Сплайсинг РНК
Сплайсинг РНК — это процесс в молекулярной биологии , при котором вновь созданный предшественника информационной РНК (пре- мРНК ) транскрипт трансформируется в зрелую информационную РНК ( мРНК ). Он работает путем удаления всех интронов (некодирующих областей РНК) и сращивания обратного экзонов (кодирующих областей). Для генов, кодируемых в ядре , сплайсинг происходит в ядре либо во время, либо сразу после транскрипции . Для тех эукариотических генов , которые содержат интроны, обычно необходим сплайсинг для создания молекулы мРНК, которую можно транслировать в белок . Для многих эукариотических интронов сплайсинг происходит в серии реакций, которые катализируются сплайсосомой , комплексом малых ядерных рибонуклеопротеинов ( мяРНП ). Существуют самосплайсинговые интроны , то есть рибозимы , которые могут катализировать собственное вырезание из родительской молекулы РНК. Процесс транскрипции, сплайсинга и трансляции называется экспрессией генов — центральной догмой молекулярной биологии .
Пути сращивания [ править ]
В природе существует несколько методов сплайсинга РНК; тип сплайсинга зависит от структуры сплайсированного интрона и катализаторов , необходимых для сплайсинга.
Сплайсосомный комплекс [ править ]
Интроны [ править ]
Слово «интрон» происходит от терминов «внутригенная область» , [1] и интрацистрон , [2] то есть сегмент ДНК, расположенный между двумя экзонами гена . Термин «интрон» относится как к последовательности ДНК внутри гена, так и к соответствующей последовательности в непроцессированном транскрипте РНК. В рамках пути процессинга РНК интроны удаляются путем сплайсинга РНК либо вскоре после транскрипции , либо одновременно с ней . [3] Интроны обнаружены в генах большинства организмов и многих вирусов. Они могут располагаться в широком спектре генов, включая те, которые генерируют белки , рибосомальную РНК (рРНК) и транспортную РНК (тРНК). [4]
Внутри интронов для сплайсинга необходимы донорный сайт (5'-конец интрона), сайт ветвления (около 3'-конца интрона) и акцепторный сайт (3'-конец интрона). Донорный сайт сплайсинга включает почти инвариантную последовательность GU на 5'-конце интрона внутри более крупной и менее консервативной области. Акцепторный сайт сплайсинга на 3'-конце интрона завершает интрон почти инвариантной последовательностью AG. Выше (5'-сторона) от АГ находится область с высоким содержанием пиримидинов (C и U), или полипиримидиновый тракт . Дальше выше полипиримидинового тракта находится точка ветвления, которая включает адениновый нуклеотид, участвующий в образовании лариата. [5] [6] Консенсусная последовательность интрона (в обозначениях нуклеиновой кислоты IUPAC ): GG-[cut]-GURAGU (донорный сайт)... последовательность интрона... YURAC (последовательность разветвления на 20-50 нуклеотидов выше акцепторного сайта)... Y-rich-NCAG-[cut]-G (акцепторный сайт). [7] Однако отмечается, что специфическая последовательность интронных элементов сплайсинга и количество нуклеотидов между точкой ветвления и ближайшим 3'-акцепторным сайтом влияют на выбор сайта сплайсинга. [8] [9] Кроме того, точечные мутации в базовой ДНК или ошибки во время транскрипции могут активировать загадочный сайт сплайсинга в той части транскрипта, которая обычно не подвергается сплайсингу. В результате образуется зрелая информационная РНК с отсутствующим участком экзона. Таким образом, точечная мутация , которая в противном случае могла бы затронуть только одну аминокислоту, может проявиться в виде делеции или усечения конечного белка.
Образование и деятельность [ править ]
Сплайсинг катализируется сплайсосомой , большим комплексом РНК-белок, состоящим из пяти малых ядерных рибонуклеопротеинов ( мяРНП ). Сборка и активность сплайсосомы происходят во время транскрипции пре-мРНК. РНК-компоненты мяРНП взаимодействуют с интроном и участвуют в катализе. Идентифицированы два типа сплайсосом (большие и минорные), которые содержат разные мяРНП .
