База данных мембраномов
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Данные об однопролетных (битопических) трансмембранных белках в геномах |
| Типы данных захвачен | Все битопные белки шести модельных организмов |
| Организмы | Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli , Methanococcus jannaschii |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Фармацевтический колледж Мичиганского университета |
| Первичное цитирование | ПМИД 27510400 |
| Дата выпуска | 2017 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://membranome.org |
| URL-адрес загрузки | Архивировано 16 июля 2018 года в Wayback Machine. |
| Инструменты | |
| Интернет | ФМАП и ТМДОК |
| Разнообразный | |
| Версия | 3.0 |
| Политика курирования | Куратор |
База данных мембранома предоставляет структурную и функциональную информацию о более чем 6000 однопроходных (битопических) трансмембранных белках Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli и Methanocaldococcus jannaschii . [ 1 ] Битопные мембранные белки состоят из единственной трансмембранной альфа-спирали, соединяющей водорастворимые домены белка, расположенные на противоположных сторонах биологической мембраны. Эти белки часто участвуют в передаче сигналов и коммуникации между клетками многоклеточных организмов .
База данных предоставляет информацию об отдельных белках, включая созданные с помощью вычислений трехмерные модели их трансмембранных альфа-спиралей, пространственно расположенных в мембране, топологию , внутриклеточную локализацию , аминокислотные последовательности , архитектуру домена , функциональные аннотации и доступные экспериментальные структуры из банка данных белков. . Он также обеспечивает классификацию битопных белков на 15 функциональных классов, более 700 структурных суперсемейств и 1400 семейств, а также трехмерные структуры комплексов битопных белков , которые также относятся к различным семействам. [ 1 ] Вторая версия Мембранома [ 2 ] предоставляет 3D-модели более 2000 параллельных гомодимеров, образованных ТМ α-спиралями битопных белков разных организмов, созданных с помощью программы TMDOCK. [ 3 ] Модели гомодимеров были проверены путем сравнения с имеющимися экспериментальными данными почти для 600 белков. [ 4 ] База данных включает в себя загружаемые файлы координат трансмембранных спиралей и их гомодимеров с рассчитанными границами мембран. Версия Membranome 3.0 включает модели, созданные AlphaFold 2 . [ 5 ]
Веб-сайт базы данных обеспечивает доступ к соответствующим веб-серверам FMAP. [ 6 ] и TMDOCK, разработанные для моделирования отдельных альфа-спиралей и их димерных комплексов в мембранах. База данных и веб-серверы использовались в экспериментальных и биоинформатических исследованиях битопных мембранных белков. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Ломизе, Андрей Л; Ломизе, Михаил А; Кролицкий, СР; Погожева, Ирина Д. (2017). «Мембраном: база данных для полнопротеомного анализа однопроходных мембранных белков» . Нуклеиновые кислоты Рез. 45 (Д1): Д250–Д255. дои : 10.1093/nar/gkw712 . ПМК 5210604 . ПМИД 27510400 .
- ^ Мембранома 2.0: база данных для полнопротеомного профилирования битопных белков и их димеров , авторы: Ломизе, Андрей Л., Хейдж, Джейкоб М., Погожева, Ирина Д., Биоинформатика , том: 34, выпуск: 6 страниц: 1061- 1062.
- ^ TMDOCK: Энергетический метод моделирования альфа-спиральных димеров в мембранах , Ломизе, Андрей Л. и Погожева, Ирина Д., Дж. Мол. Биол. , Том: 429 Выпуск: 3, страницы: 390-398
- ^ Страница проверки димера мембранома
- ^ Ломизе, Алабама; Шнитцер, Калифорния; Тодд, Южная Каролина; Черепанов С.; Оутейрал, К.; Дин, CM; Погожева, ИД (2022). «Мембраном 3.0: База данных однопроходных мембранных белков с моделями AlphaFold» . Белковая наука . 31 (5): e4318. дои : 10.1002/pro.4318 . ПМК 9047035 . ПМИД 35481632 .
- ^ Термодинамическая модель вторичной структуры альфа-спиральных пептидов и белков , Ломизе, А.Л. и Мосберг, Х.И., Биополимеры , том 42, выпуск: 2, страницы: 239-269.
- ^ Эволюция и адаптация однопроходных трансмембранных белков , авторы: Погожева, Ирина Д. и Ломизе, Андрей Л., Biochimica et. Biophysica Acta Biomembranes , Том: 1860 г. Выпуск: 2 Страницы: 364-377
- ^ Структуры мембранных белков: обзор инструментов компьютерного моделирования , автор Алмейда, Хосе Г.; Прето, Антонио Дж., Кукос, Панайотис И., Бонвин, Александр МЖЖ, Морейра, Ирина С. Biochimica et. Биофизика Acta , том. 1859 г., выпуск: 10, страницы: 2021-2039 гг.
- ^ Параметры ЯМР-релаксации метильных групп как инструмент для картирования границ взаимодействия спираль-спираль в мембранных белках , Лесовой Д.М., Минеев К.С., Брагин П.Е., Бочарова О.В., Бочаров Е.В., Арсеньев А.С., Я. Биомол. ЯМР , вып. 69, выпуск: 3, стр. 165-179
- ^ Пространственная структура трансмембранного домена TLR4 в бицеллах дает представление о механизме активации рецептора , Авторы: Минеев, Константин С., Гончарук, Сергей А., Гончарук, Марина В., Волынский, Павел Е., Новикова, Екатерина В., Арсеинев. , Александр С., Научные отчеты , вып. 7, артикул: 6864