ДЦПС (ген)

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

N-концевой фермент, декапирующий мРНК-скэвенджер (DcpS)
N-концевой фермент, декапирующий мРНК-скэвенджер (DcpS)
	Кристаллическая структура фермента, декапирующего мРНК (dcps) из мышечной мышцы, разрешение 1,83
Идентификаторы
Символ	ДЦПС
Пфам	PF05652
ИнтерПро	ИПР008594
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1st4 / SCOPe / СУПФАМ
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

ДЦПС
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1ST0, 1ST4, 1XML, 1XMM, 3BL7, 3BL9, 3BLA, 4QDE, 4QDV, 4QEB
Идентификаторы
Псевдонимы	DCPS , DCS1, HINT-5, HINT5, HSL1, ARS, HSPC015, декапирующий фермент, мусорщик
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 610534 ; МГИ : 1916555 ; Гомологен : 32202 ; GeneCards : DCPS ; ОМА : DCPS – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 11 (human)
End	126,350,005 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 9 (mouse)
End	35,087,357 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right lobe of liver; ; oocyte; ; muscle of thigh; ; granulocyte; ; secondary oocyte; ; gallbladder; ; gonad; ; mucosa of transverse colon; ; stromal cell of endometrium; ; spleen;
	Top expressed in
	yolk sac; ; ventricular zone; ; epiblast; ; embryo; ; otic placode; ; embryo; ; endocardial cushion; ; medial ganglionic eminence; ; right kidney; ; primitive streak;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	m7G(5')pppN diphosphatase activity; protein binding; hydrolase activity; RNA 7-methylguanosine cap binding; exoribonuclease activity;
Cellular component	cytoplasm; mitochondrion; nucleus; nucleoplasm; P-body; cytosol;
Biological process	mRNA cis splicing, via spliceosome; negative regulation of programmed cell death; mRNA processing; nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay; cellular response to menadione; RNA splicing; exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA; RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic; deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	28960
	69305
	ENSG00000110063
	ENSMUSG00000032040
	Q96C86
	Q9DAR7
	НМ_014026 ; НМ_001350236
	НМ_027030
	НП_054745 ; НП_001337165
	НП_081306
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Связывание С-конца фермента, декапирующего мРНК-скэвенджера

Идентификаторы

Символ

DcpS_C

Пфам Клан

1st4 / SCOPe / СУПФАМ

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Фермент, декепирующий мРНК-скэвенджер DcpS, представляет собой белок , который у человека кодируется DCPS геном . ^[5]^[6]^[7]

Ферменты, декапирующие мРНК-мусорщики, включают Dcp2 и DcpS. мусорщик DcpS представляет собой пирофосфатазу- , которая гидролизует остаточную структуру кэпа после деградации 3' - 5'- мРНК . DcpS использует кэп -динуклеотиды или кэпированные олигонуклеотиды в качестве субстратов для высвобождения m(7)GMP (N7-метилGMP), тогда как Dcp2 использует кэпированную мРНК в качестве субстрата для гидролиза кэпа с высвобождением m(7)GDP (N7-метил GDP). . ^[8] Ассоциация DcpS с 3'-5'- экзонуклеазы компонентами экзосомы предполагает, что эти две активности связаны и существует связанный экзонуклеолитический путь декапирования, зависимый от распада. Семейство содержит гистидиновой триады (HIT) последовательность в своем С-концевом домене, где три гистидина разделены гидрофобными остатками . ^[9] Центральный гистидин в мотиве HIT DcpS имеет решающее значение для декапирующей активности и определяет мотив HIT как новый домен декэпирования мРНК, что делает DcpS первым членом семейства белков HIT с определенной биологической функцией.

