✖


Jump to content

Биокурация

Биокурация — это область наук о жизни, посвященная организации биомедицинских данных, информации и знаний в структурированные форматы, такие как электронные таблицы , таблицы и графики знаний . [1] [2] Биокурирование биомедицинских знаний становится возможным благодаря совместной работе биокураторов, разработчиков программного обеспечения и биоинформатиков и лежит в основе работы биологических баз данных . [1]

Биокураторство как профессия

[ редактировать ]
Статей о биокурировании на PubMed за год с момента первого упоминания в 2006 году до конца 2022 года.

Биокуратор который — это профессиональный ученый, курирует , собирает, аннотирует и проверяет информацию, распространяемую базами данных биологических и модельных организмов . [3] [4] Это новая профессия, первые упоминания в научной литературе датируются 2006 годом в контексте работы в таких базах данных, как База данных иммунных эпитопов и ресурс анализа . [5] [6] Биокураторы обычно имеют докторскую степень, имеющую сочетание опыта работы в «мокрых» лабораториях и компьютерного представления знаний (например, с помощью онтологий ). [7]

Роль биокуратора включает контроль качества первичных данных биологических исследований, предназначенных для публикации, извлечение и систематизацию данных из оригинальной научной литературы, а также описание данных с помощью стандартных протоколов аннотаций и словарей, которые обеспечивают мощные запросы и совместимость биологических баз данных . Биокураторы общаются с исследователями, чтобы гарантировать точность курируемой информации и способствовать обмену данными с исследовательскими лабораториями. [6]

Биокураторы присутствуют в различных исследовательских средах, но не могут идентифицировать себя как биокураторы. Такие проекты, как ELIXIR (Европейская инфраструктура наук о жизни для биологической информации) и GOBLET (Глобальная организация по биоинформатическому обучению, образованию и подготовке кадров) [8] продвигать обучение и поддерживать биокураторство как карьерный путь. [9] [10]

В 2011 году биокурирование уже было признано профессией, но официальных курсов по целевой подготовке кураторов для работы с биологическими данными не существовало. [11] С развитием этой области Кембриджский университет и EMBL-EBI начали совместно предлагать сертификат последипломного образования в области биокурации. [12] рассматривается как шаг к признанию биокурации как отдельной дисциплины. [13] Наблюдается рост спроса на биокурацию и необходимость дополнительного обучения биокурированию в рамках последипломных программ . [14]

Организации, нанимающие биокураторов, такие как Clinical Genome Resource (ClinGen), часто предоставляют специализированные материалы и проводят обучение биокурированию. [15]

Биологические базы знаний

[ редактировать ]
Основные статьи: Биологическая база данных и База данных модельных организмов.

Роль биокураторов наиболее известна в области баз биологических знаний . Такие базы данных, как UniProt [16] и PDB [17] полагаться на профессиональных биокураторов для организации информации. Помимо прочего, биокураторы работают над улучшением качества данных, например, путём объединения повторяющихся записей. [18]

Важной частью этих баз знаний являются базы данных модельных организмов , в которых биокураторы собирают информацию об организмах определенных видов. Некоторые известные примеры баз данных модельных организмов : FlyBase , [19] ПомБейс , [20] и ЗФИН , [21] посвящен хранению информации о дрозофилах , Schizosaccharomyces pombe и рыбках данио соответственно.

Курирование и аннотация

[ редактировать ]

Биокурация — это интеграция биологической информации в онлайн-базы данных семантически стандартизированным способом с использованием соответствующих уникальных отслеживаемых идентификаторов и предоставлением необходимых метаданных, включая источник и происхождение.

Онтологии, контролируемые словари и стандартные имена

[ редактировать ]
Основная статья: Литейный завод ОБО

Биокураторы обычно используют и принимают участие в создании и развитии общих биомедицинских онтологий : структурированных, контролируемых словарей , охватывающих многие области биологических и медицинских знаний, таких как открытые биомедицинские онтологии . Эти области включают геномику и протеомику , анатомию животных и растений , развитие , биохимию , метаболические пути , таксономическую классификацию и мутантные фенотипы . Учитывая разнообразие существующих онтологий, существуют рекомендации, ориентирующие исследователей на то, как выбрать подходящую. [22]

Единая система медицинского языка — одна из таких систем, которая объединяет и распространяет миллионы терминов, используемых в области наук о жизни. [23]

Биокураторы обеспечивают последовательное использование руководящих принципов генной номенклатуры и участвуют в работе комитетов по генетической номенклатуре различных модельных организмов , часто в сотрудничестве с HUGO Комитетом по генной номенклатуре ( HGNC ). Они также обеспечивают соблюдение других рекомендаций по номенклатуре, например, тех, которые предоставлены Номенклатурным комитетом Международного союза биохимии и молекулярной биологии (IUBMB), одним из примеров которых является номер EC Комиссии по ферментам .

В целом, использование постоянных идентификаторов приветствуется сообществом, поэтому для повышения ясности и облегчения знаний. [24]

аннотация ДНК

[ редактировать ]
Основная статья: аннотация ДНК

Например, в аннотации генома идентификаторы, определенные онтологи и консорциумами, используются для описания частей генома. Например, онтология генов (GO) собирает термины для биологических процессов, которые используются для описания того, что мы знаем о конкретных генах .

Аннотации биомедицинского текста на платформе Europe PMC SciLite

Текстовая аннотация

[ редактировать ]

По состоянию на 2021 год общение в области наук о жизни по-прежнему осуществляется в основном через свободные естественные языки, такие как английский или немецкий , которые содержат определенную степень двусмысленности и затрудняют объединение знаний. Итак, помимо аннотирования биологических последовательностей, биокураторы также аннотируют тексты, связывая слова с уникальными идентификаторами. Это помогает устранить неоднозначность, прояснить смысл и сделать тексты пригодными для обработки компьютерами. Одним из применений текстовых аннотаций является указание точного гена, о котором говорит ученый. [25]

Общедоступные текстовые аннотации позволяют биологам получить дополнительные преимущества от биомедицинского текста. Europe PMC имеет интерфейс прикладного программирования , который централизует текстовые аннотации из различных источников и делает их доступными в графическом интерфейсе пользователя под названием SciLite. [26] PubTator Central также предоставляет аннотации, но полностью основан на компьютерном анализе текста и не имеет пользовательского интерфейса. [27] Существуют также программы, которые позволяют пользователям вручную комментировать интересующие их биомедицинские тексты, например система ezTag. [28]

Вариант курирования

[ редактировать ]

