 ] Это приводит к тому, что SLiMs имеют повышенную склонность к конвергентной эволюции , что облегчает их пролиферацию, о чем свидетельствует их консервация и повышенная заболеваемость у высших эукариот . [ 8 ] Была выдвинута гипотеза, что это может увеличить и реструктурировать связность интерактома . Во-вторых, SLiMs имеют относительно низкое сродство к своим партнерам по взаимодействию (обычно от 1 до 150 мкМ), что делает эти взаимодействия временными и обратимыми и, таким образом, идеальными для опосредования динамических процессов, таких как передача сигналов в клетках . Кроме того, это означает, что эти взаимодействия можно легко модулировать посттрансляционными модификациями , изменяющими структурные и физико-химические свойства мотива. Кроме того, области с высокой функциональной плотностью могут опосредовать молекулярное переключение посредством перекрывающихся мотивов (например, С-концевые хвосты бета-субъединиц интегрина ) или они могут обеспечивать взаимодействия с высокой авидностью посредством множества мотивов с низким сродством (например, множественные мотивы связывания AP2 в Eps15). ). [ 6 ] [ 9 ] [ 10 ]

Функция

[ редактировать ]

SLiM функционирует практически во всех путях из-за их решающей роли в регуляторной функции, межбелковом взаимодействии и передаче сигнала. SLiM действуют как модули взаимодействия, распознаваемые дополнительными биомолекулами. Большинство известных партнеров по взаимодействию SLiMs представляют собой глобулярные белковые домены, однако также были охарактеризованы SLiMs, которые распознают другие внутренне неупорядоченные области, РНК и липиды. SLiM можно разделить на два класса высокого уровня: сайты модификации и сайты связывания лигандов.

Сайты модификаций
Сайты модификации SLiM включают сайты с детерминантой внутренней специфичности, которые распознаются и модифицируются активным центром каталитического домена фермента. Эти SLiM включают множество классических сайтов посттрансляционной модификации (PTM), сайтов протеолитического расщепления, распознаваемых протеазами, и связей, распознаваемых изомеразами.

  • Добавление фрагмента . SLiM часто предназначены для добавления небольших химических групп (например, фосфорилирование ), белков (например, SUMOилирование ) или других фрагментов (например, посттрансляционное добавление фрагмента ).
  • Протеолитическое расщепление -SLiM может действовать как сайт узнавания эндопептидаз, что приводит к необратимому расщеплению пептида на SLiM.
  • Структурные модификации - SLiM могут распознаваться изомеразами, что приводит к цис-транс-изомеризации пептидного остова.

Сайты связывания лигандов
Сайты связывания лиганда SLiM привлекают партнеров по связыванию к белкам, содержащим SLiM, часто опосредуя временные взаимодействия или действуя совместно для создания более стабильных комплексов. Лигандные SLiM часто играют центральную роль в формировании динамических мультибелковых комплексов, однако чаще всего они опосредуют регуляторные взаимодействия, которые контролируют стабильность, локализацию или состояние модификации белка. [ 11 ]

  • Образование комплексов . Лигандные SLiM часто функционируют как простые интерфейсы, которые рекрутируют белки в мультибелковые комплексы (например, мотив LxCxE, связывающий ретинобластому) или действуют как агрегаторы в каркасных белках (например, SH3-связывающие домены , богатые пролином последовательности).
  • Локализация . Большое количество SLiM действует как почтовые индексы, которые распознаются механизмом клеточного транспорта, опосредуя перемещение содержащегося белка в правильный субклеточный компартмент (например, сигналы ядерной локализации (NLS) и сигналы ядерного экспорта (NES))
  • Состояние модификации . Многие классы лигандов SLiM привлекают ферменты к своему субстрату путем связывания с сайтами, отличными от активного сайта фермента. Эти сайты, известные как мотивы стыковки, действуют как дополнительные детерминанты специфичности для этих ферментов и уменьшают вероятность событий нецелевой модификации.
  • Стабильность . Подмножество мотивов стыковки привлекает к своим субстратам убиквитинлигазу E3. В результате полиубиквитинирования нацеливается на субстрат для протеосомного разрушения.

