U2AF2

U2AF2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1JMT, 1O0P, 1OPI, 1U2F, 2G4B, 2HZC, 2M0G, 2U2F, 2YH0, 2YH1, 3VAF, 3VAG, 3VAH, 3VAI, 3VAJ, 3VAK, 3VAL, 3VAM, 4FXW, 4TU7, 4TU8, 4TU9, 5EV1, 5EV3, 5EV4, 5EV2
Идентификаторы
Псевдонимы	U2AF2 , U2AF65, U2 вспомогательный фактор 2 малой ядерной РНК
Внешние идентификаторы	Опустить : 191318 ; МГИ : 98886 ; Гомологен : 110853 ; Генные карты : U2AF2 ; OMA : U2AF2 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 19 (human)
End	55,674,716 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 7 (mouse)
End	5,079,938 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right uterine tube; ; canal of the cervix; ; granulocyte; ; anterior pituitary; ; right ovary; ; body of uterus; ; right lobe of thyroid gland; ; left ovary; ; left lobe of thyroid gland; ; right hemisphere of cerebellum;
	Top expressed in
	ventricular zone; ; neural layer of retina; ; yolk sac; ; lip; ; epiblast; ; granulocyte; ; dentate gyrus of hippocampal formation granule cell; ; superior frontal gyrus; ; primary visual cortex; ; thymus;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	pre-mRNA 3'-splice site binding; poly-pyrimidine tract binding; protein binding; nucleic acid binding; enzyme binding; C2H2 zinc finger domain binding; RNA binding;
Cellular component	nuclear speck; U2AF complex; Prp19 complex; spliceosomal complex; commitment complex; U2-type prespliceosome; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	mRNA splicing, via spliceosome; termination of RNA polymerase II transcription; positive regulation of protein targeting to mitochondrion; mRNA processing; mRNA export from nucleus; negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome; regulation of autophagy of mitochondrion; positive regulation of RNA splicing; mRNA 3'-end processing; RNA splicing; RNA export from nucleus; negative regulation of protein ubiquitination;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	11338
	22185
	ENSG00000063244
	ENSMUSG00000030435
	P26368
	P26369
	НМ_001012478 ; НМ_007279
	НМ_001205231 ; НМ_133671
	НП_001012496 ; НП_009210
showНП_001192160 ; НП_598432 ; НП_001390074 ; НП_001390075 ; НП_001390076 ;
	NP_001390077; NP_001390078; NP_001390079; NP_001390080; NP_001390083; NP_001390084; NP_001390085; NP_001390087; NP_001390088; NP_001390082
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Субъединица фактора сплайсинга U2AF 65 кДа представляет собой белок , который у человека кодируется U2AF2 геном . ^{[ 5 ]}

Функция

У эукариот интроны , транскрибируемой пре-мРНК сначала должны быть удалены сплайсосомой чтобы сформировать зрелую мРНК. Сплайсосома (мяРНП) и малых ядерных собирается из малых ядерных рибонуклеопротеинов РНК (мяРНК). Фактор сплайсинга можно разделить на белки мяРНП и не-мяРНП. Вспомогательный фактор U2 ( U2AF ), состоящий из большой и малой субъединицы, представляет собой белок, не являющийся мяРНП, необходимый для связывания мяРНП U2 с сайтом разветвления пре-мРНК. . Этот ген кодирует большую субъединицу U2AF, которая содержит специфичную для последовательности РНК-связывающую область с тремя мотивами узнавания РНК и домен, богатый Arg/Ser, необходимый для сплайсинга. Большая субъединица связывается с полипиримидиновым трактом интронов на ранних этапах сборки сплайсосомы . Для этого гена было обнаружено множество вариантов транскриптов альтернативного сплайсинга , но полноразмерная природа только двух из них определена на сегодняшний день. ^{[ 6 ]}

У людей и других четвероногих было показано, что без U2AF2 процесс сплайсинга ингибируется. Однако у рыбок данио и других костистых рыб процесс сплайсинга РНК все еще может происходить на определенных генах в отсутствие U2AF2. Это может быть связано с тем, что 10% генов имеют чередующиеся пары оснований TG и AC в 3'-сайте сплайсинга (3'ss) и 5'-сайте сплайсинга (5'ss) соответственно на каждом интроне, что изменяет вторичную структуру РНК и влияет на сращивание. ^{[ 7 ]}

