Аутрон

Аутрон нуклеотидная — это последовательность на 5'-конце первичного транскрипта гена , которая удаляется с помощью особой формы сплайсинга РНК во время созревания конечного продукта РНК. ^{[ 1 ]} В то время как последовательности интрона расположены внутри гена, последовательности аутрона лежат вне гена. ^{[ 2 ]}

Характеристики

Аутрон представляет собой интроноподобную последовательность , обладающую сходными характеристиками, такими как содержание G + C. ^{[ 3 ]} и акцепторный сайт сплайсинга, который является сигналом для транс -сплайсинга . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} Такой сайт транс -сплайсинга по существу определяется как акцепторный (3') сайт сплайсинга без расположенного выше донорного (5') сайта сплайсинга.

У эукариот, таких как эвгленозойные , динофлагелляты , губки , нематоды , книдарии , гребневики , плоские черви , ракообразные , щетинкочелюстные , коловратки и оболочники , длина сплайсированных лидерных (SL) аутронов варьируется от 30 до 102 нуклеотидов (нт) , с экзоном SL . длина от 16 до 51 нт, а полная длина SL РНК от 46 до 141 нт. ^{[ 3 ]}

Обработка

При стандартном цис-сплайсинге донорный сайт сплайсинга в верхнем положении необходим вместе с акцепторным сайтом, расположенным в нижнем положении на той же молекуле пре-РНК. Напротив, транс -сплайсинг SL основан на 3'-акцепторном сайте сплайсинга на аутроне и 5'-донорном сайте сплайсинга (динуклеотид GU), расположенном на отдельной молекуле РНК, SL РНК. ^{[ 3 ]} Более того, аутрон преждевременной мРНК содержит аденозин в точке ветвления , за которым следует расположенный ниже полипиримидиновый тракт , который взаимодействует с интроноподобной частью SL РНК с образованием Y-разветвленного побочного продукта, напоминающего структуру лассо , образующуюся во время сплайсинга интронов. . Затем ядерная техника разрешает эту структуру разветвления «Y» путем транс -сплайсинга последовательности SL РНК с 3'- акцепторным сайтом транс -сплайсинга (динуклеотид AG) пре-мРНК. ^{[ 2 ]}

Когда аутроны процессируются, экзон SL транс -сплайсируется с отдельными, непарными, нижестоящими акцепторными сайтами, прилегающими к каждой открытой рамке считывания полицистронной пре-мРНК, что приводит к образованию отдельных зрелых кэпированных транскриптов. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

См. также

Экзон - участок транскрибируемого гена, присутствующий в конечной функциональной молекуле мРНК.
Информационная РНК – РНК, которая считывается рибосомой для производства белка.

Ссылки

^ Конрад, Ричард; Фэнь Лю, Руи; Блюменталь, Томас (25 февраля 1993 г.). «Функциональный анализ C. elegans акцептора транссплайсинга » . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (4): 913–919. дои : 10.1093/нар/21.4.913 . ISSN 0305-1048 . ПМК 309224 . ПМИД 8451190 .
^ Jump up to: ^а ^б Стовер, Николас А.; Кэй, Мишель С.; Кавальканти, Андре РО (10 января 2006 г.). «Трансплайсинг сращенного лидера» . Современная биология . 16 (1): R8–R9. дои : 10.1016/j.cub.2005.12.019 . ISSN 0960-9822 . ПМИД 16401417 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ласда, Эрика Л.; Блюменталь, Томас (1 мая 2011 г.). « Транс -сплайсинг». Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 2 (3): 417–434. дои : 10.1002/wrna.71 . ПМИД 21957027 . S2CID 209567118 .
^ «Оксфордский эталон — Outron» . Проверено 26 сентября 2019 г.
^ «Браузер онтологии последовательностей MISO — Outron (SO:0001475)» . Проверено 26 сентября 2019 г.
^ Клейтон, Кристин Э. (15 апреля 2002 г.). «Жизнь без контроля транскрипции? От мухи к человеку и обратно» . Журнал ЭМБО . 21 (8): 1881–1888. дои : 10.1093/emboj/21.8.1881 . ISSN 1460-2075 . ПМК 125970 . ПМИД 11953307 .
^ Блюменталь, Томас; Глисон, Кэти Сеггерсон (февраль 2003 г.). « Опероны Caenorhabditis elegans : форма и функции». Обзоры природы Генетика . 4 (2): 110–118. дои : 10.1038/nrg995 . ISSN 1471-0056 . ПМИД 12560808 . S2CID 9864778 .
^ Лэй Ц, Ли С, Цзо З, Хуан С, Ченг Х, Чжоу Р (март 2016 г.). «Эволюционный взгляд на транс-сплайсинг РНК у позвоночных» . Геномная биология и эволюция . 8 (3): 562–77. дои : 10.1093/gbe/evw025 . ПМЦ 4824033 . ПМИД 26966239 .

[Conrad1993-1] Конрад, Ричард; Фэнь Лю, Руи; Блюменталь, Томас (25 февраля 1993 г.). «Функциональный анализ C. elegans акцептора транссплайсинга » . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (4): 913–919. дои : 10.1093/нар/21.4.913 . ISSN 0305-1048 . ПМК 309224 . ПМИД 8451190 .

[Stover2006-2] Jump up to: ^а ^б Стовер, Николас А.; Кэй, Мишель С.; Кавальканти, Андре РО (10 января 2006 г.). «Трансплайсинг сращенного лидера» . Современная биология . 16 (1): R8–R9. дои : 10.1016/j.cub.2005.12.019 . ISSN 0960-9822 . ПМИД 16401417 .

[Lasda2011-3] Jump up to: ^а ^б ^с Ласда, Эрика Л.; Блюменталь, Томас (1 мая 2011 г.). « Транс -сплайсинг». Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 2 (3): 417–434. дои : 10.1002/wrna.71 . ПМИД 21957027 . S2CID 209567118 .

[4] «Оксфордский эталон — Outron» . Проверено 26 сентября 2019 г.

[5] «Браузер онтологии последовательностей MISO — Outron (SO:0001475)» . Проверено 26 сентября 2019 г.

[Clayton2002-6] Клейтон, Кристин Э. (15 апреля 2002 г.). «Жизнь без контроля транскрипции? От мухи к человеку и обратно» . Журнал ЭМБО . 21 (8): 1881–1888. дои : 10.1093/emboj/21.8.1881 . ISSN 1460-2075 . ПМК 125970 . ПМИД 11953307 .

[Blumenthal2003-7] Блюменталь, Томас; Глисон, Кэти Сеггерсон (февраль 2003 г.). « Опероны Caenorhabditis elegans : форма и функции». Обзоры природы Генетика . 4 (2): 110–118. дои : 10.1038/nrg995 . ISSN 1471-0056 . ПМИД 12560808 . S2CID 9864778 .

[Lei2016-8] Лэй Ц, Ли С, Цзо З, Хуан С, Ченг Х, Чжоу Р (март 2016 г.). «Эволюционный взгляд на транс-сплайсинг РНК у позвоночных» . Геномная биология и эволюция . 8 (3): 562–77. дои : 10.1093/gbe/evw025 . ПМЦ 4824033 . ПМИД 26966239 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]