CUB-домен
| CUB-домен | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | КУБ | ||
| Пфам | PF00431 | ||
| ИнтерПро | IPR000859 | ||
| PROSITE | PDOC00758 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1сфп / СКОПе / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00041 | ||
| |||
Домен CUB представляет собой эволюционно консервативный белковый домен . Домен CUB (для комплемента C1r/C1s, Uegf, Bmp1) представляет собой структурный мотив, состоящий примерно из 110 остатков, обнаруженный почти исключительно во внеклеточных и ассоциированных с плазматической мембраной белках, многие из которых регулируются в процессе развития. [ 1 ] [ 2 ] Эти белки участвуют в широком спектре функций, включая активацию комплемента, формирование паттернов развития, восстановление тканей, наведение аксонов и ангиогенез, передачу сигналов клеткам, оплодотворение, гемостаз, воспаление, нейротрансмиссию, рецептор-опосредованный эндоцитоз и подавление опухоли. [ 3 ] Многие CUB-содержащие белки представляют собой пептидазы, принадлежащие к семействам пептидаз MEROPS M12A (астацин) и S1A (химотрипсин).
Примеры
[ редактировать ]Белки, содержащие домен CUB, включают:
- Субкомпоненты комплемента млекопитающих C1s/C1r, которые образуют кальций-зависимый комплекс C1, первый компонент классического пути системы комплемента.
- Крисетиды зр. (Хомяк) сериновая протеаза Casp, которая разрушает коллаген типа I и IV и фибронектин в присутствии кальция.
- Компонент Ra-реактивного фактора млекопитающих, активирующий комплемент (RARF), протеаза, расщепляющая компонент C4 комплемента.
- позвоночных Энтеропептидаза ( EC 3.4.21.9 ), мембранный белок типа II щеточной каймы кишечника, который активирует трипсиноген.
- Морфогенный белок 1 костей позвоночных ( BMP-1 ), белок, который индуцирует образование хрящей и костей и проявляет металлоэндопептидазную активность.
- Белки бластулы морского ежа BP10 и SpAN.
- C. elegans F42A10.8 и R151.5. Гипотетические белки
- Нейропилин (антиген А5), кальций-независимая молекула клеточной адгезии, которая действует во время формирования определенных нейронных цепей.
- Фибропеллины I и III из Strongylocentrotus purpuratus (фиолетового морского ежа).
- Гиалуронат-связывающий белок млекопитающих TSG-6 (или PS4), белок, индуцируемый сывороткой и фактором роста.
- Спермадгезины млекопитающих.
- Эмбриональный белок Xenopus laevis UVS.2, который экспрессируется во время дорсо-переднего развития.
Некоторые из вышеупомянутых белков состоят из каталитического домена вместе с несколькими доменами CUB, перемежающимися кальций-связывающими доменами EGF .
Спермадгезин является подразделением семейства доменов CUB и образует основной компонент семенной жидкости млекопитающих . Спермадгезины представляют собой полипептиды, состоящие из 110–133 аминокислот. [ 4 ] Связывающая активность спермадгезинов, например, связывание гепарина и углеводов, обеспечивает их центральную роль в содействии прикреплению сперматозоидов к углеводным группам гликопротеинов, обнаруженных на поверхности ооцитов. [ 5 ] Спермадгезины свиней, быков и жеребцов имеют сходство аминокислотных последовательностей на 40–98%, и все они обладают дисульфидной связью между соседними остатками цистеина. Полипептиды спермадгезина свиньи кодируются пятью тесно связанными генами. Бычий спермадгезин основан на значительно меньшем количестве генов, и только два из них связаны с экспрессией этого белка в семенной жидкости крупного рогатого скота. Избыточное генетическое кодирование спермадгезинов наблюдалось у шимпанзе, собак и людей. [ 6 ] Область, коррелирующая с генами спермадгезина в ДНК крыс и мышей, лишена какого-либо кода спермадгезина. Считается, что эти различия в экспрессии и генетическом кодировании спермадгезинов являются результатом эволюционных изменений в генах вследствие мутаций и делеций в генетическом материале.