- Основная сплайсосома сплайсирует интроны, содержащие GU в 5'-сайте сплайсинга и AG в 3'-сайте сплайсинга. Он состоит из U1 , U2 , U4 , U5 и U6 мяРНП и активен в ядре. Кроме того, ряд белков, включая вспомогательный фактор 1 малой ядерной РНК U2 (U2AF35), U2AF2 (U2AF65) [10] и SF1 необходимы для сборки сплайсосомы. [6] [11] В процессе сплайсинга сплайсосома образует различные комплексы: [12]
- Комплекс Е
- мяРНП U1 связывается с последовательностью GU в 5'-сайте сплайсинга интрона;
- Фактор сплайсинга 1 связывается с последовательностью точки ветвления интрона;
- U2AF1 связывается с 3'-сайтом сплайсинга интрона;
- U2AF2 связывается с полипиримидиновым трактом; [13]
- Комплекс Е
- Комплекс А (пресплайсосома)
- мяРНП U2 замещает SF1 и связывается с последовательностью точки ветвления, и АТФ гидролизуется;
- Комплекс А (пресплайсосома)
- Комплекс B (прекаталитическая сплайсосома)
- Тример мяРНП U5/U4/U6 связывается, а мяРНП U5 связывается с экзонами в 5'-сайте, при этом U6 связывается с U2;
- Комплекс B (прекаталитическая сплайсосома)
- Комплекс Б*
- мяРНП U1 высвобождается, U5 перемещается из экзона в интрон, а U6 связывается в 5'-сайте сплайсинга;
- Комплекс Б*
- Комплекс C (каталитическая сплайсосома)
- U4 высвобождается, U6/U2 катализирует переэтерификацию, заставляя 5'-конец интрона лигироваться с A на интроне и образовывать лариат, U5 связывает экзон в 3'-сайте сплайсинга, а 5'-сайт расщепляется, что приводит к формирование лариата;
- Комплекс C (каталитическая сплайсосома)
- Комплекс С* (постсплайсосомный комплекс)
- U2/U5/U6 остаются связанными с лариатом, а 3'-сайт расщепляется, а экзоны лигируются с помощью гидролиза АТФ. Сплайсированная РНК высвобождается, лариат высвобождается и деградирует, [14] и snRNP перерабатываются.
- Комплекс С* (постсплайсосомный комплекс)
- Этот тип сплайсинга называется каноническим сплайсингом или лариатным путем , на который приходится более 99% сплайсинга. Напротив, когда интронные фланкирующие последовательности не следуют правилу GU-AG, неканонический сплайсинг (см. «Минорная сплайсосома» ниже). говорят, что происходит [15]
- Минорная сплайсосома очень похожа на главную сплайсосому, но вместо этого она соединяет редкие интроны с разными последовательностями сайтов сплайсинга. В то время как минорная и мажорная сплайсосомы содержат одни и те же мяРНП U5 , минорная сплайсосома имеет разные, но функционально аналогичные мяРНП для U1, U2, U4 и U6, которые соответственно называются U11 , U12 , U4atac и U6atac . [16]
Рекурсивный сплайсинг [ править ]
В большинстве случаев сплайсинг удаляет интроны как отдельные единицы из транскриптов мРНК- предшественников . Однако в некоторых случаях, особенно в мРНК с очень длинными интронами, сплайсинг происходит поэтапно, при этом часть интрона удаляется, а затем на следующем этапе сплайсируется оставшийся интрон. Впервые это было обнаружено в гене Ultrabithorax ( Ubx ) плодовой мухи Drosophila melanogaster и некоторых других генах Drosophila , но сообщалось также о случаях заболевания у людей. [17] [18]
Транс-сплайсинг [ править ]
Транс-сплайсинг — это форма сплайсинга, при которой интроны или аутроны удаляются и соединяются два экзона, которые не находятся в одном и том же транскрипте РНК. [19] Транс-сплайсинг может происходить между двумя различными эндогенными пре-мРНК или между эндогенными и экзогенными (например, вирусными) или искусственными РНК. [20]
Самосращивание [ править ]
Самосплайсинг происходит для редких интронов, образующих рибозим , выполняющий функции сплайсосомы только за счет РНК. Существует три типа самосплайсинговых интронов: группа I , группа II и группа III . Интроны групп I и II осуществляют сплайсинг, аналогично сплайсосоме, без необходимости использования какого-либо белка. Это сходство позволяет предположить, что интроны групп I и II могут быть эволюционно связаны со сплайсосомой. Самосплайсинг также может быть очень древним и, возможно, существовал в мире РНК, существовавшем до появления белка.
Две переэтерификации характеризуют механизм сплайсинга интронов группы I:
- 3'OH свободного гуанинового нуклеозида (или расположенного в интроне) или нуклеотидного кофактора (GMP, GDP, GTP) атакует фосфат в 5'-сайте сплайсинга.
- 3'OH 5'-экзона становится нуклеофилом, и вторая переэтерификация приводит к соединению двух экзонов.
Механизм сплайсинга интронов группы II (две реакции переэтерификации, как у интронов группы I) заключается в следующем:
- 2'OH определенного аденозина в интроне атакует 5'-сайт сплайсинга, образуя тем самым лариат.
- 3'OH 5'-экзона запускает вторую переэтерификацию в 3'-сайте сплайсинга, тем самым соединяя экзоны вместе.
