Матрица сходства белков
Матрица сходства белков ( SIMAP ) представляет собой базу данных сходств белков, созданную с помощью добровольных вычислений . [1] [2] Он находится в свободном доступе для научных целей. SIMAP использует алгоритм FASTA для предварительного расчета сходства белков, в то время как другое приложение использует скрытые модели Маркова для поиска белковых доменов . SIMAP – это совместный проект Мюнхенского технического университета , Мюнхенского центра им. Гельмгольца и Венского университета .
Проект
[ редактировать ]В начале каждого месяца в проекте обычно появлялись новые рабочие единицы. Совсем недавно (2010 г.) включение последовательностей окружающей среды в базу данных потребовало более длительных периодов деятельности, например, нескольких месяцев непрерывной работы. Обычно эти обновления происходили дважды в год. [ нужна ссылка ]
В четвертом квартале 2010 года проект был перенесен в Венский университет из-за отказа электроинфраструктуры в Мюнхенском техническом университете. Часть этого упражнения включала создание URL-адреса конкретного проекта , требующего от существующих волонтеров и пользователей отсоединиться от проекта или снова подключиться к нему.
30 мая 2014 г. администраторы проекта объявили, что после 10-летней истории SIMAP покинет BOINC к концу 2014 г. Однако исследования SIMAP будут продолжаться с использованием локального оборудования, состоящего из «обычных мультисистем». -ядерные процессоры (несколько сотен), выполняющие оптимизированную для SSE версию алгоритма Смита-Уотермана ».
Вычислительная платформа
[ редактировать ]SIMAP использовала Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) платформу распределенных вычислений .
Замечания по производительности приложения
[ редактировать ]Время работы процессора рабочего блока варьировалось в широких пределах: от 15 минут до 3 часов. Размер рабочих блоков варьировался от 1,5 до 2,2 МБ каждый, в среднем около 2 МБ. SIMAP предоставила клиентское программное обеспечение, оптимизированное для процессоров с поддержкой SSE и процессоров x86-64 . Для более старых процессоров предусмотрены приложения, не относящиеся к SSE, но требуется выполнить действия по установке вручную. операционные системы SIMAP поддерживает следующие : Linux , Windows , Mac OS , Android и другие платформы UNIX. Поскольку база данных иногда заполнялась всеми общеизвестными белковыми последовательностями и метагеномами, предварительно рассчитанными в рамках проекта, доступная работа состояла из недавно опубликованных белковых последовательностей и метагеномов, которые необходимо было предварительно вычислить для SIMAP.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Арнольд, Р.; Раттей, Т.; Тишлер, П.; Труонг, доктор медицинских наук; Штюмпфлен, В.; Мьюз, HW (2005). «SIMAP — матрица сходства белков» . Биоинформатика . 21 (Приложение 2): ii42–ii46. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1107 . ISSN 1367-4803 . ПМЦ 1347468 . ПМИД 16204123 .
- ^ Раттей, Т.; Арнольд, Р.; Тишлер, П.; Линднер, Д.; Штюмпфлен, В.; Мьюз, HW (2006). «SIMAP: матрица сходства белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): Д252–Д256. дои : 10.1093/нар/gkj106 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 1347468 . ПМИД 16381858 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |