ВПС13Б
| ВПС13Б | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | VPS13B , CHS1, COH1, вакуолярный белок, сортирующий гомолог B 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | ОМИМ : 607817 ; МГИ : 1916380 ; Гомологен : 49516 ; GeneCards : VPS13B ; ОМА : VPS13B — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| сортировка вакуолярного белка 13В (дрожжи) | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | ВПС13Б | ||
| Альт. символы | CHS1, COH1 | ||
| ген NCBI | 157680 | ||
| HGNC | 2183 | ||
| МОЙ БОГ | 607817 | ||
| RefSeq | НМ_184042 | ||
| ЮниПрот | Q7Z7G8 | ||
| Другие данные | |||
| Локус | 8 q22-q23 | ||
| |||
Белок межмембранного переноса липидов VPS13B , также известный как 13B, связанный с сортировкой вакуолярного белка , и белок 1 синдрома Коэна представляет собой белок , который у людей кодируется VPS13B геном . Это гигантский белок, связанный с аппаратом Гольджи , который, как полагают, участвует в сортировке и транспортировке пост-аппарата Гольджи. [5] Мутации человеческого гена VPS13B вызывают синдром Коэна .
Ген VPS13B также обозначается как CHS1, COH1, KIAA0532, [6] и DKFZp313I0811. [7]
Цитогенетическая локализация гена VPS13B человека — 8q22, который представляет собой длинное плечо восьмой хромосомы в положении 22.2. Были идентифицированы различные варианты сплайсинга, кодирующие изоформы. Каноническая форма экспрессируемого белка, кодируемого геном VPS13B человека, имеет 3997 аминокислот . [6]
Ген
[ редактировать ]Ген VPS13B расположен на хромосоме 8q22. Делеции в этой хромосоме связаны с синдромом Коэна , поэтому этот ген альтернативно называют COH1. [8] Ген состоит из 66 экзонов , четыре из которых являются альтернативными. [9] Схема альтернативного сплайсинга в гене VS13B сложна в анализируемых областях, включая экзоны 28B и 28. Это в конечном итоге приводит четырех терминирующих кодонов и трех альтернативно сплайсированных форм. к использованию [10] трансляции В экзоне 2 находится стартовый кодон . [9] VPS13B — большой ген: он охватывает область последовательности геномной ДНК длиной около 864 тысяч пар оснований, или 846 000 пар оснований. [9] Ген VPS13B широко экспрессируется, особенно в предстательной железе , семенниках, яичниках и толстой кишке, с транскриптами длиной от 12 до 14 пар оснований. Он также экспрессируется в головном мозге, печени и почках плода с транскриптами длиной от 2,0 до 5,0 тысяч пар оснований. Экспрессия во взрослом мозге очень минимальна. [11] Варианты 1А и 2А являются основными вариантами гена, которые кодируют белки из 4022 и 39997 аминокислот соответственно. [8] Две повторные последовательности Alu присутствуют в 3'-нетранслируемых областях. [12]
Номенклатура
[ редактировать ]Ген VPS13B также известен как: [13]
- CHS1
- COH1
- синдром Коэна 1
- ДКФЗп313И0811
- КИАА0532
- вакуолярный белок, сортирующий гомолог B 13 (дрожжи)
- сортировка вакуолярного белка 13B
- VP13B_HUMAN
Функция
[ редактировать ]Белки, продуцируемые геном VPS13B, входят в состав аппарата Гольджи . [13] Они также отвечают за сортировку и транспортировку белков внутри клетки. [13] Белок VPS13B важен, поскольку он играет важную роль в функции нормального роста, развитии нейронов и развитии адипоцитов. [13] Этот белок может также играть роль в развитии функций глаз, гематологической системы и центральной нервной системы; а также в хранении и распределении жиров в организме. [14] VPS13B находится в локусе 8q22.2. [13] Это означает, что ген VPS13B расположен на хромосоме 8 в положении 22.2 на длинном плече q на участке 8q22.2. [13] Белок VPS13B состоит из 4022 аминокислот и может иметь в общей сложности десять трансмембранных доменов и сложный набор функциональных мотивов. [15]
В настоящее время ген VPS13B признан геном, кодирующим белок, который продуцирует белок VPS13B. [16] Белок VPS13B связан с аппаратом Гольджи и внутриклеточными процессами, такими как модификация белка , организация белка и распределение белка. [17] Также предполагалось, что белок VPS13B может влиять на развитие определенных соматических клеток и систем организма, а также может участвовать в хранении и распределении жиров у человека. [6] [17]
Мутации в гене VPS13B могут привести к нарушению функции белка VPS13B. Мутации внутри гена считаются потенциальным фактором синдрома Коэна и аутизма . [17] [18] [19] [20] Считается, что при синдроме Коэна делеционные мутации в гене изменяют форму белка VPS13B, что приводит к образованию более короткого и нефункционирующего белка. [17] [19] Измененный белок VPS13B не может функционировать должным образом из-за этих генетических изменений, что приводит к обструкции регулярных процессов. [17] Исследования также связали мутации в гене VPS13B с остеопорозом . [8] связь между увеличением числа копий VPS13B и снижением минеральной плотности костной ткани у взрослых. Обнаружена [8] Тем не менее, нормальная, окончательная функция гена VPS13B неизвестна, как и конкретные последствия его мутированных форм.
