STX6

STX6
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2NPS, 4J2C
Идентификаторы
Псевдонимы	STX6 , синтаксин 6
Внешние идентификаторы	Опустить : 603944 ; МГИ : 1926235 ; Гомологен : 115622 ; Генные карты : STX6 ; OMA : STX6 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	181,023,121 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 1 (mouse)
End	155,084,002 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	secondary oocyte; ; endothelial cell; ; gingival epithelium; ; ganglionic eminence; ; Brodmann area 23; ; skin of thigh; ; skin of hip; ; monocyte; ; primary visual cortex; ; cartilage tissue;
	Top expressed in
	external carotid artery; ; internal carotid artery; ; Rostral migratory stream; ; conjunctival fornix; ; epithelium of lens; ; medullary collecting duct; ; endocardial cushion; ; hair follicle; ; left lung lobe; ; Gonadal ridge;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; syntaxin binding; SNAP receptor activity; SNARE binding;
Cellular component	membrane; plasma membrane; SNARE complex; early endosome; phagocytic vesicle; perinuclear region of cytoplasm; clathrin-coated vesicle; trans-Golgi network; integral component of membrane; Golgi membrane; trans-Golgi network membrane; Golgi apparatus; nucleoplasm; cytosol; synaptic vesicle; integral component of synaptic vesicle membrane; endomembrane system;
Biological process	endosome organization; regulation of protein localization; vesicle docking; retrograde transport, endosome to Golgi; Golgi vesicle transport; protein transport; vesicle fusion; Golgi ribbon formation; vesicle-mediated transport; intracellular protein transport; endocytic recycling; synaptic vesicle to endosome fusion;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	10228
	58244
	ENSG00000135823
	ENSMUSG00000026470
	О43752
	Q9JKK1
	НМ_001286210 ; НМ_005819
	НМ_021433
	НП_001273139 ; НП_005810
	НП_067408
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Синтаксин-6 — это белок , который у человека кодируется STX6 геном . ^[5]^[6]

Взаимодействия

Было показано, что STX6 взаимодействует с SNAP23 . ^[7] ВАМП3 ^[8] и ВАМП4 . ^[8]

N-концевой белковый домен

Белковый домен N-концевой белковый домен синтаксина 6 представляет собой растворимый рецептор белка прикрепления фактора, чувствительного к N-этилмалеимиду ( SNARE ), обнаруженный в эндосомальных транспортных везикулах . Он является частью семейства целевых SNARE (t-SNARE). Это жизненно важная помощь в экспорте и импорте клеточных грузов посредством процесса, называемого торговлей сотами . Его мотив SNARE демонстрирует значительную гомологию как с синтаксином 1a, так и с S25C, что указывает на сходство благодаря эволюционной консервации . Структура демонстрирует сильное структурное сходство со структурными N - домена синтаксина 6 N-концевого концевыми доменами синтаксина 1a, Sso1p и Vam3p; несмотря на очень низкий уровень сходства последовательностей. SNARE действует по существу как привязь, удерживающая везикулу. Цитоплазматические области SNARE, обнаруженные на транспортных везикулах и мембранах-мишенях, взаимодействуют, после чего формируется четырехспиральная спираль. Это связывает клеточную мембрану и везикулы вместе таким образом, что преодолевается энергетический барьер, препятствующий слиянию двух липидных бислоев. Так происходит обмен клеточного груза. Эта конкретная статья посвящена N-концевому домену синтаксина 6. ^[9]

Структура

Члены этой группы, которые находятся на аминоконце различных белков SNARE, принимают структуру, состоящую из антипараллельного пучка трех спиралей. Их точная функция не определена, хотя известно, что они регулируют мотив SNARE, а также опосредуют различные белок-белковые взаимодействия, участвующие в мембранном транспорте. ^[10]

