Внутренне неупорядоченные белки
В молекулярной биологии внутренне неупорядоченный белок ( IDP ) — это белок , у которого отсутствует фиксированная или упорядоченная трехмерная структура . [2] [3] [4] обычно в отсутствие партнеров по макромолекулярному взаимодействию, таких как другие белки или РНК . IDP варьируются от полностью неструктурированных до частично структурированных и включают случайные спирали , расплавленные глобулоподобные агрегаты или гибкие линкеры в крупных многодоменных белках . Их иногда рассматривают как отдельный класс белков наряду с глобулярными , волокнистыми и мембранными белками . [5]
IDP — очень большой и функционально важный класс белков, и их открытие опровергло идею о том, что трехмерные структуры белков должны быть фиксированными для выполнения своих биологических функций . Например, было идентифицировано, что IDPs участвуют в слабых мультивалентных взаимодействиях, которые являются высококооперативными и динамичными, что придает им важность в регуляции ДНК и передаче сигналов в клетках . [6] [7] Многие ВПЛ также могут принимать фиксированную трехмерную структуру после связывания с другими макромолекулами. В целом, IDP во многом отличаются от структурированных белков и, как правило, имеют отличительные функции, структуру, последовательность , взаимодействия, эволюцию и регуляцию. [8]
История
[ редактировать ]В 1930-1950-х годах первые белковые структуры были решены с помощью белковой кристаллографии . Эти ранние структуры позволили предположить, что фиксированная трехмерная структура обычно может потребоваться для реализации биологических функций белков. Эти публикации укрепили центральную догму молекулярной биологии , согласно которой аминокислотная последовательность белка определяет его структуру, которая, в свою очередь, определяет его функцию. В 1950 году Каруш написал о «конфигурационной адаптивности», противоречащей этому предположению. Он был убежден, что белки имеют более одной конфигурации на одном энергетическом уровне и могут выбирать одну при связывании с другими субстратами. В 1960-х годах парадокс Левинталя предположил, что систематический конформационный поиск длинного полипептида вряд ли приведет к созданию единой свернутой белковой структуры в биологически значимых временных масштабах (то есть от микросекунд до минут). Любопытно, что для многих (маленьких) белков или белковых доменов in vitro можно наблюдать относительно быструю и эффективную рефолдинг. Как сказано в В догме Анфинсена 1973 года фиксированная трехмерная структура этих белков уникально закодирована в их первичной структуре (аминокислотной последовательности), кинетически доступна и стабильна в ряде (почти) физиологических условий и поэтому может рассматриваться как нативное состояние. таких «упорядоченных» белков. [10]
Однако в последующие десятилетия многие крупные белковые области не могли быть идентифицированы в наборах рентгеновских данных, что указывает на то, что они занимают несколько позиций, которые усредняются на электронной плотности картах . Отсутствие фиксированных уникальных положений относительно кристаллической решетки предполагало, что эти области «неупорядочены». Спектроскопия ядерно-магнитного резонанса белков также продемонстрировала наличие крупных гибких линкеров и концов во многих решенных структурных ансамблях.
В 2001 году Дункер задался вопросом, игнорировалась ли вновь найденная информация в течение 50 лет. [11] и в 2000-х годах стало доступно больше количественного анализа. [12] В 2010-х годах стало ясно, что ВПЛ распространены среди белков, связанных с болезнями, таких как альфа-синуклеин и тау . [13]
Избыток
[ редактировать ]В настоящее время общепринято, что белки существуют как ансамбль сходных структур, в которых некоторые области более ограничены, чем другие. IDPs занимают крайний конец этого спектра гибкости и включают белки со значительной тенденцией к локальной структуре или гибкие мультидоменные сборки. [14] [15]
Внутренние нарушения особенно распространены среди белков, регулирующих хроматин и транскрипцию. [16] а биоинформационные прогнозы показывают, что это чаще встречается в геномах и протеомах , чем в известных структурах в базе данных белков . Согласно предсказанию DISOPRED2, длинные (>30 остатков) неупорядоченные сегменты встречаются в 2,0% архейных, 4,2% эубактериальных и 33,0% эукариотических белков. [12] включая определенные белки, связанные с заболеваниями. [13]
Биологические роли
[ редактировать ]Высокодинамичные неупорядоченные области белков связаны с функционально важными явлениями, такими как аллостерическая регуляция и ферментативный катализ . [14] [15] Многие неупорядоченные белки имеют аффинность связывания со своими рецепторами, регулируемую посттрансляционной модификацией , поэтому было высказано предположение, что гибкость неупорядоченных белков облегчает выполнение различных конформационных требований для связывания модифицирующих ферментов, а также их рецепторов. [17] Внутреннее расстройство особенно богато белками, участвующими в передаче сигналов и транскрипции клеток. [16] а также хроматина . функции ремоделирования [18] [19] Гены, которые недавно родились de novo, как правило, имеют более высокий уровень нарушений. [20] [21] У животных гены с высоким уровнем беспорядка теряются в ходе эволюции с большей скоростью. [22]
Гибкие линкеры
[ редактировать ]Неупорядоченные регионы часто встречаются в виде гибких связующих или петель, соединяющих домены. Линкерные последовательности сильно различаются по длине, но обычно богаты полярными незаряженными аминокислотами . Гибкие линкеры позволяют соединяющимся доменам свободно скручиваться и вращаться, привлекая своих партнеров по связыванию посредством динамики белковых доменов . Они также позволяют своим партнерам по связыванию вызывать более масштабные конформационные изменения на большие расстояния посредством аллостерии . [14] [2] Гибкий линкер FBP25, соединяющий два домена FKBP25, важен для связывания FKBP25 с ДНК. [23]
Линейные мотивы
[ редактировать ]Линейные мотивы — это короткие неупорядоченные сегменты белков, которые опосредуют функциональные взаимодействия с другими белками или другими биомолекулами (РНК, ДНК, сахара и т. д.). [16] Многие роли линейных мотивов связаны с регуляцией клеток, например, с контролем формы клеток, субклеточной локализацией отдельных белков и регулируемым оборотом белков. Часто посттрансляционные модификации, такие как фосфорилирование, регулируют сродство (нередко на несколько порядков) отдельных линейных мотивов к конкретным взаимодействиям. Относительно быстрая эволюция и относительно небольшое количество структурных ограничений для создания новых (низкоаффинных) интерфейсов делают обнаружение линейных мотивов особенно сложным, но подчеркивается их широко распространенная биологическая роль и тот факт, что многие вирусы имитируют/перехватывают линейные мотивы для эффективного перекодирования инфицированных клеток. своевременная актуальность исследований по этой очень сложной и интересной теме.
