SH3-домен

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

SH3-домен
SH3-домен
	Ленточная диаграмма домена SH3, альфа-спектрина, из курицы (код доступа PDB 1SHG), окрашенного от синего (N-конец) до красного (С-конец).
Идентификаторы
Символ	SH3_1
Пфам	PF00018
Пфам Клан	CL0010
ИнтерПро	ИПР001452
УМНЫЙ	SM00326
PROSITE	PS50002
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1шф / СКОПе / СУПФАМ
CDD	cd00174
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Домен SRC Homology 3 (или домен SH3 ) представляет собой небольшой белковый домен , состоящий примерно из 60 аминокислотных остатков. Первоначально SH3 был описан как последовательность вирусного консервативная адаптерного белка v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и некоторых цитоплазматических тирозинкиназ, таких как Abl и Src . ^[1]^[2] Он также был идентифицирован в нескольких других семействах белков, таких как: киназа PI3 , белок, активирующий Ras GTPase , CDC24 и cdc25 . ^[3]^[4]^[5] Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет , белке Ras , киназы Src и многих других. Белки SH3 взаимодействуют с адаптерными белками и тирозинкиназами. Взаимодействуя с тирозинкиназами, белки SH3 обычно связываются далеко от активного центра . Примерно 300 доменов SH3 обнаружено в белках, закодированных в геноме человека. Кроме того, домен SH3 отвечал за контроль межбелковых взаимодействий в путях передачи сигнала. ^[6] и регуляция взаимодействий белков, участвующих в цитоплазматической передаче сигналов. ^[7]

Структура

Домен SH3 имеет характерную бета-бочкообразную складку, состоящую из пяти или шести β-нитей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов . Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка типа SH3 — это древняя складка, обнаруженная как у эукариот, так и у прокариот. ^[8]

Связывание пептидов

Классический домен SH3 обычно обнаруживается в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковых комплексов, обычно посредством связывания с пролином богатыми пептидами в их соответствующем партнере по связыванию. Классические домены SH3 у людей ограничены внутриклеточными белками, хотя небольшое семейство внеклеточных белков человека MIA также содержит домен с SH3-подобной складкой.

Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусную последовательность , которую можно представить в виде регулярной экспрессии или короткого линейного мотива :

-X-P-p-X-P-
 1 2 3 4 5

причем 1 и 4 представляют собой алифатические аминокислоты, 2 и 5 всегда и 3 иногда представляют собой пролин. Последовательность связывается с гидрофобным карманом домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом RxxK. Примерами являются C-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (также известные как Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. д.). Другие мотивы связывания SH3 появились и продолжают появляться в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.

Интерактомы SH3

Сети межбелковых взаимодействий, опосредованные доменом SH3, т.е. интерактомы SH3, показали, что интерактом SH3 червей напоминает аналогичную дрожжевую сеть, поскольку он значительно обогащен белками, участвующими в эндоцитозе. ^[9]^[10] Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, сильно перепрограммированы между червями и дрожжами. ^[9]

Белки с доменом SH3

Адаптерные белки, передающие сигнал
CDC24
Cdc25
киназа PI3
фосфолипаза
Белок, активирующий Ras-GTPase
Вав протоонкоген
ГРБ2
p54 киназа S6 2 (S6K2)
Ш3Д21
ARMH3 (потенциально)
СТАК3
Некоторые миозины
SH3 и несколько доменов повторов анкирина: SHANK1 , SHANK2 , SHANK3.
ЯП1
ARHGAP12
вексин ( VXN )
УДАЛИТЬ1
Интеграза
Киназа фокальной адгезии (FAK, PTK2)
Богатая пролином тирозинкиназа (Pyk2, CADTK, PTK2beta)
TRIP10 (чип4)

См. также

Ссылки

^ Поусон Т., Шлессингерт Дж. (июль 1993 г.). «Домены SH2 и SH3». Современная биология . 3 (7): 434–42. дои : 10.1016/0960-9822(93)90350-W . ПМИД 15335710 . S2CID 53273571 .
^ Майер Б.Дж. (апрель 2001 г.). «Домены SH3: сложность в меру». Журнал клеточной науки . 114 (Часть 7): 1253–63. дои : 10.1242/jcs.114.7.1253 . ПМИД 11256992 .
^ Мусаккио А., Гибсон Т., Лехто В.П., Сарасте М. (июль 1992 г.). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции». Письма ФЭБС . 307 (1): 55–61. дои : 10.1016/0014-5793(92)80901-R . ПМИД 1639195 . S2CID 8564342 .
^ Майер Б.Дж., Балтимор Д. (январь 1993 г.). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии . 3 (1): 8–13. дои : 10.1016/0962-8924(93)90194-6 . ПМИД 14731533 .
^ Поусон Т. (февраль 1995 г.). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа . 373 (6515): 573–80. дои : 10.1038/373573a0 . ПМИД 7531822 . S2CID 4324726 .
^ Шлессинджер Дж. (февраль 1994 г.). «Сигнальные белки SH2/SH3». Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (1): 25–30. дои : 10.1016/0959-437X(94)90087-6 . ПМИД 8193536 .
^ Кох К.А., Андерсон Д., Моран М.Ф., Эллис С., Поусон Т. (май 1991 г.). «Домены SH2 и SH3: элементы, контролирующие взаимодействие цитоплазматических сигнальных белков». Наука . 252 (5006): 668–74. дои : 10.1126/science.1708916 . ПМИД 1708916 .
^ Уиссток Дж. К., Леск А. М. (апрель 1999 г.). «SH3-домены у прокариот». Тенденции биохимических наук . 24 (4): 132–3. дои : 10.1016/s0968-0004(99)01366-3 . ПМИД 10322416 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Сунь, Лин; Го, Айлан; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01 января 2013 г.). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой» . Молекулярная системная биология . 9 : 652. дои : 10.1038/msb.2013.9 . ISSN 1744-4292 . ПМЦ 3658277 . ПМИД 23549480 .
^ Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П.; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01 октября 2009 г.). «Байесовское моделирование интерактома домена SH3 дрожжей предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза» . ПЛОС Биология . 7 (10): e1000218. дои : 10.1371/journal.pbio.1000218 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 2756588 . ПМИД 19841731 .

Внешние ссылки

ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SH3_1
ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SH3_2
ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SH3_3
ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SH3_4
ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SH3_5
ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива TRG_PEX_1
Домены взаимодействия белков Nash Lab при передаче сигналов — домен SH3
GENEART — проверяйте свой белок на все домены SH3 человека за один цикл фагового дисплея.

[pmid15335710-1] Поусон Т., Шлессингерт Дж. (июль 1993 г.). «Домены SH2 и SH3». Современная биология . 3 (7): 434–42. дои : 10.1016/0960-9822(93)90350-W . ПМИД 15335710 . S2CID 53273571 .

[pmid11256992-2] Майер Б.Дж. (апрель 2001 г.). «Домены SH3: сложность в меру». Журнал клеточной науки . 114 (Часть 7): 1253–63. дои : 10.1242/jcs.114.7.1253 . ПМИД 11256992 .

[pmid1639195-3] Мусаккио А., Гибсон Т., Лехто В.П., Сарасте М. (июль 1992 г.). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции». Письма ФЭБС . 307 (1): 55–61. дои : 10.1016/0014-5793(92)80901-R . ПМИД 1639195 . S2CID 8564342 .

[pmid14731533-4] Майер Б.Дж., Балтимор Д. (январь 1993 г.). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии . 3 (1): 8–13. дои : 10.1016/0962-8924(93)90194-6 . ПМИД 14731533 .

[pmid7531822-5] Поусон Т. (февраль 1995 г.). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа . 373 (6515): 573–80. дои : 10.1038/373573a0 . ПМИД 7531822 . S2CID 4324726 .

[6] Шлессинджер Дж. (февраль 1994 г.). «Сигнальные белки SH2/SH3». Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (1): 25–30. дои : 10.1016/0959-437X(94)90087-6 . ПМИД 8193536 .

[7] Кох К.А., Андерсон Д., Моран М.Ф., Эллис С., Поусон Т. (май 1991 г.). «Домены SH2 и SH3: элементы, контролирующие взаимодействие цитоплазматических сигнальных белков». Наука . 252 (5006): 668–74. дои : 10.1126/science.1708916 . ПМИД 1708916 .

[pmid10322416-8] Уиссток Дж. К., Леск А. М. (апрель 1999 г.). «SH3-домены у прокариот». Тенденции биохимических наук . 24 (4): 132–3. дои : 10.1016/s0968-0004(99)01366-3 . ПМИД 10322416 .

[:0-9] Перейти обратно: ^а ^б Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Сунь, Лин; Го, Айлан; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01 января 2013 г.). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой» . Молекулярная системная биология . 9 : 652. дои : 10.1038/msb.2013.9 . ISSN 1744-4292 . ПМЦ 3658277 . ПМИД 23549480 .

[10] Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П.; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01 октября 2009 г.). «Байесовское моделирование интерактома домена SH3 дрожжей предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза» . ПЛОС Биология . 7 (10): e1000218. дои : 10.1371/journal.pbio.1000218 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 2756588 . ПМИД 19841731 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]