Домен белка YTH
| Домен белка YTH | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | ЮТХ | ||
| Пфам | PF04146 | ||
| Пфам Клан | CL0178 | ||
| ИнтерПро | ИПР007275 | ||
| |||
В молекулярной биологии белковый домен YTH относится к члену семейства YTH, который, как было показано, избирательно удаляет транскрипты специфичных для мейоза генов, экспрессируемых в митотических клетках . [ 1 ] Они также играют роль в эпитранскриптоме в качестве белков-считывателей m6A. [ 2 ]
Этот белковый домен , YTH-домен, консервативен у всех эукариот и позволяет предположить, что консервативная С-концевая область играет решающую роль в передаче цитозольных сигналов Са в ядро , тем самым регулируя экспрессию генов . [ 3 ]
Функция/механизм
[ редактировать ]Было высказано предположение, что в эукариотических организмах более высокого порядка члены YTH-семейства могут участвовать в сходных механизмах подавления регуляции генов во время гаметогенеза или общего молчания. Крысиный каркаса B ядерного белок YT521-B, SWISSPROT , представляет собой фосфорилированный по тирозину ядерный белок, который взаимодействует с фактором прикрепления транскриптосомного компонента B и Src субстратом массой 68 кДа , связанным во время митоза , Sam68. in vivo сплайсинга Анализы продемонстрировали, что YT521-B модулирует выбор альтернативного сайта сплайсинга в зависимости от концентрации. [ 4 ] Кроме того, считается, что домен YTH играет роль в связывании РНК. [ 5 ]
Белки домена YTH также служат считывателями для модификации мРНК N6-метиладенозина (m6A) путем сканирования мРНК для поиска модифицированных оснований. Белки домена YTH YTHDF1, YTHDF2 и YTHDF3 могут связываться с модифицированными основаниями и окружающими основаниями. Эти белки YTH распознают последовательности RRACH (где A представляет собой модифицированный m6A, R представляет собой пурин , а H представляет собой A, C или U) и используют эти последовательности в качестве сайтов связывания, позволяя им «читать» модификацию. Белки YTHDF2 удаляют аденилирование m6A, дестабилизируя транскрипт РНК и предотвращая трансляцию. Белки YTHDF1 оказывают противоположный эффект и способствуют инициации трансляции посредством взаимодействия с 40S рибосомальной субъединицей . [ 2 ]
Структура
[ редактировать ]Предполагается, что домен будет представлять собой смешанную альфа/бета-складку, содержащую четыре альфа-спирали и шесть бета-цепей . [ 5 ] Кристаллографические исследования этих белков домена YTH показывают, что они имеют общую гидрофобную область, которая, как было доказано, участвует в связывании белков с m6A, поскольку мутации в этой области снижают аффинность связывания. [ 6 ]
Растение
[ редактировать ]В растительных клетках раздражители окружающей среды, такие как свет , патогены , гормоны и абиотические стрессы, вызывают изменения цитозольных уровней кальция, но мало что известно о цитозольно-ядерном пути передачи сигналов Ca; где происходит регуляция генов , чтобы соответствующим образом реагировать на стресс . Было продемонстрировано, что два новых Arabidopsis thaliana (кресс-салат мышиного уха) белка (ECT1 и ECT2), специфически связанные с кальциневрином B-подобной протеинкиназой 1 (CIPK1), членом протеинкиназ Ser/Thr , которые взаимодействуют с Кальцинеурин B-подобные Са-связывающие белки . Эти два белка содержат очень схожую С-концевую область ( 180 аминокислот длиной , сходство 81%), которая необходима и достаточна как для взаимодействия с CIPK1, так и для транслокации в ядро .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Харигая Ю, Танака Х, Яманака С, Танака К, Ватанабе Ю, Цуцуми С, Чикасиге Ю, Хираока Ю, Ямасита А, Ямамото М (июль 2006 г.). «Селективное устранение информационной РНК предотвращает возникновение преждевременного мейоза». Природа 442 (7098): 45–50. Бибкод : 2006Nature.442...45H . дои : 10.1038/nature04881 . ПМИД 16823445 . S2CID 4383571 .
- ^ Jump up to: а б Миллер, Лукас Г.; Демни, Мэдлин; Тамамис, Фануриос; Контрерас, Лидия М. (2023). «Характеристика белков-считывателей эпитранскриптома экспериментально и in silico: текущие знания и будущие перспективы за пределами домена YTH» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 21 : 3541–3556. дои : 10.1016/j.csbj.2023.06.018 . ISSN 2001-0370 . ПМЦ 10371769 . ПМИД 37501707 .
- ^ Ок Ш., Чон Х.Дж., Пэ Дж.М., Шин Дж.С., Луан С., Ким К.Н. (сентябрь 2005 г.). «Новые CIPK1-ассоциированные белки арабидопсиса содержат эволюционно консервативную С-концевую область, которая опосредует ядерную локализацию» . Физиол растений . 139 (1): 138–50. дои : 10.1104/стр.105.065649 . ПМК 1203364 . ПМИД 16113215 .
- ^ Хартманн А.М., Нейлер О., Швайгер Ф.В., Обермайер А., Стамм С. (ноябрь 1999 г.). «Взаимодействие и колокализация Sam68 с ассоциированным со сплайсингом фактором YT521-B в ядерных точках регулируется киназой p59(fyn) семейства Src» . Мол. Биол. Клетка . 10 (11): 3909–26. дои : 10.1091/mbc.10.11.3909 . ПМК 25688 . ПМИД 10564280 .
- ^ Jump up to: а б Стоилов П., Рафальска И., Штамм С. (октябрь 2002 г.). «YTH: новый домен в ядерных белках». Тенденции биохимии. Наука . 27 (10): 495–7. дои : 10.1016/S0968-0004(02)02189-8 . ПМИД 12368078 .
- ^ Чжу, Тинтин; Раундтри, Ян А.; Ван, Пин; Ван, Сяо; Ван, Ли; Сунь, Чанг; Тянь, Юань; Ли, Цзе; Он, Чуан; Сюй, Яньхуэй (декабрь 2014 г.). «Кристаллическая структура домена YTH YTHDF2 раскрывает механизм узнавания N6-метиладенозина» . Клеточные исследования . 24 (12): 1493–1496. дои : 10.1038/cr.2014.152 . ISSN 1748-7838 . ПМК 4260350 . ПМИД 25412661 .