Функция

SNARE играют жизненно важную роль в торговле сотовыми грузами. Везикулы сливаются с клеточной мембраной с помощью белков SNARE. Мотивы SNARE образуют четырехспиральный пучок , способствующий слиянию двух мембран. Более конкретно, N-концевой домен связываетк мотиву SNARE, и это внутримолекулярное взаимодействие снижает скорость ассоциации с партнером SNARE. Однако функция N-концевого домена все еще остается полностью выясненной. ^[10]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000135823 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026470 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Мартин-Мартин Б., Набокина С.М., Лазо П.А., Моллинедо Ф. (март 1999 г.). «Совместная экспрессия нескольких генов синтаксина человека в нейтрофилах и дифференцировка клеток HL-60: варианты изоформ и обнаружение синтаксина 1» (PDF) . Журнал биологии лейкоцитов . 65 (3): 397–406. дои : 10.1002/jlb.65.3.397 . hdl : 10261/59829 . ПМИД 10080545 . S2CID 18988377 .
^ «Ген Энтрез: синтаксин STX6 6» .
^ Мартин-Мартин Б., Набокина С.М., Блази Дж., Лазо П.А., Моллинедо Ф. (октябрь 2000 г.). «Участие SNAP-23 и синтаксина 6 в экзоцитозе нейтрофилов человека». Кровь . 96 (7): 2574–83. дои : 10.1182/blood.V96.7.2574 . ПМИД 11001914 .
^ Jump up to: ^а ^б Маллард Ф., Тан Б.Л., Галли Т., Тенза Д., Сен-Поль А., Юэ Икс и др. (февраль 2002 г.). «Ранний транспорт эндосом к TGN включает два комплекса SNARE и изоформу Rab6» . Журнал клеточной биологии . 156 (4): 653–64. дои : 10.1083/jcb.200110081 . ПМК 2174079 . ПМИД 11839770 .
^ Юнг Дж.Дж., Инамдар С.М., Тивари А., Чоудхури А. (август 2012 г.). «Регуляция внутриклеточного мембранного транспорта и динамики клеток с помощью синтаксина-6» . Отчеты по биологическим наукам . 32 (4): 383–91. дои : 10.1042/BSR20120006 . ПМК 3392101 . ПМИД 22489884 .
^ Jump up to: ^а ^б Мисура К.М., Бок Дж.Б., Гонсалес Л.К., Шеллер Р.Х., Вайс В.И. (июль 2002 г.). «Трехмерная структура аминоконцевого домена синтаксина 6, гомолога C SNAP-25» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (14): 9184–9. дои : 10.1073/pnas.132274599 . ПМЦ 123115 . ПМИД 12082176 .

