ПСОРТ

PSORT — это биоинформатический инструмент, используемый для прогнозирования мест локализации белков в клетках . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} В качестве входных данных он получает информацию об аминокислотной последовательности и таксоне ее происхождения (например, грамотрицательные бактерии ). Затем он анализирует входную последовательность, применяя сохраненные правила для различных особенностей последовательности известных сигналов сортировки белков. Наконец, он сообщает о возможности локализации входного белка в каждом сайте-кандидате с дополнительной информацией.

Исследователи, использующие этот инструмент, могут с определенной степенью вероятности предсказать, где в клетке с наибольшей вероятностью локализуется белок. Это связано с тем, что белки локализуются клеточным механизмом, который распознает последовательности сигнальных пептидов (аналогично почтовому адресу) и перемещает белок в подходящее место. Сигнальный пептид часто отщепляется после достижения места назначения. PSORT использует известные последовательности сигнальных пептидов для анализа и прогнозирования того, какая входная последовательность с наибольшей вероятностью приведет к локализации.

Локализация белка важна, поскольку она подтверждает предполагаемую роль, которую может играть белок. Например, следует ожидать, что ферменты каталазы (белки, которые превращают перекись в воду и кислород) локализуются в пероксисоме, поскольку это область высокой пероксидной активности. Анализируя последовательность сигнального пептида и визуальную локализацию по экспрессии GFP , получены убедительные доказательства этой роли.

Программа была написана доктором Кентой Накаи из Центра генома человека Института медицинских наук Токийского университета , Япония, и доступна бесплатно для всех пользователей.

Внешняя ссылка

Сайт ПСОРТ

Ссылки

^ Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сигналов сортировки в белках и прогнозирования их субклеточной локализации». Тенденции биохимии. Наука . 24 (1): 34–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01336-X . ПМИД 10087920 .
^ Гарди Дж.Л., Спенсер С., Ван К. и др. (июль 2003 г.). «PSORT-B: Улучшение прогнозирования субклеточной локализации белков грамотрицательных бактерий» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (13): 3613–7. дои : 10.1093/нар/gkg602 . ПМК 169008 . ПМИД 12824378 .

[pmid10087920-1] Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сигналов сортировки в белках и прогнозирования их субклеточной локализации». Тенденции биохимии. Наука . 24 (1): 34–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01336-X . ПМИД 10087920 .

[pmid12824378-2] Гарди Дж.Л., Спенсер С., Ван К. и др. (июль 2003 г.). «PSORT-B: Улучшение прогнозирования субклеточной локализации белков грамотрицательных бактерий» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (13): 3613–7. дои : 10.1093/нар/gkg602 . ПМК 169008 . ПМИД 12824378 .

[ 1 ]

[ 2 ]