Предварительно структурированные мотивы
[ редактировать ]В отличие от глобулярных белков, IDP не имеют пространственно расположенных активных карманов. Поразительно, но 80% несвязанных с мишенью IDP (около 4 десятков), подвергнутых детальной структурной характеристике с помощью ЯМР, обладают линейными мотивами, называемыми PresMos (предварительно структурированные мотивы). [24] Это временные вторичные структурные элементы, предназначенные для распознавания цели. В нескольких случаях было продемонстрировано, что эти временные структуры становятся полноценными и стабильными вторичными структурами, например спиралями, после связывания с мишенью. Следовательно, PresMos являются предполагаемыми активными центрами ВПЛ.
Совмещенное складывание и переплет
[ редактировать ]Многие неструктурированные белки претерпевают переходы в более упорядоченные состояния при связывании со своими мишенями (например, функции молекулярного распознавания (MoRF) [25] ). Совместное сворачивание и связывание может быть локальным, затрагивающим лишь несколько взаимодействующих остатков, или оно может включать весь домен белка. Недавно было показано, что совмещенное сворачивание и связывание позволяет похоронить большую площадь поверхности, что было бы возможно только для полностью структурированных белков, если бы они были намного больше. [26] Более того, определенные неупорядоченные области могут служить «молекулярными переключателями» в регулировании определенных биологических функций путем переключения на упорядоченную конформацию при молекулярном распознавании, например связывание малых молекул, связывание ДНК/РНК, взаимодействие ионов и т. д. [27]
Способность неупорядоченных белков связываться и, таким образом, выполнять функцию показывает, что стабильность не является обязательным условием. Многие короткие функциональные сайты, например короткие линейные мотивы, чрезмерно представлены в неупорядоченных белках. Неупорядоченные белки и короткие линейные мотивы особенно распространены во многих РНК-вирусах, таких как вирус Хендра , ВГС , ВИЧ-1 и вирусы папилломы человека . Это позволяет таким вирусам преодолевать свои информационно ограниченные геномы, облегчая связывание и манипулирование большим количеством белков клетки-хозяина . [28] [29]
Нарушение связанного состояния (нечеткие комплексы)
[ редактировать ]Белки с внутренней неупорядоченностью могут сохранять свою конформационную свободу, даже если они специфически связываются с другими белками. Структурный беспорядок в связанном состоянии может быть статическим или динамическим. В нечетких комплексах для функционирования необходима структурная множественность, и манипуляции со связанной неупорядоченной областью меняют активность. Конформационный ансамбль комплекса модулируется посредством посттрансляционных модификаций или белковых взаимодействий. [30] Специфичность ДНК-связывающих белков часто зависит от длины нечетких участков, которая варьируется путем альтернативного сплайсинга. [31] Некоторые нечеткие комплексы могут проявлять высокую аффинность связывания. [32] хотя другие исследования показали разные значения сродства для одной и той же системы в другом режиме концентрации. [33]
Структурные аспекты
[ редактировать ]Внутренне неупорядоченные белки адаптируют множество различных структур in vivo в соответствии с условиями клетки, создавая структурный или конформационный ансамбль. [34] [35]
Следовательно, их структуры тесно связаны с функциями. Однако лишь немногие белки полностью разупорядочены в нативном состоянии. Нарушение чаще всего обнаруживается во внутренне неупорядоченных участках (IDR) внутри хорошо структурированного белка. Таким образом, термин «внутренне неупорядоченный белок» (IDP) включает белки, которые содержат IDR, а также полностью неупорядоченные белки.
Существование и вид нарушения белка закодированы в его аминокислотной последовательности. [2] В целом IDP характеризуются низким содержанием объемистых гидрофобных аминокислот и высокой долей полярных и заряженных аминокислот, что обычно называют низкой гидрофобностью. [34] Это свойство приводит к хорошему взаимодействию с водой. Более того, высокие суммарные заряды способствуют беспорядку из-за электростатического отталкивания, возникающего из-за одинаково заряженных остатков. [35] Таким образом, неупорядоченные последовательности не могут в достаточной степени похоронить гидрофобное ядро, чтобы свернуть его в стабильные глобулярные белки. В некоторых случаях гидрофобные кластеры в неупорядоченных последовательностях дают ключ к идентификации областей, которые подвергаются сопряженному сворачиванию и связыванию (см. биологические роли ). Многие неупорядоченные белки обнаруживают области без какой-либо регулярной вторичной структуры. Эти области можно назвать гибкими по сравнению со структурированными петлями. В то время как последние являются жесткими и содержат только один набор углов Рамачандрана, IDP включают в себя несколько наборов углов. [35] Термин «гибкость» также используется для хорошо структурированных белков, но описывает другое явление в контексте неупорядоченных белков. Гибкость структурированных белков связана с состоянием равновесия, тогда как у IDP это не так. [35] Многие неупорядоченные белки также обнаруживают последовательности низкой сложности , т.е. последовательности с чрезмерным представительством нескольких остатков . Хотя последовательности низкой сложности являются убедительным признаком беспорядка, обратное не обязательно верно: не все неупорядоченные белки имеют последовательности низкой сложности. Неупорядоченные белки имеют низкое содержание предсказанной вторичной структуры .
Из-за неупорядоченной природы этих белков были разработаны топологические подходы для поиска конформационных закономерностей в их динамике. Например, топология схемы применялась для отслеживания динамики неупорядоченных белковых доменов. [36] Используя топологический подход, можно классифицировать мотивы в соответствии с их топологическим построением и временными рамками их формирования.
Экспериментальная проверка
[ редактировать ]ВПЛ могут быть проверены в нескольких контекстах. Большинство подходов к экспериментальной проверке IDP ограничиваются экстрагированными или очищенными белками, в то время как некоторые новые экспериментальные стратегии направлены на изучение in vivo конформаций и структурных изменений IDP внутри интактных живых клеток и систематическое сравнение их динамики in vivo и in vitro .
in vivo Подходы
[ редактировать ]Первое прямое доказательство сохранения внутреннего нарушения in vivo было получено с помощью внутриклеточного ЯМР после электропорации очищенного IDP и восстановления клеток до интактного состояния. [37]
Более масштабная проверка прогнозов IDR in vivo теперь возможна с использованием биотиновой «картины». [38] [39]
in vitro Подходы
[ редактировать ]Внутренне развернутые белки после очистки можно идентифицировать различными экспериментальными методами. Основным методом получения информации о неупорядоченных участках белка является ЯМР-спектроскопия . Отсутствие электронной плотности при рентгенокристаллографических исследованиях также может быть признаком беспорядка.