сплайсинг тРНК [ править ]
Сплайсинг тРНК (также тРНК-подобный) — еще одна редкая форма сплайсинга, которая обычно происходит в тРНК. Реакция сплайсинга включает в себя другую биохимию, чем пути сплайсосомы и самосплайсинга.
В дрожжах Saccharomyces cerevisiae дрожжевой гетеротетрамер эндонуклеазы сплайсинга тРНК , состоящий из TSEN54 , TSEN2 , TSEN34 и TSEN15 , расщепляет пре-тРНК в двух участках акцепторной петли с образованием 5'-половинной тРНК, оканчивающейся на 2'-конце. 3'-циклическая фосфодиэфирная группа и 3'-половинная тРНК, оканчивающаяся 5'-гидроксильной группой, вместе с отброшенным интроном. [21] Затем киназа дрожжевой тРНК фосфорилирует 5'-гидроксильную группу с помощью аденозинтрифосфата . Циклическая фосфодиэстераза тРНК дрожжей расщепляет циклическую фосфодиэфирную группу с образованием 2'-фосфорилированного 3'-конца. Дрожжевая тРНК-лигаза добавляет аденозинмонофосфатную группу к 5'-концу 3'-половины и соединяет две половины вместе. [22] НАД-зависимая 2'-фосфотрансфераза затем удаляет 2'-фосфатную группу. [23] [24]
Эволюция [ править ]
Сращивание происходит во всех царствах или сферах жизни, однако степень и типы сращивания могут сильно различаться в зависимости от основных подразделений. Эукариоты осуществляют сращивание многих белково-кодирующих информационных РНК и некоторых некодирующих РНК . Прокариоты , с другой стороны, редко и в основном сплайсируют некодирующие РНК. Другое важное различие между этими двумя группами организмов состоит в том, что у прокариот полностью отсутствует сплайсосомный путь.
Поскольку сплайсосомные интроны консервативны не у всех видов, ведутся споры о том, когда возник сплайсосомный сплайсинг. Были предложены две модели: поздняя интронная и ранняя интронная модели (см. Эволюция интронов ).
| Эукариоты | Прокариоты | |
|---|---|---|
| Сплайсосомный | + | − |
| Самосращивание | + | + |
| тРНК | + | + |
Биохимический механизм [ править ]
Сплайсосомный сплайсинг и самосплайсинг включают двухэтапный биохимический процесс. Оба этапа включают реакции переэтерификации , которые происходят между нуклеотидами РНК. Однако сплайсинг тРНК является исключением и не происходит путем переэтерификации. [25]
Реакции переэтерификации сплайсосом и самосплайсинга протекают посредством двух последовательных реакций переэтерификации. Во-первых, 2'OH определенного нуклеотида в точке ветвления внутри интрона, определенного во время сборки сплайсосомы, осуществляет нуклеофильную атаку на первый нуклеотид интрона в 5'-сайте сплайсинга, образуя лариатный промежуточный продукт . Во-вторых, 3'OH высвободившегося 5'-экзона затем осуществляет нуклеофильную атаку по первому нуклеотиду, следующему за последним нуклеотидом интрона в 3'-сайте сплайсинга, таким образом соединяя экзоны и высвобождая лариат интрона. [26]
Альтернативный сплайсинг [ править ]
Во многих случаях процесс сплайсинга позволяет создавать ряд уникальных белков путем изменения состава экзонов одной и той же мРНК. Это явление тогда называется альтернативным сплайсингом . Альтернативный сплайсинг может происходить разными способами. Экзоны могут быть удлинены или пропущены, либо интроны могут быть сохранены. Подсчитано, что 95% транскриптов мультиэкзонных генов подвергаются альтернативному сплайсингу, некоторые случаи которого происходят тканеспецифичным образом и/или в специфических клеточных условиях. [27] Разработка технологии высокопроизводительного секвенирования мРНК может помочь количественно оценить уровни экспрессии альтернативно сплайсированных изоформ. Дифференциальные уровни экспрессии в тканях и клеточных линиях позволили разработать вычислительные подходы для прогнозирования функций этих изоформ. [28] [29] Учитывая эту сложность, альтернативный сплайсинг транскриптов пре-мРНК регулируется системой транс-действующих белков (активаторов и репрессоров), которые связываются с цис-действующими сайтами или «элементами» (энхансерами и сайленсерами) на самом транскрипте пре-мРНК. Эти белки и соответствующие им связывающие элементы способствуют или уменьшают использование определенного сайта сплайсинга. Специфичность связывания обусловлена последовательностью и структурой цис-элементов, например, в ВИЧ-1 имеется множество донорных и акцепторных сайтов сплайсинга. Среди различных сайтов сплайсинга ssA7, который является 3'-акцепторным сайтом, сворачивается в три структуры стволовой петли, а именно интронный сайленсер сплайсинга (ISS), экзонный энхансер сплайсинга (ESE) и экзонный сайленсер сплайсинга (ESSE3). Структура раствора сайленсера сплайсинга Intronic и его взаимодействие с белком-хозяином hnRNPA1 дают представление о специфическом распознавании. [30] Однако, что усложняет альтернативный сплайсинг, отмечается, что эффекты регуляторных факторов во многом зависят от положения. Например, фактор сплайсинга, который служит активатором сплайсинга при связывании с интронным энхансерным элементом, может служить репрессором при связывании со своим сплайсинговым элементом в контексте экзона, и наоборот. [31] В дополнение к зависимым от положения эффектам элементов энхансера и сайленсера, местоположение точки ветвления (т.