Кэзи

Кэзи
Содержание
Описание	база данных углеводов-активных ферментов
Контакт
Исследовательский центр	AFMB, Французский национальный центр научных исследований
Лаборатория	Гликогеномика группа
Первичная цитата	Lombard & Al. (2014)
Доступ
Веб -сайт	http://www.cazy.org/
Инструменты
Веб -	http://research.ahv.dk/cazy http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZY -это база данных углеводов-активных ферментов (казимы). ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} База данных содержит классификацию и связанную информацию об ферментах, участвующих в синтезе, метаболизме и распознавании сложных углеводов , т.е. дисахариды , олигосахариды , полисахариды и гликоконъюгаты . В базу данных включены семейства гликозид -гидролаз , ^{[ 3 ]} гликозилтрансферазы , ^{[ 4 ]} полисахаридные лиязы , ^{[ 5 ]} углеводные эстеразы , ^{[ 6 ]} и некаталитические углеводы-связывающие модули . ^{[ 7 ]} База данных CAZY также включает в себя классификацию окислительно -восстановительных ферментов вспомогательной активности, участвующих в разрушении лигноцеллюлозы . ^{[ 8 ]}

Cazy был создан в 1999 году, чтобы предоставить онлайн и постоянно обновленный доступ к классификации семейства на основе белковой последовательности , на основе Cazymes, ^{[ 1 ]} который был первоначально разработан в начале 1990 -х годов для классификации гликозид -гидролаз . ^{[ 9 ]} Новые записи добавляются вскоре после того, как они появляются в ежедневных выпусках GenBank . Быстрая эволюция высокопроизводительного секвенирования ДНК привела к продолжающемуся экспоненциальному росту базы данных CAZY, ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 9 ]} который теперь охватывает сотни тысяч последовательностей. ^{[ 10 ]} Cazy продолжает быть курируемым и разработанным Glycogenomics Group в AFMB, исследовательском центре, связанном с Французским национальным центром научных исследований и Университетом AIX-Marseille . ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

База данных CAZY в сочетании с Cazypedia , которая была запущена в 2007 году в качестве исследовательского сообщества, основанного на вики -энциклопедии казимов. ^{[ 13 ]}

Классификация

Cazy идентифицирует эволюционно связанные семейства гликозилгидролаз, используя классификацию, введенную Бернардом Хенриссатом. ^{[ 3 ]}^{[ 9 ]}^{[ 14 ]} Этим семьям предоставляется число для их идентификации, поэтому, например, семейство гликозилгидролазы 1 содержит ферменты, которые обладают складом ствола TIM . Эти семьи сгруппированы в 14 различных кланов, которые разделяют структурное сходство. Cazy содержит 94 семейства ферментов гликозил -трансферазы, ^{[ 4 ]} 22 семейства полисахаридных лизаз ^{[ 5 ]} и 16 семей углеводов эстеразы.

Ссылки

^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Ломбард, В.; Голаконда Рамулу, Х.; Drula, E.; Коутиньо, премьер -министр; Энриссат, Б. (2014). «База данных по углеводам-активным ферментам (CAZY) в 2013 году» . Исследование нуклеиновых кислот . 42 (D1): D490 - D495. doi : 10.1093/nar/gkt1178 . PMC 3965031 . PMID 24270786 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (январь 2009 г.). «База данных о углеводах-активных ферментах (CAZY): экспертный ресурс для гликогеномики» . Нуклеиновые кислоты Res . 37 (проблема базы данных): D233–8. doi : 10.1093/nar/gkn663 . PMC 2686590 . PMID 18838391 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Henrissat, B.; Дэвис, Г. (1997). «Структурная и на основе последовательности классификация гликозид-гидролаз». Современное мнение в структурной биологии . 7 (5): 637–644. doi : 10.1016/s0959-440x (97) 80072-3 . PMID 9345621 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Коутиньо, премьер -министр; Deleury, E.; Дэвис, GJ; Энриссат Б. (2003). «Развивающаяся иерархическая семейная классификация для гликозилтрансфераз». Журнал молекулярной биологии . 328 (2): 307–317. doi : 10.1016/s0022-2836 (03) 00307-3 . PMID 12691742 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Ломбард, В.; Бернард, Т.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Коутиньо, премьер -министр; Генри, Б. (2010). Иерархическому " Биохимический Журнал 432 (3): 437–444. два 10.1042/BJ20101185: 20925655PMID
^ Накамура, Алин М.; Nascimento, Alessandro S.; Поликарпов, Игорь (2017). «Структурное разнообразие углеводов эстеразы» . Биотехнологические исследования и инновации . 1 (1): 35–51. doi : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .
^ Армента, Сильвия; Морено-Хандиета, Сильвия; Sánchez-Cuapio, Zaira; Санчес, Серджио; Родригес-санайя, Ромина (2017). «Достижения в области молекулярной инженерии углеводов-связывающих модулей». Белки . 85 (9): 1602–1617. Doi : 10,1002/prot.25327 . PMID 28547780 . S2CID 26493197 .
^ Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (март 2013 г.). «Расширение ферментативного репертуара базы данных CAZY для интеграции вспомогательных окислительно -восстановительных ферментов» . Биотопливо о биотопливе . 6 (1): 41. doi : 10.1186/1754-6834-6-41 . PMC 3620520 . PMID 23514094 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в Дэвис Г.Дж., Синнотт М.Л. (2008). «Сортировка разнообразных: последовательность классификации углеводов -активных ферментов» (PDF) . Биохимик . 30 (4): 26–32. doi : 10.1042/bio03004026 .
^ Текущие статистические данные доступны на каждой гликозид-гидролазе , гликозилтрансферазе , полисахариде лиазы , углеводной эстеразы , вспомогательной активности и модуля связывания углеводов . страниц секции
^ "О" . Cazy.org . Получено 3 сентября 2014 года .
^ "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV" . www.afmb.univ-mrs.fr . Получено 3 сентября 2014 года .
^ Cazypedia Consortium (2018). «Десять лет Казипедии: живая энциклопедия углеводов-активных ферментов» . Гликобиология . 28 (1): 3–8. doi : 10.1093/glycob/cwx089 . HDL : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . PMID 29040563 .
^ Энриссат Б. (1991). «Классификация гликозилгидролаз на основе сходства аминокислотных последовательностей» . Биохимический журнал . 280 (Pt 2): 309–316. doi : 10.1042/bj2800309 . PMC 1130547 . PMID 1747104 .

