Проект складывания протеома человека
Проект складывания протеома человека ( HPF ) — это совместная работа Нью-Йоркского университета ( лаборатория Бонно ), Института системной биологии (ISB) и Вашингтонского университета ( лаборатория Бейкера ) с использованием программного обеспечения Rosetta , разработанного Rosetta Commons. Проект управляется лабораторией Бонно.
На этапе 1 HPF программное обеспечение Rosetta v4.2x применялось к геному человека и 89 другим, начиная с ноября 2004 года. Фаза 1 завершилась в июле 2006 года. На этапе 2 HPF (HPF2) программное обеспечение Rosetta v4.8x применяется в более высоком разрешении, «полное уточнение атомов». «режим, концентрирующийся на биомаркерах рака (белки, обнаруживаемые в значительно повышенных количествах в раковых тканях), секретируемых человеком белках и малярии .
Фаза 1 проходила на двух волонтерских вычислительных сетях: на United Devices и Grid.org на World Community Grid , благотворительной инициативе IBM . Фаза 2 проекта выполнялась исключительно в сети World Community Grid; он прекратил свое существование в 2013 году после более чем 9 лет участия IBM. [1]
Институт системной биологии будет использовать результаты вычислений в своих более масштабных исследованиях.
Публикации
[ редактировать ]- Мальмстрем, Ларс; Риффл, Майкл; Штраус, Чарли EM; Чивиан, Дилан; Дэвис, Триша Н.; Бейкер, Дэвид; Бейкер, Д. (2007), «Назначение суперсемейства дрожжевого протеома посредством интеграции прогнозирования структуры с онтологией генов», PLOS Biology , 5 (4): e76, doi : 10.1371/journal.pbio.0050076 , PMC 1828141 , PMID 17373854
- Дрю, К; Уинтерс, П; Баттерфосс, ГЛ; Берстис, В; Уплингер, К; Армстронг, Дж; Риффл, М; Швайгофер, Э; Боверманн, Б; Гудлетт, доктор медицинских наук; Дэвис, Теннесси; Шаша, Д; Мальмстрем, Л; Бонно, Р. (ноябрь 2011 г.). «Проект складывания протеома: предсказание структуры и функции в масштабе протеома» . Геномные исследования . 21 (11): 1981–94. дои : 10.1101/гр.121475.111 . ПМК 3205581 . ПМИД 21824995 . *
- Бальц, АГ; Мюншауэр, М; Шванхойссер, Б; Василе, А; Муракава, Ю; Шуелер, М; Янгс, Н.; Пенфолд-Браун, Д; Дрю, К; Милек, М; Уайлер, Э; Бонно, Р; Зельбах, М; Дитрих, К; Ландталер, М. (8 июня 2012 г.). «Протеом, связанный с мРНК, и его глобальный профиль занятости в транскриптах, кодирующих белки» . Молекулярная клетка . 46 (5): 674–90. doi : 10.1016/j.molcel.2012.05.021 . ПМИД 22681889 . (Использованное кратное обогащение и прогнозирование функций) [1]
- Ван, К.Х.; Исидро, Алабама; Домингес, Л; Эскандарян, ГА; Маккенни, ПТ; Дрю, К; Грабовский, П; Чуа, Миннесота; Барри, СН; Гуань, М; Бонно, Р; Энрикес, АО; Эйхенбергер, П. (ноябрь 2009 г.). «Морфогенетический белок оболочки SpoVID необходим для оболочки спор Bacillus subtilis» . Молекулярная микробиология . 74 (3): 634–49. дои : 10.1111/j.1365-2958.2009.06886.x . ПМК 2806667 . ПМИД 19775244 . (Использовали предсказания в качестве гипотезы для дальнейшей экспериментальной характеристики) [1]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Сообщение World Community Grid — обновление HPF2, июнь 2013 г. , заархивировано из оригинала 4 марта 2016 г. , получено 14 июля 2015 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Страница HPF на WCG
- Обновления HPF от доктора Бонно
- Репозиторий общедоступных данных Центра ресурсов дрожжей предлагает предсказанные структуры для многих организмов (человека, дрожжей, бактерий, фагов), производимых HPF.