Некоторые домены CUB, по-видимому, участвуют в олигомеризации и/или распознавании субстратов и партнеров по связыванию. Например, в протеазах комплемента домены CUB опосредуют димеризацию и связывание с коллагеноподобными областями белков-мишеней (например, C1q для C1r/C1s). Структура доменов CUB представляет собой бета-сэндвич со складкой желеобразного рулета . Почти все домены CUB содержат четыре консервативных цистеина, которые, вероятно, образуют два дисульфидных мостика (C1-C2, C3-C4). Домены CUB1 C1s и Map19 имеют сайты связывания кальция. [ 7 ]
Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:
- АТРН , АТРНЛ1 , БМП1 ,
- C1R , C1RL , C1S , CDCP2 , CSMD1 , CSMD2 , CSMD3 , CUBN , CUZD1 ,
- ДКБЛД1 , ДКБЛД2 , ДМБТ1 , ДРЕГ ,
- ГПР126 ,
- КВАРЦ1 , КВАРЦ2 ,
- ЛРП10 , ЛРП12 , ЛРП3 ,
- МАСП1 , МАСП2 , МФРП ,
- НЕТО1 , НЕТО2 , НРП1 , НРП2 ,
- ОВЧ1 , ОВЧ2 ,
- PCOLCE , PCOLCE2 , PDGFC , PDGFD , PRSS7 ,
- РАМП ,
- SCUBE1 , SCUBE2 , SCUBE3 , SEZ6 , SEZ6L , SEZ6L2 , ST14 ,
- ТЛЛ1 , ТЛЛ2 , ТМПРСС7 , ТНФАИП6
- пск-2
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Борк П., Бекманн Г. (май 1993 г.). «Домен CUB. Широко распространенный модуль в белках, регулируемых развитием». Журнал молекулярной биологии . 231 (2): 539–45. дои : 10.1006/jmbi.1993.1305 . ПМИД 8510165 .
- ^ Борк П. (апрель 1991 г.). «Компоненты комплемента C1r/C1s, костный морфогенный белок 1 и белок UVS.2, регулируемый развитием Xenopus laevis, имеют общие повторы» . Письма ФЭБС . 282 (1): 9–12. дои : 10.1016/0014-5793(91)80433-4 . ПМИД 2026272 . S2CID 33375087 .
- ^ Перри С.Э., Робинсон П., Мельчер А., Квирк П., Бюринг Х.Дж., Кук Г.П., Блэр Дж.Е. (март 2007 г.). «Экспрессия гена белка 1 (CDCP1), содержащего домен CUB, в клетках колоректальной опухоли» . Письма ФЭБС . 581 (6): 1137–42. дои : 10.1016/j.febslet.2007.02.025 . ПМИД 17335815 . S2CID 30701692 .
- ^ Ромеро А., Варела П.Ф., Санс Л., Тёпфер-Петерсен Э., Кальвете Дж.Дж. (март 1996 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеноструктурный анализ спермадгезина семенной плазмы хряка PSP-I/PSP-II, гетеродимера двух доменов CUB» . Письма ФЭБС . 382 (1–2): 15–7. дои : 10.1016/0014-5793(96)00133-0 . hdl : 10261/246550 . ПМИД 8612739 . S2CID 37515421 .
- ^ Тёпфер-Петерсен Э., Ромеро А., Варела П.Ф., Эхласи-Хундрисер М., Досталова З., Санс Л., Кальвете Дж.Дж. (1998). «Спермадгезины: новое семейство белков. Факты, гипотезы и перспективы» . Андрология . 30 (4–5): 217–24. дои : 10.1111/j.1439-0272.1998.tb01163.x . ПМИД 9739418 . S2CID 24941844 .
- ^ Хаазе Б., Шлеттерер С., Хандризер М.Е., Койпер Х., Дистл О., Тёпфер-Петерсен Э., Лееб Т., Эволюция семейства генов спермадгезина, Gene. (2005) 352, П-20-29
- ^ Блан Дж., Фонт Б., Эйхенбергер Д., Моро С., Рикар-Блюм С., Халмс DJ, Моали С. (июнь 2007 г.). «Понимание того, как домены CUB могут выполнять определенные функции, имея при этом общую складку: консервативные и специфические особенности домена CUB1 вносят вклад в молекулярную основу активности энхансера-1 проколлагена С-протеиназы» . Журнал биологической химии . 282 (23): 16924–33. дои : 10.1074/jbc.M701610200 . ПМИД 17446170 .