Клиническое значение
[ редактировать ]более 150 типов различных мутаций гена VPS13B . У людей с диагнозом синдром Коэна выявлено [13] Делеция гена VPS13B вызывает сигнал преждевременной остановки в инструкциях по созданию белка VPS13B, в результате чего белок становится аномально коротким и нефункциональным. [13] Когда это происходит, нефункциональный белок приводит к неправильной работе аппарата Гольджи и останавливает нормальное гликозилирование. [13]
синдром Коэна
[ редактировать ]Истощение COH1 в HeLa клетках из-за РНК-интерференции нарушает нормальную организацию аппарата Гольджи. Делеции в этом гене являются причиной аутосомно-рецессивного синдрома Коэна. Фибробласты пациентов с синдромом Коэна также имеют аномалии Гольджи. [21] Было показано, что у пациентов с синдромом Коэна наблюдается дефектное гликозилирование белков . [22] что является основной функцией Гольджи, что подтверждает предположение о том, что дисфункция Гольджи способствует патологии синдрома Коэна. [21]
Синдром Коэна — очень редкое наследственное генетическое заболевание, которое диагностировано почти у тысячи человек во всем мире. Это происходит при наличии биаллельной мутации в гене VPS13B . Это расстройство вызывает множество симптомов, которые никогда не проходят. Микроцефалия, гипотония, ухудшение зрения, дистрофия сетчатки, задержка полового созревания, гипермобильность и ожирение — вот лишь несколько примеров. Люди с этим синдромом имеют четкие черты лица. У них выпуклые носы, глаза необычной формы, густые волосы, узкие руки и ноги и длинные тонкие пальцы. [23]
Симптомы синдрома Коэна начинают проявляться в очень молодом возрасте. При рождении у новорожденных симптомы могут вообще не проявляться, но как только у них начнут проявляться черты лица, это станет заметно. [24] У младенцев и детей оно начинается с отставания в развитии, а затем начинают проявляться задержки в развитии: формируются микроцефалия, ретинохородиальная дистрофия, задержка психомоторного развития, миопия высокой степени, нейтропения, гиперподвижность суставов и четкие черты лица. В подростковом и юношеском возрасте начинают вызывать беспокойство низкий рост и ожирение. Почти 30% людей с этим синдромом неразговорчивы и неграмотны. [25] Во многих случаях, когда при этом синдроме выражена задержка речи, во рту развиваются афтозные язвы, вызывающие боль. Многие люди, страдающие синдромом Коэна, начинают терять зрение к 30 годам. Хотя синдром Коэна не уменьшает продолжительность жизни, он снижает качество жизни из-за неспособности говорить и/или видеть. [24] Также известно, что пациенты с этим синдромом страдают судорогами, узкими руками и ногами, а также дефицитом гормона роста. [26]
Синдром Коэна — аутосомно-рецессивное заболевание, которое характеризуется преимущественно лицевым дисморфизмом, микроцефалией , слабостью суставов и интермиттирующей нейтропенией. Синдром Коэна наследуется по аутосомно-рецессивному типу, что означает, что вероятность быть носителем составляет 50%. Дети людей с этим синдромом являются носителями синдрома. [19] 75% людей с синдромом Коэна в финском населении имеют мутацию в обеих копиях гена. Мутации в гене VPS13B встречаются лишь в небольшом количестве семей, за пределами групп финнов и амишей. [17]
Нейтропения
[ редактировать ]Другое заболевание, которому VPS13B способствует ген , — это нейтропения , при которой наблюдается низкая концентрация нейтрофилов. [27] разновидность лейкоцитов. Это приводит к тому, что пострадавший человек становится более восприимчивым к инфекциям и болезням. [27] Хотя это генетическое заболевание, оно также может быть вызвано некоторыми лекарствами, а иногда и костным мозгом. [ нужны разъяснения ] [27]
