Генный исследователь
| Тип продукта | Приложение |
|---|---|
| Владелец | Небион АГ |
| Страна | Швейцария |
| Представлено | 1 января 2004 г |
| Веб-сайт | www |
Genevestigator — это приложение, состоящее из базы данных экспрессии генов и инструментов для анализа данных. Он существует в двух версиях: биомедицинской и растительной, в зависимости от вида используемого микрочипа и RNAseq, а также секвенирования одноклеточной РНК данных . Он был начат в январе 2004 года учеными из ETH Zurich и в настоящее время разрабатывается и коммерциализируется компанией Nebion AG.
Исследователи и ученые из академических кругов и промышленности используют его для идентификации, характеристики и проверки новых мишеней лекарств и биомаркеров, определения подходящих исследовательских моделей и в целом для понимания того, как экспрессия генов меняется при различных методах лечения.
База данных экспрессии генов
[ редактировать ]База данных Genevestigator включает трансциптомные данные из многочисленных общедоступных репозиториев, включая GEO , Array Express и известных проектов по исследованию рака, таких как TCGA . В зависимости от лицензионного соглашения он также может содержать данные частных исследований экспрессии генов. Все данные обрабатываются вручную, контролируются качество и дополняются описаниями образцов и экспериментов, взятыми из соответствующих научных публикаций.
Число видов, из которых взяты образцы, постоянно увеличивается. В настоящее время биомедицинская версия содержит данные от человека , мыши и крысы , использованные в биомедицинских исследованиях. Исследования экспрессии генов относятся к различным областям исследований, включая онкологию, иммунологию, неврологию, дерматологию и сердечно-сосудистые заболевания. Образцы включают биопсии тканей и клеточные линии.
Версия для растений (более недоступная) содержала как широко используемые модельные виды, такие как арабидопсис и медикаго , так и основные виды сельскохозяйственных культур, такие как кукуруза , рис , пшеница и соя . После приобретения Nebion AG компанией Immunai Inc. в июле 2021 года данные о растениях начали постепенно сокращаться, поскольку биотехнологическая компания уделила приоритетное внимание биофармацевтическим данным. С 2023 года данные о заводе будут храниться на отдельном сервере для оставшихся пользователей с лицензией на заводскую версию Genevestigator.
Инструменты экспрессии генов
[ редактировать ]Более 60 000 ученых из академических кругов и промышленности используют Genevestigator для своей работы в области молекулярной биологии , токсигеномики , открытия биомаркеров и проверки целевых показателей. Оригинальная научная публикация была процитирована более 3500 раз.
Инструменты анализа разделены на три основных набора:
- Инструменты ПОИСКА СОСТОЯНИЯ: найдите такие состояния, как ткань, заболевание, лечение или генетический фон, которые регулируют интересующий ген(ы).
- Инструменты ПОИСКА ГЕНОВ: найдите гены, которые конкретно экспрессируются в интересующих состояниях.
- Инструменты ПОИСКА ПО СХОЖИМ: найдите гены или условия, которые демонстрируют схожий характер экспрессии генов.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- Прасад А., Суреш Кумар С., Дессимоз С., Блейлер С., Лауле О., Хруз Т., Груиссем В. и П. Циммерманн (2013). Глобальная регуляторная архитектура транскриптомов тканей человека, мыши и крысы. БМС Геномика 2013, 14:716.
- Хруц Т., Висс М., Лукас С., Лауле О., фон Рор П., Циммерманн П. и С. Блейлер (2013) Алгоритм многоуровневой гамма-кластеризации для визуализации биологических сетей. Достижения в области биоинформатики, том. 2013, номер статьи 920325, 10 страниц, 2013. doi:10.1155/2013/920325.
- Хруз Т., Висс М., Докье М., Пфаффл М.В., Масанец С., Борги Л., Вербрюгге П., Калайджиева Л., Блейлер С., Лауле О., Дескомб П., Груиссем В. и П. Циммерманн (2011) RefGenes: идентификация надежных и конкретных эталонных источников гены для нормализации данных RT-qPCR. БМС Геномика 2011, 12:156.
- Хруз Т., Лауле О., Сабо Г., Вессендорп Ф., Блейлер С., Эртле Л., Видмайер П., Груиссем В. и П. Циммерманн (2008) Genevestigator V3: база данных эталонных выражений для метаанализа транскриптомов . Успехи биоинформатики 2008, 420747.
- Греннан А.К. (2006) Геневедатор. Облегчение веб- анализа экспрессии генов. Физиология растений 141(4):1164-6.
- Лауле О., Хирш-Хоффманн М., Хруз Т., Груиссем В. и П. Циммерманн (2006). Интернет-анализ транскриптома мыши с использованием Genevestigator. БМК Биоинформатика 7:311
- Циммерманн П., Хенниг Л. и В. Груиссем (2005)Анализ экспрессии генов и обнаружение сетей с использованием Genevestigator. Тенденции в растениеводстве 9 10, 407-409
- Циммерманн П., Хирш-Хоффманн М., Хенниг Л. и В. Груиссем (2004) ГЕНЕВЕСТИГАТОР: База данных микрочипов Arabidopsis и набор инструментов для анализа. Физиология растений 136 1, 2621-2632
- Циммерманн П., Шильдкнехт Б., Гарсия-Эрнандес М., Груиссем В., Крейгон Д., Мукерджи Г., Мэй С., Паркинсон Х., Ри С., Вагнер У. и Л. Хенниг (2006) MIAME/Plant – повышение ценности экспериментов с микрочипами растений. Растительные методы 2, 1