е. расстояние выше ближайшего 3'-акцепторного сайта) также влияет на сплайсинг. [8] Вторичная структура транскрипта пре-мРНК также играет роль в регуляции сплайсинга, например, путем объединения элементов сплайсинга или маскировки последовательности, которая в противном случае служила бы связывающим элементом для фактора сплайсинга. [32] [33]
Роль сплайсинга/альтернативного сплайсинга в интеграции ВИЧ -
Процесс сплайсинга связан с интеграцией ВИЧ , поскольку ВИЧ-1 нацелен на гены с высокой степенью сплайсинга. [34]
сплайсинга на повреждение Реакция ДНК
Повреждение ДНК влияет на факторы сплайсинга, изменяя их посттрансляционную модификацию , локализацию, экспрессию и активность. [35] Более того, повреждение ДНК часто нарушает сплайсинг, препятствуя его соединению с транскрипцией . Повреждение ДНК также оказывает влияние на сплайсинг и альтернативный сплайсинг генов, тесно связанных с репарацией ДНК . [35] Например, повреждения ДНК модулируют альтернативный сплайсинг генов репарации ДНК Brca1 и Ercc1 .
Экспериментальные манипуляции со сплайсингом [ править ]
События сплайсинга можно экспериментально изменить. [36] [37] путем связывания стерически блокирующих антисмысловых олигонуклеотидов , таких как морфолино- или пептидные нуклеиновые кислоты , с сайтами связывания мяРНП, с нуклеотидом точки ветвления, который замыкает лариат, [38] или для сайтов связывания регуляторных элементов сплайсинга. [39]
Использование антисмысловых олигонуклеотидов для модуляции сплайсинга показало большие перспективы в качестве терапевтической стратегии при различных генетических заболеваниях, вызванных дефектами сплайсинга. [40]
Недавние исследования показали, что сплайсинг РНК может регулироваться с помощью различных эпигенетических модификаций, включая метилирование ДНК и модификации гистонов. [41]
Ошибки сращивания и вариации [ править ]
Было высказано предположение, что треть всех мутаций, вызывающих заболевания, влияет на сплайсинг . [31] К частым ошибкам относятся:
- Мутация сайта сплайсинга, приводящая к потере функции этого сайта. Приводит к преждевременному обнаружению стоп-кодона , потере экзона или включению интрона.
- Мутация сайта сплайсинга, снижающая специфичность. Может привести к изменению места сплайсинга, вызывающему вставку или удаление аминокислот, или, что наиболее вероятно, к нарушению рамки считывания .
- Смещение сайта сплайсинга, приводящее к включению или исключению большего количества РНК, чем ожидалось, что приводит к увеличению или уменьшению экзонов.
Хотя многие ошибки сплайсинга защищены механизмом контроля качества клеток, называемым нонсенс-опосредованным распадом мРНК (NMD), [42] Как предполагалось выше, также существует ряд заболеваний, связанных со сплайсингом. [43]
Аллельные различия в сплайсинге мРНК, вероятно, являются распространенным и важным источником фенотипического разнообразия на молекулярном уровне в дополнение к их вкладу в предрасположенность к генетическим заболеваниям. Действительно, полногеномные исследования на людях выявили ряд генов, которые подлежат аллель-специфическому сплайсингу.
У растений изменение толерантности к стрессу наводнения коррелирует с вызванным стрессом альтернативным сплайсингом транскриптов, связанным с глюконеогенезом и другими процессами. [44]
Сплайсинг белков [ править ]
Помимо РНК, сплайсингу могут подвергаться белки. части белка, называемые интеинами Хотя биомолекулярные механизмы различны, принцип тот же: вместо интронов удаляются . Остальные части, называемые экстеинами вместо экзонов, слиты вместе. Сплайсинг белков наблюдался у широкого круга организмов, включая бактерии, археи , растения, дрожжи и человека. [45]
циклРНК генезис Сплайсинг и
О существовании обратного сращивания впервые было предложено в 2012 году. [46] Этот обратный сплайсинг объясняет генезис кольцевых РНК, возникающих в результате точного соединения 3'-границы экзона с 5'-границей экзона, расположенного выше. [47] В этих экзонных кольцевых РНК соединение представляет собой классическую 3'-5'-связь.