Роль в болезни

[ редактировать ]

Неупорядоченные белковые элементы, такие как SLiM, часто встречаются в факторах, регулирующих экспрессию генов. [ 11 ] В результате несколько заболеваний были связаны с мутациями, которые изменяют ключевые функции, опосредованные SLiM. Например, одной из причин синдрома Нунан является мутация в белке Raf-1, которая отменяет взаимодействие с белками 14-3-3, опосредованное соответствующими короткими линейными мотивами, и тем самым нарушает регуляцию Raf-1 активности киназы . [ 12 ] Синдром Ашера — наиболее частая причина наследственной слепоты у человека. [ 13 ] и может быть вызван мутациями либо в доменах PDZ в гармонине, либо в соответствующих мотивах взаимодействия PDZ в белке SANS. [ 14 ] Наконец, синдром Лиддла связан с аутосомно-доминантными активирующими мутациями в мотиве взаимодействия WW в субъединицах β-(SCNNB_HUMA) и γ-(SCNNG_HUMA) эпителиального натриевого канала ENaC . [ 15 ] Эти мутации отменяют связывание с убиквитинлигазой NEDD4 , тем самым ингибируя деградацию каналов и продлевая период полувыведения ENaC , что в конечном итоге приводит к увеличению количества Na. + реабсорбция, увеличение объема плазмы и гипертония. [ 16 ]

Вирусы часто имитируют человеческие SLiM, чтобы захватить и разрушить клеточные механизмы хозяина. [ 17 ] [ 18 ] [ 11 ] тем самым добавляя функциональность их компактным геномам без необходимости использования новых белков, кодируемых вирусом. Фактически, многие мотивы были первоначально обнаружены у вирусов, такие как мотив LxCxE, связывающий ретинобластому, и поздний домен PTAP, связывающий домен UEV. Короткое время генерации и высокая частота мутаций вирусов в сочетании с естественным отбором привели к множеству примеров мимикрии SLiM хозяина на каждом этапе жизненного цикла вируса (мотив связывания Src PxxP в Nef модулирует репликацию, связывание домена WW опосредует PPxY). почкование вируса Эбола, мотив связывания легкой цепи динеина в вирусе бешенства жизненно важен для заражения хозяина). Степень мимикрии человеческого SLiM удивляет, поскольку многие вирусные белки содержат несколько функциональных SLiM, например, аденовирусный белок E1A.

Патогенные бактерии также имитируют мотивы хозяина (а также имеют собственные мотивы), однако не в такой степени, как облигатные вирусы-паразиты. E. Coli вводит в клетку-хозяина белок EspF(U), который имитирует аутоингибирующий элемент N-WASP, чтобы активировать актин-нуклеирующие факторы WASP. [ 19 ] Мотив KDEL бактерий , кодирующих холерный токсин, опосредует проникновение холерного токсина в клетку. [ 20 ]

Мотив связывания домена MDM2 SWIB имитирует препарат Нутлин, связанный с MDM2 ( PDB : 3lbk )

Потенциал в качестве руководства для разработки лекарств.

[ редактировать ]

В последние годы белок-белковые взаимодействия, опосредованные линейными мотивами, оказались многообещающими в качестве новых мишеней для лекарств. [ 21 ] Истории успеха включают MDM2 аналог мотива Нутлин-3 и интегрин , нацеленный на RGD-миметик Циленгитид : Нутлин-3 противодействует взаимодействию домена SWIB MDM2 с p53 , тем самым стабилизируя p53 и вызывая старение раковых клеток. [ 22 ] Циленгитид ингибирует интегрин -зависимую передачу сигналов, вызывая разборку цитоскелета , отслойку клеток и индукцию апоптоза в эндотелиальных и глиомных клетках. [ 23 ] [ 24 ] Кроме того, Grb2 и Crk SH2 / SH3 . также исследуются пептиды, нацеленные на адаптерные домены [ 25 ] [ 26 ]

В настоящее время на рынке нет препаратов, специально воздействующих на сайты фосфорилирования , однако ряд препаратов нацелен на киназный домен. Эта тактика показала себя многообещающей при лечении различных форм рака. [ 18 ] Например, Stutnet ® представляет собой ингибитор рецепторной тирозинкиназы (RTK) для лечения рака желудочно-кишечного тракта, Gleevec ® специально нацелен на bcr-abl, а Sprycel ® представляет собой ингибитор тирозинкиназы широкого действия, мишенями которого являются Bcr-Abl и Src . Расщепление - это еще один процесс, управляемый распознаванием мотива протеазами, ответственными за расщепление хорошей мишени лекарственного средства. Например, Tritace® , Vasotec® , Accupril® и Lotensin® являются субстратными миметиками ингибиторами ангиотензинпревращающего фермента. Другие препараты, нацеленные на посттрансляционные модификации, включают зовиракс ®, противовирусный ингибитор миристоилирования и ингибиторы фарнизилтрансферазы, которые блокируют модификацию липидов в мотиве CAAX-бокса.

Рекомендуем дальнейшее чтение: [ 18 ] [ 27 ]

Ресурсы вычислительных мотивов

[ редактировать ]

Базы данных

[ редактировать ]

SLiM обычно описываются регулярными выражениями в литературе по мотивам, при этом важные остатки определяются на основе комбинации экспериментальных, структурных и эволюционных данных. Однако высокопроизводительный скрининг, такой как фаговый дисплей, привел к значительному увеличению доступной информации для многих классов мотивов, что позволяет описывать их с помощью логотипов последовательностей . [ 28 ] В настоящее время доступные данные о мотивах хранятся в нескольких различных репозиториях. С точки зрения объема, ресурс Eukaryotic Linear Motif (ELM) [ 29 ] и MiniMotif Miner (MnM) [ 30 ] представляют собой две крупнейшие базы данных мотивов, поскольку они пытаются собрать все мотивы из доступной литературы. Также существует несколько более конкретных и специализированных баз данных: PepCyber. [ 31 ] и СканСайт [ 32 ] сосредоточьтесь на меньших подмножествах мотивов, связывании фосфопептидов и важных сигнальных доменах соответственно. ПДЗБаза [ 33 ] фокусируется исключительно на лигандах домена PDZ. МЕРОПС [ 34 ] и CutDB [ 35 ] курировать доступные данные о протеолитических событиях, включая специфичность протеазы и сайты расщепления. За последнее десятилетие значительно увеличилось количество публикаций, описывающих взаимодействия, опосредованные мотивами, и в результате большое количество доступной литературы еще предстоит курировать. Последняя работа создала инструмент MiMosa. [ 36 ] ускорить процесс аннотирования и стимулировать семантически надежные описания мотивов. [ 37 ]

Инструменты обнаружения

[ редактировать ]

SLiM короткие и вырожденные, в результате чего протеом засорен случайно встречающимися пептидами, напоминающими функциональные мотивы. Биологически значимые клеточные партнеры могут легко различать функциональные мотивы, однако вычислительные инструменты еще не достигли уровня сложности, на котором обнаружение мотивов может быть достигнуто с высокими показателями успеха.

Инструменты обнаружения мотивов можно разделить на две основные категории: обнаружение нового экземпляра известного класса функциональных мотивов и обнаружение класса функциональных мотивов, однако все они используют ограниченный и перекрывающийся набор атрибутов для различения истинных и ложных срабатываний. Основными дискриминационными признаками, используемыми при обнаружении мотивов, являются:

  • Доступность – мотив должен быть доступен для партнера по переплету. Инструменты прогнозирования внутренних нарушений (такие как IUPred или GlobPlot), базы данных доменов (такие как Pfam и SMART ) и экспериментально полученные структурные данные (из таких источников, как PDB ) могут использоваться для проверки доступности предсказанных экземпляров мотивов.
  • Сохранение - сохранение мотива сильно коррелирует с функциональностью, и многие экспериментальные мотивы рассматриваются как островки сильного ограничения в областях слабой консервации. Выравнивание гомологичных белков можно использовать для расчета показателя консервации мотива.
  • Физико-химические свойства. Определенные внутренние свойства остатков или участков аминокислот являются сильными дискриминаторами функциональности, например, склонность области беспорядка претерпевать переход от беспорядка к порядку.
  • Обогащение группировок сходных белков. Мотив часто развивается конвергентно для выполнения аналогичных задач в разных белках, таких как опосредование связывания с конкретным партнером или нацеливание белков на определенную субклеточную локализацию. Зачастую в таких случаях такая группировка мотива встречается чаще, чем можно было бы ожидать случайно, и может быть обнаружена путем поиска обогащенных мотивов.

