Jump to content

Протеинпедия человека

Human Proteinpedia , которая тесно связана с Институтом биоинформатики (IOB) в Бангалоре и Университетом Джонса Хопкинса , представляет собой портал для обмена и интеграции протеомных данных человека. [1] [2] Это позволяет исследовательским лабораториям вносить и поддерживать аннотации белков. Справочная база данных по белкам человека ( HPRD ) объединяет данные, хранящиеся в Human Proteinpedia, вместе с существующей литературной информацией в контексте отдельного белка. [3] [4] По сути, исследователи могут добавлять новые данные в HPRD, зарегистрировавшись в Human Proteinpedia. Данные, размещенные в Human Proteinpedia, доступны для бесплатного скачивания. Подчеркивая важность размещения протеомных данных в общедоступных репозиториях, Nature Methods рекомендует Human Proteinpedia в своей редакционной статье. [5] В этой работе принимают участие более 70 лабораторий.

Типы данных

[ редактировать ]

Данные, относящиеся к посттрансляционным модификациям , белок-белковым взаимодействиям , тканевой экспрессии, экспрессии в клеточных линиях , субклеточной локализации и взаимоотношениям фермент- субстрат, могут быть представлены в Human Proteinpedia.

Экспериментальные платформы

[ редактировать ]

Аннотации белков, представленные в Human Proteinpedia, взяты из ряда платформ, таких как

  1. коиммунопреципитации и масс-спектрометрии Белковое взаимодействие на основе
  2. коиммунопреципитации и вестерн-блоттинга Белковое взаимодействие на основе
  3. флуоресценции Эксперименты на основе
  4. Иммуногистохимия
  5. Масс-спектрометрический анализ
  6. Белковые и пептидные микрочипы
  7. Вестерн-блоттинг
  8. дрожжевого двухгибрида Белково-белковое взаимодействие на основе

Этот портал, позволяющий добавлять информацию о белках, был разработан в результате совместных усилий лаборатории доктора Ахилеша Панди из Университета Джонса Хопкинса и Института биоинформатики .

Часто задаваемые вопросы

[ редактировать ]

* Каковы критерии предоставления данных?

Любой исследователь, отвечающий следующим критериям, может предоставить данные:

i) предоставляет экспериментально полученные данные, и

ii) готов поделиться данными, и,

iii) желает быть указан в качестве «соавтора» данных

* Могу ли я предоставлять данные анонимно?

Анонимные вклады не допускаются. Сведения о вкладчике должны быть четко представлены при предоставлении данных.

* Могут ли биоинформатически предсказанные данные передаваться через Human Proteinpedia?

Прогнозы любого типа не допускаются. Предоставленные данные должны быть получены экспериментальным путем и сопровождаться экспериментальными данными.

* Проходят ли предоставленные данные экспертную оценку?

Данные не подлежат экспертной оценке, и должны быть предоставлены фактические экспериментальные данные (необработанные или обработанные).

* Что произойдет с противоречивыми результатами разных лабораторий?

В тех случаях, когда данная запись задокументирована как ошибочная, мы проконсультируемся с участвовавшей(ыми) группой(ами) по поводу удаления записи.

[ редактировать ]
  1. ^ Кандасами и др. Human Proteinpedia: единый ресурс для исследований в области протеомики. Исследования нуклеиновых кислот. Предварительный доступ опубликован 23 октября 2008 г., DOI 10.1093/nar/gkn701.
  2. ^ Мативанан и др. Human Proteinpedia позволяет обмениваться данными о человеческом белке. Нат Биотехнология. 2008 февраль;26:164-7
  3. ^ Мишра и др. Справочная база данных по белкам человека — обновление 2006 г. Нуклеиновые кислоты Рез. 34 января 2006 г. (проблема с базой данных): D411-4
  4. ^ Пери и др. Разработка справочной базы данных по белкам человека как исходной платформы для подхода к системной биологии человека. Геном Рез. Октябрь 2003 г.; 13: 2363-71.
  5. ^ Редакция. Вы поделитесь своими данными. Нац методы. 2008 март;5:209
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: c400b0aac36685dfd981acedd850f50b__1675577640
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/c4/0b/c400b0aac36685dfd981acedd850f50b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Human Proteinpedia - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)