Исключение интронных последовательностей во время сплайсинга также может оставлять следы в виде кольцевых РНК. [48] В некоторых случаях интронный лариат не разрушается, а кольцевая часть остается в виде циркРНК, полученной из лариата. [49] В этих кольцевых РНК, полученных из лариата, соединение представляет собой 2'-5'-связь.
См. также [ править ]
- кДНК
- ДБАСС3/5
- Экзонный соединительный комплекс
- кэпирование мРНК
- Полиаденилирование
- Посттранскрипционная модификация
- Редактирование РНК
- Белковый домен SWAP , регулятор сплайсинга
Ссылки [ править ]
- ^ Гилберт В. (февраль 1978 г.). «Почему гены разбиты на кусочки?» . Природа . 271 (5645): 501. Бибкод : 1978Natur.271..501G . дои : 10.1038/271501a0 . ПМИД 622185 . S2CID 4216649 .
- ^ Тонегава С., Максам А.М., Тизард Р., Бернард О., Гилберт В. (март 1978 г.). «Последовательность гена зародышевой линии мыши для вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 75 (3): 1485–1489. Бибкод : 1978PNAS...75.1485T . дои : 10.1073/pnas.75.3.1485 . ПМЦ 411497 . ПМИД 418414 .
- ^ Тилгнер Х., Ноулз Д.Г., Джонсон Р., Дэвис К.А., Чакраборти С., Джебали С. и др. (сентябрь 2012 г.). «Глубокое секвенирование субклеточных фракций РНК показывает, что сплайсинг в геноме человека преимущественно котранскрипционный, но неэффективен для днРНК» . Геномные исследования . 22 (9): 1616–1625. дои : 10.1101/гр.134445.111 . ПМЦ 3431479 . ПМИД 22955974 .
- ^ Рой С.В., Гилберт В. (март 2006 г.). «Эволюция сплайсосомных интронов: закономерности, загадки и прогресс». Обзоры природы. Генетика . 7 (3): 211–221. дои : 10.1038/nrg1807 . ПМИД 16485020 . S2CID 33672491 .
- ^ Клэнси С. (2008). «Сплайсинг РНК: интроны, экзоны и сплайсосомы» . Природное образование . 1 (1): 31. Архивировано из оригинала 15 марта 2011 года . Проверено 31 марта 2011 г.
- ^ Перейти обратно: а б Черный DL (июнь 2003 г.). «Механизмы альтернативного сплайсинга премессенджерной РНК» . Ежегодный обзор биохимии . 72 (1): 291–336. doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720 . ПМИД 12626338 . S2CID 23576288 .
- ^ « Молекулярная биология клетки ». Отчеты о цитировании журналов за 2012 год . Web of Science (Наука под ред.). Томсон Рейтер . 2013.
- ^ Перейти обратно: а б Таггарт А.Дж., Дезимоун А.М., Ши Дж.С., Филлу М.Е., Fairbrother WG (июнь 2012 г.). «Крупномасштабное картирование точек ветвления в транскриптах пре-мРНК человека in vivo» . Структурная и молекулярная биология природы . 19 (7): 719–721. дои : 10.1038/nsmb.2327 . ПМЦ 3465671 . ПМИД 22705790 .
- ^ Корвело А., Халлеггер М., Смит К.В., Эйрас Э. (ноябрь 2010 г.). Мейер И.М. (ред.). «Общегеномная связь между свойствами точки ветвления и альтернативным сплайсингом» . PLOS Вычислительная биология . 6 (11): e1001016. Бибкод : 2010PLSCB...6E1016C . дои : 10.1371/journal.pcbi.1001016 . ПМК 2991248 . ПМИД 21124863 .
- ^ Грейвли Б.Р., Хертель К.Дж., Маниатис Т. (июнь 2001 г.). «Роль U2AF35 и U2AF65 в энхансер-зависимом сплайсинге» . РНК . 7 (6): 806–818. дои : 10.1017/s1355838201010317 . ПМК 1370132 . ПМИД 11421359 . Архивировано из оригинала 20 ноября 2018 г. Проверено 17 декабря 2014 г.
- ^ Мэтлин А.Дж., Кларк Ф., Смит К.В. (май 2005 г.). «Понимание альтернативного сплайсинга: к сотовому коду». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 6 (5): 386–398. дои : 10.1038/nrm1645 . ПМИД 15956978 . S2CID 14883495 .