Новые экземпляры функциональных мотивов

[ редактировать ]

Ресурс эукариотических линейных мотивов (ELM) [ 29 ] и MiniMotif Miner (MnM) [ 30 ] оба предоставляют серверы для поиска новых примеров известных функциональных мотивов в белковых последовательностях. SLiMSearch позволяет осуществлять аналогичный поиск в масштабе всего протеома. [ 38 ]

Класс новых функциональных мотивов

[ редактировать ]

Совсем недавно были разработаны вычислительные методы, которые могут идентифицировать новые короткие линейные мотивы de novo. [ 39 ] Инструменты, основанные на интерактоме, основаны на идентификации набора белков, которые, вероятно, имеют общую функцию, например связывание одного и того же белка или расщепление одной и той же пептидазой. Двумя примерами такого программного обеспечения являются DILIMOT и SLiMFinder. [ 40 ] [ 41 ] Anchor и α-MoRF-Pred используют физико-химические свойства для поиска мотивоподобных пептидов в неупорядоченных областях (называемых MoRF , среди прочего, ). ЯКОРЬ [ 42 ] идентифицирует участки внутренне неупорядоченных областей, которые не могут образовывать благоприятные внутрицепные взаимодействия для складывания без дополнительной стабилизирующей энергии, вносимой партнером по глобулярному взаимодействию. α-MoRF-Пред [ 43 ] использует присущую многим SLiM склонность претерпевать переход от беспорядка к порядку при связывании, чтобы обнаружить участки, образующие α-спирали, внутри неупорядоченных областей. МоРФПред [ 44 ] и СИСТЕМА МоРФчиби [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] представляют собой предикторы на основе SVM, которые используют множество функций, включая физико-химические свойства локальной последовательности, длинные участки неупорядоченных областей и сохранение в своих предсказаниях. СЛиМПред [ 48 ] — это основанный на нейронных сетях метод обнаружения SLiM de novo из белковой последовательности. Информация о структурном контексте мотива (предсказанная вторичная структура, структурные мотивы, доступность растворителя и беспорядок) используется в процессе прогнозирования. Важно отметить, что никаких предварительных знаний о белке (т.е. никакой эволюционной или экспериментальной информации) не требуется.