Тип биокурации в области медицинской генетики , вариантное курирование — это процесс оценки генетических изменений в зависимости от вероятности того, что они могут вызвать заболевание. [29] Это научно обоснованный процесс, в котором используются данные из множества источников. Эти источники могут включать в себя, среди прочего, популяционные данные, вычислительные данные, функциональные данные, данные сегрегации , de novo данные , аллельные данные. [30] Это совместный процесс, который можно автоматизировать, однако золотым стандартом считается ручное курирование. [31]

Не существует единого стандартизированного процесса курирования вариантов; разные исследователи и организации используют разные процессы курирования вариантов. [29] Однако набор международно признанных [32] стандарты и рекомендации по интерпретации генетических вариантов были совместно разработаны Американским колледжем медицинской генетики и Ассоциацией молекулярной патологии . [30] Они известны как рекомендации ACMG/AMP. Эти рекомендации обеспечивают основу для классификации генетических вариантов на «патогенные», «вероятно патогенные», «неопределенного значения», «вероятно доброкачественные» или «доброкачественные» в порядке от наиболее вероятного возникновения заболевания до наименее вероятного. В рекомендациях также перечислены различные уровни доказательств: очень сильные, сильные, умеренные или подтверждающие. [33] Сочетание типов обнаруженных доказательств и уровней, на которых существуют эти доказательства, позволяет классифицировать каждый вариант по шкале от «патогенного» до «доброкачественного». [32]

Международное общество биокурации (ISB)

[ редактировать ]
Основная статья: Международное общество биокурации

Международное общество биокурации (ISB) — некоммерческая организация, «продвигающая область биокурации и предоставляющая форум для обмена информацией посредством встреч и семинаров». Он вырос из Международных конференций по биокурированию и был основан в начале 2009 года. [4]

ISB предлагает премию за карьеру в области биокурации биокураторам в сообществе : премию за карьеру в области биокуратора (присуждаемую ежегодно) и премию ISB за выдающийся вклад в биокурацию (присуждаемую раз в два года).

Официальный журнал ISB, Database , — это место, специализирующееся на статьях о базах данных и биокурировании. [34]

Курирование сообщества

[ редактировать ]

Традиционно биокурированием занимаются специализированные эксперты, которые интегрируют данные в базы данных. Курирование на уровне сообщества стало многообещающим подходом к улучшению распространения знаний на основе опубликованных данных и обеспечению экономически эффективного способа улучшения масштабируемости биокурирования. В некоторых случаях помощь сообщества используется в рамках слетов, которые знакомят экспертов предметной области с кураторскими задачами, выполняемыми во время мероприятия. [35] в то время как другие полагаются на асинхронный вклад экспертов и неспециалистов. [36]

Биологические базы данных

[ редактировать ]
Кураторский портал сообщества WormBase
Кураторский портал сообщества WormBase [37]

Некоторые биологические базы данных в некоторой степени включают вклад авторов в свою стратегию функционального курирования, которая может варьироваться от связывания идентификаторов генов с публикациями или свободным текстом до более структурированных и подробных аннотаций последовательностей и функциональных данных, выводящих курирование в соответствии с теми же стандартами, что и профессиональные биокураторы. . В большинстве случаев курирование сообщества в базах данных модельных организмов включает аннотации оригинальных авторов опубликованных исследований (аннотации первого прохода) для эффективного получения точных идентификаторов объектов, подлежащих курированию, или определения типов данных для детального курирования. Например:

  • WormBase успешно собирает аннотации от пользователей и интегрирует курирование авторов с процессом микропубликации. [38] WormBase также интегрирует интеллектуальный анализ текста в свою платформу, предоставляя рекомендации кураторам сообщества. [37]
  • FlyBase отправляет запросы по электронной почте авторам новых публикаций, [39] предложив им составить список генов и типов данных, описанных с помощью онлайн-инструмента, а также мобилизовав сообщество для написания параграфов с кратким описанием генов. [40]

Другие базы данных, такие как PomBase , полагаются на то, что авторы публикаций отправляют очень подробные аннотации на основе онтологий для своих публикаций и метаданные, связанные с полногеномными наборами данных с использованием контролируемых словарей. Веб-инструмент Canto ; [41] был разработан для облегчения подачи заявок сообществом. Поскольку Canto доступен бесплатно, является универсальным и легко настраиваемым, он был принят в других проектах. [42] Курирование проверяется профессиональными кураторами, что приводит к высококачественному тщательному курированию всех типов молекулярных данных. [43]

Широко используемая база знаний UniProt также имеет механизм курирования сообщества, который позволяет исследователям добавлять информацию о белках. [44]

Ресурсы в стиле Wiki

[ редактировать ]

Биовики полагаются на свои сообщества в предоставлении контента, и для биокурирования доступен ряд ресурсов в стиле вики. [45] [46] АвторНаграда , [47] например, это расширение MediaWiki, позволяющее количественно оценить вклад исследователей в вики по биологии. RiceWiki была примером базы данных на основе вики для сообщества по курированию генов риса, оснащенной AuthorReward . [48] [49] CAZypedia — еще один подобный вики-сайт, предназначенный для биокурирования информации об углеводно-активных ферментах (CAZys). [50]

WikiProteins /WikiProfessional — это проект семантической организации биологических данных, возглавляемый Барендом Монсом . [51] [52] В проекте 2007 года при непосредственном участии Джимми Уэйлса , соучредителя Википедии, послужили Викиданные . источником вдохновения [51] В настоящее время активным проектом, основанным на адаптации программного обеспечения mediawiki, является WikiPathways , который занимается краудсорсингом информации о биологических путях . [53]

Arc.Ask3.Ru

[ редактировать ]

Существует некоторое совпадение между работой биокураторов и Википедией , при этом границы между научными базами данных и Википедией становятся все более размытыми. [54] [46] [55] Базы данных, такие как Rfam [56] [57] и Банк данных по белкам [58] например, активно использовать Википедию и ее редакторов для обработки информации. [59] [60] Однако большинство баз данных предлагают высокоструктурированные данные, доступные для поиска в сложных комбинациях, что обычно невозможно в Википедии, хотя Викиданные направлены на решение этой проблемы в некоторой степени.

Проект Gene Wiki использовал Википедию для совместного изучения тысяч генов и генных продуктов, таких как тайтин и инсулин . [61] В нескольких проектах Arc.Ask3.Ru также используется в качестве платформы для хранения медицинской информации. [36]

Еще один способ использования Википедии для биокурирования – использование ее списков статей . Например, Комплексная база данных по устойчивости к антибиотикам объединяет оценку баз данных об устойчивости к антибиотикам с конкретным списком Википедии . [62]

Викиданные

[ редактировать ]

База знаний Викимедиа Викиданные все чаще используются сообществом биокураторов в качестве комплексного хранилища данных наук о жизни. [63] Викиданные рассматриваются некоторыми как альтернатива с лучшими перспективами обслуживания и совместимости, чем меньшие независимые базы биологических знаний. [64] [65]

Викиданные использовались для сбора информации о SARS-CoV-2 и пандемии COVID-19. [66] [67] и проектом Gene Wiki по хранению информации о генах . [68] Данные биокурирования в Викиданных повторно используются на внешних ресурсах посредством запросов SPARQL . [69] Некоторые проекты используют курирование через Викиданные как способ улучшить информацию о биологических науках в Википедии. [70]

Геймифицированные ресурсы

[ редактировать ]

Подход к вовлечению толпы в биокурацию заключается в использовании геймифицированных платформ, которые используют принципы игрового дизайна для повышения вовлеченности. Вот несколько примеров:

  • Mark2Cure, игровая платформа для курирования биомедицинских рефератов сообществом. [71] [72] [73]
  • Кокрейновская толпа, [74] платформа Кокрейна для курирования клинических испытаний , а также для категоризации и обобщения биомедицинской литературы. [75]
  • CIViC, портал для аннотаций геномных вариантов, связанных с раком. [76] который отслеживает результаты и ведет таблицы лидеров. [77]
  • APICURON, база данных для признания и признания работы биокураторов, которая собирает и агрегирует события биокурирования из сторонних ресурсов, а также генерирует достижения и списки лидеров. [78]

Вычислительный анализ текста для курирования

[ редактировать ]
Пример извлечения биомедицинского утверждения из неструктурированного языка [79]

Технологии обработки естественного языка и интеллектуального анализа текста могут помочь биокураторам извлекать информацию для ручного управления. [80] Интеллектуальный анализ текста может масштабировать усилия по курированию, например, поддерживая идентификацию названий генов, а также для частичного вывода онтологий . [81] [82] Преобразование неструктурированных утверждений в структурированную информацию использует такие методы, как распознавание именованных объектов и анализ зависимостей . [83] Текстовый анализ биомедицинских концепций сталкивается с проблемами, связанными с различиями в отчетности, и сообщество работает над повышением машиночитаемости статей. [84]

Во время пандемии COVID-19 биомедицинский анализ текста активно использовался, чтобы справиться с большим количеством опубликованных научных исследований по этой теме (более 50 000 статей). [85]

Популярный Python пакет для НЛП SpaCy имеет модификацию для биомедицинских текстов SciSpaCy, которую поддерживает Институт Аллена по искусственному интеллекту . [86]

Среди проблем, связанных с интеллектуальным анализом текста применительно к биокурированию, является трудность доступа к полным текстам биомедицинских статей из-за стены платного доступа, что связывает проблемы биокурирования с проблемами движения открытого доступа . [87]

Дополнительный подход к биокурированию посредством интеллектуального анализа текста включает применение оптического распознавания символов к биомедицинским фигурам в сочетании с алгоритмами автоматического аннотирования. Это использовалось путей . , например, для извлечения информации о генах из фигур [88]

Предложения по улучшению письменного текста для облегчения аннотаций варьируются от использования контролируемых естественных языков. [89] обеспечить четкую связь понятий (таких как гены и белки ) с конкретными видами . интересующими [89]

Несмотря на то, что проблемы остаются, анализ текста уже является неотъемлемой частью рабочего процесса биокурирования в нескольких базах биологических знаний . [90]

Биокреативные задачи

[ редактировать ]
Основная статья: БиоКреатив

Конкурс BioCreAtivE (Критическая оценка систем извлечения информации в биологии) — это попытка всего сообщества разработать и оценить системы интеллектуального анализа текста и извлечения информации для наук о жизни. Впервые конкурс был запущен в 2004 году и с тех пор стал важным событием в сообществах биокуратора и биоинформатики. [91] Основная цель задачи — способствовать разработке передовых вычислительных инструментов, которые смогут эффективно извлекать информацию из огромного количества доступных биологических данных.

Типичный трубопровод биологического лечения [91]

BioCreative Challenge состоит из нескольких подзадач, которые охватывают различные аспекты интеллектуального анализа текста и извлечения информации в науках о жизни. Эти подзадачи включают нормализацию генов, извлечение отношений, распознавание объектов и классификацию документов. Участникам конкурса предоставляется набор аннотированных данных для разработки и тестирования их систем, а их производительность оценивается на основе различных показателей, таких как точность, полнота и F-показатель. [91]

BioCreative Challenge привел к разработке множества инновационных систем интеллектуального анализа текста и извлечения информации, которые значительно повысили эффективность и точность усилий по биокурированию. Эти системы были интегрированы во многие процессы биокурирования и помогли ускорить процесс курирования и повысить качество курируемых данных.