Дальнейшее чтение

Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Дж.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод «двойного адаптера» для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия . 236 (1): 107–13. дои : 10.1006/abio.1996.0138 . ПМИД 8619474 .
Бок Дж.Б., Лин Р.К., Шеллер Р.Х. (июль 1996 г.). «Новый член семейства синтаксинов, участвующий в нацеливании на внутриклеточные транспортные пузырьки» . Журнал биологической химии . 271 (30): 17961–5. дои : 10.1074/jbc.271.30.17961 . ПМИД 8663448 .
Ю В., Андерссон Б., Уорли К.С., Музный Д.М., Дин Ю., Лю В. и др. (апрель 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК» . Геномные исследования . 7 (4): 353–8. дои : 10.1101/гр.7.4.353 . ПМК 139146 . ПМИД 9110174 .
Симонсен А., Липпе Р., Кристофоридис С., Голье Дж.М., Брех А., Каллаган Дж. и др. (июль 1998 г.). «EEA1 связывает функцию PI (3) K с регуляцией Rab5 слияния эндосом». Природа . 394 (6692): 494–8. Бибкод : 1998Natur.394..494S . дои : 10.1038/28879 . ПМИД 9697774 . S2CID 4305220 .
Вонг С.Х., Сюй Ю., Чжан Т., Гриффитс Г., Лоу С.Л., Субраманиам В.Н. и др. (январь 1999 г.). «GS32, новый SNARE Гольджи массой 32 кДа, преимущественно взаимодействует с синтаксином 6» . Молекулярная биология клетки . 10 (1): 119–34. дои : 10.1091/mbc.10.1.119 . ПМЦ 25158 . ПМИД 9880331 .
Стигмайер М., Кламперман Дж., Фолетти Д.Л., Ю Дж.С., Шеллер Р.Х. (июнь 1999 г.). «Связанный с везикулами мембранный белок 4 участвует в транспортировке везикул через сеть Гольджи» . Молекулярная биология клетки . 10 (6): 1957–72. дои : 10.1091/mbc.10.6.1957 . ПМК 25394 . ПМИД 10359608 .
Симонсен А., Голье Ж.М., Д'Арриго А., Стенмарк Х. (октябрь 1999 г.). «Эффектор Rab5 EEA1 напрямую взаимодействует с синтаксином-6» . Журнал биологической химии . 274 (41): 28857–60. дои : 10.1074/jbc.274.41.28857 . ПМИД 10506127 .
Весы С.Дж., Чен Ю.А., Ю Б.И., Патель С.М., Дунг Ю.К., Шеллер Р.Х. (май 2000 г.). «SNARE способствуют специфичности слияния мембран» . Нейрон . 26 (2): 457–64. дои : 10.1016/S0896-6273(00)81177-0 . ПМИД 10839363 .
Мартин-Мартин Б., Набокина С.М., Блази Дж., Лазо П.А., Моллинедо Ф. (октябрь 2000 г.). «Участие SNAP-23 и синтаксина 6 в экзоцитозе нейтрофилов человека». Кровь . 96 (7): 2574–83. дои : 10.1182/blood.V96.7.2574 . ПМИД 11001914 .
Уэйд Н., Брайант, Нью-Джерси, Коннолли Л.М., Симпсон Р.Дж., Луцио Дж.П., Пайпер Р.К., Джеймс Д.Е. (июнь 2001 г.). «Комплексы синтаксина 7 с хвостовым интерактором 1b Vps10p мыши, синтаксином 6, мембранным белком, связанным с везикулами (VAMP) 8, и VAMP7 в клетках меланомы b16» (PDF) . Журнал биологической химии . 276 (23): 19820–7. дои : 10.1074/jbc.M010838200 . ПМИД 11278762 . S2CID 38183181 .
Чарест А., Лейн К., МакМахон К., Хаусман Д.Э. (август 2001 г.). «Ассоциация нового периферического белка Гольджи, содержащего домен PDZ, с белком-синтаксином Q-SNARE (Q-растворимый N-этилмалеимид-чувствительный слитый белок (NSF) с рецептором прикрепляющего белка)» . Журнал биологической химии . 276 (31): 29456–65. дои : 10.1074/jbc.M104137200 . ПМИД 11384996 .
Ротем-Йегудар Р., Гальперин Э., Горовиц М. (август 2001 г.). «Ассоциация рецептора инсулиноподобного фактора роста 1 с EHD1 и SNAP29» . Журнал биологической химии . 276 (35): 33054–60. дои : 10.1074/jbc.M009913200 . ПМИД 11423532 .
Ченг Дж., Мойер Б.Д., Милевски М., Лоффинг Дж., Икеда М., Микл Дж.Э. и др. (февраль 2002 г.). «Белок домена PDZ, ассоциированный с аппаратом Гольджи, модулирует экспрессию трансмембранного регулятора муковисцидоза в плазматической мембране» . Журнал биологической химии . 277 (5): 3520–9. дои : 10.1074/jbc.M110177200 . ПМИД 11707463 .
Маллард Ф., Тан Б.Л., Галли Т., Тенза Д., Сен-Поль А., Юэ Икс и др. (февраль 2002 г.). «Ранний транспорт эндосом к TGN включает два комплекса SNARE и изоформу Rab6» . Журнал клеточной биологии . 156 (4): 653–64. дои : 10.1083/jcb.200110081 . ПМК 2174079 . ПМИД 11839770 .
Мартинес-Арка С., Радж Р., Вакка М., Рапозо Г., Камонис Дж., Пру-Жиллардо В. и др. (июль 2003 г.). «Двойной механизм, контролирующий локализацию и функцию экзоцитарных v-SNARE» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (15): 9011–6. Бибкод : 2003PNAS..100.9011M . дои : 10.1073/pnas.1431910100 . ПМК 166429 . ПМИД 12853575 .
Ким БЯ, Уэда М, Коминами Э, Акагава К, Косака С, Акадзава С (ноябрь 2003 г.). «Идентификация мышиного Vps16 и биохимическая характеристика комплекса Vps класса C млекопитающих». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 311 (3): 577–82. дои : 10.1016/j.bbrc.2003.10.030 . ПМИД 14623309 .
Хюинь Х., Боттини Н., Уильямс С., Черепанов В., Мусумечи Л., Сайто К. и др. (сентябрь 2004 г.). «Контроль слияния пузырьков с помощью тирозинфосфатазы». Природная клеточная биология . 6 (9): 831–9. дои : 10.1038/ncb1164 . ПМИД 15322554 . S2CID 25311826 .