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Диелла Ф., Хаслам Н., Чика С., Бадд А., Майкл С., Браун Н.П. и др. (май 2008 г.). «Понимание эукариотических линейных мотивов и их роли в передаче сигналов и регуляции клеток» . Границы бионауки . 13 (13): 6580–603. дои : 10.2741/3175 . ПМИД   18508681 .
  2. ^ Недува В., Рассел Р.Б. (октябрь 2006 г.). «Пептиды, опосредующие сети взаимодействия: наконец-то новые лидеры». Современное мнение в области биотехнологии . 17 (5): 465–71. дои : 10.1016/j.copbio.2006.08.002 . ПМИД   16962311 .
  3. ^ Дайс Дж. Ф. (август 1990 г.). «Пептидные последовательности, нацеленные на цитозольные белки для лизосомального протеолиза». Тенденции биохимических наук . 15 (8): 305–9. дои : 10.1016/0968-0004(90)90019-8 . ПМИД   2204156 .
  4. ^ Рен С., Уверский В.Н., Чен З., Дункер А.К., Обрадович З. (сентябрь 2008 г.). «Короткие линейные мотивы, распознаваемые доменами SH2, SH3 и Ser/Thr киназы, консервативны в неупорядоченных участках белка» . БМК Геномика . 9 (Приложение 2): S26. дои : 10.1186/1471-2164-9-S2-S26 . ПМЦ   2559891 . ПМИД   18831792 .
  5. ^ Лондон Н., Мовшовиц-Аттиас Д., Шулер-Фурман О (февраль 2010 г.). «Структурные основы стратегий связывания пептидов с белками» . Структура . 18 (2): 188–99. дои : 10.1016/j.str.2009.11.012 . ПМИД   20159464 .
  6. ^ Перейти обратно: а б Дэйви Н.Э., Ван Рой К., Уэзеритт Р.Дж., Тоедт Г., Уяр Б., Альтенберг Б. и др. (январь 2012 г.). «Признаки коротких линейных мотивов». Молекулярные биосистемы . 8 (1): 268–81. дои : 10.1039/c1mb05231d . ПМИД   21909575 .
  7. ^ Дэйви Н.Е., Сайерт М.С., Мозес А.М. (ноябрь 2015 г.). «Короткие линейные мотивы - эволюция ex nihilo регуляции белка» . Сотовая связь и сигнализация . 13 (1): 43. дои : 10.1186/s12964-015-0120-z . ПМЦ   4654906 . ПМИД   26589632 .
  8. ^ Рен С., Ян Г, Хэ Ю, Ван Ю, Ли Ю, Чен Цзи (октябрь 2008 г.). «Паттерн консервации коротких линейных мотивов сильно коррелирует с функцией взаимодействующих белковых доменов» . БМК Геномика . 9 : 452. дои : 10.1186/1471-2164-9-452 . ПМК   2576256 . ПМИД   18828911 .
  9. ^ Недува В., Рассел Р.Б. (июнь 2005 г.). «Линейные мотивы: переключатели эволюционного взаимодействия» . Письма ФЭБС . 579 (15): 3342–5. Бибкод : 2005FEBSL.579.3342N . doi : 10.1016/j.febslet.2005.04.005 . ПМИД   15943979 . S2CID   41014984 .
  10. ^ Гибсон Т.Дж. (октябрь 2009 г.). «Клеточная регуляция: намерена сигнализировать о дискретном сотрудничестве». Тенденции биохимических наук . 34 (10): 471–82. дои : 10.1016/j.tibs.2009.06.007 . ПМИД   19744855 .
  11. ^ Перейти обратно: а б с Чермакова, Катерина; Ходжес, Х. Кортни (6 февраля 2023 г.). «Модули взаимодействия, придающие специфичность неупорядоченному белку» . Тенденции биохимических наук . 48 (5): S0968–0004(23)00008–7. дои : 10.1016/j.tibs.2023.01.004 . ISSN   0968-0004 . ПМЦ   10106370 . ПМИД   36754681 .
  12. ^ Пандит Б., Саркози А., Пеннаккио Л.А., Карта С., Оиси К., Мартинелли С. и др. (август 2007 г.). «Мутации усиления функции RAF1 вызывают синдромы Нунан и LEOPARD с гипертрофической кардиомиопатией». Природная генетика . 39 (8): 1007–12. дои : 10.1038/ng2073 . ПМИД   17603483 . S2CID   19335210 .
  13. ^ Юди Джей Ди, Сумеги Дж (октябрь 1999 г.). «Молекулярная генетика синдрома Ушера» . Клеточные и молекулярные науки о жизни . 56 (3–4): 258–67. дои : 10.1007/s000180050427 . ПМЦ   11146852 . ПМИД   11212353 . S2CID   2028106 .
