Субклеточная локализация
Клетки тщательно эукариотических организмов разделены на функционально различные мембраносвязанные компартменты. Некоторыми основными составляющими эукариотических клеток являются: внеклеточное пространство , плазматическая мембрана , цитоплазма , ядро , митохондрии , аппарат Гольджи , эндоплазматическая сеть (ЭР), пероксисома , вакуоли , цитоскелет , нуклеоплазма , ядрышко , ядерный матрикс и рибосомы .
Бактерии также имеют субклеточную локализацию, которую можно разделить при фракционировании клетки. Наиболее распространенные локализации включают цитоплазму , цитоплазматическую мембрану (также называемую внутренней мембраной у грамотрицательных бактерий), клеточную стенку (которая обычно толще у грамположительных бактерий) и внеклеточную среду. Цитоплазма, цитоплазматическая мембрана и клеточная стенка являются субклеточными локализациями, тогда как внеклеточная среда явно не является таковой. Большинство грамотрицательных бактерий также имеют наружную мембрану и периплазматическое пространство . В отличие от эукариот, большинство бактерий не содержат мембраносвязанных органелл, однако есть некоторые исключения (например, магнитосомы ). [1]
Базы данных субклеточного местоположения белков
[ редактировать ]Экспериментально определенное субклеточное расположение белков можно найти в UniProtKB , Compartments и еще в нескольких специализированных ресурсах, таких как база данных секретома молочнокислых бактерий .
Существует также несколько баз данных о субклеточном местоположении с вычислительными прогнозами , таких как база знаний о секретомах грибов и субклеточных протеомах - версия 2. Архивировано 10 апреля 2016 г. на Wayback Machine (FunSecKB2), база знаний о секретомах растений и субклеточных протеомах. Архивировано 6 апреля 2016 г. в Wayback Machine (PlantSecKB), MetazSecKB. Архивировано 6 апреля 2016 г. в Wayback Machine для определения субклеточных местоположений белков человека и животных, а также ProtSecKB для субклеточных местоположений белков всех простейших.
Proteome Analyst — это свободно доступный веб-сервер и онлайн-инструментарий для прогнозирования субклеточной локализации белков. [2]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Шулер Д. (2004). Молекулярный анализ субклеточного компартмента: мембрана магнитосомы Magnetospirillum gryphiswaldense.Арка Микробиол. 181:1-7
- ^ Фише, Алона; Ифэн Лю; Дуэйн Шафрон; Рассел Грейнер; Пол Лу (2008). «Улучшение прогнозирования субклеточной локализации с использованием классификации текста и онтологии генов» . Биоинформатика . 24 (21): 2512–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btn463 . ПМИД 18728042 .