Бги
 Логотип базы данных экспрессии генов Bgee | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Экспрессия генов у разных видов и условий |
| Типы данных захвачен | scRNA-Seq, RNA-Seq, микрочипы, данные in situ и EST |
| Организмы | Человек, Мышь, Крыса, Плодовая мушка, Курица, Круглый червь, Кабан, Данио, Корова и другие. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Швейцарский институт биоинформатики Университет Лозанны |
| Первичное цитирование | ПМИД 33037820 |
| Дата выпуска | июнь 2007 г. |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
| URL-адрес загрузки | www |
| Sparql Конечная точка | www |
| Инструменты | |
| Интернет | Поиск генов TopAnat: обогащение экспрессии генов Сравнение выражений Анатомическая гомология Интерфейс необработанных данных |
| Автономный | биопроводник |
| Разнообразный | |
| Лицензия | CC0 1.0 Универсальный |
| Версия | 15.2 |
| Политика курирования | Ручное курирование каждого исследования. |
Bgee — это база данных , поддерживаемая Швейцарским институтом биоинформатики SIB и Университетом Лозанны для поиска и сравнения моделей экспрессии генов из исследований RNA-Seq , scRNA-Seq , микрочипов , гибридизации In situ и исследований EST у нескольких животных видов . [1] [2] Bgee дает интуитивный ответ на вопрос, где экспрессируется ген? и поддерживает исследования в области рака и сельского хозяйства , а также эволюционной биологии .
Bgee основан исключительно на курируемых здоровых диких типов данных об экспрессии (т. е. без нокаута генов , без лечения, без заболеваний ), чтобы обеспечить сопоставимый эталон экспрессии генов здорового дикого типа.
Bgee производит сигналы присутствия/отсутствия экспрессии, а также дифференциальной чрезмерной/недостаточной экспрессии, интегрированные вместе с информацией об ортологии генов и гомологии между органами . Это позволяет сравнивать модели экспрессии между видами .
Bgee позволяет осуществлять поиск по генам , органов / тканей / типам клеток и стадиям развития .
Bgee является частью Global Core Biodata Resources (GCBR), представляющей «важнейшие компоненты для обеспечения воспроизводимости и целостности исследований в области наук о жизни».Bgee также является рекомендованным ELIXIR ресурсом по совместимости, который облегчает деятельность по поддержке FAIR в научных исследованиях.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бастиан Ф.Б., Пармантье Дж., Ру Дж., Моретти С., Лоде В., Робинсон-Речави М. (2008). «Bgee: интеграция и сравнение гетерогенных данных транскриптома среди видов». Интеграция данных в науках о жизни . Конспекты лекций по информатике. Том. 5109. стр. 124–131. дои : 10.1007/978-3-540-69828-9_12 . ISBN 978-3-540-69827-2 .
- ^ Бастиан Ф.Б., Ру Дж., Никнежад А., Конте А., Фонсека Коста СС, Мендес де Фариас Т. и др. (январь 2021 г.). «Комплекс Bgee: интегрированный кураторский атлас экспрессии и сравнительная транскриптомика у животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д831–Д847. дои : 10.1093/nar/gkaa793 . ПМЦ 7778977 . ПМИД 33037820 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Никнеджад А., Мунгалл С.Дж., Осуми-Сазерленд Д., Робинсон-Речави М., Бастиан Ф. (2022). «Создание и унификация онтологий развития и этапов жизни животных». arXiv : 2206.12231 [ q-bio.QM ].
- Комленович А, Ру Дж, Уолбретт Дж, Робинсон-Речави М, Бастиан Ф (2018). «BgeeDB, пакет R для поиска курируемых наборов данных выражений и для тестов по обогащению локализации выражений списков генов» . F1000Исследования . 5 : 2748. doi : 10.12688/f1000research.9973.2 . ПМК 6113886 . ПМИД 30467516 .
- Хендель М.А., Балхофф Дж.П., Бастиан Ф.Б., Блэкберн, округ Колумбия, Блейк Дж.А., Брэдфорд Ю. и др. (2014). «Объединение онтологий анатомии многовидовых позвоночных для сравнительной биологии в Убероне» . J Биомедицинская семантика . 5:21 . дои : 10.1186/2041-1480-5-21 . ПМК 4089931 . ПМИД 25009735 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- «Bgee — это новые рекомендуемые ELIXIR ресурсы по совместимости» . ЭЛИКСИР. 14 декабря 2023 г.
- «Bgee присоединяется к Global Core Biodata Resources» . Глобальная коалиция по биоданным GCB. 11 декабря 2023 г.
- «О Бджи» . SIB Швейцарский институт биоинформатики. 4 января 2021 г.