Биоинформатический комбайн

Биоинформатический комбайн
Разработчик(и)	Урбан Либель, Бьёрн Киндлер
Стабильная версия	4 / 24 мая 2011 г .; 13 лет назад
Операционная система	веб-интерфейс
Тип	Инструмент биоинформатики
Веб-сайт	комбайн .набор .edu [ постоянная мертвая ссылка ]

Bioinformatic Harvester — биоинформационная метапоисковая система, созданная Европейской лабораторией молекулярной биологии. ^[1] и впоследствии размещенный и доработанный Технологическим институтом KIT Карлсруэ для генов и информации, связанной с белками. В настоящее время Harvester работает с людях , мышах , крысах , рыбках данио , дрозофилах и Arabidopsis thaliana информацией о . Harvester связывает более 50 популярных биоинформатических ресурсов и позволяет осуществлять перекрестный поиск. Harvester ежедневно передает десятки тысяч страниц ученым и врачам. С 2014 года сервис не работает.

Как работает Харвестер

Harvester собирает информацию из баз данных белков и генов, а также информацию с так называемых «серверов прогнозирования». Сервер прогнозирования, например, обеспечивает онлайн-анализ последовательности одного белка. Индекс поиска комбайнов основан на сборе информации о белках IPI и UniProt . Коллекции состоят из:

~72 000 человек, ~57 000 мышей, ~41 000 крыс, ~51 000 рыбок данио, ~35 000 страниц белка арабидопсиса, которые перекрестно связывают ~50 основных биоинформатических ресурсов.

Harvester объединяет несколько типов информации

Текстовая информация

Из следующих баз данных:

UniProt , одна из крупнейших баз данных белков
ИСТОЧНИК , удобный обзор информации о генах
Простой инструмент исследования модульной архитектуры (SMART)
SOSUI предсказывает трансмембранные домены
PSORT предсказывает локализацию белка
HomoloGene сравнивает белки разных видов.
gfp-cdna , локализация белка с помощью флуоресцентной микроскопии
Международный белковый индекс (IPI)

Базы данных, богатые графическими элементами

Эти базы данных не собираются, а связаны ссылками и отображаются через iframe . iframe — это окно на HTML- странице для встроенного просмотра связанной базы данных и интерактивного доступа к ней. Несколько таких iframe объединяются на одной странице белка Harvester. Это позволяет одновременно и удобно сравнивать информацию из нескольких баз данных.

NCBI- BLAST , алгоритм сравнения биологических последовательностей из NCBI.
Ensembl , автоматическая аннотация генов, проводимая EMBL -EBI и Институтом Сэнгера.
FlyBase — база данных модельного организма Drosophila melanogaster.
GoPubMed — основанная на знаниях поисковая система по биомедицинским текстам.
iHOP , информация, связанная с белками посредством синонимов гена/белка.
Проект «Менделевское наследование у человека» каталогизирует все известные болезни.
RZPD , Немецкий ресурсный центр исследований генома в Берлине/Гейдельберге.
STRING , инструмент поиска взаимодействующих генов/белков, разработанный EMBL , SIB и UZH.
Информационная сеть данио
НАЙТИ базу данных субклеточной локализации (мышь)

Доступ из внешнего приложения

Геномный браузер , рабочие проекты сборок геномов UCSC
Google Академика
Миточек
PolyMeta — метапоисковая система для Google, Yahoo, MSN, Ask, Exalead, AllTheWeb, GigaBlast.

Что можно найти

Harvester позволяет комбинировать различные условия поиска и отдельные слова.

Примеры поиска:

Генное имя: "golga3"
Ген-псевдоним: «ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS» (достаточно одного имени гена)
Генные онтологии: «Сигнальный путь белка связанного с ферментом рецептора»
Unigene - Кластер: "Hs.449360"
Go-аннотация: «транспорт внутри Гольджи».
Молекулярная функция: «связывание протеинкиназы».
Белок: «Q9NPD3»
Белковый домен: «SH2 sar»
Локализация белка: «эндоплазматическая сеть».
Хромосома: «2q31»
Соответствующее заболевание: используйте слово «ссылка на заболевание».
Комбинации: «ссылка на болезнь Гольджи» (находит все белки Гольджи, связанные с заболеванием)
мРНК : «AL136897»
Слово: «Рак»
Комментарий: «высоко выражено сердцем»
Автор: "Меркель, Шмидт"
Публикация или проект: « кДНК » Проект секвенирования

См. также

Литература

Либель У., Киндлер Б., Пепперкок Р. (август 2004 г.). « 'Harvester': быстрая метапоисковая система белковых ресурсов человека» . Биоинформатика . 20 (12): 1962–3. doi : 10.1093/биоинформатика/bth146 . ПМИД 14988114 .
Либель У., Киндлер Б., Пепперкок Р. (2005). «Биоинформатический «Комбайн»: поисковая система для полногеномных белковых ресурсов человека, мыши и крысы». ГТФазы, регулирующие мембранную динамику . Методы энзимологии. Том. 404. стр. 19–26. дои : 10.1016/S0076-6879(05)04003-6 . ISBN 9780121828097 . ПМИД 16413254 .

Примечания и ссылки

^ Манодж, М; Элизабет, Джейкоб (октябрь 2008 г.). «Поиск информации в Интернете с помощью метапоисковых систем: обзор» (PDF) . Журнал научных и промышленных исследований . 67 (10): 739–746. ISSN 0022-4456 .

Внешние ссылки

Официальный сайт ^{[ постоянная мертвая ссылка ]} Биоинформатический комбайн V в Технологическом институте KIT Карлсруэ
«Harvester42 в КИТ — интеграция 50 поисковых систем общего назначения» . Архивировано из оригинала 6 января 2013 г. Проверено 6 января 2013 г.

[1] Манодж, М; Элизабет, Джейкоб (октябрь 2008 г.). «Поиск информации в Интернете с помощью метапоисковых систем: обзор» (PDF) . Журнал научных и промышленных исследований . 67 (10): 739–746. ISSN 0022-4456 .

[1]