МобиДБ

МобиДБ
Содержание
Описание	База данных MobiDB о нарушениях белков и аннотациях подвижности
Типы данных ; захвачен	Аннотация к подвижности и беспорядку белков
Организмы	Все
Контакт
Исследовательский центр	Кафедра биомедицинских наук Падуанского университета
Лаборатория	Биокомпьютинг УП
Первичное цитирование	ПМИД 29136219
Дата выпуска	декабрь 2017 г.
Доступ
Формат данных	JSON
Веб-сайт	mobidb.org
веб-службы URL-адрес	REST API см. информацию здесь
Разнообразный
Лицензия	CC BY 4.0
Версия	3.0.0
Политика курирования	Да - ручной и автоматический

В молекулярной биологии MobiDB ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} представляет собой тщательно подобранную биологическую базу данных, предназначенную для предоставления централизованного ресурса для аннотаций внутренних белковых нарушений. Белковое нарушение — это структурная особенность, характеризующая большое количество белков с выдающимися членами, известными как внутренне неструктурированные (или неупорядоченные) белки . В базе данных имеется три уровня аннотаций: курируемые вручную, косвенные и прогнозируемые. Объединяя различные источники данных о нарушениях белка в согласованную аннотацию, MobiDB стремится дать наилучшую возможную картину «ландшафта нарушений» данного интересующего белка.

Источники данных MobiDB

Отобранные данные и дополнительные аннотации

Кураторские данные для MobiDB получены из DisProt. ^{[ 4 ]} база данных, содержащая информацию и аннотации о нарушениях, вручную извлеченные из литературы. Чтобы дополнить аннотацию расстройства, MobiDB содержит дополнительные аннотации из внешних источников:

UniProt : Аннотации из базы данных UniProt включают организм, субклеточное расположение, тканевую специфичность, функцию, соответствующие сайты, соответствующие области, посттрансляционные модификации и линейные мотивы.
Pfam : аннотации белкового домена отображаются в графической форме и поддерживаются ссылками, что позволяет пользователю посетить соответствующую страницу Pfam для получения дополнительной информации.
PDB : вторичная структура извлекается из PDB, когда она доступна, и отображается в графической форме и в 3D.
STRING : известные взаимодействующие лица с данными в «базе данных» и «экспериментальном» отображаются в сортируемой таблице.

Косвенные источники

PDB-рентген : когда проводится кристаллографический эксперимент, чтобы попытаться определить структуру белка, бывают случаи, когда положение определенных остатков не может быть точно определено. Одной из возможных причин этого является то, что остаток является частью гибкой/неупорядоченной области. По этой причине отсутствие остатков в экспериментах с PDB считается признаком внутреннего беспорядка.
PDB NMR : Депонированные файлы экспериментов ЯМР по разрешению структуры белка часто содержат несколько моделей, представляющих разные конформации одного и того же белка. Рассчитав разницу между положениями остатков каждой модели, можно измерить степень изменения этих положений. Это изменение можно интерпретировать как меру того, насколько гибким или неупорядоченным является белок. Веб-сервер MOBI (от которого произошло название этой базы данных) автоматизирует эти вычисления, принимая в качестве входных данных файл в формате PDB .

Прогнозы

большое количество предикторов внутренних белковых нарушений За последнее десятилетие было обучено . Большинство из них обучены имитировать природу ранее описанных аннотаций. Поскольку MobiDB в настоящее время охватывает полный набор последовательностей UniProt, включенные в него предикторы должны быть чрезвычайно быстрыми. Десять включенных в настоящее время предикторов (ESpritz в трех вариантах, IUPred в двух вариантах, DisEMBL в двух вариантах, GlobPlot, VSL2b и JRONN) позволяют MobiDB предоставлять аннотации нарушений для каждого белка, даже если отсутствуют тщательно подобранные или косвенные данные.