Фактор сплайсинга U2AF65 может специфически распознавать полипиримидиновый тракт (Py-тракт), поскольку U2AF65 состоит из 3 РНК-связывающих доменов (RRM), все они обладают высокой аффинностью связывания с Py-трактом на соседнем 3'-сайте сплайсинга. ^{[ 6 ]} RRM1 и RRM2 достаточны для специфического связывания РНК/белка, тогда как RRM3 отвечает за белок/белковые взаимодействия. Например, C-концевой RRM3 способствует установлению белок-белковых контактов с такими факторами сплайсинга, как UAP56, SAP155 и mBBP/SF1. ^{[ 8 ]}

Взаимодействия

Было показано, что U2AF2 взаимодействует с:

ПУФ60 , ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}
СФ1 , ^{[ 9 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}
МСФО11 , ^{[ 13 ]}
СФРС2ИП , ^{[ 14 ]}
СРПК2 , ^{[ 9 ]}^{[ 15 ]}
U2 вспомогательный фактор 1 малой ядерной РНК ^{[ 9 ]}^{[ 16 ]} и
ДТ1 . ^{[ 17 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000063244 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: Ensembl, выпуск 89: ENSMUSG00000030435 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Замор П.Д., Паттон Дж.Г., Грин М.Р. (февраль 1992 г.). «Клонирование и доменная структура фактора сплайсинга млекопитающих U2AF». Природа . 355 (6361): 609–614. Бибкод : 1992Natur.355..609Z . дои : 10.1038/355609a0 . ПМИД 1538748 . S2CID 4332390 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: U2AF2 U2 вспомогательный фактор 2 малой ядерной РНК» .
^ Лин К.Л., Таггарт А.Дж., Лим К.Х., Сайган К.Дж., Феррарис Л., Кретон Р. и др. (январь 2016 г.). «Структура РНК заменяет необходимость U2AF2 в сплайсинге» . Геномные исследования . 26 (1): 12–23. дои : 10.1101/гр.181008.114 . ПМЦ 4691745 . ПМИД 26566657 .
^ Селенко П., Грегорович Г., Спрангерс Р., Стир Г., Рани З., Кремер А., Саттлер М. (апрель 2003 г.). «Структурная основа молекулярного распознавания между факторами сплайсинга человека U2AF65 и SF1/mBBP» . Молекулярная клетка . 11 (4): 965–976. дои : 10.1016/s1097-2765(03)00115-1 . ПМИД 12718882 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хиродзан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н. и др. (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети межбелковых взаимодействий человека». Природа . 437 (7062): 1173–1178. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .
^ Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белково-белковых взаимодействий человека методом масс-спектрометрии» . Молекулярная системная биология . 3 : 89. дои : 10.1038/msb4100134 . ПМЦ 1847948 . ПМИД 17353931 .
^ Берглунд Ю.А., Абович Н., Росбаш М. (март 1998 г.). «Совместное взаимодействие между U2AF65 и mBBP/SF1 облегчает распознавание области точки ветвления» . Гены и развитие . 12 (6): 858–867. дои : 10.1101/gad.12.6.858 . ПМК 316625 . ПМИД 9512519 .
^ Абович Н., Росбаш М. (май 1997 г.). «Межинтронные мостиковые взаимодействия в коммитентном комплексе дрожжей законсервированы у млекопитающих» . Клетка . 89 (3): 403–412. дои : 10.1016/s0092-8674(00)80221-4 . ПМИД 9150140 . S2CID 18466775 .
^ Чжан WJ, Ву JY (октябрь 1996 г.). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге» . Молекулярная и клеточная биология . 16 (10): 5400–5408. дои : 10.1128/MCB.16.10.5400 . ПМК 231539 . ПМИД 8816452 .
^ Чжан WJ, Ву JY (февраль 1998 г.). «Sip1, новый белок, содержащий домен RS, необходимый для сплайсинга пре-мРНК» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (2): 676–684. дои : 10.1128/MCB.18.2.676 . ПМЦ 108778 . ПМИД 9447963 .
^ Ван ХИ, Линь В., Дайк Дж.А., Йикли Дж.М., Сонгян З., Кэнтли Л.С., Фу XD (февраль 1998 г.). «SRPK2: дифференциально экспрессируемая специфичная для белка SR киназа, участвующая в обеспечении взаимодействия и локализации факторов сплайсинга пре-мРНК в клетках млекопитающих» . Журнал клеточной биологии . 140 (4): 737–750. дои : 10.1083/jcb.140.4.737 . ПМК 2141757 . ПМИД 9472028 .
^ Чжан М., Замор П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (сентябрь 1992 г.). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора малого ядерного рибонуклеопротеина U2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (18): 8769–8773. Бибкод : 1992PNAS...89.8769Z . дои : 10.1073/pnas.89.18.8769 . ПМК 50002 . ПМИД 1388271 .
^ Дэвис Р.К., Кальвио С., Брэтт Э., Ларссон С.Х., Ламонд А.И., Хасти Н.Д. (октябрь 1998 г.). «WT1 взаимодействует с фактором сплайсинга U2AF65 изоформ-зависимым образом и может быть включен в сплайсосомы» . Гены и развитие . 12 (20): 3217–3225. дои : 10.1101/gad.12.20.3217 . ПМК 317218 . ПМИД 9784496 .

