Протеинпедия человека
Human Proteinpedia , которая тесно связана с Институтом биоинформатики (IOB) в Бангалоре и Университетом Джонса Хопкинса , представляет собой портал для обмена и интеграции протеомных данных человека. [1] [2] Это позволяет исследовательским лабораториям вносить и поддерживать аннотации белков. Справочная база данных по белкам человека ( HPRD ) объединяет данные, хранящиеся в Human Proteinpedia, вместе с существующей литературной информацией в контексте отдельного белка. [3] [4] По сути, исследователи могут добавлять новые данные в HPRD, зарегистрировавшись в Human Proteinpedia. Данные, размещенные в Human Proteinpedia, доступны для бесплатного скачивания. Подчеркивая важность размещения протеомных данных в общедоступных репозиториях, Nature Methods рекомендует Human Proteinpedia в своей редакционной статье. [5] В этой работе принимают участие более 70 лабораторий.
Типы данных
[ редактировать ]Данные, относящиеся к посттрансляционным модификациям , белок-белковым взаимодействиям , тканевой экспрессии, экспрессии в клеточных линиях , субклеточной локализации и взаимоотношениям фермент- субстрат, могут быть представлены в Human Proteinpedia.
Экспериментальные платформы
[ редактировать ]Аннотации белков, представленные в Human Proteinpedia, взяты из ряда платформ, таких как
- коиммунопреципитации и масс-спектрометрии Белковое взаимодействие на основе
- коиммунопреципитации и вестерн-блоттинга Белковое взаимодействие на основе
- флуоресценции Эксперименты на основе
- Иммуногистохимия
- Масс-спектрометрический анализ
- Белковые и пептидные микрочипы
- Вестерн-блоттинг
- дрожжевого двухгибрида Белково-белковое взаимодействие на основе
Этот портал, позволяющий добавлять информацию о белках, был разработан в результате совместных усилий лаборатории доктора Ахилеша Панди из Университета Джонса Хопкинса и Института биоинформатики .
Часто задаваемые вопросы
[ редактировать ]* Каковы критерии предоставления данных?
Любой исследователь, отвечающий следующим критериям, может предоставить данные:
i) предоставляет экспериментально полученные данные, и
ii) готов поделиться данными, и,
iii) желает быть указан в качестве «соавтора» данных
* Могу ли я предоставлять данные анонимно?
Анонимные вклады не допускаются. Сведения о вкладчике должны быть четко представлены при предоставлении данных.
* Могут ли биоинформатически предсказанные данные передаваться через Human Proteinpedia?
Прогнозы любого типа не допускаются. Предоставленные данные должны быть получены экспериментальным путем и сопровождаться экспериментальными данными.
* Проходят ли предоставленные данные экспертную оценку?
Данные не подлежат экспертной оценке, и должны быть предоставлены фактические экспериментальные данные (необработанные или обработанные).
* Что произойдет с противоречивыми результатами разных лабораторий?
В тех случаях, когда данная запись задокументирована как ошибочная, мы проконсультируемся с участвовавшей(ыми) группой(ами) по поводу удаления записи.
Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кандасами и др. Human Proteinpedia: единый ресурс для исследований в области протеомики. Исследования нуклеиновых кислот. Предварительный доступ опубликован 23 октября 2008 г., DOI 10.1093/nar/gkn701.
- ^ Мативанан и др. Human Proteinpedia позволяет обмениваться данными о человеческом белке. Нат Биотехнология. 2008 февраль;26:164-7
- ^ Мишра и др. Справочная база данных по белкам человека — обновление 2006 г. Нуклеиновые кислоты Рез. 34 января 2006 г. (проблема с базой данных): D411-4
- ^ Пери и др. Разработка справочной базы данных по белкам человека как исходной платформы для подхода к системной биологии человека. Геном Рез. Октябрь 2003 г.; 13: 2363-71.
- ^ Редакция. Вы поделитесь своими данными. Нац методы. 2008 март;5:209