  14. ^ Калай Э., де Брауэр А.П., Кайлан Р., Набуурс С.Б., Воллник Б., Карагузель А. и др. (декабрь 2005 г.). «Новая мутация D458V в мотиве связывания SANS PDZ вызывает атипичный синдром Ушера». Журнал молекулярной медицины . 83 (12): 1025–32. дои : 10.1007/s00109-005-0719-4 . ПМИД   16283141 . S2CID   41415771 .
  15. ^ Варнок Д.Г. (январь 1998 г.). «Синдром Лиддла: аутосомно-доминантная форма гипертонии человека» . Почки Интернешнл . 53 (1): 18–24. дои : 10.1046/j.1523-1755.1998.00728.x . ПМИД   9452995 .
  16. ^ Фурухаси М., Китамура К., Адачи М., Миёси Т., Вакида Н., Ура Н. и др. (январь 2005 г.). «Синдром Лиддла, вызванный новой мутацией богатого пролином PY-мотива бета-субъединицы эпителиального натриевого канала» . Журнал клинической эндокринологии и метаболизма . 90 (1): 340–4. дои : 10.1210/jc.2004-1027 . ПМИД   15483078 .
  17. ^ Дэйви Н.Э., Траве Дж., Гибсон Т.Дж. (март 2011 г.). «Как вирусы нарушают регуляцию клеток». Тенденции биохимических наук . 36 (3): 159–69. дои : 10.1016/j.tibs.2010.10.002 . ПМИД   21146412 .
  18. ^ Перейти обратно: а б с Кадаверу К., Вьяс Дж., Шиллер М.Р. (май 2008 г.). «Вирусная инфекция и болезни человека: выводы из минимотивов» . Границы бионауки . 13 (13): 6455–71. дои : 10.2741/3166 . ПМЦ   2628544 . ПМИД   18508672 .
  19. ^ Салли Н.А., Ривера ГМ, Дюбер Дж.Э., Василеску Д., Маллинз Р.Д., Майер Б.Дж., Лим В.А. (август 2008 г.). «Белок патогена EspF(U) захватывает полимеризацию актина с помощью мимикрии и мультивалентности» . Природа . 454 (7207): 1005–8. Бибкод : 2008Natur.454.1005S . дои : 10.1038/nature07170 . ПМК   2749708 . ПМИД   18650806 .
  20. ^ Ленсер В.И., Констебль С., Мо С., Джоблинг М.Г., Уэбб Х.М., Растон С. и др. (ноябрь 1995 г.). «Нацеливание холерного токсина и термолабильного токсина Escherichia coli на поляризованный эпителий: роль COOH-концевого KDEL» . Журнал клеточной биологии . 131 (4): 951–62. дои : 10.1083/jcb.131.4.951 . ПМК   2200010 . ПМИД   7490296 .
  21. ^ Уэллс Дж. А., МакКлендон К. Л. (декабрь 2007 г.). «Достижение высоких результатов в открытии лекарств на границе белок-белок». Природа . 450 (7172): 1001–9. Бибкод : 2007Natur.450.1001W . дои : 10.1038/nature06526 . ПМИД   18075579 . S2CID   205211934 .
  22. ^ Василев Л.Т., Ву Б.Т., Грейвс Б., Карвахал Д., Подласки Ф., Филипович З. и др. (февраль 2004 г.). «In vivo активация пути p53 низкомолекулярными антагонистами MDM2». Наука . 303 (5659): 844–8. Бибкод : 2004Sci...303..844V . дои : 10.1126/science.1092472 . ПМИД   14704432 . S2CID   16132757 .
  23. ^ Гудман С.Л., Хёльземанн Г., Сулёк Г.А., Кесслер Х. (февраль 2002 г.). «Наномолярные низкомолекулярные ингибиторы интегринов альфав(бета)6, альфав(бета)5 и альфав(бета)3». Журнал медицинской химии . 45 (5): 1045–51. дои : 10.1021/jm0102598 . ПМИД   11855984 .
  24. ^ Оливейра-Феррер Л., Хаушильд Дж., Фидлер В., Бокемейер С., Ниппген Дж., Челик И., Шух Г. (декабрь 2008 г.). «Циленгитид индуцирует отслоение клеток и апоптоз в эндотелиальных и глиомных клетках, опосредованный ингибированием пути FAK/src/AKT» . Журнал экспериментальных и клинических исследований рака . 27 (1): 86. дои : 10.1186/1756-9966-27-86 . ПМК   2648308 . ПМИД   19114005 .
  25. ^ Грил Б., Видал М., Ассаяг Ф., Пупон М.Ф., Лю В.К., Гарбай К. (июль 2007 г.). «Лиганд Grb2-SH3 ингибирует рост раковых клеток HER2+ и оказывает противоопухолевое действие на ксенотрансплантаты рака человека отдельно и в сочетании с доцетакселом» . Международный журнал рака . 121 (2): 407–15. дои : 10.1002/ijc.22674 . ПМЦ   2755772 . ПМИД   17372910 .