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б «Что такое биокурация? | Международное общество биокурации» . www.biocuration.org . Проверено 06 сентября 2020 г.
  2. ^ Хоу Д., Костанцо М., Фей П., Годобори Т., Ханник Л., Хиде В. и др. (сентябрь 2008 г.). «Большие данные: будущее биокурирования» . Природа . 455 (7209): 47–50. Бибкод : 2008Natur.455...47H . дои : 10.1038/455047a . ПМК   2819144 . ПМИД   18769432 .
  3. ^ Бердж С., Эттвуд Т.К., Бейтман А., Берардини Т.З., Черри М., О'Донован С. и др. (20 марта 2012 г.). «Биокураторы и биокурация: исследование проблем 21 века» . База данных . 2012 : bar059. дои : 10.1093/база данных/bar059 . ПМК   3308150 . ПМИД   22434828 .
  4. ^ Jump up to: а б Бейтман А. (апрель 2010 г.). «Кураторы мира объединяйтесь: Международное общество биокурации» . Биоинформатика . 26 (8): 991. doi : 10.1093/bioinformatics/btq101 . ПМИД   20305270 .
  5. ^ Борн П.Е., Макинтайр Дж. (октябрь 2006 г.). «Биокураторы: вкладчики в мир науки» . PLOS Вычислительная биология . 2 (10): е142. Бибкод : 2006PLSCB...2..142B . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . ПМК   1626157 . ПМИД   17411327 .
  6. ^ Jump up to: а б Салими Н., Вита Р. (октябрь 2006 г.). «Биокуратор: соединение и усиление научных данных» . PLOS Вычислительная биология . 2 (10): е125. Бибкод : 2006PLSCB...2..125S . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . ПМЦ   1626147 . ПМИД   17069454 .
  7. ^ Биокурация, Международное общество (16 апреля 2018 г.). «Биокуратация: превращение данных в знания» . ПЛОС Биология . 16 (4): e2002846. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.2002846 . ПМЦ   5919672 . ПМИД   29659566 .
  8. ^ «КУБОК | Глобальная организация по обучению, образованию и подготовке кадров в области биоинформатики» . Проверено 19 декабря 2020 г.
  9. ^ Александра Холински; Мелисса Берк; Сара Л. Морган; Питер МакКвилтон; Патрисия М. Палаги (4 сентября 2020 г.). «Биокуратация – картирование ресурсов и потребностей» . F1000Исследования . 9 : 1094. дои : 10.12688/F1000RESEARCH.25413.1 . ISSN   2046-1402 . ПМЦ   7590901 . ПМИД   33145007 . Викиданные   Q101217428 .
  10. ^ ЭМБЛ-ЭБИ. «Биокурация | Обучение EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. ​Проверено 6 мая 2022 г.
  11. ^ Сандерсон, Кэтрин (февраль 2011 г.). «Биоинформатика: поколение курирования» . Природа . 470 (7333): 295–296. дои : 10.1038/nj7333-295a . ISSN   1476-4687 . ПМИД   21348148 .
  12. ^ Аноним (30 октября 2019 г.). «Сертификат последипломного образования по биокурации» . www.ice.cam.ac.uk. ​Проверено 6 октября 2020 г.
  13. ^ Тан Й.А., Пихлер К., Фюлльграбе А., Ломакс Дж., Мэлоун Дж., Муньос-Торрес MC и др. (май 2019 г.). «Десять быстрых советов по биокурированию» . PLOS Вычислительная биология . 15 (5): e1006906. Бибкод : 2019PLSCB..15E6906T . дои : 10.1371/journal.pcbi.1006906 . ПМК   6497217 . ПМИД   31048830 .
  14. ^ Харпер, Лиза; Кэмпбелл, Жаклин Д.; Кэннон, Эталинда К.С.; Юнг, Сук; Поэльчау, Моника Ф.; Уоллс, Рамона Л.; Андорф, Карсон М.; Арно, Элизабет; Берардини, Таня З.; Биркетт, Клейтон; Кэннон, Стив (01 января 2018 г.). «Рекомендации консорциума AgBioData по устойчивым базам данных геномики и генетики для сельского хозяйства» . База данных . 2018 : 1–32. дои : 10.1093/DATABASE/BAY088 . ПМК   6146126 . ПМИД   30239679 .
  15. ^ «Биокуратор - ClinGen | Ресурс клинического генома» . www.clinicalgenome.org . Проверено 26 мая 2021 г.
  16. ^ «UniProt: универсальная база знаний о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д158–Д169. 29 ноября 2016 г. дои : 10.1093/нар/gkw1099 . ISSN   0305-1048 . ПМК   5210571 . ПМИД   27899622 .
  17. ^ Берман, Хелен М.; Уэстбрук, Дж.; Фэн, З.; Гиллиланд, Г.; Бхат, Теннесси; Вайссиг, Х.; Шиндялов Илья; Борн, Филип (1 января 2000 г.). «Банк данных о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 235–242. дои : 10.1093/NAR/28.1.235 . ПМЦ   102472 . ПМИД   10592235 .
  18. ^ Чен, Цинъюй; Бритто, Рамона; Эрилл, Иван; Джеффри, Констанс Дж .; Либерзон, Артур; Магран, Мишель; Онами, Дзюн-Ичи; Робинсон-Речави, Марк; Спонарова Яна; Зобель, Джастин; Верспур, Карин (08 июля 2020 г.). «Качество имеет значение: эксперты по биокурированию о влиянии дублирования и других проблемах качества данных в биологических базах данных» . Геномика, протеомика и биоинформатика . 18 (2): 91–103. дои : 10.1016/J.GPB.2018.11.006 . ПМЦ   7646089 . ПМИД   32652120 .
  19. ^ Flybase, Консорциум (1 января 1998 г.). «FlyBase: база данных дрозофил. Консорциум Flybase» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (1): 85–88. дои : 10.1093/нар/26.1.85 . ISSN   1362-4962 . ПМК   147222 . ПМИД   9399806 .
  20. ^ Лок, Антония; Резерфорд, Ким; Харрис, Мидори А; Хейлс, Жаклин; Оливер, Стивен Дж; Бэлер, Юрг; Вуд, Валери (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д821–Д827. дои : 10.1093/nar/gky961 . ISSN   0305-1048 . ПМК   6324063 . ПМИД   30321395 .
  21. ^ Ружичка, Лейла; Хоу, Дуглас Г.; Рамачандран, Шридхар; Торо, Сабрина; Слайк, Кери Э. Ван; Брэдфорд, Ивонн М.; Игл, Энн; Фашена, Дэвид; Фрейзер, Кен; Калита, Патрик; Мани, Прита (01 января 2019 г.). «Информационная сеть рыбок данио: новая поддержка некодирующих генов, более богатые аннотации генной онтологии и Альянс геномных ресурсов» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д867–Д873. дои : 10.1093/NAR/GKY1090 . ПМК   6323962 . ПМИД   30407545 .