- ^ Matera AG, Ван З (февраль 2014 г.). «Один день из жизни сплайсосомы» . Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 15 (2): 108–121. дои : 10.1038/nrm3742 . ПМК 4060434 . ПМИД 24452469 .
- ^ Гут С., Валькарсель Дж. (декабрь 2000 г.). «Кинетическая роль SF1/BBP млекопитающих в сборке и функционировании сплайсосом после распознавания полипиримидинового тракта с помощью U2AF» . Журнал биологической химии . 275 (48): 38059–38066. дои : 10.1074/jbc.M001483200 . ПМИД 10954700 .
- ^ Ченг З, Menees TM (декабрь 2011 г.). «Сплайсинг и разветвление РНК, наблюдаемые посредством анализа лариатов РНК». Молекулярная генетика и геномика . 286 (5–6): 395–410. дои : 10.1007/s00438-011-0635-y . ПМИД 22065066 . S2CID 846297 .
- ^ Нг Б, Ян Ф, Хьюстон Д.П., Ян Ю, Ян Ю, Сюн З и др. (декабрь 2004 г.). «Увеличенный неканонический сплайсинг транскриптов аутоантигена обеспечивает структурную основу для экспрессии нетолеризованных эпитопов» . Журнал аллергии и клинической иммунологии . 114 (6): 1463–1470. дои : 10.1016/j.jaci.2004.09.006 . ПМК 3902068 . ПМИД 15577853 .
- ^ Патель А.А., Стейц Дж.А. (декабрь 2003 г.). «Двойной сплайсинг: выводы из второй сплайсосомы». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 4 (12): 960–970. дои : 10.1038/nrm1259 . ПМИД 14685174 . S2CID 21816910 .
- ^ Сибли С.Р., Эммет В., Бласкес Л., Фаро А., Хаберман Н., Бриз М. и др. (май 2015 г.). «Рекурсивный сплайсинг длинных генов позвоночных» . Природа . 521 (7552): 371–375. Бибкод : 2015Natur.521..371S . дои : 10.1038/nature14466 . ПМЦ 4471124 . ПМИД 25970246 .
- ^ Дафф М.О., Олсон С., Вэй Х., Гарретт С.К., Осман А., Болисетти М. и др. (май 2015 г.). «Полногеномная идентификация нулевого рекурсивного сплайсинга нуклеотидов у дрозофилы» . Природа . 521 (7552): 376–379. Бибкод : 2015Natur.521..376D . дои : 10.1038/nature14475 . ПМК 4529404 . ПМИД 25970244 .
- ^ Ди Сеньи Дж., Гастальди С., Токкини-Валентини ГП (май 2008 г.). «Цис- и транс-сплайсинг мРНК, опосредованный последовательностями тРНК в эукариотических клетках» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (19): 6864–6869. Бибкод : 2008PNAS..105.6864D . дои : 10.1073/pnas.0800420105 . JSTOR 25461891 . ПМК 2383978 . ПМИД 18458335 .
- ^ Юл Дж., Патцель В. (ноябрь 2013 г.). «Трансплайсинг гомологичной РНК SV40: новый механизм диверсификации вирусных последовательностей и фенотипов» . Биология РНК . 10 (11): 1689–1699. дои : 10.4161/rna.26707 . ПМЦ 3907479 . ПМИД 24178438 .
- ^ Тротта Ч.Р., Мяо Ф., Арн Э.А., Стивенс С.В., Хо С.К., Раухут Р., Абельсон Дж.Н. (июнь 1997 г.). «Эндонуклеаза сплайсинга тРНК дрожжей: тетрамерный фермент с двумя субъединицами активного центра, гомологичными эндонуклеазам тРНК архей» . Клетка . 89 (6): 849–858. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80270-6 . ПМИД 9200603 . S2CID 16055381 .
- ^ Вестэуэй С.К., Физицки Э.М., Абельсон Дж. (март 1988 г.). «Структура и функция гена дрожжевой тРНК-лигазы» . Журнал биологической химии . 263 (7): 3171–3176. дои : 10.1016/S0021-9258(18)69050-7 . ПМИД 3277966 . Архивировано из оригинала 18 ноября 2018 г. Проверено 17 декабря 2014 г.
- ^ Паушкин С.В., Патель М., Фурия Б.С., Пельц С.В., Тротта Ч.Р. (апрель 2004 г.). «Идентификация эндонуклеазного комплекса человека обнаруживает связь между сплайсингом тРНК и образованием 3'-конца пре-мРНК» . Клетка . 117 (3): 311–321. дои : 10.1016/S0092-8674(04)00342-3 . ПМИД 15109492 . S2CID 16049289 .