Свернутые белки имеют высокую плотность (парциальный удельный объем 0,72-0,74 мл/г) и соизмеримо малый радиус инерции . Следовательно, развернутые белки могут быть обнаружены методами, чувствительными к размеру молекул, плотности или гидродинамическому сопротивлению , таким как эксклюзионная хроматография , аналитическое ультрацентрифугирование , малоугловое рентгеновское рассеяние (SAXS) и измерение константы диффузии . Развернутые белки также характеризуются отсутствием вторичной структуры в дальнем УФ (170-250 нм) , что оценивается с помощью кругового дихроизма (особенно выраженный минимум при ~ 200 нм) или инфракрасной спектроскопии. Несвернутые белки также имеют открытые пептидные группы основной цепи, подвергающиеся воздействию растворителя, поэтому они легко расщепляются протеазами , подвергаются быстрому водородно-дейтериевому обмену и демонстрируют небольшую дисперсию (<1 ppm) в своих 1H-амидных химических сдвигах , измеренных с помощью ЯМР . (Свернутые белки обычно имеют дисперсию амидных протонов до 5 ppm.) В последнее время появились новые методы, в том числе быстрый параллельный протеолиз (FASTpp). введены, которые позволяют определять фракцию свернутую/неупорядоченную без необходимости очистки. [40] [41] Даже тонкие различия в стабильности миссенс-мутаций, связывании белков-партнеров и индуцированном (само)полимеризацией сворачивании (например) спиральных спиралей можно обнаружить с помощью FASTpp, как недавно было продемонстрировано с использованием белкового взаимодействия тропомиозина-тропонина. [42] Полностью неструктурированные области белка могут быть экспериментально подтверждены по их гипервосприимчивости к протеолизу с использованием короткого времени переваривания и низких концентраций протеазы. [43]
Массовые методы изучения структуры и динамики IDP включают SAXS для получения информации о форме ансамбля, ЯМР для уточнения атомистического ансамбля, флуоресценцию для визуализации молекулярных взаимодействий и конформационных переходов, рентгеновскую кристаллографию для выделения более подвижных областей в твердых белковых кристаллах, криоЭМ для выявления менее фиксированные части белков, рассеяние света для мониторинга распределения IDP по размерам или кинетики их агрегации, ЯМР химический сдвиг и круговой дихроизм для мониторинга вторичной структуры IDP.
Одномолекулярные методы исследования IDP включают spFRET. [44] для изучения конформационной гибкости ИДП и кинетики структурных переходов, оптический пинцет [45] для понимания с высоким разрешением ансамблей IDP и их олигомеров или агрегатов, нанопор [46] выявить глобальное распределение ВПЛ по форме, магнитные пинцеты [47] для изучения структурных переходов в течение длительного времени при малых силах, высокоскоростной АСМ [48] непосредственно визуализировать пространственно-временную гибкость ВПЛ.
Аннотация к расстройству
[ редактировать ]Внутреннее расстройство можно либо аннотировать на основе экспериментальной информации, либо спрогнозировать с помощью специального программного обеспечения. Алгоритмы прогнозирования расстройств могут прогнозировать склонность к внутренним расстройствам (ID) с высокой точностью (около 80%) на основе состава первичной последовательности, сходства с неназначенными сегментами в наборах рентгеновских данных белков, гибких областей в исследованиях ЯМР и физико-химических свойств аминокислот. .
Базы данных расстройств
[ редактировать ]Были созданы базы данных для аннотирования белковых последовательностей информацией о внутренних нарушениях. База данных DisProt содержит коллекцию вручную отобранных белковых сегментов, которые экспериментально были признаны неупорядоченными. MobiDB — это база данных, объединяющая экспериментально подобранные аннотации беспорядка (например, из DisProt) с данными, полученными из недостающих остатков в рентгеновских кристаллографических структурах и гибких областях в структурах ЯМР.
Прогнозирование ВПЛ по последовательности
[ редактировать ]Отделение неупорядоченных белков от упорядоченных имеет важное значение для прогнозирования нарушений. Одним из первых шагов по поиску фактора, который отличает ВПЛ от не-ВПЛ, является определение отклонений в аминокислотном составе. Следующие гидрофильные заряженные аминокислоты A, R, G, Q, S, P, E и K были охарактеризованы как аминокислоты, способствующие беспорядку, тогда как аминокислоты, способствующие порядку W, C, F, I, Y, V, L и N являются гидрофобными и незаряженными. Остальные аминокислоты H, M, T и D неоднозначны и встречаются как в упорядоченных, так и в неструктурированных областях. [2] Более поздний анализ ранжировал аминокислоты по их склонности к образованию неупорядоченных областей следующим образом (порядок, способствующий развитию беспорядка): W, F, Y, I, M, L, V, N, C, T, A, G, R, Д, Ч, К, К, С, Е, П. [49] Как видно из списка, небольшие заряженные гидрофильные остатки часто способствуют беспорядку, тогда как большие и гидрофобные остатки способствуют упорядочению.
Эта информация является основой большинства предсказателей на основе последовательностей. Области с незначительной вторичной структурой или без нее, также известные как регионы NORS (без регулярной вторичной структуры), [50] и области низкой сложности могут быть легко обнаружены. Однако не все неупорядоченные белки содержат последовательности такой низкой сложности.
Методы прогнозирования
[ редактировать ]Определение неупорядоченных областей биохимическими методами очень дорого и требует много времени. Из-за изменчивой природы ВПЛ удается выявить только отдельные аспекты их структуры, поэтому для полной характеристики требуется большое количество различных методов и экспериментов. Это еще больше увеличивает затраты на определение ВПЛ. Чтобы преодолеть это препятствие, создаются компьютерные методы прогнозирования структуры и функции белка. Одной из основных целей биоинформатики является получение знаний путем предсказания. Предикторы функции IDP также разрабатываются, но в основном используют структурную информацию, такую как линейных мотивов . сайты [4] [51] Существуют разные подходы к прогнозированию структуры IDP, такие как нейронные сети или матричные вычисления, основанные на различных структурных и/или биофизических свойствах.