См. также

Синдром Ар-Ракада

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000110063 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000032040 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Лю Х., Роджерс Н.Д., Цзяо X, Киледжян М. (август 2002 г.). «Фермент DcpS, декапирующий мРНК-мусорщик, является членом семейства пирофосфатаз HIT» . ЭМБО Дж . 21 (17): 4699–4708. дои : 10.1093/emboj/cdf448 . ПМК 126188 . ПМИД 12198172 .
^ ван Дейк Э., Ле Хир Х., Серафин Б. (октябрь 2003 г.). «DcpS может действовать на пути распада 5'-3' мРНК в дополнение к пути 3'-5'» . Proc Natl Acad Sci США . 100 (21): 12081–12086. Бибкод : 2003PNAS..10012081V . дои : 10.1073/pnas.1635192100 . ПМК 218716 . ПМИД 14523240 .
^ «Ген Энтрез: фермент, декапирующий DCPS, мусорщик» .
^ Лю Х, Киледжян М (февраль 2006 г.). «Раскрытие послания: начало или конец». Биохим. Соц. Транс . 34 (Часть 1): 35–8. дои : 10.1042/BST20060035 . ПМИД 16246173 .
^ Хан Г.В., Шварценбахер Р., МакМаллан Д., Абдубек П., Амбинг Э., Аксельрод Х., Биорак Т., Канавес Дж.М., Чиу Х.Дж., Дай Икс, Дикон А.М., ДиДонато М., Элслигер М.А., Годзик А., Гриттини С., Гжечник С.К., Хейл Дж. , Хэмптон Э, Хауген Дж, Хорнсби М, Ярошевски Л, Клок Х.Е., Кузема Э, Креуш А, Кун П., Лесли С.А., Макфиллипс ТМ, Миллер МД, Мой К., Нигогосян Э, Полсен Дж., Кихано К., Рейес Р., Спраггон Дж., Стивенс Р.С., ван ден Бедем Х., Веласкес Дж., Винсент Дж., Уайт А., Вольф Дж., Сюй К., Ходжсон Но.К., Вули Дж., Уилсон И.А. (сентябрь 2005 г.). «Кристаллическая структура фермента, декапирующего мРНК Аро (DcpS) мыши, с разрешением 1,83 А» . Белки . 60 (4): 797–802. дои : 10.1002/прот.20467 . ПМИД 16001405 . S2CID 20494085 .

Дальнейшее чтение

Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–174. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД 8125298 .
Сузуки И., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–156. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД 9373149 .
Чжан QH, Е М, Ву XY и др. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее неопределенных генов, экспрессируемых в CD34+ гемопоэтических стволовых клетках/клетках-предшественниках» . Геном Рез . 10 (10): 1546–1560. дои : 10.1101/гр.140200 . ПМК 310934 . ПМИД 11042152 .
Ван З, Киледжян М (2002). «Функциональная связь между экзосомой млекопитающих и декапированием мРНК» . Клетка . 107 (6): 751–762. дои : 10.1016/S0092-8674(01)00592-X . ПМИД 11747811 . S2CID 8098116 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–16903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Квасничка Д.А., Краковяк А., Такер С. и др. (2003). «Координированная экспрессия НАДФН-зависимой флавинредуктазы, Fre-1, и Hint-связанной 7meGMP-направленной гидролазы, DCS-1» . Ж. Биол. Хим . 278 (40): 39051–39058. дои : 10.1074/jbc.M306355200 . ПМК 2556063 . ПМИД 12871939 .
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–45. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД 14702039 .
Гу М., Фабрега С., Лю С.В. и др. (2004). «Понимание структуры, механизма и регуляции активности декэппинга мРНК-мусорщика» . Мол. Клетка . 14 (1): 67–80. дои : 10.1016/S1097-2765(04)00180-7 . ПМИД 15068804 .
Лю С.В., Цзяо X, Лю Х. и др. (2004). «Функциональный анализ ферментов декэппинга мРНК» . РНК . 10 (9): 1412–1422. дои : 10.1261/rna.7660804 . ПМК 1370627 . ПМИД 15273322 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–2127. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
Малис Н., Кэрролл К., Миян Дж., Толлерви Д., Маккарти Дж.Э. (2004). «Активность пирофосфатазы m7GpppX «мусорщика» Dcs1 модулирует реакции, индуцированные питательными веществами, у дрожжей» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (12): 3590–3600. дои : 10.1093/nar/gkh687 . ПМЦ 484174 . ПМИД 15240832 .
Чен Н., Уолш М.А., Лю Ю. и др. (2005). «Кристаллические структуры человеческого DcpS в безлигандных и связанных с m7GDP формах предполагают динамический механизм снятия кэппинга мРНК-мусорщика». Дж. Мол. Биол . 347 (4): 707–718. дои : 10.1016/j.jmb.2005.01.062 . ПМИД 15769464 .
Квасьницка-Кроуфорд Д.А., Винсент С.Р. (2005). «Роль новой двойной флавинредуктазы (NR1) и связанного с ней белка гистидиновой триады (DCS-1) в цитотоксичности, индуцированной менадионом». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 336 (2): 565–571. дои : 10.1016/j.bbrc.2005.08.129 . ПМИД 16140270 .
Малис Н., Маккарти Дж.Г. (2006). «Dcs2, новый вызванный стрессом модулятор активности пирофосфатазы m7GpppX, который локализуется в P-тельцах». Дж. Мол. Биол . 363 (2): 370–382. дои : 10.1016/j.jmb.2006.08.015 . ПМИД 16963086 .