- ^ Сома А (1 апреля 2014 г.). «Циркулярно перестановленные гены тРНК: их экспрессия и значение для их физиологической значимости и развития» . Границы генетики . 5 : 63. дои : 10.3389/fgene.2014.00063 . ПМЦ 3978253 . ПМИД 24744771 .
- ^ Абельсон Дж., Тротта Ч.Р., Ли Х. (май 1998 г.). «сплайсинг тРНК» . Журнал биологической химии . 273 (21): 12685–12688. дои : 10.1074/jbc.273.21.12685 . ПМИД 9582290 .
- ^ Фика С.М., Таттл Н., Новак Т., Ли Н.С., Лу Дж., Кудатингал П. и др. (Ноябрь 2013). «РНК катализирует сплайсинг ядерной пре-мРНК» . Природа . 503 (7475): 229–234. Бибкод : 2013Natur.503..229F . дои : 10.1038/nature12734 . ПМК 4666680 . ПМИД 24196718 .
- ^ Пан Кью, Шай О, Ли Л.Дж., Фрей Б.Дж., Бленкоу Б.Дж. (декабрь 2008 г.). «Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга транскриптома человека с помощью высокопроизводительного секвенирования». Природная генетика . 40 (12): 1413–1415. дои : 10.1038/ng.259 . ПМИД 18978789 . S2CID 9228930 .
- ^ Экси Р., Ли Х.Д., Менон Р., Вэнь Ю., Оменн Г.С., Крецлер М., Гуань Ю. (ноябрь 2013 г.). «Систематическое дифференцирование функций альтернативно сплайсированных изоформ посредством интеграции данных секвенирования РНК» . PLOS Вычислительная биология . 9 (11): e1003314. Бибкод : 2013PLSCB...9E3314E . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003314 . ПМЦ 3820534 . ПМИД 24244129 .
- ^ Ли Х.Д., Менон Р., Оменн Г.С., Гуань Ю (август 2014 г.). «Новая эра интеграции геномных данных для анализа функции изоформ сплайсинга» . Тенденции в генетике . 30 (8): 340–347. дои : 10.1016/j.tig.2014.05.005 . ПМЦ 4112133 . ПМИД 24951248 .
- ^ Джайн Н., Морган С.Э., Райф Б.Д., Салеми М., Толберт Б.С. (январь 2016 г.). «Структура раствора глушителя сплайсинга интрона ВИЧ-1 и его взаимодействие с доменом UP1 гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (hnRNP) A1» . Журнал биологической химии . 291 (5): 2331–2344. дои : 10.1074/jbc.M115.674564 . ПМЦ 4732216 . ПМИД 26607354 .
- ^ Перейти обратно: а б Лим К.Х., Феррарис Л., Филлу М.Е., Рафаэль Б.Дж., Fairbrother WG (июль 2011 г.). «Использование позиционного распределения для идентификации элементов сплайсинга и прогнозирования дефектов обработки пре-мРНК в генах человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (27): 11093–11098. Бибкод : 2011PNAS..10811093H . дои : 10.1073/pnas.1101135108 . ПМК 3131313 . ПМИД 21685335 .
- ^ Варф М.Б., Берглунд Дж.А. (март 2010 г.). «Роль структуры РНК в регуляции сплайсинга пре-мРНК» . Тенденции биохимических наук . 35 (3): 169–178. дои : 10.1016/j.tibs.2009.10.004 . ПМЦ 2834840 . ПМИД 19959365 .
- ^ Рид, округ Колумбия, Чанг Б.Л., Гундерсон С.И., Альперт Л., Томпсон В.А., Фэйрбратер В.Г. (декабрь 2009 г.). «SELEX следующего поколения идентифицирует последовательность и структурные детерминанты связывания фактора сплайсинга в последовательности пре-мРНК человека» . РНК . 15 (12): 2385–2397. дои : 10.1261/rna.1821809 . ПМЦ 2779669 . ПМИД 19861426 .
- ^ Сингх П.К., Пламб М.Р., Феррис А.Л., Ибен Дж.Р., Ву X, Фадель Х.Дж. и др. (ноябрь 2015 г.). «LEDGF/p75 взаимодействует с факторами сплайсинга мРНК и нацелен на интеграцию ВИЧ-1 в гены с высокой степенью сплайсинга» . Гены и развитие . 29 (21): 2287–2297. дои : 10.1101/gad.267609.115 . ПМЦ 4647561 . ПМИД 26545813 .
- ^ Перейти обратно: а б Шкрета Л., Шабо Б. (октябрь 2015 г.). «Реакция сплайсинга РНК на повреждение ДНК» . Биомолекулы . 5 (4): 2935–2977. дои : 10.3390/biom5042935 . ПМЦ 4693264 . ПМИД 26529031 .