Болезнь Саттона 2
[ редактировать ]Болезнь Саттона — хроническое воспалительное заболевание, вызывающее образование болезненных язв во рту. [28] Они могут быть разного размера и вызывать разную боль. Заболевание чаще называют язвой . [28]
Саркома Юинга
[ редактировать ]Саркома Юинга — это раковая опухоль в костях или мягких тканях, таких как хрящи или нервы. [29] Обычно он встречается у детей, подростков и молодых людей. [29] Другие заболевания похожи на саркому Юинга, но это единственное заболевание, имеющее ген VPS13B. [29]
Микроцефалия
[ редактировать ]Микроцефалия — это заболевание, при котором голова деформируется и становится меньше обычного. [30] В большинстве случаев люди с микроцефалией испытывают судороги, задержку развития и проблемы с движением, равновесием и приемом пищи. Может произойти потеря слуха и зрения. [30]
Другой
[ редактировать ]Синдромальный аутизм также связан с этим геном. [7] как и умственная отсталость . [31] [32]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000132549 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037646 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Белок 13B, связанный с вакуолярной сортировкой белков (IPR039782)» . ИнтерПро . ЭМБЛ-ЭБИ . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с «Вакуолярный белок VPS13B, сортирующий гомолог B 13 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . Энтрез Джин . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 7 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «Ген: VPS13B» . СФАРИ Ген . Проверено 8 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д Дэн Ф.Ю., Чжао Л.Дж., Пей Ю.Ф., Ша Б.И., Лю С.Г., Ян Х., Ван Л., Ян Т.Л., Рекер Р.Р., Папасян С.Дж., Дэн Х.В. (апрель 2010 г.). «Исследование ассоциации вариаций числа копий всего генома показало, что ген VPS13B вызывает остеопороз у европеоидов» . Международный остеопороз . 21 (4): 579–87. дои : 10.1007/s00198-009-0998-7 . ПМЦ 2924432 . ПМИД 19680589 .
- ^ Jump up to: а б с Велайос-Баэса А., Веттори А., Копли Р.Р., Добсон-Стоун С., Монако AP (сентябрь 2004 г.). «Анализ семейства генов человека VPS13». Геномика . 84 (3): 536–49. дои : 10.1016/j.ygeno.2004.04.012 . ПМИД 15498460 .
- ^ Колемайнен Дж., Блэк Г.К., Сааринен А., Чандлер К., Клейтон-Смит Дж., Трескелин А.Л. и др. (июнь 2003 г.). «Синдром Коэна вызван мутациями в новом гене COH1, кодирующем трансмембранный белок, который, предположительно, играет роль в везикулярной сортировке и внутриклеточном транспорте белков» . Американский журнал генетики человека . 72 (6): 1359–69. дои : 10.1086/375454 . ПМК 1180298 . ПМИД 12730828 .
- ^ «Центр арабских геномных исследований CTGA Details» . Центр арабских геномных исследований . 2018.
- ^ Тэдмур Дж. (2005). «Ген COH1» (PDF) . Центр арабских геномных исследований . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я «Ген VPS13B» . Домашний справочник по генетике . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ «Ген человека VPS13B» . Генные карты . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ «Анализ гена VPS13B (COH1) при синдроме Коэна» (PDF) . ГенДкс . Декабрь 2016 г. Архивировано из оригинала (PDF) 11 ноября 2018 г. . Проверено 4 ноября 2018 г.
- ^ «Ген: VPS13B (ENSG00000132549) Homo sapiens» . ГРЧ37 Просмотрщик архивов 94 . Проверено 9 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж «Ген VPS13B» . Домашний справочник по генетике . Проверено 7 ноября 2018 г.
- ^ Ионита-Лаза И., Капану М., Де Рубейс С., МакКаллум К., Буксбаум Дж.Д. (декабрь 2014 г.). «Идентификация редких причинных вариантов в исследованиях на основе последовательностей: методы и применение к VPS13B, гену, участвующему в синдроме Коэна и аутизме» . ПЛОС Генетика . 10 (12): e1004729. дои : 10.1371/journal.pgen.1004729 . ПМЦ 4263785 . ПМИД 25502226 .
- ^ Jump up to: а б с Баликова И., Лехесйоки А.Е., де Равель Т.Дж., Тьенпонт Б., Чандлер К.Е., Клейтон-Смит Дж., Трескелин А.Л., Фринс Дж.П., Вермиш Дж.Р. (сентябрь 2009 г.). «Делеции в гене VPS13B (COH1) как причина синдрома Коэна» . Человеческая мутация . 30 (9): Е845-54. дои : 10.1002/humu.21065 . ПМИД 19533689 . S2CID 45212182 .
- ^ Ю Т.В., Чахрур М.Х., Коултер М.Е., Джиралерспонг С., Окамура-Икеда К., Атаман Б. и др. (январь 2013 г.). «Использование секвенирования всего экзома для выявления наследственных причин аутизма» . Нейрон . 77 (2): 259–73. дои : 10.1016/j.neuron.2012.11.002 . ПМЦ 3694430 . ПМИД 23352163 .
- ^ Jump up to: а б Зайферт В., Кюниш Дж., Марицен Т., Хорн Д., Хауке В., Хеннис ХК (октябрь 2011 г.). «Белок, связанный с синдромом Коэна, COH1, представляет собой новый гигантский матричный белок Гольджи, необходимый для целостности аппарата Гольджи» . Журнал биологической химии . 286 (43): 37665–75. дои : 10.1074/jbc.M111.267971 . ПМК 3199510 . ПМИД 21865173 .
- ^ Дюпломб Л., Дювет С., Пико Д., Джего Дж., Эль Шехаде-Джеббар С., Марл Н. и др. (май 2014 г.). «Синдром Коэна связан с серьезными дефектами гликозилирования» . Молекулярная генетика человека . 23 (9): 2391–9. дои : 10.1093/hmg/ddt630 . ПМИД 24334764 .
- ^ «Синдром Коэна» . Домашний справочник по генетике . Проверено 9 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «Синдром Коэна» . Orphanet: Портал редких заболеваний и орфанных лекарств . Париж, Франция: INSERM US14 . Проверено 10 ноября 2018 г.
- ^ Ван Х, Фальк М.Дж., Венсель С., Трабулси Э. (1993). «Синдром Коэна» . Адам М.П., Ардингер Х.Х., Пагон Р.А., Уоллес С.Е., Бин Л.Дж., Стивенс К., Амемия А. (ред.). Джин Обзоры . Сиэтл (Вашингтон): Вашингтонский университет, Сиэтл. ПМИД 20301655 . Проверено 10 ноября 2018 г.
- ^ Интернет-менделевское наследование у человека (OMIM): синдром Коэна; ЦОН1 - 216550
- ^ Jump up to: а б с «Болезнь нейтропения: Малакардс - исследовательские статьи, лекарства, гены, клинические испытания» . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «Болезнь Саттона 2» . Малакардс — исследовательские статьи, лекарства, гены, клинические испытания . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с «Саркома Юинга» . Малакардс — исследовательские статьи, лекарства, гены, клинические испытания . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «Болезнь микроцефалия» . Малакардс — исследовательские статьи, лекарства, гены, клинические испытания . Проверено 11 ноября 2018 г.
- ^ Нидерланды. «Болезнь № 00139 — Global Variome поделился LOVD» . Лейденская открытая база данных вариаций (LOVD) . Проверено 9 ноября 2018 г.
- ^ «Наследственные мутации аутизма, обнаруженные с помощью геномного секвенирования в семьях Ближнего Востока» . Вектор . Бостонская детская больница. 25 января 2013 г. Архивировано из оригинала 19 сентября 2020 г. Проверено 9 ноября 2018 г.