Домен CRM
| CRS1_YhbY | |||
|---|---|---|---|
 Структура раствора гипотетического белка sav1595 из золотистого стафилококка, предполагаемого РНК-связывающего белка | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | CRS1_YhbY | ||
| Пфам | PF01985 | ||
| ИнтерПро | ИПР001890 | ||
| PROSITE | PDOC01005 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1jo0 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
В молекулярной биологии домен CRM связывающий домен, состоящий примерно из 100 аминокислот представляет собой РНК- . Название CRM ( хлоропластов РНК сплайсинг и созревание рибосом ) было предложено отражать функции, установленные для четырех охарактеризованных членов семейства: Zea mays (кукурузы) CRS1, CAF1 и CAF2 белков и белка Escherichia coli YhbY. Белки, содержащие домен CRM, обнаружены у эубактерий , архей и растений . Домен CRM представлен в виде отдельного белка у архей и бактерий, а также в одно- и многодоменных белках у растений . Было высказано предположение, что прокариотические CRM белки существовали как белки, связанные с рибосомами, до расхождения архей и бактерий и что они были кооптированы в линии растений в качестве РНК- связывающих модулей путем включения в различные белковые контексты. Предполагается, что растительные домены CRM будут находиться не только в хлоропластах, но также в митохондриях и нуклео/цитоплазматическом компартменте. Разнообразие семейства доменов CRM у растений предполагает разнообразный набор мишеней РНК. [ 1 ] [ 2 ]
Домен CRM представляет собой компактный альфа/бета-домен, состоящий из четырехцепочечного бета-листа и трех альфа-спиралей с топологией альфа-бета-альфа-бета-альфа-бета-бета. Лицевая сторона бета-листа является основной, что соответствует ее роли в связывании РНК. Ближе к основной поверхности бета-листа находится еще одна часть, которая может способствовать распознаванию нуклеиновой кислоты . Соединяющая цепь бета1 и спираль альфа2 представляет собой петлю с мотивом из шести аминокислот GxxG, фланкированную большими алифатическими остатками, внутри которых один «х» обычно является основным остатком . [ 3 ]
Escherichia coli YhbY связан с рибосомальными субъединицами pre-50S, что предполагает участие в сборке рибосом. GFP, слитый с однодоменным белком CRM кукурузы , локализуется в ядрышке , что позволяет предположить, что аналогичная активность могла сохраняться и в растениях. [ 2 ] Было показано, что домен CRM, содержащий белок в хлоропластах растений, функционирует при интронов сплайсинге групп I и II . [ 4 ] Эксперименты in vitro с изолированным доменом CRM кукурузы показали, что он обладает РНК-связывающей активностью. Эти и другие результаты позволяют предположить, что домен CRM развивался в контексте функции рибосом до расхождения архей и бактерий, что эта функция сохранялась у современных прокариот и что этот домен был рекрутирован, чтобы служить в качестве РНК-связывающего модуля во время эволюции. Эволюция растений геномов . [ 2 ] YhbY имеет складку , аналогичную складке С-концевого домена трансляции фактора инициации 3 (IF3C), который связывается с 16S рРНК в 30S рибосоме. [ 5 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Остхаймер Г.Дж., Уильямс-Кэрриер Р., Белчер С., Осборн Е., Гирке Дж., Баркан А. (август 2003 г.). «Факторы сплайсинга интронов группы II, полученные путем диверсификации древнего РНК-связывающего домена» . ЭМБО Дж . 22 (15): 3919–29. дои : 10.1093/emboj/cdg372 . ПМК 169045 . ПМИД 12881426 .
- ^ Jump up to: а б с Баркан А., Клипкан Л., Остерсетцер О., Кавамура Т., Асакура Ю., Уоткинс К.П. (январь 2007 г.). «Домен CRM: РНК-связывающий модуль, полученный из древнего белка, ассоциированного с рибосомами» . РНК . 13 (1): 55–64. дои : 10.1261/rna.139607 . ПМК 1705760 . ПМИД 17105995 .
- ^ Остхаймер Г.Дж., Баркан А., Мэтьюз Б.В. (ноябрь 2002 г.). «Кристаллическая структура E. coli YhbY: представитель нового класса РНК-связывающих белков» . Структура . 10 (11): 1593–601. дои : 10.1016/S0969-2126(02)00886-9 . ПМИД 12429100 .
- ^ Асакура Ю., Баркан А. (декабрь 2007 г.). «Белок домена CRM выполняет двойную функцию при сплайсинге интронов группы I и группы II в хлоропластах наземных растений» . Растительная клетка . 19 (12): 3864–75. дои : 10.1105/tpc.107.055160 . ПМК 2217638 . ПМИД 18065687 .
- ^ Тилль Б, Шмитц-Линневебер С, Уильямс-Кэрриер Р, Баркан А (сентябрь 2001 г.). «CRS1 — это новый фактор сплайсинга интронов группы II, который произошел из домена древнего происхождения» . РНК . 7 (9): 1227–38. дои : 10.1017/S1355838201010445 . ПМК 1370168 . ПМИД 11565746 .