- ^ Дрейпер Б.В., Моркос, Пенсильвания, Киммел CB (июль 2001 г.). «Ингибирование сплайсинга пре-мРНК рыбки данио fgf8 с морфолиноолигонуклеотидами: количественный метод нокдауна гена» . Бытие . 30 (3): 154–156. дои : 10.1002/gen.1053 . ПМИД 11477696 . S2CID 32270393 .
- ^ Сазани П., Канг Ш., Майер М.А., Вэй С., Диллман Дж., Саммертон Дж. и др. (октябрь 2001 г.). «Ядерные антисмысловые эффекты нейтральных, анионных и катионных аналогов олигонуклеотидов» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (19): 3965–3974. дои : 10.1093/нар/29.19.3965 . ПМК 60237 . ПМИД 11574678 .
- ^ Моркос, Пенсильвания (июнь 2007 г.). «Достижение целевого и поддающегося количественной оценке изменения сплайсинга мРНК с олигонуклеотидами морфолино». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 358 (2): 521–527. дои : 10.1016/j.bbrc.2007.04.172 . ПМИД 17493584 .
- ^ Бруно И.Г., Джин В., Кот Дж.Дж. (октябрь 2004 г.). «Коррекция аберрантного сплайсинга альтернативной РНК FGFR1 путем нацеливания на интронные регуляторные элементы» . Молекулярная генетика человека . 13 (20): 2409–2420. дои : 10.1093/hmg/ddh272 . ПМИД 15333583 .
- ^ Фу XD, Арес М (октябрь 2014 г.). «Контекстно-зависимый контроль альтернативного сплайсинга с помощью РНК-связывающих белков» . Обзоры природы. Генетика . 15 (10): 689–701. дои : 10.1038/nrg3778 . ПМК 4440546 . ПМИД 25112293 .
- ^ Фу XD, Арес М (октябрь 2014 г.). «Контекстно-зависимый контроль альтернативного сплайсинга с помощью РНК-связывающих белков» . Обзоры природы. Генетика . 15 (10): 689–701. дои : 10.1038/nrg3778 . ПМК 4440546 . ПМИД 25112293 .
- ^ Данквардт С., Ной-Йилик Г., Терманн Р., Фреде У., Хентце М.В., Кулозик А.Е. (март 2002 г.). «Аномально сплайсированные мРНК бета-глобина: одна точечная мутация генерирует транскрипты, чувствительные и нечувствительные к нонсенс-опосредованному распаду мРНК» . Кровь . 99 (5): 1811–1816. дои : 10.1182/blood.V99.5.1811 . ПМИД 11861299 . S2CID 17128174 .
- ^ Уорд Эй Джей, Купер Т. А. (январь 2010 г.). «Патобиология сплайсинга» . Журнал патологии . 220 (2): 152–163. дои : 10.1002/путь.2649 . ПМЦ 2855871 . ПМИД 19918805 .
- ^ ван Вин Х., Вашишт Д., Акман М., Гирке Т., Мустроф А., Рейнен Э. и др. (октябрь 2016 г.). «Транскриптомы восьми образцов Arabidopsis thaliana выявляют основные консервативные, генотипические и органоспецифичные реакции на стресс, вызванный наводнением» . Физиология растений . 172 (2): 668–689. дои : 10.1104/стр.16.00472 . ПМК 5047075 . ПМИД 27208254 .
- ^ Ханада К., Ян Дж.К. (июнь 2005 г.). «Новая биохимия: посттрансляционный сплайсинг белков и другие уроки школы обработки антигенов» . Журнал молекулярной медицины . 83 (6): 420–428. дои : 10.1007/s00109-005-0652-6 . ПМИД 15759099 . S2CID 37698110 .
- ^ Зальцман Дж., Гавад С., Ван П.Л. и др. Кольцевые РНК являются преобладающей изоформой транскриптов сотен генов человека в различных типах клеток. PLoS One 2012;7(2):e30733.
- ^ Джек В.Р., Соррентино Дж.А., Ван К. и др. Кольцевые РНК широко распространены, консервативны и связаны с повторами ALU. РНК 2013;19(2):141-57.
- ^ Чжан Ю, Чжан СО, Чен Т и др. Длинные некодирующие РНК с кольцевыми интронами. Молекулярная клетка 2013;51(6):792-806.
- ^ Талуарн Г.Дж. и Галл Дж.Г. Лариатные интронные РНК в цитоплазме ооцитов Xenopus тропического. РНК 2014;20(9):1476-87.
Внешние ссылки [ править ]
- Коллекция анимации виртуальных клеток: сплайсинг мРНК
- РНК + сплайсинг в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)