МЕГАРЫ
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | MEGARes — это база данных об устойчивости к противомикробным препаратам, созданная для высокопроизводительного секвенирования на базе сотрудничающих центров. |
| Типы данных захвачен | Гены и фенотипы устойчивости к противомикробным препаратам |
| Организмы | Бактерии |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Техасский университет A&M, Университет Миннесоты, Университет Флориды, Университет штата Колорадо |
| Первичное цитирование | ПМИД 27899569 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://meglab.org |
| URL-адрес загрузки | Скачать |
| Разнообразный | |
| Добавить в закладки сущности | да |
MEGARes — это созданная вручную база данных устойчивости к антибиотикам , которая включает ранее опубликованные последовательности устойчивости к противомикробным препаратам, а также расширяется за счет включения опубликованных последовательностей для детерминант устойчивости к металлам и биоцидам. В MEGARes 3.0 узлы ациклической иерархической онтологии включают четыре типа противомикробных соединений, 59 классов, 223 механизма устойчивости и 1448 групп генов, которые классифицируют 8733 образца генов. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Это работает в сочетании с биоинформатическим конвейером AMR++ (версия 3.0) для классификации последовательностей резистомов непосредственно из FASTA. [ нужна ссылка ]
База данных ориентирована на анализ крупномасштабных наборов данных экологических последовательностей со структурой аннотаций, которая позволяет разрабатывать высокопроизводительные ациклические классификаторы и иерархический статистический анализ больших данных. Аннотация MEGARes состоит из трех иерархических уровней при рассмотрении генов УПП: класс препарата, механизм и группа. Полный контент MEGARes был составлен на основе всех опубликованных последовательностей, включая различные другие базы данных: Resfinder, ARG-ANNOT, Комплексную базу данных по устойчивости к антибиотикам (CARD) и архив бета-лактамаз Национального центра биотехнологической информации (NCBI) клиники Лэхи. [ нужна ссылка ]
MEGARes позволяет пользователям анализировать устойчивость к противомикробным препаратам на популяционном уровне, аналогично анализу микробиома, на основе последовательности FASTA. Кроме того, пользователи могут получить доступ к AMR++, биоинформатическому конвейеру для резистомного анализа наборов метагеномных данных, который можно интегрировать с базой данных MEGARes. [ нужна ссылка ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Лакин С.М., Дин С., Нойес Н.Р., Деттенвангер А., Росс А.С., Достер Э., Ровира П., Абдо З., Джонс К.Л., Руис Дж., Белк К.Э., Морли П.С., Баучер С. MEGARes: база данных устойчивости к противомикробным препаратам для высокопроизводительного секвенирования . Нуклеиновые кислоты Рез. 4 января 2017 г.; 45 (D1): D574-D580. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1009 .
- ^ Достер Э., Лакин С.М., Дин С.Дж., Вулф С., Янг Дж.Г., Баучер С., Белк К.Э., Нойес Н.Р., Морли PS. MEGARes 2.0: база данных для классификации детерминант устойчивости к противомикробным препаратам, биоцидам и металлам в данных метагеномных последовательностей. Нуклеиновые кислоты Рез. 8 января 2020 г.;48(D1):D561-D569. https://doi.org/10.1093/nar/gkz1010
- ^ Бонин Н., Достер Э., Уорли Х., Пиннелл Л.Дж., Браво Дж., Ферм П., Марини С., Проспери М., Нойес Н.Р., Морли П.С., Баучер С. MEGARes и AMR++, v3.0: Обновленная комплексная база данных детерминант устойчивости к противомикробным препаратам. и улучшенный программный конвейер для классификации с использованием высокопроизводительного секвенирования. Нуклеиновые кислоты Res 2022 gkac1047. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1047 .
 | Эта микробиологии, статья, посвященная незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |