Факторы инициации архей

Факторы инициации архей представляют собой белки , которые используются на трансляции этапе синтеза белка у архей . Основные функции, которые выполняют эти белки, включают распознавание рибосомной РНК / мРНК , доставку инициатора Met- tRNA _и^Из, метионин связывает тРНКи с рибосомой 40s и корректирует инициирующий комплекс . ^{[ 1 ]}

Сохранение факторов инициации архей

Из трех областей жизни — архей , эукариотов и бактерий — количество архейных TIF находится где-то между эукариотами и бактериями; эукариоты имеют наибольшее количество TIF, а бактерии, упорядочив процесс, имеют только три TIF. ^{[ 1 ]} Мало того, что количество TIF архей находится между количеством бактерий и эукариот, но и факторы инициации архей, как видно, имеют как черты эукариотических, так и прокариотических факторов инициации. ^{[ 2 ]} Два основных TIF, IF1/IF1A и IF2/IF5B, консервативны во всех трех сферах жизни. ^{[ 1 ]} Существует также полууниверсальный TIF, обнаруженный у всех архей и эукариот, называемый SUI1 , но только у некоторых видов бактерий (YciH). У архей и эукариот эти TIF помогают корректировать идентификацию инициирующего кодона, тогда как у бактерий его функция неизвестна. ^{[ 1 ]} Между эукариотами и архей a/eIF2 (тример) и aIF6 у архей консервативны у эукариот как eIF2 (тример) и eIF6 TIF. ^{[ 1 ]}

Археи также могут нести гомологи эукариотического eIF2B (фактор обмена GTP для eIF2). Однако окончательно идентифицирована только α-субъединица, поэтому она, вероятно, не действует как фактор обмена GTP у архей. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Существует также гомолог eIF4A , но он, по-видимому, не участвует в инициации трансляции. ^{[ 5 ]}

Список факторов инициации

aIF1: гомолог SUI1 (eIF1). ^{[ 6 ]}
aIF1A: IF1 / eIF1A . гомолог ^{[ 6 ]} Играет роль в занятии сайта рибосомы A, помогая однозначному размещению тРНКи в сайте P в большой субъединице рибосомы. ^{[ 1 ]}
aIF2: тримерный, eIF2 . гомолог ^{[ 6 ]} Связывается с малой субъединицей 40S рибосомы, помогая начать трансляцию мРНК в белки . ^{[ 7 ]} Может заменить eIF2. ^{[ 2 ]}
aIF5A: EF-P / eIF5A гомолог . Содержит гипузин , как и эукариотический. ^{[ 8 ]} На самом деле фактор удлинения. ^{[ 9 ]}
aIF5B: IF2 / eIF5B . гомолог ^{[ 6 ]} Соедините рибосомальные субъединицы (малые и большие), чтобы сформировать полную единую (мономерную) рибосомальную единицу, связанную с мРНК, на поздних стадиях инициации. ^{[ 1 ]}
aIF6: eIF6 гомолог . Разделяет две субъединицы рибосомы. ^{[ 6 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Эрнандес, Греко; Джагус, Розмари (10 августа 2016 г.). «Эволюция инициации трансляции: от архей к эукариям». Эволюция механизма синтеза белка и его регуляция . Эрнандес, Греко, Ягус, Розмари. Швейцария. стр. 61–79. дои : 10.1007/978-3-319-39468-8_4 . ISBN 9783319394688 . OCLC 956539514 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
^ Jump up to: ^а ^б Дмитриев Сергей Евгеньевич; Столбушкина Елена Александровна; Теренин Илья М.; Андреев Дмитрий Евгеньевич; Гарбер, Мария Б.; Шацкий, Иван Н. (2011). «Архейный фактор инициации трансляции aIF2 может заменить эукариотический eIF2 при рибосомальном сканировании во время образования комплекса 48S млекопитающих». Журнал молекулярной биологии . 413 (1): 106–114. дои : 10.1016/j.jmb.2011.08.026 . ПМИД 21884705 .
^ Гогой, П; Шривастава, А; Джаяпракаш, П; Джейакантан, Дж; Канауджа, СП (1 января 2016 г.). «Анализ in silico показывает, что PH0702 и PH0208 кодируют метилтиорибозо-1-фосфат-изомеразу и рибозо-1,5-бисфосфат-изомеразу соответственно, а не aIF2Bβ и aIF2Bδ». Джин . 575 (1): 118–26. дои : 10.1016/j.gene.2015.08.048 . ПМИД 26318479 .
^ Шмитт, Эммануэль; Куре, Пьер-Дамьен; Казань, Рами; Буржуа, Габриэль; Лазеннек-Шурдевин, Кристина; Мечулам, Ив (18 сентября 2020 г.). «Последние достижения в инициировании архейной трансляции» . Границы микробиологии . 11 . дои : 10.3389/fmicb.2020.584152 . ПМЦ 7531240 . ПМИД 33072057 .
^ Шрамм, Ф; Борст, А; Линн, Ю; Соппа, Дж (2021). «Выяснение сети взаимодействия факторов инициации трансляции Haloferax volcanii выявляет сопряжение транскрипции и трансляции у Haloarchaea» . Границы микробиологии . 12 : 742806. doi : 10.3389/fmicb.2021.742806 . ПМЦ 8576121 . ПМИД 34764944 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Бенелли, Д; Лондей, П. (январь 2011 г.). «Инициация перевода в архее: консервативные и предметно-специфичные особенности». Труды Биохимического общества . 39 (1): 89–93. дои : 10.1042/BST0390089 . ПМИД 21265752 .
^ Гогои, Прерана; Канауджия, Шанкар Прасад (2018). «Фактор инициации трансляции 1 архей и эукариев различается петлями, взаимодействующими с РНК» . Письма ФЭБС . 592 (9): 1602–1610. дои : 10.1002/1873-3468.13044 . ПМИД 29608219 . S2CID 4559350 .
^ Девер, TE; Гутьеррес, Э; Шин, Б.С. (2014). «Гипузин-содержащий фактор трансляции eIF5A» . Критические обзоры по биохимии и молекулярной биологии . 49 (5): 413–25. дои : 10.3109/10409238.2014.939608 . ПМЦ 4183722 . ПМИД 25029904 .
^ Росси, Д; Курошу, Р; Занелли, CF; Валентини, СР (2013). «eIF5A и EF-P: два уникальных фактора перевода теперь идут одной дорогой». Междисциплинарные обзоры Wiley. РНК . 5 (2): 209–22. дои : 10.1002/wrna.1211 . ПМИД 24402910 . S2CID 25447826 .

[:0-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Эрнандес, Греко; Джагус, Розмари (10 августа 2016 г.). «Эволюция инициации трансляции: от архей к эукариям». Эволюция механизма синтеза белка и его регуляция . Эрнандес, Греко, Ягус, Розмари. Швейцария. стр. 61–79. дои : 10.1007/978-3-319-39468-8_4 . ISBN 9783319394688 . OCLC 956539514 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )

[sub-2] Jump up to: ^а ^б Дмитриев Сергей Евгеньевич; Столбушкина Елена Александровна; Теренин Илья М.; Андреев Дмитрий Евгеньевич; Гарбер, Мария Б.; Шацкий, Иван Н. (2011). «Архейный фактор инициации трансляции aIF2 может заменить эукариотический eIF2 при рибосомальном сканировании во время образования комплекса 48S млекопитающих». Журнал молекулярной биологии . 413 (1): 106–114. дои : 10.1016/j.jmb.2011.08.026 . ПМИД 21884705 .

[3] Гогой, П; Шривастава, А; Джаяпракаш, П; Джейакантан, Дж; Канауджа, СП (1 января 2016 г.). «Анализ in silico показывает, что PH0702 и PH0208 кодируют метилтиорибозо-1-фосфат-изомеразу и рибозо-1,5-бисфосфат-изомеразу соответственно, а не aIF2Bβ и aIF2Bδ». Джин . 575 (1): 118–26. дои : 10.1016/j.gene.2015.08.048 . ПМИД 26318479 .

[4] Шмитт, Эммануэль; Куре, Пьер-Дамьен; Казань, Рами; Буржуа, Габриэль; Лазеннек-Шурдевин, Кристина; Мечулам, Ив (18 сентября 2020 г.). «Последние достижения в инициировании архейной трансляции» . Границы микробиологии . 11 . дои : 10.3389/fmicb.2020.584152 . ПМЦ 7531240 . ПМИД 33072057 .

[5] Шрамм, Ф; Борст, А; Линн, Ю; Соппа, Дж (2021). «Выяснение сети взаимодействия факторов инициации трансляции Haloferax volcanii выявляет сопряжение транскрипции и трансляции у Haloarchaea» . Границы микробиологии . 12 : 742806. doi : 10.3389/fmicb.2021.742806 . ПМЦ 8576121 . ПМИД 34764944 .

[pmid21265752-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Бенелли, Д; Лондей, П. (январь 2011 г.). «Инициация перевода в архее: консервативные и предметно-специфичные особенности». Труды Биохимического общества . 39 (1): 89–93. дои : 10.1042/BST0390089 . ПМИД 21265752 .

[7] Гогои, Прерана; Канауджия, Шанкар Прасад (2018). «Фактор инициации трансляции 1 архей и эукариев различается петлями, взаимодействующими с РНК» . Письма ФЭБС . 592 (9): 1602–1610. дои : 10.1002/1873-3468.13044 . ПМИД 29608219 . S2CID 4559350 .

[8] Девер, TE; Гутьеррес, Э; Шин, Б.С. (2014). «Гипузин-содержащий фактор трансляции eIF5A» . Критические обзоры по биохимии и молекулярной биологии . 49 (5): 413–25. дои : 10.3109/10409238.2014.939608 . ПМЦ 4183722 . ПМИД 25029904 .

[pmid24402910-9] Росси, Д; Курошу, Р; Занелли, CF; Валентини, СР (2013). «eIF5A и EF-P: два уникальных фактора перевода теперь идут одной дорогой». Междисциплинарные обзоры Wiley. РНК . 5 (2): 209–22. дои : 10.1002/wrna.1211 . ПМИД 24402910 . S2CID 25447826 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]