  22. ^ Мэлоун Дж., Стивенс Р., Джапп С., Хэнкокс Т., Паркинсон Х., Бруксбанк К. (февраль 2016 г.). «Десять простых правил выбора биоонтологии» . PLOS Вычислительная биология . 12 (2): e1004743. Бибкод : 2016PLSCB..12E4743M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004743 . ПМК   4750991 . ПМИД   26867217 .
  23. ^ Боденрейдер О (январь 2004 г.). «Единая система медицинского языка (UMLS): интеграция биомедицинской терминологии» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D267-70. дои : 10.1093/nar/gkh061 . ПМК   308795 . ПМИД   14681409 .
  24. ^ Макмерри Дж.А., Джути Н., Бломберг Н., Бердетт Т., Конлин Т., Конте Н. и др. (июнь 2017 г.). «Идентификаторы 21-го века: как разрабатывать, предоставлять и повторно использовать постоянные идентификаторы, чтобы максимизировать полезность и влияние данных медико-биологических наук» . ПЛОС Биология . 15 (6): e2001414. дои : 10.1371/journal.pbio.2001414 . ПМК   5490878 . ПМИД   28662064 .
  25. ^ Монс Б (июнь 2005 г.). «Какой ген вы имели в виду?» . БМК Биоинформатика . 6 (1): 142. дои : 10.1186/1471-2105-6-142 . ПМЦ   1173089 . ПМИД   15941477 .
  26. ^ Венкатесан А., Ким Дж. Х., Тало Ф., Иде-Смит М., Гобейл Дж., Картер Дж. и др. (12 декабря 2016 г.). «SciLite: платформа для отображения текстовых аннотаций как средство связи исследовательских статей с биологическими данными» . Добро пожаловать, Открытое исследование . 1 : 25. doi : 10.12688/wellcomeopenres.10210.1 . ПМЦ   5527546 . ПМИД   28948232 .
  27. ^ Вэй СН, Аллот А, Лиман Р, Лу З (июль 2019 г.). «PubTator Central: автоматизированное аннотирование понятий для полнотекстовых биомедицинских статей» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (П1): W587–W593. дои : 10.1093/nar/gkz389 . ПМК   6602571 . ПМИД   31114887 .
  28. ^ Квон Д., Ким С., Вэй Ч., Лиман Р., Лу З. (июль 2018 г.). «ezTag: маркировка биомедицинских концепций посредством интерактивного обучения» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (П1): W523–W529. дои : 10.1093/nar/gky428 . ПМК   6030907 . ПМИД   29788413 .
  29. ^ Jump up to: а б Манотас, Мария Каролина; Ривера, Ана Люсия; Санабриа-Салас, Мария Каролина (10 марта 2023 г.). «Вариантное лечение и интерпретация наследственных генов рака: институциональный опыт Латинской Америки» . Молекулярная генетика и геномная медицина . 11 (5): е2141. дои : 10.1002/mgg3.2141 . ISSN   2324-9269 . ПМЦ   10178801 . ПМИД   36905130 .
  30. ^ Jump up to: а б Ричардс, Сью; Азиз, Назнин; Бэйл, Шерри; Бик, Дэвид; Дас, Сома; Гастье-Фостер, Джули; Гроди, Уэйн В.; Хегде, Мадхури; Лион, Элейн; Спектор, Элейн; Фелькердинг, Карл; Рем, Хайди Л.; Комитет по обеспечению качества лаборатории ACMG (май 2015 г.). «Стандарты и рекомендации по интерпретации вариантов последовательностей: совместная консенсусная рекомендация Американского колледжа медицинской генетики и геномики и Ассоциации молекулярной патологии» . Генетика в медицине . 17 (5): 405–424. дои : 10.1038/gim.2015.30 . ISSN   1530-0366 . ПМЦ   4544753 . ПМИД   25741868 .
  31. ^ Панди, Капил Радж; Маден, Нарендра; Пудель, Барша; Прадхананга, Сайлендра; Шарма, Амит Кумар (декабрь 2012 г.). «Курирование генетических вариантов: трудности и возможные решения» . Геномика, протеомика и биоинформатика . 10 (6): 317–325. дои : 10.1016/j.gpb.2012.06.006 . ISSN   1672-0229 . ПМК   5054708 . ПМИД   23317699 .
  32. ^ Jump up to: а б «Компания по генетическому тестированию редких заболеваний | 3 миллиарда» . 3billion.io . Проверено 18 мая 2024 г.
  33. ^ «Руководство ACGS по передовой практике классификации вариантов редких заболеваний, 2024 г.» (PDF) . Ассоциация клинической геномной науки . Проверено 18 мая 2024 г.
  34. ^ Ландсман, Д.; Джентльмен, Р.; Келсо, Дж.; Фрэнсис Уэллетт, BF (5 января 2010 г.). «БАЗА ДАННЫХ: новый форум биологических баз данных и курирования» . База данных . 2009 : bap002. дои : 10.1093/база данных/bap002 . ISSN   1758-0463 . ПМК   2790300 . ПМИД   20157475 .
  35. ^ Найтани, Сушма; Гупта, Парул; Прис, Джастин; Гарг, Приянка; Фрейзер, Валери; Пэджитт-Кобб, Лилиан К; Мартин, Мэтью; Вининг, Келли; Джайсвал, Панкадж (01 января 2019 г.). «Вовлечение сообщества в курирование генов и путей» . База данных . 2019 . дои : 10.1093/база данных/bay146 . ISSN   1758-0463 . ПМК   6334007 . ПМИД   30649295 .
  36. ^ Jump up to: а б Дениз А. Смит (18 февраля 2020 г.). Стефано Триберти (ред.). «Расположение Википедии как ресурса медицинской информации в различных контекстах: обзорный обзор» . ПЛОС Один . 15 (2): e0228786. doi : 10.1371/JOURNAL.PONE.0228786 . ISSN   1932-6203 . ПМК   7028268 . ПМИД   32069322 . Викиданные   Q85632863 .
  37. ^ Jump up to: а б Арнабольди В., Рачити Д., Ван Аукен К., Чан Дж.Н., Мюллер Х.М., Штернберг П.В. (январь 2020 г.). «Интеллектуальный анализ текста и курирование сообщества: новая кураторская платформа для улучшения опыта авторов и их участия в WormBase» . База данных . 2020 . дои : 10.1093/база данных/baaa006 . ПМК   7078066 . ПМИД   32185395 . S2CID   212750405 .
  38. ^ Ли Р.Ю., Хоу К.Л., Харрис Т.В., Арнабольди В., Кейн С., Чан Дж. и др. (январь 2018 г.). «WormBase 2017: переход на новый этап» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д869–Д874. дои : 10.1093/нар/gkx998 . ПМЦ   5753391 . ПМИД   29069413 .
