Международный белковый индекс
Международный белковый индекс ( IPI ) — это несуществующая белков база данных , созданная в 2001 году Европейским институтом биоинформатики (EBI) и закрытая в 2011 году. Его цель заключалась в том, чтобы предоставить сообществу протеомиков ресурс, который позволит
- номера доступа из различных баз данных биоинформатики , которые необходимо нанести на карту
- полный набор белков для вида, т.е. эталонный набор
В своей последней версии IPI содержал полные эталонные наборы для шести видов животных: Homo sapiens (человек), Mus musculus (мышь), Rattus norvegicus (крыса), Bos taurus (крупный рогатый скот), Gallus Gallus (курица) и Danio rerio ( данио); и один вид растений: Arabidopsis thaliana (кресс-салат). Наборы данных для людей, мышей и крыс были первыми, которые были разработаны и объединили информацию, взятую из баз данных Swiss-Prot , TrEMBL , Ensembl и RefSeq . [1]
История
[ редактировать ]В 2001 году, когда был запущен IPI, базы данных, каталогизирующие человеческие гены, сильно различались и имели мало связей между ними. С тех пор было получено гораздо больше данных, дающих более полную картину, и базы данных начали сотрудничать для синхронизации данных. В настоящее время многие модельные организмы имеют эталонный набор генов/белков, которые каталогизированы в Ensembl / UniProt соответственно, а также в других видоспецифичных базах данных. Из-за этой избыточности IPI был прекращен в 2011 году. EBI посоветовала пользователям своих услуг использовать номера доступа UniProtKB в качестве идентификаторов белков.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Керси П.Дж., Дуарте Дж., Уильямс А., Каравидопулу Ю., Бирни Э., Апвейлер Р. (июль 2004 г.). «Международный белковый индекс: интегрированная база данных для экспериментов по протеомике». Протеомика . 4 (7): 1985–8. дои : 10.1002/pmic.200300721 . ПМИД 15221759 . S2CID 17199787 .