Дальнейшее чтение

Чжан М., Замор П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (сентябрь 1992 г.). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора малого ядерного рибонуклеопротеина U2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (18): 8769–8773. Бибкод : 1992PNAS...89.8769Z . дои : 10.1073/pnas.89.18.8769 . ПМК 50002 . ПМИД 1388271 .
Замор П.Д., Грин Г-н (январь 1991 г.). «Биохимическая характеристика вспомогательного фактора мяРНП U2: важного фактора сплайсинга пре-мРНК с новым внутриядерным распределением» . Журнал ЭМБО . 10 (1): 207–214. дои : 10.1002/j.1460-2075.1991.tb07937.x . ПМК 452631 . ПМИД 1824937 .
Цзо П., Маниатис Т. (июнь 1996 г.). «Фактор сплайсинга U2AF35 опосредует критические белок-белковые взаимодействия при конститутивном и энхансер-зависимом сплайсинге» . Гены и развитие . 10 (11): 1356–1368. дои : 10.1101/gad.10.11.1356 . ПМИД 8647433 .
Чжан WJ, Ву JY (октябрь 1996 г.). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге» . Молекулярная и клеточная биология . 16 (10): 5400–5408. дои : 10.1128/MCB.16.10.5400 . ПМК 231539 . ПМИД 8816452 .
Хун В., Беннетт М., Сяо Ю., Фельд Крамер Р., Ван С., Рид Р. (январь 1997 г.). «Ассоциация U2 snRNP со сплайсосомным комплексом E» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (2): 354–361. дои : 10.1093/нар/25.2.354 . ПМК 146436 . ПМИД 9016565 .
Абович Н., Росбаш М. (май 1997 г.). «Межинтронные мостиковые взаимодействия в коммитентном комплексе дрожжей законсервированы у млекопитающих» . Клетка . 89 (3): 403–412. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80221-4 . ПМИД 9150140 . S2CID 18466775 .
Троншер Х., Ван Дж., Фу XD (июль 1997 г.). «Белок, родственный фактору сплайсинга U2AF35, который взаимодействует с белками U2AF65 и SR при сплайсинге пре-мРНК» . Природа . 388 (6640): 397–400. Бибкод : 1997Natur.388..397T . дои : 10.1038/41137 . ПМИД 9237760 . S2CID 4386808 .
Флекнер Дж., Чжан М., Валькарсель Дж., Грин М.Р. (июль 1997 г.). «U2AF65 рекрутирует новый белок DEAD-бокса человека, необходимый для взаимодействия U2 snRNP с точкой ветвления» . Гены и развитие . 11 (14): 1864–1872. дои : 10.1101/гад.14.11.1864 . ПМИД 9242493 .
Чжан WJ, Ву JY (февраль 1998 г.). «Sip1, новый белок, содержащий домен RS, необходимый для сплайсинга пре-мРНК» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (2): 676–684. дои : 10.1128/MCB.18.2.676 . ПМЦ 108778 . ПМИД 9447963 .
Ван ХИ, Линь В., Дайк Дж.А., Йикли Дж.М., Сонгян З., Кэнтли Л.С., Фу XD (февраль 1998 г.). «SRPK2: дифференциально экспрессируемая специфичная для белка SR киназа, участвующая в обеспечении взаимодействия и локализации факторов сплайсинга пре-мРНК в клетках млекопитающих» . Журнал клеточной биологии . 140 (4): 737–750. дои : 10.1083/jcb.140.4.737 . ПМК 2141757 . ПМИД 9472028 .
Берглунд Ю.А., Абович Н., Росбаш М. (март 1998 г.). «Совместное взаимодействие между U2AF65 и mBBP/SF1 облегчает распознавание области точки ветвления» . Гены и развитие . 12 (6): 858–867. дои : 10.1101/gad.12.6.858 . ПМК 316625 . ПМИД 9512519 .