  39. ^ Бунт С.М., Ворчание ГБ, Филд Х.И., Мэриголд С.Дж., Браун Н.Х., Милберн Г.Х. (2012). «Прямая рассылка авторам недавно опубликованных статей по электронной почте способствует курированию сообщества» . База данных . 2012 : bas024. дои : 10.1093/база данных/bas024 . ПМК   3342516 . ПМИД   22554788 .
  40. ^ Антонаццо Дж., Урбано Дж. М., Мэриголд С. Дж., Милберн Г. Х., Браун Н. Х. (январь 2020 г.). «Создание канала для получения экспертных знаний от сообщества для помощи в составлении сводных данных о генах» . База данных . 2020 . дои : 10.1093/база данных/baz152 . ПМК   6971343 . ПМИД   31960022 .
  41. ^ Резерфорд К.М., Харрис М.А., Лок А., Оливер С.Г., Вуд В. (июнь 2014 г.). «Canto: онлайн-инструмент для курирования общественной литературы» . Биоинформатика . 30 (12): 1791–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btu103 . ПМК   4058955 . ПМИД   24574118 .
  42. ^ «помбаза/песня» . ПомБаза. 25 сентября 2020 г.
  43. ^ Лок А, Харрис М.А., Резерфорд К., Хейлс Дж., Вуд В. (январь 2020 г.). «Курирование сообщества в PomBase: предоставление экспертам по делящимся дрожжам возможности предоставлять подробные, стандартизированные и доступные для совместного использования аннотации из исследовательских публикаций» . База данных . 2020 . дои : 10.1093/база данных/baaa028 . ПМК   7192550 . ПМИД   32353878 .
  44. ^ «UniProt: универсальная база знаний о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д158–Д169. 29 ноября 2016 г. дои : 10.1093/нар/gkw1099 . ISSN   0305-1048 . ПМК   5210571 . ПМИД   27899622 .
  45. ^ Харе, Риту; Хорошо, Бенджамин М.; Лиман, Роберт; Су, Андрей И.; Лу, Чжиюн (01 января 2016 г.). «Краудсорсинг в биомедицине: проблемы и возможности» . Брифинги по биоинформатике . 17 (1): 23–32. дои : 10.1093/BIB/BBV021 . ПМК   4719068 . ПМИД   25888696 .
  46. ^ Jump up to: а б Финн Р.Д., Гарднер П.П., Бейтман А. (январь 2012 г.). «Сделание вашей базы данных доступной через Википедию: плюсы и минусы» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D9-12. дои : 10.1093/nar/gkr1195 . ПМК   3245093 . ПМИД   22144683 .
  47. ^ Дай Л., Тянь М., Ву Дж., Сяо Дж., Ван Х., Таунсенд Дж. П., Чжан Цз. (июль 2013 г.). «AuthorReward: усиление поддержки сообщества в вики-сайтах биологических знаний посредством автоматической количественной оценки авторства» . Биоинформатика . 29 (14): 1837–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btt284 . ПМК   3702255 . ПМИД   23732274 .
  48. ^ Чжан З, Санг Дж, Ма Л, Ву Г, Ву Х, Хуан Д. и др. (январь 2014 г.). «RiceWiki: база данных на основе Wiki для общественного контроля генов риса» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1222-8. дои : 10.1093/нар/gkt926 . ПМЦ   3964990 . ПМИД   24136999 .
  49. ^ «Os01g0883800 — RiceWiki» . 20 октября 2017 г. Архивировано из оригинала 20 октября 2017 г. Проверено 06 сентября 2020 г.
  50. ^ Консорциум, CAZypedia (11 октября 2017 г.). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводоактивных ферментов» . Гликобиология . 28 (1): 3–8. дои : 10.1093/GLYCOB/CWX089 . hdl : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . ПМИД   29040563 .
  51. ^ Jump up to: а б Монс Б., Эшбернер М., Чичестер С., ван Маллиген Е., Уибер М., ден Даннен Дж. и др. (28 мая 2008 г.). «Обращение к миллиону умов для аннотаций сообщества в WikiProteins» . Геномная биология . 9 (5): 89 рандов. дои : 10.1186/gb-2008-9-5-r89 . ПМЦ   2441475 . ПМИД   18507872 .
  52. ^ Джайлз Дж. (февраль 2007 г.). «Ключевые базы данных по биологии становятся вики» . Природа . 445 (7129): 691. Бибкод : 2007Natur.445..691G . дои : 10.1038/445691a . ПМИД   17301755 . S2CID   4410783 .
  53. ^ «ВикиПути — ВикиПути» . www.wikipathways.org . Проверено 14 октября 2020 г.
  54. ^ Водак С.Дж., Митчен Д., Коллингс А.М., Рассел Р.Б., Борн П.Е. (2012). «Тематические страницы: вычислительная биология PLOS встречается с Википедией» . PLOS Вычислительная биология . 8 (3): e1002446. Бибкод : 2012PLSCB...8E2446W . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002446 . ПМЦ   3315447 . ПМИД   22479174 .
  55. ^ Страница РД (март 2011 г.). «Связывание NCBI с Википедией: подход на основе вики» . ПЛОС Токи . 3 : РРН1228. doi : 10.1371/currents.RRN1228 . ПМК   3080707 . ПМИД   21516242 .
  56. ^ Гарднер П.П., Дауб Дж., Тейт Дж., Мур Б.Л., Осуч И.Х., Гриффитс-Джонс С. и др. (январь 2011 г.). «Рфам: Arc.Ask3.Ru, кланы и «десятичный» релиз» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D141-5. дои : 10.1093/nar/gkq1129 . ПМК   3013711 . ПМИД   21062808 .
  57. ^ Дауб Дж., Гарднер П.П., Тейт Дж., Рамскольд Д., Манске М. , Скотт В.Г. и др. (декабрь 2008 г.). «Википроект РНК: аннотации сообщества семейств РНК» . РНК . 14 (12): 2462–4. дои : 10.1261/rna.1200508 . ПМК   2590952 . ПМИД   18945806 .
  58. ^ Буркхардт К., Шнайдер Б., Ори Дж. (октябрь 2006 г.). «Точка зрения биокуратора: аннотация Исследовательской лаборатории банка данных структурных биоинформатических белков» . PLOS Вычислительная биология . 2 (10): е99. Бибкод : 2006PLSCB...2...99B . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020099 . ПМК   1626146 . ПМИД   17069453 .