Многие вычислительные методы используют информацию о последовательности, чтобы предсказать, является ли белок неупорядоченным. [52] Яркими примерами такого программного обеспечения являются IUPRED и Disopred. В разных методах могут использоваться разные определения расстройства. Метапредикторы демонстрируют новую концепцию, объединяющую различные первичные предикторы для создания более компетентного и точного предсказателя.
Из-за различных подходов к предсказанию неупорядоченных белков оценить их относительную точность довольно сложно. Например, нейронные сети часто обучаются на разных наборах данных. Категория прогнозирования беспорядков является частью эксперимента CASP , проводимого два раза в год , который предназначен для проверки методов на предмет точности обнаружения областей с отсутствующей трехмерной структурой (помеченных в файлах PDB как REMARK465, недостающая электронная плотность в рентгеновских структурах).
Расстройства и болезни
[ редактировать ]Внутренне неструктурированные белки вовлечены в ряд заболеваний. [13] Агрегация неправильно свернутых белков является причиной многих синуклеинопатий и токсичности, поскольку эти белки начинают беспорядочно связываться друг с другом и могут привести к раку или сердечно-сосудистым заболеваниям. Таким образом, неправильное сворачивание может произойти спонтанно, поскольку в течение жизни организма создаются миллионы копий белков. агрегация неструктурированного белка α-синуклеина Считается, что за это ответственна . Структурная гибкость этого белка вместе с его восприимчивостью к модификации в клетке приводит к неправильному сворачиванию и агрегации. Генетика, окислительный и нитративный стресс, а также митохондриальные нарушения влияют на структурную гибкость неструктурированного белка α-синуклеина и связанные с ним механизмы заболевания. [53] Многие ключевые супрессоры опухолей имеют большие по своей сути неструктурированные области, например р53 и BRCA1. Эти области белков ответственны за многие из их взаимодействий. Взяв за модель собственные защитные механизмы клетки, можно разработать лекарства, пытающиеся блокировать место появления вредных субстратов и ингибировать их, тем самым противодействуя заболеванию. [54]
Компьютерное моделирование
[ редактировать ]Из-за высокой структурной неоднородности полученные экспериментальные параметры ЯМР/МУРР будут средними по большому числу весьма разнообразных и неупорядоченных состояний (ансамбля неупорядоченных состояний). Следовательно, чтобы понять структурные последствия этих экспериментальных параметров, необходимо точное представление этих ансамблей с помощью компьютерного моделирования. Для этой цели можно использовать полноатомное молекулярно-динамическое моделирование, но их использование ограничено точностью текущих силовых полей при представлении неупорядоченных белков. Тем не менее, некоторые силовые поля были специально разработаны для изучения неупорядоченных белков путем оптимизации параметров силового поля с использованием доступных данных ЯМР для неупорядоченных белков. (примеры: CHARMM 22*, CHARMM 32, [56] Янтарный ff03* и т. д.)
Моделирование МД, ограниченное экспериментальными параметрами (ограниченное МД), также использовалось для характеристики неупорядоченных белков. [57] [58] [59] В принципе, можно выполнить выборку всего конформационного пространства, если МД-моделирование (с точным силовым полем) проводится достаточно долго. Из-за очень высокой структурной неоднородности временные масштабы, которые необходимо выполнить для этой цели, очень велики и ограничены вычислительной мощностью. Однако другие вычислительные методы, такие как моделирование ускоренной МД, [60] моделирование обмена репликами , [61]
[62] метадинамика , [63] [64] мультиканоническое моделирование МД, [65] или методы, использующие грубое представление с неявными и явными растворителями [66] [67] [68] были использованы для выборки более широкого конформационного пространства в меньших временных масштабах.
Более того, для понимания функциональных сегментов IDP использовались различные протоколы и методы анализа IDP, такие как исследования, основанные на количественном анализе содержания GC в генах и соответствующих хромосомных полосах. [69] [70]
См. также
[ редактировать ]- IDPот NMR
- База данных ДисПрот
- База данных МобиДБ
- Расплавленная глобула
- Прион
- Случайная катушка
- Темный протеом
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Майорек К., Козловский Л., Якальски М., Буйницкий Ю.М. (18 декабря 2008 г.). «Первые шаги прогнозирования структуры белка» (PDF) . В Буйницки Дж. (ред.). Прогнозирование белковых структур, функций и взаимодействий . John Wiley & Sons, Ltd., стр. 39–62. дои : 10.1002/9780470741894.ch2 . ISBN 9780470517673 .
- ^ Jump up to: а б с д Данкер А.К., Лоусон Дж.Д., Браун СиДжей, Уильямс Р.М., Ромеро П., О Дж.С., Олдфилд СиДжей, Кампен А.М., Рэтлифф К.М., Хиппс К.В., Аузио Дж., Ниссен М.С., Ривз Р., Канг С., Киссинджер Ч.Р., Бэйли Р.В., Грисволд М.Д. , Чиу В., Гарнер Э.К., Обрадович З. (2001). «Внутренне неупорядоченный белок». Журнал молекулярной графики и моделирования . 19 (1): 26–59. CiteSeerX 10.1.1.113.556 . дои : 10.1016/s1093-3263(00) 00138-8 ПМИД 11381529 .
- ^ Дайсон Х.Дж. , Райт П.П. (март 2005 г.). «Самостоятельно неструктурированные белки и их функции». Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 6 (3): 197–208. дои : 10.1038/nrm1589 . ПМИД 15738986 . S2CID 18068406 .
- ^ Jump up to: а б Дункер А.К., Силман И., Уверский В.Н., Суссман Дж.Л. (декабрь 2008 г.). «Функция и структура изначально неупорядоченных белков». Современное мнение в области структурной биологии . 18 (6): 756–64. дои : 10.1016/j.sbi.2008.10.002 . ПМИД 18952168 .
- ^ Андреева А., Ховорт Д., Чотия С., Кулеша Е., Мурзин А.Г. (январь 2014 г.). «Прототип SCOP2: новый подход к изучению структуры белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D310–4. дои : 10.1093/нар/gkt1242 . ПМЦ 3964979 . ПМИД 24293656 .
- ^ Мир М., Стадлер М.Р., Ортис С.А., Хэннон К.Э., Харрисон М.М., Дарзак Х., Эйзен М.Б. (декабрь 2018 г.). Сингер Р.Х., Струл К., Крокер Дж. (ред.). «Динамические многофакторные концентраторы временно взаимодействуют с сайтами активной транскрипции у дрозофилы эмбрионов » . электронная жизнь . 7 : е40497. doi : 10.7554/eLife.40497 . ПМК 6307861 . ПМИД 30589412 .
- ^ Райт П.Е., Дайсон Х.Дж. (январь 2015 г.). «Внутренне неупорядоченные белки в клеточной передаче сигналов и регуляции» . Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 16 (1): 18–29. дои : 10.1038/nrm3920 . ПМК 4405151 . ПМИД 25531225 .
- ^ ван дер Ли Р., Бульян М., Ланг Б., Уэзеритт Р.Дж., Додрилл Г.В., Данкер А.К. и др. (июль 2014 г.). «Классификация внутренне неупорядоченных областей и белков» . Химические обзоры . 114 (13): 6589–6631. дои : 10.1021/cr400525m . ПМК 4095912 . ПМИД 24773235 .
- ^ Сонг Дж, Ли М.С., Карлберг И., Венер А.В., Маркли Дж.Л. (декабрь 2006 г.). «Мицелло-индуцированное сворачивание растворимого фосфопротеина тилакоида шпината массой 9 кДа и его функциональное значение» . Биохимия . 45 (51): 15633–43. дои : 10.1021/bi062148m . ПМЦ 2533273 . ПМИД 17176085 .
- ^ Анфинсен CB (июль 1973 г.). «Принципы, управляющие сворачиванием белковых цепей». Наука . 181 (4096): 223–230. Бибкод : 1973Sci...181..223A . дои : 10.1126/science.181.4096.223 . ПМИД 4124164 .
- ^ Данкер А.К., Лоусон Дж.Д., Браун СиДжей, Уильямс Р.М., Ромеро П., О Дж.С., Олдфилд СиДжей, Кампен А.М., Рэтлифф К.М., Хиппс К.В., Аузио Дж., Ниссен М.С., Ривз Р., Канг С., Киссинджер Ч.Р., Бэйли Р.В., Грисволд М.Д. , Чиу В., Гарнер Э.К., Обрадович З. (1 января 2001 г.). «Внутренне неупорядоченный белок». Журнал молекулярной графики и моделирования . 19 (1): 26–59. CiteSeerX 10.1.1.113.556 . дои : 10.1016/s1093-3263(00) 00138-8 ПМИД 11381529 .
- ^ Jump up to: а б Уорд Дж. Дж., Соди Дж. С., Макгаффин Л. Дж., Бакстон Б. Ф., Джонс Д. Т. (март 2004 г.). «Прогнозирование и функциональный анализ нативных нарушений в белках трех царств жизни». Журнал молекулярной биологии . 337 (3): 635–45. CiteSeerX 10.1.1.120.5605 . дои : 10.1016/j.jmb.2004.02.002 . ПМИД 15019783 .
- ^ Jump up to: а б с Уверский В.Н., Олдфилд С.Дж., Данкер А.К. (2008). «Внутренне неупорядоченные белки при заболеваниях человека: представление концепции D2». Ежегодный обзор биофизики . 37 : 215–46. doi : 10.1146/annurev.biophys.37.032807.125924 . ПМИД 18573080 .
- ^ Jump up to: а б с Бу Зи, Callaway DJ (2011). «Белки ДВИГАЮТСЯ! Динамика белков и дальняя аллостерия в передаче сигналов в клетках». Структура белка и болезни . Достижения в области химии белков и структурной биологии. Том. 83. стр. 163–221. дои : 10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7 . ISBN 9780123812629 . ПМИД 21570668 .
- ^ Jump up to: а б Камерлин С.К., Варшел А. (май 2010 г.). «На заре XXI века: является ли динамика недостающим звеном для понимания ферментативного катализа?» . Белки . 78 (6): 1339–75. дои : 10.1002/прот.22654 . ПМЦ 2841229 . ПМИД 20099310 .
- ^ Jump up to: а б с Чермакова К., Ходжес ХК (май 2023 г.). «Модули взаимодействия, придающие специфичность неупорядоченному белку» . Тенденции биохимических наук . 48 (5): 477–490. дои : 10.1016/j.tibs.2023.01.004 . ПМЦ 10106370 . ПМИД 36754681 .
- ^ Коллинз М.О., Ю.Л., Кампусано И., Грант С.Г., Чоудхари Дж.С. (июль 2008 г.). «Фосфопротеомный анализ цитозоля головного мозга мыши обнаруживает преобладание фосфорилирования белков в областях с внутренним нарушением последовательностей» (PDF) . Молекулярная и клеточная протеомика . 7 (7): 1331–48. дои : 10.1074/mcp.M700564-MCP200 . ПМИД 18388127 . S2CID 22193414 .
- ^ Якучева Л.М., Браун С.Дж., Лоусон Дж.Д., Обрадович З., Данкер А.К. (октябрь 2002 г.). «Внутреннее нарушение клеточных сигнальных и раковых белков». Журнал молекулярной биологии . 323 (3): 573–84. CiteSeerX 10.1.1.132.682 . дои : 10.1016/S0022-2836(02)00969-5 . ПМИД 12381310 .
- ^ Сандху КС (2009). «Внутреннее расстройство объясняет разнообразные ядерные роли белков ремоделирования хроматина». Журнал молекулярного распознавания . 22 (1): 1–8. дои : 10.1002/jmr.915 . ПМИД 18802931 . S2CID 33010897 .
- ^ Уилсон Б.А., Фой С.Г., Неме Р., Масел Дж. (июнь 2017 г.). «Молодые гены сильно нарушены, как и предсказывает гипотеза преадаптации о рождении генов De Novo » . Экология и эволюция природы . 1 (6): 0146–146. Бибкод : 2017NatEE...1..146W . дои : 10.1038/s41559-017-0146 . ПМЦ 5476217 . ПМИД 28642936 .
- ^ Уиллис С., Мэйсел Дж. (сентябрь 2018 г.). «Рождение генов способствует структурному расстройству, кодируемому перекрывающимися генами» . Генетика . 210 (1): 303–313. дои : 10.1534/genetics.118.301249 . ПМК 6116962 . ПМИД 30026186 .
- ^ Джеймс, Дженнифер Э; Нельсон, Пол Дж; Мазель, Джоанна (4 апреля 2023 г.). «Дифференциальное сохранение доменов Pfam способствует долгосрочным эволюционным тенденциям» . Молекулярная биология и эволюция . 40 (4). дои : 10.1093/molbev/msad073 . ПМЦ 10089649 . ПМИД 36947137 .
- ^ Пракаш А., Шин Дж., Раджан С., Юн Х.С. (апрель 2016 г.). «Структурные основы распознавания нуклеиновых кислот FK506-связывающим белком 25 (FKBP25), ядерным иммунофилином» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (6): 2909–2925. дои : 10.1093/nar/gkw001 . ПМЦ 4824100 . ПМИД 26762975 .
- ^ Ли Ш., Ким Д.Х., Хан Дж.Дж., Ча Э.Дж., Лим Дж.Э., Чо Ю.Дж., Ли С., Хан К.Х. (февраль 2012 г.). «Понимание предварительно структурированных мотивов (PresMos) в внутренне развернутых белках». Современная наука о белках и пептидах . 13 (1): 34–54. дои : 10.2174/138920312799277974 . ПМИД 22044148 .
- ^ Мохан А., Олдфилд С.Дж., Радивояк П., Вачич В., Кортезе М.С., Данкер А.К., Уверский В.Н. (октябрь 2006 г.). «Анализ особенностей молекулярного распознавания (MoRF)». Журнал молекулярной биологии . 362 (5): 1043–59. дои : 10.1016/j.jmb.2006.07.087 . ПМИД 16935303 .
- ^ Гунасекаран К., Цай С.Дж., Кумар С., Зануй Д., Нусинов Р. (февраль 2003 г.). «Расширенные неупорядоченные белки: функция нацеливания с меньшим каркасом». Тенденции биохимических наук . 28 (2): 81–5. дои : 10.1016/S0968-0004(03)00003-3 . ПМИД 12575995 .
- ^ Сандху К.С., Даш Д. (июль 2007 г.). «Динамические альфа-спирали: несоответствующие конформации». Белки . 68 (1): 109–22. дои : 10.1002/прот.21328 . ПМИД 17407165 . S2CID 96719019 .
- ^ Тараховский А., Принджа Р.К. (июль 2018 г.). «Опираясь на беспорядок: как вирусы используют мимикрию гистонов в своих интересах» . Журнал экспериментальной медицины . 215 (7): 1777–1787. дои : 10.1084/jem.20180099 . ПМК 6028506 . ПМИД 29934321 .
- ^ Аткинсон С.С., Одсли МД, Лиу К.Г., Марш Г.А., Томас Д.Р., Хитон С.М., Паксман Дж.Дж., Вагстафф К.М., Бакл А.М., Мозли Г.В., Янс Д.А., Борг Н.А. (январь 2018 г.). «Узнавание ядерными транспортными белками хозяина приводит к переходу от беспорядка к порядку в вирусе Хендра V» . Научные отчеты . 8 (1): 358. Бибкод : 2018НатСР...8..358А . дои : 10.1038/s41598-017-18742-8 . ПМЦ 5762688 . ПМИД 29321677 .
- ^ Фуксрайтер М (январь 2012 г.). «Нечеткость: связь регуляции с динамикой белков». Молекулярные биосистемы . 8 (1): 168–77. дои : 10.1039/c1mb05234a . ПМИД 21927770 .
- ^ Фуксрайтер М., Саймон И., Бондос С. (август 2011 г.). «Динамическое распознавание белка и ДНК: за пределами видимого». Тенденции биохимических наук . 36 (8): 415–23. дои : 10.1016/j.tibs.2011.04.006 . ПМИД 21620710 .
- ^ Борджиа А, Борджиа МБ, Бугге К, Кисслинг ВМ, Хейдарссон П.О., Фернандес CB, Соттини А, Соранно А, Бухольцер КДж, Неттелс Д, Крагелунд ББ, Бест РБ, Шулер Б (март 2018 г.). «Чрезвычайное нарушение белкового комплекса сверхвысокого сродства» . Природа . 555 (7694): 61–66. Бибкод : 2018Natur.555...61B . дои : 10.1038/nature25762 . ПМК 6264893 . ПМИД 29466338 .
- ^ Фэн Х., Чжоу Б.Р., Бай Ю (ноябрь 2018 г.). «Аффинность связывания и функция крайне неупорядоченного белкового комплекса, содержащего человеческий линкерный гистон H1.0 и его шаперон ProTα» . Биохимия . 57 (48): 6645–6648. doi : 10.1021/acs.biochem.8b01075 . ПМЦ 7984725 . ПМИД 30430826 .
- ^ Jump up to: а б Уверский В.Н. (август 2011 г.). «Внутренне неупорядоченные белки от А до Я» . Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 43 (8): 1090–1103. doi : 10.1016/j.biocel.2011.04.001 . ПМИД 21501695 .
- ^ Jump up to: а б с д Олдфилд CJ, Данкер АК (2014). «Внутренне неупорядоченные белки и внутренне неупорядоченные белковые области». Ежегодный обзор биохимии . 83 : 553–584. doi : 10.1146/annurev-biochem-072711-164947 . ПМИД 24606139 .
- ^ Скальвини Б. и др., Подход к топологии цепей для сравнительного анализа внутренне неупорядоченных белков. Дж. Хим. Инф. Модель. 63, 8, 2586–2602 (2023)
- ^ Тейлет Ф.С., Бинольфи А., Бекей Б., Марторана А., Роуз Х.М., Стуивер М., Верзини С., Лоренц Д., ван Россум М., Гольдфарб Д., Селенко П. (2016). «Структурное нарушение мономерного α-синуклеина сохраняется в клетках млекопитающих» . Природа . 530 (7588): 45–50. Бибкод : 2016Natur.530...45T . дои : 10.1038/nature16531 . ПМИД 26808899 . S2CID 4461465 .
- ^ Минде Д.П., Рамакришна М., Лилли К.С. (2018). «Биотинилирование путем бесконтактной маркировки благоприятствует развернутым белкам» . биоRxiv . дои : 10.1101/274761 .
- ^ Минде Д.П., Рамакришна М., Лилли К.С. (2020). «Биотиновая маркировка благоприятствует развернутым белкам и позволяет изучать внутренне неупорядоченные области» . Коммуникационная биология . 3 (1): 38. дои : 10.1038/s42003-020-0758-y . ПМК 6976632 . ПМИД 31969649 .