Руднер Д.З., Канаар Р., Брегер К.С., Рио, округ Колумбия (апрель 1998 г.). «Взаимодействие между субъединицами гетеродимерного фактора сплайсинга U2AF имеет важное значение in vivo» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (4): 1765–1773. дои : 10.1128/MCB.18.4.1765 . ПМК 121406 . ПМИД 9528748 .
Лаллена М.Дж., Мартинес К., Валькарсель Х., Корреас I (июль 1998 г.). «Функциональная ассоциация ядерного белка 4.1 с факторами сплайсинга пре-мРНК». Журнал клеточной науки . 111 (14): 1963–1971. дои : 10.1242/jcs.111.14.1963 . ПМИД 9645944 .
Гозани О., Поташкин Дж. , Рид Р. (август 1998 г.). «Потенциальная роль взаимодействий U2AF-SAP 155 в привлечении мяРНП U2 в сайт ответвления» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (8): 4752–4760. дои : 10.1128/mcb.18.8.4752 . ПМК 109061 . ПМИД 9671485 .
Нойбауэр Г., Кинг А., Раппсилбер Дж., Кальвио С., Уотсон М., Аджух П. и др. (сентябрь 1998 г.). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Природная генетика . 20 (1): 46–50. дои : 10.1038/1700 . ПМИД 9731529 . S2CID 585778 .
Дэвис Р.К., Кальвио С., Брэтт Э., Ларссон С.Х., Ламонд А.И., Хасти Н.Д. (октябрь 1998 г.). «WT1 взаимодействует с фактором сплайсинга U2AF65 изоформ-зависимым образом и может быть включен в сплайсосомы» . Гены и развитие . 12 (20): 3217–3225. дои : 10.1101/gad.12.20.3217 . ПМК 317218 . ПМИД 9784496 .
Ито Т., Муто Ю., Грин М.Р., Ёкояма С. (август 1999 г.). «Структуры раствора первого и второго РНК-связывающих доменов вспомогательного фактора частиц малого ядерного рибонуклеопротеина U2 человека (U2AF (65))» . Журнал ЭМБО . 18 (16): 4523–4534. дои : 10.1093/emboj/18.16.4523 . ПМЦ 1171527 . ПМИД 10449418 .
Ван X, Брюдерер С., Рафи З., Сюэ Дж., Милберн П.Дж., Кремер А., Робинсон П.Дж. (август 1999 г.). «Фосфорилирование фактора сплайсинга SF1 на Ser20 с помощью цГМФ-зависимой протеинкиназы регулирует сборку сплайсосом» . Журнал ЭМБО . 18 (16): 4549–4559. дои : 10.1093/emboj/18.16.4549 . ПМЦ 1171529 . ПМИД 10449420 .
Ладомери М.Р., Слайт Дж., МакГи С., Хасти Н.Д. (декабрь 1999 г.). «Наличие WT1, продукта гена-супрессора опухоли Вильма, в ядерном поли(А)(+)рибонуклеопротеине» . Журнал биологической химии . 274 (51): 36520–36526. дои : 10.1074/jbc.274.51.36520 . ПМИД 10593950 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000063244 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: Ensembl, выпуск 89: ENSMUSG00000030435 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid1538748-5] Замор П.Д., Паттон Дж.Г., Грин М.Р. (февраль 1992 г.). «Клонирование и доменная структура фактора сплайсинга млекопитающих U2AF». Природа . 355 (6361): 609–614. Бибкод : 1992Natur.355..609Z . дои : 10.1038/355609a0 . ПМИД 1538748 . S2CID 4332390 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: U2AF2 U2 вспомогательный фактор 2 малой ядерной РНК» .