  26. ^ Феллер С.М., Левицки М. (2006). «Потенциальные мишени для лечения заболеваний, которые нарушают белок-белковые взаимодействия адаптеров семейства Grb2 и Crk» . Текущий фармацевтический дизайн . 12 (5): 529–48. дои : 10.2174/138161206775474369 . ПМИД   16472145 .
  27. ^ Металло SJ (август 2010 г.). «Внутренне неупорядоченные белки являются потенциальными мишенями для лекарств» . Современное мнение в области химической биологии . 14 (4): 481–8. дои : 10.1016/j.cbpa.2010.06.169 . ПМК   2918680 . ПМИД   20598937 .
  28. ^ Хаслам, штат Нью-Джерси, Шилдс, округ Колумбия (май 2012 г.). «Открытие коротких линейных белковых мотивов на основе профилей» . БМК Биоинформатика . 13 :104. дои : 10.1186/1471-2105-13-104 . ПМЦ   3534220 . ПМИД   22607209 .
  29. ^ Перейти обратно: а б Гулд CM, Диелла Ф, Виа А, Пунтерволл П, Гемюнд С, Чабанис-Дэвидсон С и др. (январь 2010 г.). «ELM: статус ресурса эукариотических линейных мотивов 2010 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D167-80. дои : 10.1093/нар/gkp1016 . ПМК   2808914 . ПМИД   19920119 .
  30. ^ Перейти обратно: а б Раджасекаран С., Балла С., Гради П., Грик М.Р., Кадаверу К., Кундети В. и др. (январь 2009 г.). «Minimotif miner 2-й выпуск: база данных и веб-система для поиска мотивов» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Выпуск базы данных): Д185-90. дои : 10.1093/нар/gkn865 . ПМК   2686579 . ПМИД   18978024 .
  31. ^ Гун В., Чжоу Д., Рен Ю., Ван Ю., Цзо З., Шэнь Ю. и др. (январь 2008 г.). «PepCyber:P~PEP: база данных о взаимодействиях белков человека, опосредованных фосфопротеинсвязывающими доменами» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D679-83. дои : 10.1093/nar/gkm854 . ПМК   2238930 . ПМИД   18160410 .
  32. ^ Обенауэр Дж.К., Кэнтли Л.К., Яффе М.Б. (июль 2003 г.). «Скансайт 2.0: Предсказание клеточных сигнальных взаимодействий на уровне протеома с использованием мотивов коротких последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3635–41. дои : 10.1093/nar/gkg584 . ПМК   168990 . ПМИД   12824383 .
  33. ^ Бьюминг Т., Скрабанек Л., Нив М.Ю., Мукерджи П., Вайнштейн Х. (март 2005 г.). «PDZBase: база данных межбелковых взаимодействий для PDZ-доменов» . Биоинформатика . 21 (6): 827–8. doi : 10.1093/биоинформатика/bti098 . ПМИД   15513994 .
  34. ^ Роулингс Н.Д., Барретт А.Дж., Бейтман А. (январь 2010 г.). «МЕРОПС: база данных пептидаз» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D227-33. дои : 10.1093/nar/gkp971 . ПМЦ   2808883 . ПМИД   19892822 .
  35. ^ Игараши Ю., Ерошкин А., Граматикова С., Граматикофф К., Чжан Ю., Смит Дж.В. и др. (январь 2007 г.). «CutDB: база данных протеолитических событий» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D546-9. дои : 10.1093/nar/gkl813 . ПМЦ   1669773 . ПМИД   17142225 .
  36. ^ Вьяс Дж., Ноулинг Р.Дж., Мейсбургер Т., Сарджант Д., Кадаверу К., Грык М.Р. и др. (июнь 2010 г.). «MimoSA: система аннотации мини-мотивов» . БМК Биоинформатика . 11 : 328. дои : 10.1186/1471-2105-11-328 . ПМЦ   2905367 . ПМИД   20565705 .
  37. ^ Праефке Г.Дж., Форд М.Г., Шмид Э.М., Олесен Л.Е., Галлоп Дж.Л., Пик-Чью С.Ю. и др. (ноябрь 2004 г.). «Эволюция природы узла альфа-придатка AP2 во время эндоцитоза везикул, покрытых клатрином» . Журнал ЭМБО . 23 (22): 4371–83. дои : 10.1038/sj.emboj.7600445 . ПМК   526462 . ПМИД   15496985 .
  38. ^ Дэйви Н.Э., Хаслам, Нью-Джерси, Шилдс, округ Колумбия, Эдвардс Р.Дж. (июль 2011 г.). «SLiMSearch 2.0: биологический контекст для коротких линейных мотивов в белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (проблема с веб-сервером): W56-60. дои : 10.1093/nar/gkr402 . ПМЦ   3125787 . ПМИД   21622654 .
