Сплайсосомная РНК U6
| Сплайсосомная РНК U6 | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности U6 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | U6 |
| Рфам | RF00026 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Джин ; мяРНК ; сращивание |
| Домен(ы) | Эукариоты |
| ИДТИ | GO:0000351 GO:0000353 GO:0030621 GO:0005688 GO:0046540 |
| ТАК | ТАК: 0000396 |
| PDB Структуры | ПДБе |
мяРНК U6 — это некодирующий компонент малой ядерной РНК U6 (мяРНК) мяРНП ( малого ядерного рибонуклеопротеина ), комплекса РНК-белок, который объединяется с другими мяРНП, немодифицированной пре-мРНК и различными другими белками для сборки сплайсосомы , большого Молекулярный комплекс РНК-белок, катализирующий вырезание интронов из пре-мРНК . , или удаление интронов , является основным аспектом посттранскрипционной модификации и происходит только в ядре эукариот Сплайсинг .
Последовательность РНК U6 является наиболее консервативной среди всех пяти видов мяРНК, участвующих в сплайсосоме. [ 1 ] предполагая, что функция мяРНК U6 осталась одновременно важной и неизменной в ходе эволюции.
В геномах позвоночных часто можно обнаружить множество копий гена мяРНК U6 или псевдогенов , производных от U6 . [ 2 ] Эта распространенность «резервных копий» гена мяРНК U6 у позвоночных дополнительно предполагает его эволюционную важность для жизнеспособности организма.
Ген мяРНК U6 выделен у многих организмов. [ 3 ] включая C. elegans . [ 4 ] Среди них пекарские дрожжи ( Saccharomyces cerevisiae ) являются широко используемым модельным организмом при изучении мяРНК.
Структура и каталитический механизм мяРНК U6 напоминают структуру домена V интронов группы II. [ 5 ] [ 6 ] Считается, что образование тройной спирали в мяРНК U6 важно для активности сплайсинга, где ее роль заключается в переносе каталитического сайта в сайт сплайсинга. [ 6 ]
Роль
[ редактировать ]Специфичность пары оснований мяРНК U6 позволяет мяРНП U6 прочно связываться с мяРНК U4 и свободно с мяРНК U5 тройного мяРНП во время начальной фазы реакции сплайсинга. По мере развития реакции мяРНК U6 отрывается от U4 и связывается с мяРНК U2. На каждом этапе этой реакции вторичная структура мяРНК U6 претерпевает значительные конформационные изменения. [ 7 ]
Ассоциация мяРНК U6 с 5'-концом интрона посредством спаривания оснований во время реакции сплайсинга происходит до образования лариатного ( или лассо ) промежуточного соединения и необходима для продолжения процесса сплайсинга. Ассоциация мяРНП U6 с мяРНП U2 посредством спаривания оснований образует комплекс U6-U2, структуру, которая включает центр сплайсосомы активный . [ 8 ] : 433–437
Вторичная структура
[ редактировать ]Хотя предполагаемая консенсусная пара оснований вторичной структуры ограничена короткой 5'- стежкой-петлей , для конкретных организмов, таких как дрожжи, были предложены гораздо более обширные структуры. [ 9 ] В дополнение к 5'-стеблевой петле все подтвержденные мяРНК U6 могут образовывать предполагаемую 3'-стволовую петлю. [ 10 ]
Известно, что мяРНК U6 образует обширные взаимодействия пар оснований с мяРНК U4 . [ 11 ] Было показано, что это взаимодействие является взаимоисключающим по сравнению с взаимодействием внутримолекулярной стволовой петли 3'. [ 7 ]
Связанные белки
[ редактировать ]
Обнаружено, что свободная мяРНК U6 связана с белками Prp24 и LSms . Считается, что Prp24 образует промежуточный комплекс с мяРНК U6, чтобы облегчить обширное спаривание оснований между мяРНК U4 и U6, а Lsms могут способствовать связыванию Prp24. Было определено приблизительное расположение этих связывающих белок доменов, а затем белки были визуализированы с помощью электронной микроскопии. Это исследование предполагает, что в свободной форме U6 Prp24 связывается с телестеблем, а богатый уридином 3'-хвост мяРНК U6 проходит через кольцо Lsms. Другим важным белком, родственным NTC, связанным с U6, является Cwc2, который путем взаимодействия с важными каталитическими элементами РНК индуцирует образование функционального каталитического ядра в сплайсосоме. Cwc2 и U6 достигают образования этого комплекса за счет взаимодействия с ISL и областями, расположенными вблизи 5'-сайта сплайсинга. [ 12 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Брови Д.А., Гатри С. (июль 1988 г.). «Сплицеосомная РНК U6 удивительно консервативна от дрожжей до млекопитающих». Природа . 334 (6179): 213–8. Бибкод : 1988Natur.334..213B . дои : 10.1038/334213a0 . ПМИД 3041282 . S2CID 4236176 .