Внешние ссылки

«CAZY - База данных по углеводам -активным ферментам» . Архитектура и функция биологических макромолекул, CNRS, Университет Университета Прованса Средиземноморья.
"Казипедия" . Энциклопедия углеводов-активных ферментов .

[LombardNAR2014-1] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Ломбард, В.; Голаконда Рамулу, Х.; Drula, E.; Коутиньо, премьер -министр; Энриссат, Б. (2014). «База данных по углеводам-активным ферментам (CAZY) в 2013 году» . Исследование нуклеиновых кислот . 42 (D1): D490 - D495. doi : 10.1093/nar/gkt1178 . PMC 3965031 . PMID 24270786 .

[CantarelNAR2009-2] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (январь 2009 г.). «База данных о углеводах-активных ферментах (CAZY): экспертный ресурс для гликогеномики» . Нуклеиновые кислоты Res . 37 (проблема базы данных): D233–8. doi : 10.1093/nar/gkn663 . PMC 2686590 . PMID 18838391 .

[:0-3] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Henrissat, B.; Дэвис, Г. (1997). «Структурная и на основе последовательности классификация гликозид-гидролаз». Современное мнение в структурной биологии . 7 (5): 637–644. doi : 10.1016/s0959-440x (97) 80072-3 . PMID 9345621 .

[:1-4] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Коутиньо, премьер -министр; Deleury, E.; Дэвис, GJ; Энриссат Б. (2003). «Развивающаяся иерархическая семейная классификация для гликозилтрансфераз». Журнал молекулярной биологии . 328 (2): 307–317. doi : 10.1016/s0022-2836 (03) 00307-3 . PMID 12691742 .

[:2-5] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Ломбард, В.; Бернард, Т.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Коутиньо, премьер -министр; Генри, Б. (2010). Иерархическому " Биохимический Журнал 432 (3): 437–444. два 10.1042/BJ20101185: 20925655PMID

[6] Накамура, Алин М.; Nascimento, Alessandro S.; Поликарпов, Игорь (2017). «Структурное разнообразие углеводов эстеразы» . Биотехнологические исследования и инновации . 1 (1): 35–51. doi : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .

[7] Армента, Сильвия; Морено-Хандиета, Сильвия; Sánchez-Cuapio, Zaira; Санчес, Серджио; Родригес-санайя, Ромина (2017). «Достижения в области молекулярной инженерии углеводов-связывающих модулей». Белки . 85 (9): 1602–1617. Doi : 10,1002/prot.25327 . PMID 28547780 . S2CID 26493197 .

[LevasseurBiotechBiofuels2013-8] Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (март 2013 г.). «Расширение ферментативного репертуара базы данных CAZY для интеграции вспомогательных окислительно -восстановительных ферментов» . Биотопливо о биотопливе . 6 (1): 41. doi : 10.1186/1754-6834-6-41 . PMC 3620520 . PMID 23514094 .

[DaviesSinnottBiochemist2008-9] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в Дэвис Г.Дж., Синнотт М.Л. (2008). «Сортировка разнообразных: последовательность классификации углеводов -активных ферментов» (PDF) . Биохимик . 30 (4): 26–32. doi : 10.1042/bio03004026 .

[10] Текущие статистические данные доступны на каждой гликозид-гидролазе , гликозилтрансферазе , полисахариде лиазы , углеводной эстеразы , вспомогательной активности и модуля связывания углеводов . страниц секции

[cazy-about-us-11] "О" . Cazy.org . Получено 3 сентября 2014 года .

[afmb-12] "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV" . www.afmb.univ-mrs.fr . Получено 3 сентября 2014 года .

[CAZypediaGlycobiology2018-13] Cazypedia Consortium (2018). «Десять лет Казипедии: живая энциклопедия углеводов-активных ферментов» . Гликобиология . 28 (1): 3–8. doi : 10.1093/glycob/cwx089 . HDL : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . PMID 29040563 .

[HenrissatBiochemJ1991-14] Энриссат Б. (1991). «Классификация гликозилгидролаз на основе сходства аминокислотных последовательностей» . Биохимический журнал . 280 (Pt 2): 309–316. doi : 10.1042/bj2800309 . PMC 1130547 . PMID 1747104 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]