  39. ^ Хьюго В., Сонг Ф., Аунг З., Нг С.К., Сунг В.К. (апрель 2010 г.). «SLiM на диете: поиск коротких линейных мотивов на интерфейсах взаимодействия доменов в банке данных белков». Биоинформатика . 26 (8): 1036–42. CiteSeerX   10.1.1.720.9626 . doi : 10.1093/биоинформатика/btq065 . ПМИД   20167627 .
  40. ^ Недува В., Рассел Р.Б. (июль 2006 г.). «ДИЛИМОТ: открытие линейных мотивов в белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W350-5. дои : 10.1093/нар/gkl159 . ПМЦ   1538856 . ПМИД   16845024 .
  41. ^ Дэйви Н.Э., Хаслам, Нью-Джерси, Шилдс, округ Колумбия, Эдвардс Р.Дж. (июль 2010 г.). «SLiMFinder: веб-сервер для поиска новых, значительно перепредставленных коротких белковых мотивов» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W534-9. дои : 10.1093/nar/gkq440 . ПМК   2896084 . ПМИД   20497999 .
  42. ^ Месарош Б., Симон И., Достаньи З. (май 2009 г.). Касадио Р. (ред.). «Прогнозирование областей связывания белков в неупорядоченных белках» . PLOS Вычислительная биология . 5 (5): e1000376. Бибкод : 2009PLSCB...5E0376M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000376 . ПМЦ   2671142 . ПМИД   19412530 .
  43. ^ Ченг Ю, Олдфилд С.Дж., Мэн Дж., Ромеро П., Уверский В.Н., Данкер А.К. (ноябрь 2007 г.). «Изучение особенностей молекулярного распознавания, образующих альфа-спираль, с помощью межвидового выравнивания последовательностей» . Биохимия . 46 (47): 13468–77. дои : 10.1021/bi7012273 . ПМК   2570644 . ПМИД   17973494 .
  44. ^ Дисфани Ф.М., Сюй В.Л., Мизианти М.Дж., Олдфилд С.Дж., Сюэ Б., Данкер А.К. и др. (июнь 2012 г.). «MoRFpred, вычислительный инструмент для предсказания на основе последовательностей и характеристики коротких областей связывания с переходом от беспорядка к порядку в белках» . Биоинформатика . 28 (12): i75-83. doi : 10.1093/биоинформатика/bts209 . ПМЦ   3371841 . ПМИД   22689782 .
  45. ^ Малхис Н., Гспонер Дж. (июнь 2015 г.). «Вычислительная идентификация MoRF в белковых последовательностях» . Биоинформатика . 31 (11): 1738–44. doi : 10.1093/биоинформатика/btv060 . ПМЦ   4443681 . ПМИД   25637562 .
  46. ^ Малхис Н., Вонг Э.Т., Нассар Р., Гспонер Дж. (30 октября 2015 г.). «Вычислительная идентификация MoRF в белковых последовательностях с использованием иерархического применения правила Байеса» . ПЛОС ОДИН . 10 (10): e0141603. Бибкод : 2015PLoSO..1041603M . дои : 10.1371/journal.pone.0141603 . ПМЦ   4627796 . ПМИД   26517836 .
  47. ^ Малхис Н., Джейкобсон М., Гспонер Дж. (июль 2016 г.). «СИСТЕМА MoRFchibi: программные средства для идентификации MoRF в белковых последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (П1): И488-93. дои : 10.1093/nar/gkw409 . ПМЦ   4987941 . ПМИД   27174932 .
  48. ^ Муни С., Полластри Дж., Шилдс, округ Колумбия, Хаслам, Нью-Джерси (январь 2012 г.). «Прогнозирование коротких линейных областей связывания белков». Журнал молекулярной биологии . 415 (1): 193–204. дои : 10.1016/j.jmb.2011.10.025 . hdl : 10197/3395 . ПМИД   22079048 .
[ редактировать ]

Базы данных SLiM

[ редактировать ]

Инструменты обнаружения SLiM

[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Short_linear_motif&oldid=1227605997"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 5ed1ac1504e2e5a1f635a812976bb58a__1717690260
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/5e/8a/5ed1ac1504e2e5a1f635a812976bb58a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Short linear motif - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)