Список баз данных для онкогеномных исследований

Базы данных для онкогеномных исследований — это биологические базы данных, посвященные данным о раке и онкогеномным исследованиям . Они могут быть основным источником данных о раке, предлагать определенный уровень анализа (обработанные данные) или даже предлагать интеллектуальный анализ данных в режиме онлайн .

Список

В таблице ниже представлен обзор баз данных, предназначенных специально для онкогеномных исследований. Обратите внимание, что это не полный список и не содержит баз данных общего назначения. Вы можете найти базы данных, содержащие данные о раке, в Списке биологических баз данных или базах данных микрочипов .

База данных	Институт/Организация	Типы изменений	Первоисточник ^{[т 1]}	Обработанные данные ^{[т 2]}	Организмы	Клеточные линии ^{[т 3]}	Публичные данные ^{[т 4]}	Ограниченные данные ^{[т 5]}
Пакет BioExpress® Oncology Suite от Ocimum Bio Solutions содержит данные об экспрессии генов из образцов первичных, метастатических и доброкачественных опухолей, а также нормальных образцов, включая соответствующие соседние контрольные образцы. (Онкологический пакет BioExpress) →	Оцимум Био Солюшнс , США	Экспрессия генов	Да	Да	Человек, Крыса и Мышь	Да	Нет	Да
ClinicalTrials.gov содержит описания и некоторые результаты клинических испытаний, многие из которых нацелены на геном. →	Национальные институты здравоохранения , США	Различный	Да	Да	Человек	Нет	Да	Нет
Проект Data Sphere от Консорциума генерального директора по наукам о жизни позволяет исследователям обмениваться, интегрировать и анализировать обезличенные данные о раке III фазы на уровне пациента, в группе сравнения. →	Консорциум генеральных директоров Life Sciences , США	Различный	Нет	Да	Человек	Нет	Да	Да
Каталог соматических мутаций при раке (COSMIC) →	Wellcome Trust Sanger Institute , Великобритания	Мутация	Нет	Да	Человек	Да	Да	Да
Портал cBio по геномике рака →	Мемориальный онкологический центр Слоан-Кеттеринг , США	Число копий , Мутация , Метилирование , Экспрессия генов , Экспрессия микроРНК , Белок , Фосфорилирование	Нет	Да	Человек	Нет	Да	Нет
Международный консорциум генома рака →	По всему миру	Мутация	Да	Да	Человек	Нет	Да	Да
Браузер интегративной онкогеномики рака (IntOGen) →	Университет Помпеу Фабра , Испания	Число копий , Мутация , Экспрессия гена	Нет	Да	Человек	Нет	Да	Нет
База данных мышиных ретровирусов, помеченных генами рака →	Институт молекулярной и клеточной биологии , Сингапур	Мутации	Да	Да	Мышь	Нет	Да	Нет
База данных биологии опухолей мыши → ^{[примечание 1]}	Лаборатория Джексона , США	Число копий , Мутация , Метилирование , Экспрессия генов	Нет	Нет	Мышь	Нет	Нет	Нет
OncoDB.HCC →	Академия Синика , Тайвань	Номер копии , экспрессия гена , QTL	Нет	Да	Человек , Мышь , Крыса	Нет	Да	Нет
Genevestigator → содержит данные из многочисленных общедоступных репозиториев, включая GEO и известные проекты по исследованию рака, такие как TCGA .	Небион АГ , Швейцария	Экспрессия генов	Нет	Да	Человек , Мышь , Крыса , Обезьяна , Собака и другие.	Да	Да	Да
OncoLand от Omicsoft Corporation содержит данные крупномасштабных проектов Genomic, включая TCGA , ICGC и других]	Корпорация Omicsoft , США	Число копий , Мутация , Метилирование , Экспрессия генов , Экспрессия микроРНК , Белок , Фосфорилирование	Да	Да	Человек, Крыса и Мышь	Да	Да	Да
Oncomine →	Compendia Bioscience, Inc., США	Экспрессия генов	Нет	Да	Человек	Да	Нет	Да
Oncoreveal →	Университет Богазичи , Турция	Экспрессия генов	Нет	Да	Человек	Нет	Да	Нет
Progenetix →	Университет Цюриха , Швейцария	Копировать номер	Нет	Да	Человек	Да	Да	Нет
Атлас генома рака →	Национальный институт рака , США	Число копий , Мутация , Метилирование , Экспрессия генов , Экспрессия микроРНК	Да	Да	Человек	Нет	Да	Да
CancerResource →	Университетская медицина в Берлине, Германия
База данных генома рака «Рош» (RCGDB) [1]	Roche Diagnostics, Пенцберг, Германия
Сеть генов рака →	Королевский колледж Лондона , Великобритания	Мутация	Нет	Да	Человек	Нет	Да	Нет
МутаГен	NCBI, НИЗ, США	Мутация	Нет	Да	Человек	Нет	Да	Нет

См. также

Примечания

^ Содержит только ссылки на биологические данные.

Ссылки

^ База данных является сайтом публикации (некоторых) необработанных данных о раке.
^ База данных содержит данные о раке на определенном уровне анализа (неисходные данные).
^ База данных также содержит данные о клеточных линиях.
^ База данных содержит данные о раке, доступные каждому.
^ База данных содержит данные о раке, доступные только с некоторыми ограничениями.

Внешние ссылки

Список наборов данных и баз данных Национального института рака

[6] Содержит только ссылки на биологические данные.

[1] База данных является сайтом публикации (некоторых) необработанных данных о раке.

[2] База данных содержит данные о раке на определенном уровне анализа (неисходные данные).

[3] База данных также содержит данные о клеточных линиях.

[4] База данных содержит данные о раке, доступные каждому.

[5] База данных содержит данные о раке, доступные только с некоторыми ограничениями.

[т 1]

[т 2]

[т 3]

[т 4]

[т 5]

[примечание 1]