Информация, связанная гиперссылками на белки

Information Hyperlinked over Proteins (или iHOP ) — это онлайн -служба интеллектуального анализа текста , которая предоставляет управляемую генами сеть для доступа к рефератам PubMed . Сервис был основан Робертом Хоффманном и Альфонсо Валенсией в 2004 году. ^[1]^[2]

Концепция, лежащая в основе iHOP, заключается в том, что с помощью генов и белков в качестве гиперссылок между предложениями и аннотациями информация в PubMed может быть преобразована в один доступный для навигации ресурс. Навигация по взаимосвязанным предложениям внутри этой сети вместо использования обычного поиска по ключевым словам позволяет поэтапно и контролируемо получать информацию. Более того, эта литературная сеть может быть наложена на экспериментальные данные взаимодействия, чтобы облегчить одновременный анализ новых и существующих знаний. По состоянию на сентябрь 2014 года сеть, представленная в iHOP, содержит 28,4 миллиона предложений и 110 000 генов от более чем 2700 организмов, включая модельные организмы Homo sapiens , Mus musculus , Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans , Danio rerio , Arabidopsis thaliana , Saccharomyces cerevisiae и Escherichia coli . .

Система iHOP показала, что при переходе от гена к гену отдаленные медицинские и биологические концепции могут быть связаны лишь небольшим количеством генов; Было показано, что кратчайший путь между двумя генами включает в среднем четыре промежуточных гена. ^[1]

Архитектура системы iHOP состоит из двух отдельных частей: «фабрики iHOP» и веб-приложения. Фабрика iHOP управляет исходными данными PubMed (текстовыми и генными данными) и организует их в реляционной базе данных PostgreSQL . Фабрика iHOP также создает соответствующие выходные данные XML для отображения веб-приложения. ^[2]

iHOP бесплатен для использования и распространяется по лицензии Creative Commons BY-ND . ^[3]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Хоффманн, Р; Валенсия, А (июль 2004 г.). «Генная сеть для навигации по литературе» . Природная генетика . 36 (7): 664. doi : 10.1038/ng0704-664 . ПМИД 15226743 .
^ Jump up to: ^а ^б Хоффманн, Р.; Валенсия, А. (3 октября 2005 г.). «Реализация концепции iHOP для навигации по биомедицинской литературе» . Биоинформатика . 21 (Приложение 2): ii252–ii258. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1142 . ПМИД 16204114 .
^ «iHOP — Зона разработчика» . ihop-net.org . Проверено 3 сентября 2014 г.

Внешние ссылки

iHOP-сервер

[nat-genet-1] Jump up to: ^а ^б Хоффманн, Р; Валенсия, А (июль 2004 г.). «Генная сеть для навигации по литературе» . Природная генетика . 36 (7): 664. doi : 10.1038/ng0704-664 . ПМИД 15226743 .

[implementation-2] Jump up to: ^а ^б Хоффманн, Р.; Валенсия, А. (3 октября 2005 г.). «Реализация концепции iHOP для навигации по биомедицинской литературе» . Биоинформатика . 21 (Приложение 2): ii252–ii258. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1142 . ПМИД 16204114 .

[ihop-dz-3] «iHOP — Зона разработчика» . ihop-net.org . Проверено 3 сентября 2014 г.

[1]

[2]

[3]