Jump to content

База данных мембраномов

Мембраном
Содержание
Описание Данные об однопролетных (битопических) трансмембранных белках в геномах
Типы данных
захвачен
Все битопные белки шести модельных организмов
Организмы Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli , Methanococcus jannaschii
Контакт
Исследовательский центр Фармацевтический колледж Мичиганского университета
Первичное цитирование ПМИД   27510400
Дата выпуска 2017
Доступ
Веб-сайт http://membranome.org
URL-адрес загрузки Архивировано 16 июля 2018 года в Wayback Machine.
Инструменты
Интернет ФМАП и ТМДОК
Разнообразный
Версия 3.0
Политика курирования Куратор

База данных мембранома предоставляет структурную и функциональную информацию о более чем 6000 однопроходных (битопических) трансмембранных белках Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli и Methanocaldococcus jannaschii . [ 1 ] Битопные мембранные белки состоят из единственной трансмембранной альфа-спирали, соединяющей водорастворимые домены белка, расположенные на противоположных сторонах биологической мембраны. Эти белки часто участвуют в передаче сигналов и коммуникации между клетками многоклеточных организмов .

База данных предоставляет информацию об отдельных белках, включая созданные с помощью вычислений трехмерные модели их трансмембранных альфа-спиралей, пространственно расположенных в мембране, топологию , внутриклеточную локализацию , аминокислотные последовательности , архитектуру домена , функциональные аннотации и доступные экспериментальные структуры из банка данных белков. . Он также обеспечивает классификацию битопных белков на 15 функциональных классов, более 700 структурных суперсемейств и 1400 семейств, а также трехмерные структуры комплексов битопных белков , которые также относятся к различным семействам. [ 1 ] Вторая версия Мембранома [ 2 ] предоставляет 3D-модели более 2000 параллельных гомодимеров, образованных ТМ α-спиралями битопных белков разных организмов, созданных с помощью программы TMDOCK. [ 3 ] Модели гомодимеров были проверены путем сравнения с имеющимися экспериментальными данными почти для 600 белков. [ 4 ] База данных включает в себя загружаемые файлы координат трансмембранных спиралей и их гомодимеров с рассчитанными границами мембран. Версия Membranome 3.0 включает модели, созданные AlphaFold 2 . [ 5 ]

Веб-сайт базы данных обеспечивает доступ к соответствующим веб-серверам FMAP. [ 6 ] и TMDOCK, разработанные для моделирования отдельных альфа-спиралей и их димерных комплексов в мембранах. База данных и веб-серверы использовались в экспериментальных и биоинформатических исследованиях битопных мембранных белков. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]

  1. ^ Jump up to: а б Ломизе, Андрей Л; Ломизе, Михаил А; Кролицкий, СР; Погожева, Ирина Д. (2017). «Мембраном: база данных для полнопротеомного анализа однопроходных мембранных белков» . Нуклеиновые кислоты Рез. 45 (Д1): Д250–Д255. дои : 10.1093/nar/gkw712 . ПМК   5210604 . ПМИД   27510400 .
  2. ^ Мембранома 2.0: база данных для полнопротеомного профилирования битопных белков и их димеров , авторы: Ломизе, Андрей Л., Хейдж, Джейкоб М., Погожева, Ирина Д., Биоинформатика , том: 34, выпуск: 6 страниц: 1061- 1062.
  3. ^ TMDOCK: Энергетический метод моделирования альфа-спиральных димеров в мембранах , Ломизе, Андрей Л. и Погожева, Ирина Д., Дж. Мол. Биол. , Том: 429 Выпуск: 3, страницы: 390-398
  4. ^ Страница проверки димера мембранома
  5. ^ Ломизе, Алабама; Шнитцер, Калифорния; Тодд, Южная Каролина; Черепанов С.; Оутейрал, К.; Дин, CM; Погожева, ИД (2022). «Мембраном 3.0: База данных однопроходных мембранных белков с моделями AlphaFold» . Белковая наука . 31 (5): e4318. дои : 10.1002/pro.4318 . ПМК   9047035 . ПМИД   35481632 .
  6. ^ Термодинамическая модель вторичной структуры альфа-спиральных пептидов и белков , Ломизе, А.Л. и Мосберг, Х.И., Биополимеры , том 42, выпуск: 2, страницы: 239-269.
  7. ^ Эволюция и адаптация однопроходных трансмембранных белков , авторы: Погожева, Ирина Д. и Ломизе, Андрей Л., Biochimica et. Biophysica Acta Biomembranes , Том: 1860 г. Выпуск: 2 Страницы: 364-377
  8. ^ Структуры мембранных белков: обзор инструментов компьютерного моделирования , автор Алмейда, Хосе Г.; Прето, Антонио Дж., Кукос, Панайотис И., Бонвин, Александр МЖЖ, Морейра, Ирина С. Biochimica et. Биофизика Acta , том. 1859 г., выпуск: 10, страницы: 2021-2039 гг.
  9. ^ Параметры ЯМР-релаксации метильных групп как инструмент для картирования границ взаимодействия спираль-спираль в мембранных белках , Лесовой Д.М., Минеев К.С., Брагин П.Е., Бочарова О.В., Бочаров Е.В., Арсеньев А.С., Я. Биомол. ЯМР , вып. 69, выпуск: 3, стр. 165-179
  10. ^ Пространственная структура трансмембранного домена TLR4 в бицеллах дает представление о механизме активации рецептора , Авторы: Минеев, Константин С., Гончарук, Сергей А., Гончарук, Марина В., Волынский, Павел Е., Новикова, Екатерина В., Арсеинев. , Александр С., Научные отчеты , вып. 7, артикул: 6864
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 1aee8e3b9430ae939b77c2bd6f3e40ed__1716512700
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/1a/ed/1aee8e3b9430ae939b77c2bd6f3e40ed.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Membranome database - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)