- ^ Минде Д.П., Морис М.М., Рюдигер С.Г. (2012). Уверский В.Н. (ред.). «Определение биофизической стабильности белков в лизатах с помощью анализа быстрого протеолиза, FASTpp» . ПЛОС ОДИН . 7 (10): е46147. Бибкод : 2012PLoSO...746147M . дои : 10.1371/journal.pone.0046147 . ПМЦ 3463568 . ПМИД 23056252 .
- ^ Парк С., Маркиз С. (март 2005 г.). «Импульсный протеолиз: простой метод количественного определения стабильности белка и связывания лигандов». Природные методы . 2 (3): 207–12. дои : 10.1038/nmeth740 . ПМИД 15782190 . S2CID 21364478 .
- ^ Робашкевич К., Островска З., Циранка-Чая А., Морачевска Дж. (май 2015 г.). «Нарушение взаимодействия тропомиозина-тропонина снижает активацию тонких нитей актина». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1854 (5): 381–90. дои : 10.1016/j.bbapap.2015.01.004 . ПМИД 25603119 .
- ^ Минде Д.П., Радли М., Форнерис Ф., Морис М.М., Рюдигер С.Г. (2013). Пряжка AM (ред.). «Большая степень нарушений при аденоматозном полипозе Coli предлагает стратегию защиты передачи сигналов Wnt от точечных мутаций» . ПЛОС ОДИН . 8 (10): е77257. Бибкод : 2013PLoSO...877257M . дои : 10.1371/journal.pone.0077257 . ПМЦ 3793970 . ПМИД 24130866 .
- ^ Брюсале М., Шулер Б., Самори Б. (март 2014 г.). «Одномолекулярные исследования внутренне неупорядоченных белков». Химические обзоры . 114 (6): 3281–317. дои : 10.1021/cr400297g . ПМИД 24432838 .
- ^ Неупане К., Соланки А., Сосова И., Белов М., Вудсайд М.Т. (2014). «Разнообразные метастабильные структуры, образованные небольшими олигомерами α-синуклеина, исследованные с помощью силовой спектроскопии» . ПЛОС ОДИН . 9 (1): e86495. Бибкод : 2014PLoSO...986495N . дои : 10.1371/journal.pone.0086495 . ПМК 3901707 . ПМИД 24475132 .
- ^ Джапрунг Д., Доган Дж., Фридман К.Дж., Надзейка А., Бауэрдик С., Альбрехт Т., Ким М.Дж., Джемт П., Эдель Дж.Б. (февраль 2013 г.). «Одномолекулярные исследования внутренне неупорядоченных белков с использованием твердотельных нанопор». Аналитическая химия . 85 (4): 2449–56. дои : 10.1021/ac3035025 . ПМИД 23327569 .
- ^ Мин Д., Ким К., Хён С., Чо Ю.Х., Шин Ю.К., Юн Тай (2013). «Механическое расстегивание и повторное застегивание одного комплекса SNARE обнаруживает гистерезис как механизм генерации силы» . Природные коммуникации . 4 (4): 1705. Бибкод : 2013NatCo...4.1705M . дои : 10.1038/ncomms2692 . ПМЦ 3644077 . ПМИД 23591872 .
- ^ Мияги А., Цунака Ю., Учихаши Т., Маянаги К., Хиросе С., Морикава К., Андо Т. (сентябрь 2008 г.). «Визуализация внутренне неупорядоченных областей белков с помощью высокоскоростной атомно-силовой микроскопии». ХимияФизХим . 9 (13): 1859–66. дои : 10.1002/cphc.200800210 . ПМИД 18698566 .
- ^ Кампен А., Уильямс Р.М., Браун С.Дж., Мэн Дж., Уверский В.Н., Данкер А.К. (2008). «Шкала TOP-IDP: новая аминокислотная шкала, измеряющая склонность к внутренним расстройствам» . Буквы о белках и пептидах . 15 (9): 956–963. дои : 10.2174/092986608785849164 . ПМЦ 2676888 . ПМИД 18991772 .
- ^ Шлезингер А, Шефер С, Вицедо Е, Шмидбергер М, Пунта М, Рост Б (июнь 2011 г.). «Белковое расстройство — революционное изобретение эволюции?». Современное мнение в области структурной биологии . 21 (3): 412–8. дои : 10.1016/j.sbi.2011.03.014 . ПМИД 21514145 .
- ^ Томпа П. (июнь 2011 г.). «Неструктурная биология взросления». Современное мнение в области структурной биологии . 21 (3): 419–425. дои : 10.1016/j.sbi.2011.03.012 . ПМИД 21514142 .
- ^ Феррон Ф., Лонги С., Канард Б., Карлин Д. (октябрь 2006 г.). «Практический обзор методов прогнозирования белковых нарушений». Белки . 65 (1): 1–14. дои : 10.1002/прот.21075 . ПМИД 16856179 . S2CID 30231497 .
- ^ Уайз-Скира О, Данн А, Алоглу А.К., Сакаллиоглу И.Т., Кошкунер О (март 2013 г.). «Структуры белка α-синуклеина мутантного типа E46K и влияние мутации E46K на структуры белка α-синуклеина дикого типа» . ACS Химическая нейронаука . 4 (3): 498–508. дои : 10.1021/cn3002027 . ПМЦ 3605821 . ПМИД 23374074 .
- ^ Добсон CM (декабрь 2003 г.). «Сворачивание и неправильное сворачивание белка». Природа . 426 (6968): 884–90. Бибкод : 2003Natur.426..884D . дои : 10.1038/nature02261 . ПМИД 14685248 . S2CID 1036192 .
- ^ Балатти Дж.Э., Барлетта Г.П., Паризи Дж., Тосатто СК, Белланда М., Фернандес-Альберти С. (декабрь 2021 г.). «Внутренне неупорядоченная область модулирует связывание лиганда в глутаредоксине 1 из Trypanosoma Brucei ». Журнал физической химии Б. 125 (49): 13366–13375. doi : 10.1021/acs.jpcb.1c07035 . ПМИД 34870419 . S2CID 244942842 .