  59. ^ Логан Д.В., Сандал М., Гарднер П.П., Манске М. , Бейтман А. (сентябрь 2010 г.). «Десять простых правил редактирования Википедии» . PLOS Вычислительная биология . 6 (9): e1000941. Бибкод : 2010PLSCB...6E0941L . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000941 . ПМЦ   2947980 . ПМИД   20941386 . Значок открытого доступа
  60. ^ Батлер Д. (2008). «Публикуй в Википедии или погибни: журнал потребует от авторов публиковать сообщения в бесплатной онлайн-энциклопедии». Природа . дои : 10.1038/news.2008.1312 .
  61. ^ Хасс Дж.В., Линденбаум П., Мартоне М., Робертс Д., Писарро А., Валафар Ф. и др. (январь 2010 г.). «Gene Wiki: общественная разведка применительно к аннотациям генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D633-9. дои : 10.1093/nar/gkp760 . ПМК   2808918 . ПМИД   19755503 .
  62. ^ Алкок, Брайан П.; Рафенья, Амогеланг Р.; Лау, Тэмми Тай; Цанг, Кара К.; Бушар, Меган; Эдалатманд, Арман; Хьюнь, Уильям; Нгуен, Анна-Лиза В.; Ченг, Энни А.; Лю, Сихан; Мин, Салли Ю. (01 января 2020 г.). «CARD 2020: надзор за резистомами к антибиотикам с использованием обширной базы данных по устойчивости к антибиотикам» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д517–Д525. дои : 10.1093/NAR/GKZ935 . ПМЦ   7145624 . PMID   31665441 .
  63. ^ Ваагмеестер А., Ступп Г., Бургсталлер-Мюльбахер С., Гуд Б.М., Гриффит М., Гриффит О.Л. и др. (март 2020 г.). Роджерс П., Мангалл С. (ред.). «Викиданные как граф знаний для наук о жизни» . электронная жизнь . 9 : е52614. doi : 10.7554/eLife.52614 . ПМК   7077981 . ПМИД   32180547 . S2CID   212739087 .
  64. ^ Рутц, Адриано; Сорокина, Мария; Галгонек, Якуб; Митчен, Дэниел; Уиллигхаген, Эгон; Годри, Арно; Грэм, Джеймс Дж.; Стефан, Ральф; Пейдж, Родерик; Вондрашек, Иржи; Стейнбек, Кристоф; Паули, Гвидо Ф; Вулфендер, Жан-Люк; Биссон, Джонатан; Аллард, Пьер-Мари (26 мая 2022 г.). «Инициатива LOTUS по открытому управлению знаниями в исследованиях натуральных продуктов» . электронная жизнь . 11 : e70780. doi : 10.7554/eLife.70780 . ПМЦ   9135406 . ПМИД   35616633 . S2CID   249064853 .
  65. ^ Рутц, Адриано; Сорокина, Мария; Галгонек, Якуб; Митчен, Дэниел; Уиллигхаген, Эгон; Годри, Арно; Грэм, Джеймс Г.; Стефан, Ральф; Пейдж, Родерик; Вондрашек, Иржи; Стейнбек, Кристоф; Паули, Гвидо Ф.; Вулфендер, Жан-Люк; Биссон, Джонатан; Аллард, Пьер-Мари (24 декабря 2021 г.). «Инициатива LOTUS по открытым исследованиям натуральных продуктов: управление знаниями через Викиданные». стр. 2021.02.28.433265. bioRxiv   10.1101/2021.02.28.433265 .
  66. ^ тюрки, Хаумеддин; Тайеб, Мохамед Али Хадж; Шафи, Томас; Лубиана, Тьяго; Емельняк, Дариуш; Ауиша, Мохамед Бен; Гайо, Хосе Эмилио Лабра; Янгстрем, Эрик; Банат, Моссаб; Дас, Диптаншу; Митчен, Дэниел (18 февраля 2021 г.). Халлер, Армин (ред.). «Представление информации о COVID-19 в совместных графах знаний: пример Викиданных» (PDF) .
  67. ^ Вагмайстер, Андра; Уиллигхаген, Эгон Л.; Сью, Эндрю И.; Катмон, Мартина; Гай, Джозеф Эмили Лабра; Фернандес-Альварес, Даниэль; Жених, Квентин; Шаап, Питер Дж.; Верхаген, Лиза М.; Кохорст, Джаспер Дж. (22 января 2021 г.). «Протокол добавления знаний в Викиданные: согласование ресурсов по коронавирусам человека » БМК Биология . 19 (1): 12. дои : 10.1186/s12915-020-00940-y . ISSN   1741-7007 . ПМЦ   7820539 . ПМИД   33482803 .
  68. ^ Бургсталлер-Мюльбахер С., Ваагмеестер А., Митрака Е., Тернер Дж., Путман Т., Леонг Дж. и др. (2016). «Викиданные как семантическая основа для инициативы Gene Wiki» . База данных . 2016 : baw015. дои : 10.1093/база данных/baw015 . ПМЦ   4795929 . ПМИД   26989148 .
  69. ^ Уиллигхаген, Эгон; Мартенс, Марвин; Ясунори; Лубиана, Тьяго; Нуногит; Митчен, Дэниел; Аддшор (09.08.2020), egonw/SARS-CoV-2-Queries: Edition 1 , doi : 10.5281/zenodo.3977414 , получено 14 апреля 2021 г.
  70. ^ Александр Пфунднер; Тобиас Шёнберг; Джон Хорн; Ричард Д. Бойс; Матиас Самвальд (5 мая 2015 г.). «Использование системы Викиданных для улучшения качества медицинского контента в Википедии на разных языках: пилотное исследование» . Журнал медицинских интернет-исследований . 17 (5): е110. дои : 10.2196/JMIR.4163 . ISSN   1438-8871 . ПМЦ   4468594 . ПМИД   25944105 . Викиданные   Q21503276 .
  71. ^ Цуэн Г., Нанис С.М., Фукье Дж., Гуд Б.М., Су А.И. (31 декабря 2016 г.). «Гражданская наука для изучения биомедицинской литературы» . Гражданская наука . 1 (2): 14. дои : 10.5334/cstp.56 . ПМК   6226017 . ПМИД   30416754 .
  72. ^ Цуенг Г., Нанис М., Фукье Ж.Т., Майерс М., Гуд Б.М., Су А.И. (февраль 2020 г.). «Применение гражданской науки для извлечения взаимосвязи генов, лекарств и болезней из биомедицинских рефератов» . Биоинформатика . 36 (4): 1226–1233. doi : 10.1093/биоинформатика/btz678 . ПМК   8104067 . ПМИД   31504205 .
  73. ^ «Играйте в Mark2Cure, помогите определить ключевые термины в рефератах биомедицинских исследований» . Гражданские научные игры . Проверено 06 сентября 2020 г.
  74. ^ «Кокрейновская толпа» . Crowd.cochrane.org . Проверено 25 сентября 2020 г.
  75. ^ Гартленер Г., Аффенгрубер Л., Титчер В., Ноэль-Сторр А., Дули Г., Балларини Н., Кениг Ф. (май 2020 г.). «При проверке рефератов, проводимой одним рецензентом, было пропущено 13 процентов соответствующих исследований: массовое рандомизированное контролируемое исследование» . Журнал клинической эпидемиологии . 121 : 20–28. дои : 10.1016/j.jclinepi.2020.01.005 . ПМИД   31972274 .