Консенсус MobiDB

Чтобы предоставить наилучшую возможную аннотацию для данного белка, MobiDB объединяет все источники данных в согласованную аннотацию. Эта аннотация отличается от принадлежащих самим источникам тем, что в ней помимо «структурированного» и «неупорядоченного» присутствует третье состояние: когда два авторитетных источника расходятся во мнениях, регион отображается как «неоднозначный». При существующих в настоящее время аннотациях этот конфликт возникает, когда источник, курируемый вручную, аннотирует определенный регион как неупорядоченный, но для этого же региона доступна структура PDB.

Веб-сайт

Веб-сайт MobiDB предоставляет пользователям интерфейс для поиска по идентификатору UniProt, названию белка или произвольному тексту. После отправки пользователям предоставляется список белков, каждый из которых снабжен информацией о расстройствах, интегрированной из различных источников, включая консенсусное предсказание расстройств.

Веб-сервер MobiDB предоставляет некоторые конечные точки RESTful, обеспечивающие программный доступ к MobiDB и извлечение различных типов данных. Доступные маршруты GET обеспечивают доступ к UniProt, STRING, Pfam и данным о нарушениях в формате JSON .

Внешние ссылки

Домашняя страница МобиДБ

Ссылки

^ Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Мартин, Альберто Х.М.; Тосатто, Сильвио CE (01 августа 2012 г.). «MobiDB: обширная база данных аннотаций о внутренних нарушениях белка» . Биоинформатика . 28 (15): 2080–2081. doi : 10.1093/биоинформатика/bts327 . ISSN 1367-4811 . ПМИД 22661649 .
^ Потенца, Эмилио; Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Тосатто, Сильвио CE (01 января 2015 г.). «MobiDB 2.0: улучшенная база данных внутренне неупорядоченных и мобильных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D315–320. дои : 10.1093/nar/gku982 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 4384034 . ПМИД 25361972 .
^ Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; ПАЛАДИН, Лисанна; Неччи, Марко; Мицетик, Иван; КАМиллони, Карло; Дэйви, Норман; Доштаньи, Жужанна; Месарош, Балинт (04 января 2018 г.). «MobiDB 3.0: больше аннотаций о внутренних нарушениях, конформационном разнообразии и взаимодействиях в белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д471–Д476. дои : 10.1093/нар/gkx1071 . ПМЦ 5753340 . ПМИД 29136219 .
^ Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; Мичетич, Иван; Неччи, Марко; Квалья, Федерика; Олдфилд, Кристофер Дж.; Аспромонте, Мария Кристина; Дэйви, Норман Э.; Давидович, Радослав (13 декабря 2016 г.). «DisProt 7.0: крупное обновление базы данных неупорядоченных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д1123–Д1124. дои : 10.1093/nar/gkw1279 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210598 . ПМИД 27965415 .

[1] Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Мартин, Альберто Х.М.; Тосатто, Сильвио CE (01 августа 2012 г.). «MobiDB: обширная база данных аннотаций о внутренних нарушениях белка» . Биоинформатика . 28 (15): 2080–2081. doi : 10.1093/биоинформатика/bts327 . ISSN 1367-4811 . ПМИД 22661649 .

[2] Потенца, Эмилио; Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Тосатто, Сильвио CE (01 января 2015 г.). «MobiDB 2.0: улучшенная база данных внутренне неупорядоченных и мобильных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D315–320. дои : 10.1093/nar/gku982 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 4384034 . ПМИД 25361972 .

[3] Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; ПАЛАДИН, Лисанна; Неччи, Марко; Мицетик, Иван; КАМиллони, Карло; Дэйви, Норман; Доштаньи, Жужанна; Месарош, Балинт (04 января 2018 г.). «MobiDB 3.0: больше аннотаций о внутренних нарушениях, конформационном разнообразии и взаимодействиях в белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д471–Д476. дои : 10.1093/нар/gkx1071 . ПМЦ 5753340 . ПМИД 29136219 .

[4] Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; Мичетич, Иван; Неччи, Марко; Квалья, Федерика; Олдфилд, Кристофер Дж.; Аспромонте, Мария Кристина; Дэйви, Норман Э.; Давидович, Радослав (13 декабря 2016 г.). «DisProt 7.0: крупное обновление базы данных неупорядоченных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д1123–Д1124. дои : 10.1093/nar/gkw1279 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210598 . ПМИД 27965415 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]