[BrownRNA-7] Лин К.Л., Таггарт А.Дж., Лим К.Х., Сайган К.Дж., Феррарис Л., Кретон Р. и др. (январь 2016 г.). «Структура РНК заменяет необходимость U2AF2 в сплайсинге» . Геномные исследования . 26 (1): 12–23. дои : 10.1101/гр.181008.114 . ПМЦ 4691745 . ПМИД 26566657 .

[8] Селенко П., Грегорович Г., Спрангерс Р., Стир Г., Рани З., Кремер А., Саттлер М. (апрель 2003 г.). «Структурная основа молекулярного распознавания между факторами сплайсинга человека U2AF65 и SF1/mBBP» . Молекулярная клетка . 11 (4): 965–976. дои : 10.1016/s1097-2765(03)00115-1 . ПМИД 12718882 .

[pmid16189514-9] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хиродзан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н. и др. (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети межбелковых взаимодействий человека». Природа . 437 (7062): 1173–1178. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .

[pmid17353931-10] Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белково-белковых взаимодействий человека методом масс-спектрометрии» . Молекулярная системная биология . 3 : 89. дои : 10.1038/msb4100134 . ПМЦ 1847948 . ПМИД 17353931 .

[pmid9512519-11] Берглунд Ю.А., Абович Н., Росбаш М. (март 1998 г.). «Совместное взаимодействие между U2AF65 и mBBP/SF1 облегчает распознавание области точки ветвления» . Гены и развитие . 12 (6): 858–867. дои : 10.1101/gad.12.6.858 . ПМК 316625 . ПМИД 9512519 .

[pmid9150140-12] Абович Н., Росбаш М. (май 1997 г.). «Межинтронные мостиковые взаимодействия в коммитентном комплексе дрожжей законсервированы у млекопитающих» . Клетка . 89 (3): 403–412. дои : 10.1016/s0092-8674(00)80221-4 . ПМИД 9150140 . S2CID 18466775 .

[pmid8816452-13] Чжан WJ, Ву JY (октябрь 1996 г.). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге» . Молекулярная и клеточная биология . 16 (10): 5400–5408. дои : 10.1128/MCB.16.10.5400 . ПМК 231539 . ПМИД 8816452 .

[pmid9447963-14] Чжан WJ, Ву JY (февраль 1998 г.). «Sip1, новый белок, содержащий домен RS, необходимый для сплайсинга пре-мРНК» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (2): 676–684. дои : 10.1128/MCB.18.2.676 . ПМЦ 108778 . ПМИД 9447963 .

[pmid9472028-15] Ван ХИ, Линь В., Дайк Дж.А., Йикли Дж.М., Сонгян З., Кэнтли Л.С., Фу XD (февраль 1998 г.). «SRPK2: дифференциально экспрессируемая специфичная для белка SR киназа, участвующая в обеспечении взаимодействия и локализации факторов сплайсинга пре-мРНК в клетках млекопитающих» . Журнал клеточной биологии . 140 (4): 737–750. дои : 10.1083/jcb.140.4.737 . ПМК 2141757 . ПМИД 9472028 .

[pmid1388271-16] Чжан М., Замор П.Д., Кармо-Фонсека М., Ламонд А.И., Грин М.Р. (сентябрь 1992 г.). «Клонирование и внутриклеточная локализация малой субъединицы вспомогательного фактора малого ядерного рибонуклеопротеина U2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (18): 8769–8773. Бибкод : 1992PNAS...89.8769Z . дои : 10.1073/pnas.89.18.8769 . ПМК 50002 . ПМИД 1388271 .

[pmid9784496-17] Дэвис Р.К., Кальвио С., Брэтт Э., Ларссон С.Х., Ламонд А.И., Хасти Н.Д. (октябрь 1998 г.). «WT1 взаимодействует с фактором сплайсинга U2AF65 изоформ-зависимым образом и может быть включен в сплайсосомы» . Гены и развитие . 12 (20): 3217–3225. дои : 10.1101/gad.12.20.3217 . ПМК 317218 . ПМИД 9784496 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]