Внешние ссылки

PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для дифосфатазы m7GpppX человека (DCPS).

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR008594.

Эта статья о гене человека й хромосоме незавершена в 11 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000110063 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000032040 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid12198172-5] Лю Х., Роджерс Н.Д., Цзяо X, Киледжян М. (август 2002 г.). «Фермент DcpS, декапирующий мРНК-мусорщик, является членом семейства пирофосфатаз HIT» . ЭМБО Дж . 21 (17): 4699–4708. дои : 10.1093/emboj/cdf448 . ПМК 126188 . ПМИД 12198172 .

[pmid14523240-6] ван Дейк Э., Ле Хир Х., Серафин Б. (октябрь 2003 г.). «DcpS может действовать на пути распада 5'-3' мРНК в дополнение к пути 3'-5'» . Proc Natl Acad Sci США . 100 (21): 12081–12086. Бибкод : 2003PNAS..10012081V . дои : 10.1073/pnas.1635192100 . ПМК 218716 . ПМИД 14523240 .

[entrez-7] «Ген Энтрез: фермент, декапирующий DCPS, мусорщик» .

[pmid16246173-8] Лю Х, Киледжян М (февраль 2006 г.). «Раскрытие послания: начало или конец». Биохим. Соц. Транс . 34 (Часть 1): 35–8. дои : 10.1042/BST20060035 . ПМИД 16246173 .

[pmid16001405-9] Хан Г.В., Шварценбахер Р., МакМаллан Д., Абдубек П., Амбинг Э., Аксельрод Х., Биорак Т., Канавес Дж.М., Чиу Х.Дж., Дай Икс, Дикон А.М., ДиДонато М., Элслигер М.А., Годзик А., Гриттини С., Гжечник С.К., Хейл Дж. , Хэмптон Э, Хауген Дж, Хорнсби М, Ярошевски Л, Клок Х.Е., Кузема Э, Креуш А, Кун П., Лесли С.А., Макфиллипс ТМ, Миллер МД, Мой К., Нигогосян Э, Полсен Дж., Кихано К., Рейес Р., Спраггон Дж., Стивенс Р.С., ван ден Бедем Х., Веласкес Дж., Винсент Дж., Уайт А., Вольф Дж., Сюй К., Ходжсон Но.К., Вули Дж., Уилсон И.А. (сентябрь 2005 г.). «Кристаллическая структура фермента, декапирующего мРНК Аро (DcpS) мыши, с разрешением 1,83 А» . Белки . 60 (4): 797–802. дои : 10.1002/прот.20467 . ПМИД 16001405 . S2CID 20494085 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]