Внешние ссылки

STX6 Расположение человеческого гена в браузере генома UCSC .
Подробности о гене человека STX6 в браузере генома UCSC .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000135823 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026470 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10080545-5] Мартин-Мартин Б., Набокина С.М., Лазо П.А., Моллинедо Ф. (март 1999 г.). «Совместная экспрессия нескольких генов синтаксина человека в нейтрофилах и дифференцировка клеток HL-60: варианты изоформ и обнаружение синтаксина 1» (PDF) . Журнал биологии лейкоцитов . 65 (3): 397–406. дои : 10.1002/jlb.65.3.397 . hdl : 10261/59829 . ПМИД 10080545 . S2CID 18988377 .

[entrez-6] «Ген Энтрез: синтаксин STX6 6» .

[pmid11001914-7] Мартин-Мартин Б., Набокина С.М., Блази Дж., Лазо П.А., Моллинедо Ф. (октябрь 2000 г.). «Участие SNAP-23 и синтаксина 6 в экзоцитозе нейтрофилов человека». Кровь . 96 (7): 2574–83. дои : 10.1182/blood.V96.7.2574 . ПМИД 11001914 .

[pmid11839770-8] Jump up to: ^а ^б Маллард Ф., Тан Б.Л., Галли Т., Тенза Д., Сен-Поль А., Юэ Икс и др. (февраль 2002 г.). «Ранний транспорт эндосом к TGN включает два комплекса SNARE и изоформу Rab6» . Журнал клеточной биологии . 156 (4): 653–64. дои : 10.1083/jcb.200110081 . ПМК 2174079 . ПМИД 11839770 .

[pmid22489884-9] Юнг Дж.Дж., Инамдар С.М., Тивари А., Чоудхури А. (август 2012 г.). «Регуляция внутриклеточного мембранного транспорта и динамики клеток с помощью синтаксина-6» . Отчеты по биологическим наукам . 32 (4): 383–91. дои : 10.1042/BSR20120006 . ПМК 3392101 . ПМИД 22489884 .

[pmid12082176-10] Jump up to: ^а ^б Мисура К.М., Бок Дж.Б., Гонсалес Л.К., Шеллер Р.Х., Вайс В.И. (июль 2002 г.). «Трехмерная структура аминоконцевого домена синтаксина 6, гомолога C SNAP-25» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (14): 9184–9. дои : 10.1073/pnas.132274599 . ПМЦ 123115 . ПМИД 12082176 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]