  76. ^ Гриффит, Малачи; Шпионы, Николас С; Крысяк, Киланнин; МакМайкл, Джошуа Ф; Коффман, Адам С; Данос, Арпад М; Эйнскоу, Бенджамин Дж; Рамирес, Коди А; Рике, Дамиан Т; Куджан, Линзи; Барнелл, Эрика К. (31 января 2017 г.). «CIViC — это общественная база знаний для экспертного краудсорсинга клинической интерпретации вариантов рака» . Природная генетика . 49 (2): 170–174. дои : 10.1038/ng.3774 . hdl : 10230/46299 . ISSN   1061-4036 . ПМК   5367263 . ПМИД   28138153 .
  77. ^ «CIViC – Клиническая интерпретация вариантов рака» . civicdb.org . Проверено 14 апреля 2021 г.
  78. ^ Хатос, Андраш; Квалья, Федерика; Пиовесан, Дамиано; Тосатто, Сильвио CE (21 апреля 2021 г.). «АПИКУРОН: база данных для признания и признания работы биокураторов» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2021 : baab019. дои : 10.1093/база данных/baab019 . ISSN   1758-0463 . ПМК   8060004 . ПМИД   33882120 .
  79. ^ Перча, Бетани; Альтман, Расс Б. (01 августа 2018 г.). «Глобальная сеть биомедицинских отношений, основанная на тексте» . Биоинформатика . 34 (15): 2614–2624. doi : 10.1093/биоинформатика/bty114 . ISSN   1367-4803 . ПМК   6061699 . ПМИД   29490008 .
  80. ^ Хиршман Л., Бернс Г.А., Краллингер М., Ариги С., Коэн К.Б., Валенсия А. и др. (2012). «Интеллектуальный анализ текста для рабочего процесса биокурирования» . База данных . 2012 : bas020. дои : 10.1093/база данных/bas020 . ПМЦ   3328793 . ПМИД   22513129 .
  81. ^ Ананиаду, София; Келл, Дуглас Б.; Цудзи, Дзюнъити (декабрь 2006 г.). «Интеллектуальный анализ текста и его потенциальные применения в системной биологии» . Тенденции в биотехнологии . 24 (12): 571–579. дои : 10.1016/j.tibtech.2006.10.002 . ISSN   0167-7799 . ПМИД   17045684 .
  82. ^ Винненбург, Р.; Вахтер, Т.; Плейк, К.; Домс, А.; Шредер, М. (11 июля 2008 г.). «Факты из текста: может ли интеллектуальный анализ текста помочь расширить масштабы высококачественной ручной обработки генных продуктов с помощью онтологий?» . Брифинги по биоинформатике . 9 (6): 466–478. дои : 10.1093/bib/bbn043 . ISSN   1467-5463 . ПМИД   19060303 .
  83. ^ Перча, Бетани; Альтман, Расс (27 февраля 2018 г.). «Глобальная сеть биомедицинских отношений, основанная на тексте» . Биоинформатика . 34 (15): 2614–2624. doi : 10.1093/БИОИНФОРМАТИКА/BTY114 . ПМК   6061699 . ПМИД   29490008 .
  84. ^ Роберт Лиман; Чи-Сюань Вэй; Алексис Аллот; Чжиён Лу (1 июня 2020 г.). «Десять советов для статьи, готовой к анализу текста: как улучшить автоматизированную обнаруживаемость и интерпретируемость» . ПЛОС Биология . 18 (6): e3000716. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.3000716 . ISSN   1544-9173 . ПМЦ   7289435 . ПМИД   32479517 . Викиданные   Q96032351 .
  85. ^ Ван, Люси Лу; Ло, Кайл (07 декабря 2020 г.). «Подходы к анализу текста для работы с быстро растущей литературой о COVID-19» . Брифинги по биоинформатике . 22 (2): 781–799. дои : 10.1093/BIB/BBAA296 . ПМЦ   7799291 . ПМИД   33279995 .
  86. ^ Нойманн М., Кинг Д., Белтаги И., Аммар В. (2019). «ScispaCy: быстрые и надежные модели биомедицинской обработки естественного языка» . Материалы 18-го семинара БиоНЛП и общей задачи . Флоренция, Италия: Ассоциация компьютерной лингвистики: 319–327. arXiv : 1902.07669 . дои : 10.18653/v1/W19-5034 . S2CID   67788603 .
  87. ^ Альтман Р.Б., Бергман К.М., Блейк Дж., Блашке С., Коэн А., Ганнон Ф. и др. (2008). «Интеллектуальный анализ текстов для биологии – путь вперед: мнения ведущих ученых» . Геномная биология . 9 (Дополнение 2): S7. дои : 10.1186/gb-2008-9-s2-s7 . ПМК   2559991 . ПМИД   18834498 .
  88. ^ Хансперс, Кристина; Риутта, Андерс; Саммер-Кутмон, Мартина; Пико, Александр Р. (09.11.2020). «Информация о пути, извлеченная из данных о пути за 25 лет» . Геномная биология . 21 (1): 273. дои : 10.1186/S13059-020-02181-2 . ПМЦ   7649569 . ПМИД   33168034 .
  89. ^ Jump up to: а б Кун, Тобиас; Ройер, Лоик; Фукс, Норберт Э.; Шредер, Михаэль (1 января 2006 г.). «Улучшение анализа текста с помощью контролируемого естественного языка: пример взаимодействия белков» . Интеграция данных в науках о жизни . Конспекты лекций по информатике. Том. 4075. стр. 66–81. дои : 10.1007/11799511_7 . ISBN  978-3-540-36593-8 .
  90. ^ Сингхал, Аюш; Лиман, Роберт; Кэтлетт, Натали; Лембергер, Томас; Макинтайр, Джоанна; Полсон, Шон; Ксенарий, Иоаннис; Ариги, Сесилия; Лу, Чжиюн (2016). «Актуальные потребности биомедицинского анализа текстов в биокурировании и за его пределами: возможности и проблемы» . База данных . 2016 : baw161. дои : 10.1093/база данных/baw161 . ISSN   1758-0463 . ПМК   5199160 . ПМИД   28025348 .
  91. ^ Jump up to: а б с Хиршман Л., Йе А., Блашке С., Валенсия А. (2005). «Обзор BioCreAtIVE: критическая оценка извлечения информации для биологии» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S1. дои : 10.1186/1471-2105-6-s1-s1 . ПМК   1869002 . ПМИД   15960821 . S2CID   5119495 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Biocuration&oldid=1237507157"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 4d67bfe6dc73b915eb2c6ab63cd3da7b__1722302340
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/4d/7b/4d67bfe6dc73b915eb2c6ab63cd3da7b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Biocuration - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)