Интрон группы III

Интрон группы III — класс интронов , обнаруженных в генах мРНК хлоропластов эвгленидных простейших . У них есть обычный dVI типа II с выпуклым аденозином, обтекаемым dI, отсутствием dII-dV и расслабленным консенсусом сайта сплайсинга. ^{[ 1 ]}^{: инжир. 2} Сплайсинг осуществляется с помощью двух реакций переэтерификации с выпуклым аденозином dVI в качестве инициирующего нуклеофила ; интрон вырезается в виде лариата. ^{[ 2 ]} О том, как они работают, известно не так уж и много. ^{[ 1 ]} хотя была построена изолированная система трансформации хлоропластов. ^{[ 3 ]}

Открытие и идентификация

В 1984 году Монтандон и Штутц сообщили о примерах интронов нового типа в хлоропластах эвглены . ^{[ 4 ]} В 1989 году Дэвид А. Кристофер и Ричард Б. Халлик нашли еще несколько примеров и предложили название «интроны группы III», чтобы идентифицировать этот новый класс со следующими характеристиками: ^{[ 5 ]}

Интроны группы III намного короче, чем другие классы самосплайсинговых интронов, их длина варьируется от 95 до 110 нуклеотидов среди тех, которые известны Кристоферу и Халлику и идентифицированы в хлоропластах. С другой стороны, Кристофер и Халлик заявили: «Напротив, самый маленький интрон хлоропласта группы II эвглены ... составляет 277 нуклеотидов». ^{[ 5 ]}
Их консервативные последовательности, проксимальные к сайтам сплайсинга, имеют сходство с последовательностями интронов группы II, но имеют меньше консервативных позиций.
Они не картируются в консервативной вторичной структуре интронов группы II. (Действительно, Кристофер и Халлик не смогли идентифицировать какие-либо консервативные элементы вторичной структуры среди интронов группы III.)
Обычно они связаны с генами, участвующими в трансляции и транскрипции.
Они очень богаты A+T.

В 1994 году открытие интрона группы III с длиной на один порядок больше показало, что сама по себе длина не является определяющим фактором сплайсинга интронов группы III. ^{[ 2 ]}

Сплайсинг интронов группы III происходит посредством образования лариатной и кольцевой РНК . ^{[ 2 ]} Сходства между группой III и ядерными интронами включают консервативные 5'-граничные последовательности, образование лариата, отсутствие внутренней структуры и способность использовать альтернативные границы сплайсинга. ^{[ 1 ]}

См. также

Твинтрон

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Копертино Д.В., Халлик Р.Б. (декабрь 1993 г.). «Интроны группы II и группы III твинтронов: потенциальные связи с интронами ядерной пре-мРНК». Тенденции биохимии. Наука . 18 (12): 467–71. дои : 10.1016/0968-0004(93)90008-б . ПМИД 8108859 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Дональд В. Копертино Д.В.; Зал ET; Ван Хук ФВ; Дженкинс КП; Халлик РБ (1994). «Твинтрон группы III, кодирующий матуразоподобный ген, вырезает промежуточные соединения лариата» . Нуклеиновые кислоты Рез . 22 (6): 1029–36. дои : 10.1093/нар/22.6.1029 . ПМК 307926 . ПМИД 7512259 .
^ Детч, Н.А.; Фавро, MR; Кускуоглу, Н; Томпсон, доктор медицины; Халлик, РБ (февраль 2001 г.). «Трансформация хлоропластов у Euglena gracilis: сплайсинг твинтрона группы III, транскрибируемого из трансгенного оперона psbK». Современная генетика . 39 (1): 49–60. дои : 10.1007/s002940000174 . ПМИД 11318107 . S2CID 6413004 .
^ Монтандон П.Е., Штутц Э. (сентябрь 1983 г.). «Нуклеотидная последовательность области генома хлоропласта Euglena gracilis, кодирующей фактор элонгации Tu; свидетельство сплайсинга мРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 11 (17): 5877–92. дои : 10.1093/нар/11.17.5877 . ПМК 326324 . ПМИД 6310519 .
^ Jump up to: ^а ^б Кристофер Д.А., Халлик Р.Б. (октябрь 1989 г.). «Оперон рибосомального белка хлоропласта Euglena gracilis: новый ген хлоропласта для рибосомального белка L5 и описание новой категории интронов органеллы, обозначенной как группа III» . Нуклеиновые кислоты Рез . 17 (19): 7591–608. дои : 10.1093/нар/17.19.7591 . ПМК 334869 . ПМИД 2477800 .

Внешние ссылки

GO:0000374 — запись онтологии гена для сплайсинга интронов группы III.

[pmid8108859-1] Jump up to: ^а ^б ^с Копертино Д.В., Халлик Р.Б. (декабрь 1993 г.). «Интроны группы II и группы III твинтронов: потенциальные связи с интронами ядерной пре-мРНК». Тенденции биохимии. Наука . 18 (12): 467–71. дои : 10.1016/0968-0004(93)90008-б . ПМИД 8108859 .

[pmid7512259-2] Jump up to: ^а ^б ^с Дональд В. Копертино Д.В.; Зал ET; Ван Хук ФВ; Дженкинс КП; Халлик РБ (1994). «Твинтрон группы III, кодирующий матуразоподобный ген, вырезает промежуточные соединения лариата» . Нуклеиновые кислоты Рез . 22 (6): 1029–36. дои : 10.1093/нар/22.6.1029 . ПМК 307926 . ПМИД 7512259 .

[3] Детч, Н.А.; Фавро, MR; Кускуоглу, Н; Томпсон, доктор медицины; Халлик, РБ (февраль 2001 г.). «Трансформация хлоропластов у Euglena gracilis: сплайсинг твинтрона группы III, транскрибируемого из трансгенного оперона psbK». Современная генетика . 39 (1): 49–60. дои : 10.1007/s002940000174 . ПМИД 11318107 . S2CID 6413004 .

[pmid6310519-4] Монтандон П.Е., Штутц Э. (сентябрь 1983 г.). «Нуклеотидная последовательность области генома хлоропласта Euglena gracilis, кодирующей фактор элонгации Tu; свидетельство сплайсинга мРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 11 (17): 5877–92. дои : 10.1093/нар/11.17.5877 . ПМК 326324 . ПМИД 6310519 .

[pmid2477800-5] Jump up to: ^а ^б Кристофер Д.А., Халлик Р.Б. (октябрь 1989 г.). «Оперон рибосомального белка хлоропласта Euglena gracilis: новый ген хлоропласта для рибосомального белка L5 и описание новой категории интронов органеллы, обозначенной как группа III» . Нуклеиновые кислоты Рез . 17 (19): 7591–608. дои : 10.1093/нар/17.19.7591 . ПМК 334869 . ПМИД 2477800 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]