- ^ Лучший РБ, Чжу Х, Шим Дж., Лопес П.Е., Миттал Дж., Фейг М., Маккерелл А.Д. (сентябрь 2012 г.). «Оптимизация аддитивного силового поля полноатомного белка CHARMM с целью улучшения выборки двугранных углов основной цепи φ, ψ и боковой цепи χ(1) и χ(2)» . Журнал химической теории и вычислений . 8 (9): 3257–3273. дои : 10.1021/ct300400x . ПМЦ 3549273 . ПМИД 23341755 .
- ^ Лучший РБ (февраль 2017). «Вычислительные и теоретические достижения в изучении внутренне неупорядоченных белков». Современное мнение в области структурной биологии . 42 : 147–154. дои : 10.1016/j.sbi.2017.01.006 . ПМИД 28259050 .
- ^ Чонг С.Х., Чаттерджи П., Хэм С. (май 2017 г.). «Компьютерное моделирование внутренне неупорядоченных белков». Ежегодный обзор физической химии . 68 : 117–134. Бибкод : 2017ARPC...68..117C . doi : 10.1146/annurev-physchem-052516-050843 . ПМИД 28226222 .
- ^ Фокс С.Дж., Каннан С. (сентябрь 2017 г.). «Исследование динамики беспорядка». Прогресс биофизики и молекулярной биологии . 128 : 57–62. doi : 10.1016/j.pbiomolbio.2017.05.008 . ПМИД 28554553 .
- ^ Теракава Т., Такада С. (сентябрь 2011 г.). «Многомасштабное ансамблевое моделирование внутренне неупорядоченных белков: N-концевой домен p53» . Биофизический журнал . 101 (6): 1450–1458. Бибкод : 2011BpJ...101.1450T . дои : 10.1016/j.bpj.2011.08.003 . ПМК 3177054 . ПМИД 21943426 .
- ^ Фишер К.К., Штульц К.М. (июнь 2011 г.). «Построение ансамблей внутренне неупорядоченных белков» . Современное мнение в области структурной биологии . 21 (3): 426–431. дои : 10.1016/j.sbi.2011.04.001 . ПМК 3112268 . ПМИД 21530234 .
- ^ Апичелла А., Марасио М., Коланджело В., Сончини М., Готьери А., Пламмер С.Дж. (июнь 2017 г.). «Молекулярно-динамическое моделирование внутренне неупорядоченного белка амелогенина». Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 35 (8): 1813–1823. дои : 10.1080/07391102.2016.1196151 . hdl : 11311/1004711 . ПМИД 27366858 . S2CID 205576649 .
- ^ Зерзе Г.Х., Миллер С.М., Граната Д., Миттал Дж. (июнь 2015 г.). «Поверхность свободной энергии внутренне неупорядоченного белка: сравнение молекулярной динамики температурного обмена репликами и метадинамики обмена предвзятостью». Журнал химической теории и вычислений . 11 (6): 2776–2782. дои : 10.1021/acs.jctc.5b00047 . ПМИД 26575570 .
- ^ Граната Д., Бафтизаде Ф., Хабчи Дж., Гальвагнион С., Де Симоне А., Камиллони С. и др. (октябрь 2015 г.). «Инвертированный ландшафт свободной энергии внутренне неупорядоченного пептида, полученный путем моделирования и экспериментов» . Научные отчеты . 5 : 15449. Бибкод : 2015NatSR...515449G . дои : 10.1038/srep15449 . ПМК 4620491 . ПМИД 26498066 .
- ^ Иида С., Кавабата Т., Касахара К., Накамура Х., Хиго Дж. (апрель 2019 г.). «Мультимодальное структурное распределение C-концевого домена p53 при связывании с S100B с помощью метода обобщенного ансамбля: от беспорядка к экстрарасстройству». Журнал химической теории и вычислений . 15 (4): 2597–2607. дои : 10.1021/acs.jctc.8b01042 . ПМИД 30855964 . S2CID 75138292 .
- ^ Курчински М., Колински А., Кмиецик С. (июнь 2014 г.). «Механизм сворачивания и связывания внутренне неупорядоченного белка, выявленный с помощью моделирования ab initio». Журнал химической теории и вычислений . 10 (6): 2224–2231. дои : 10.1021/ct500287c . ПМИД 26580746 .
- ^ Цемны М.П., Бадачевска-Давид А.Е., Пикузинска М., Колинский А., Кмиецик С. (январь 2019 г.). «Моделирование неупорядоченных белковых структур с использованием моделирования Монте-Карло и основанных на знаниях статистических силовых полей» . Международный журнал молекулярных наук . 20 (3): 606. doi : 10.3390/ijms20030606 . ПМК 6386871 . ПМИД 30708941 .
- ^ Гарайзар А., Эспиноса-младший (сентябрь 2021 г.). «Солево-зависимое фазовое поведение внутренне неупорядоченных белков из крупнозернистой модели с явной водой и ионами». Журнал химической физики . 155 (12): 125103. Бибкод : 2021JChPh.155l5103G . дои : 10.1063/5.0062687 . ПМИД 34598583 . S2CID 238249229 .
- ^ Уверский В.Н. (2013). «Расстройство пищеварения: Ежеквартальный дайджест внутренних расстройств (январь/февраль/март 2013 г.)» . Внутренне неупорядоченные белки . 1 (1): e25496. дои : 10.4161/idp.25496 . ПМЦ 5424799 . ПМИД 28516015 .
- ^ Костантини С., Шарма А., Рауччи Р., Костантини М., Отьеро I, Колонна Дж. (март 2013 г.). «Генеалогия древнего семейства белков: сиртуины, семейство неупорядоченных членов» . Эволюционная биология BMC . 13 (1): 60. Бибкод : 2013BMCEE..13...60C . дои : 10.1186/1471-2148-13-60 . ПМК 3599600 . ПМИД 23497088 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Внутренне неупорядоченный белок в Proteopedia
- MobiDB: обширная база данных аннотаций о внутренних белковых расстройствах.
- ИДЕАЛ - Внутренне . D- неупорядоченные белки с обширными . аннотациями и литературой 2 мая 2020 г. Архивировано в Wayback Machine
- Д 2 П 2 База данных прогнозов неупорядоченных белков
- Галерея изображений внутренне неупорядоченных белков
- Первый журнал о ВПЛ, охватывающий все темы исследований ВПЛ
- Журнал переселенцев
- База данных экспериментально подтвержденных ВПЛ
- База данных ансамбля IDP. Архивировано 10 марта 2018 г. на Wayback Machine.