- ^ Марц М., Кирстен Т., Стадлер П.Ф. (декабрь 2008 г.). «Эволюция генов сплайсосомных мяРНК у многоклеточных животных» . Журнал молекулярной эволюции (представленная рукопись). 67 (6): 594–607. Бибкод : 2008JMolE..67..594M . дои : 10.1007/s00239-008-9149-6 . ПМИД 19030770 . S2CID 18830327 .
- ^ Андерсон М.А., Перселл Дж., Веркуйл С.А., Норман В.К., Лефтвич П.Т., Харви-Сэмюэл Т., Алфи Л.С. (март 2020 г.). «Валидация промоутеров Pol III in vitro» . ACS Синтетическая биология . 9 (3): 678–681. doi : 10.1021/acsynbio.9b00436 . ПМК 7093051 . ПМИД 32129976 .
- ^ Томас Дж., Леа К., Цукер-Априсон Э., Блюменталь Т. (май 1990 г.). «Сплайсосомные мяРНК Caenorhabditis elegans» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (9): 2633–42. дои : 10.1093/нар/18.9.2633 . ПМК 330746 . ПМИД 2339054 .
- ^ Тор Н., Китинг К.С., Тейлор С.Д., Пайл А.М. (апрель 2008 г.). «Кристаллическая структура самосплайсируемого интрона группы II» . Наука . 320 (5872): 77–82. Бибкод : 2008Sci...320...77T . дои : 10.1126/science.1153803 . ПМК 4406475 . ПМИД 18388288 .
- ^ Jump up to: а б Фика С.М., Меффорд М.А., Пиччирилли Дж.А., Стейли Дж.П. (май 2014 г.). «Доказательства существования интроноподобного каталитического триплекса группы II в сплайсосоме» . Структурная и молекулярная биология природы . 21 (5): 464–471. дои : 10.1038/nsmb.2815 . ПМЦ 4257784 . ПМИД 24747940 .
- ^ Jump up to: а б Фортнер Д.М., Трой Р.Г., Броу Д.А. (январь 1994 г.). «Стебель/петля в РНК U6 определяет конформационный переключатель, необходимый для сплайсинга пре-мРНК» . Гены и развитие . 8 (2): 221–33. дои : 10.1101/gad.8.2.221 . ПМИД 8299941 .
- ^ Уивер, Роберт Дж. (2008). Молекулярная биология . Бостон: Высшее образование Макгроу Хилл. ISBN 978-0-07-127548-4 .
- ^ Карадуман Р., Фабрицио П., Хартмут К., Урлауб Х., Люрманн Р. (март 2006 г.). «Структура РНК и взаимодействия РНК-белок в очищенных мяРНП U6 дрожжей». Журнал молекулярной биологии . 356 (5): 1248–62. дои : 10.1016/j.jmb.2005.12.013 . HDL : 11858/00-001M-0000-0012-E5F7-6 . ПМИД 16410014 .
- ^ Мясник С.Е., Броу Д.А. (июнь 2005 г.). «На пути к пониманию каталитической основной структуры сплайсосомы». Труды Биохимического общества . 33 (Часть 3): 447–9. дои : 10.1042/BST0330447 . ПМИД 15916538 .
- ^ Орум Х., Нильсен Х., Энгберг Дж. (ноябрь 1991 г.). «Сплайсосомальные малые ядерные РНК Tetrahymena thermophila и некоторые возможные взаимодействия спаривания оснований мяРНК-мяРНК». Журнал молекулярной биологии . 222 (2): 219–32. дои : 10.1016/0022-2836(91)90208-Н . ПМИД 1960724 .
- ^ Раше Н., Дыбков О., Шмитцова Дж., Акилдиз Б., Фабрицио П., Люрманн Р. (март 2012 г.). «Cwc2 и его человеческий гомолог RBM22 способствуют активной конформации каталитического центра сплайсосомы» . Журнал ЭМБО . 31 (6): 1591–604. дои : 10.1038/emboj.2011.502 . ПМК 3321175 . ПМИД 22246180 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Звиб С. (январь 1997 г.). «База данных мРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (1): 102–3. дои : 10.1093/нар/25.1.102 . ПМК 146409 . ПМИД 9016512 .