CAZy

CAZy
Содержание
Описание	база данных углеводно-активных ферментов
Контакт
Исследовательский центр	AFMB, Французский национальный центр научных исследований
Лаборатория	Группа гликогеномики
Первичное цитирование	Ломбард и др. (2014)
Доступ
Веб-сайт	http://www.cazy.org/
Инструменты
Интернет	http://research.ahv.dk/cazy http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZy — это база данных углеводно-активных ферментов (CAZymes). ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} База данных содержит классификацию и связанную с ней информацию об ферментах, участвующих в синтезе, метаболизме и распознавании сложных углеводов , то есть дисахаридов , олигосахаридов , полисахаридов и гликоконъюгатов . В базу данных включены семейства гликозидгидролаз , ^{[ 3 ]} гликозилтрансферазы , ^{[ 4 ]} полисахарид- лиазы , ^{[ 5 ]} углеводные эстеразы , ^{[ 6 ]} и некаталитические модули, связывающие углеводы . ^{[ 7 ]} База данных CAZy также включает классификацию окислительно -восстановительных ферментов со вспомогательной активностью, участвующих в расщеплении лигноцеллюлозы . ^{[ 8 ]}

CAZy была создана в 1999 году для обеспечения онлайнового и постоянно обновляемого доступа к белковых последовательностей . семейной классификации CAZymes на основе ^{[ 1 ]} который был первоначально разработан в начале 1990-х годов для классификации гликозидгидролаз . ^{[ 9 ]} Новые записи добавляются вскоре после их появления в ежедневных выпусках GenBank . Быстрая эволюция высокопроизводительного секвенирования ДНК привела к продолжающемуся экспоненциальному росту базы данных CAZy. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 9 ]} который теперь охватывает сотни тысяч последовательностей. ^{[ 10 ]} CAZy продолжает курироваться и разрабатываться группой гликогеномики в AFMB, исследовательском центре, связанном с Национальным центром научных исследований Франции и Университетом Экс-Марсель . ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

База данных CAZy связана с CAZypedia , которая была запущена в 2007 году как управляемая исследовательским сообществом вики . энциклопедия CAZymes на основе ^{[ 13 ]}

Классификация

CAZy идентифицирует эволюционно родственные семейства гликозилгидролаз, используя классификацию, введенную Бернаром Хенриссатом. ^{[ 3 ]}^{[ 9 ]}^{[ 14 ]} Этим семействам присвоены номера для их идентификации, так, например, семейство 1 гликозилгидролаз содержит ферменты, обладающие бочкообразной складкой TIM . Эти семьи объединены в 14 различных кланов, имеющих структурное сходство. CAZy содержит 94 семейства ферментов гликозилтрансфераз. ^{[ 4 ]} 22 семейства полисахаридлизаз. ^{[ 5 ]} и 16 семейств углеводных эстераз.

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Ломбард, В.; Голаконда Рамулу, Х.; Друла, Э.; Коутиньо, премьер-министр; Генриссат, Б. (2014). «База данных углеводно-активных ферментов (CAZy) в 2013 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д490–Д495. дои : 10.1093/nar/gkt1178 . ПМЦ 3965031 . ПМИД 24270786 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Кантарел Б.Л., Коутиньо П.М., Ранкурел К., Бернар Т., Ломбард В., Хенриссат Б. (январь 2009 г.). «База данных углеводно-активных ферментов (CAZy): экспертный ресурс по гликогеномике» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных): D233–8. дои : 10.1093/нар/gkn663 . ПМК 2686590 . ПМИД 18838391 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Генриссат, Б.; Дэвис, Г. (1997). «Структурная и последовательностная классификация гликозидгидролаз». Современное мнение в области структурной биологии . 7 (5): 637–644. дои : 10.1016/S0959-440X(97)80072-3 . ПМИД 9345621 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Коутиньо, премьер-министр; Делери, Э.; Дэвис, Дж.Дж.; Генриссат, Б. (2003). «Развивающаяся иерархическая семейная классификация гликозилтрансфераз». Журнал молекулярной биологии . 328 (2): 307–317. дои : 10.1016/S0022-2836(03)00307-3 . ПМИД 12691742 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Ломбард, В.; Бернард, Т.; Ранкурел, К.; Брюмер, Х.; Коутиньо, премьер-министр; Генриссат, Б. (2010). «Иерархическая классификация полисахаридлиаз для гликогеномики» . Биохимический журнал . 432 (3): 437–444. дои : 10.1042/BJ20101185 . ПМИД 20925655 .
^ Накамура, Алин М.; Насименто, Алессандро С.; Поликарпов, Игорь (2017). «Структурное разнообразие углеводных эстераз» . Биотехнологические исследования и инновации . 1 (1): 35–51. дои : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .
^ Армента, Сильвия; Морено-Мендьета, Сильвия; Санчес-Куапио, Заира; Санчес, Серхио; Родригес-Саноха, Ромина (2017). «Достижения молекулярной инженерии углеводсвязывающих модулей». Белки . 85 (9): 1602–1617. дои : 10.1002/прот.25327 . ПМИД 28547780 . S2CID 26493197 .
^ Левассер А., Друла Э., Ломбард В., Коутиньо П.М., Анриссат Б. (март 2013 г.). «Расширение ферментативного репертуара базы данных CAZy за счет интеграции вспомогательных окислительно-восстановительных ферментов» . Биотехнологии Биотопливо . 6 (1): 41. дои : 10.1186/1754-6834-6-41 . ПМК 3620520 . ПМИД 23514094 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Дэвис Дж.Дж., Синнотт М.Л. (2008). «Сортировка разнообразия: классификации углеводоактивных ферментов на основе последовательностей» (PDF) . Биохимик . 30 (4): 26–32. дои : 10.1042/BIO03004026 .
^ Текущая статистика доступна на каждой «Гликозидгидролаза» , «Гликозилтрансфераза» , «Полисахаридлиаза» , «Углеводная эстераза» , «Вспомогательная активность » и «Модуль связывания углеводов» . странице раздела
^ "О" . CAZy.org . Проверено 3 сентября 2014 г.
^ «AFMB UMR 7257 — UMR7257: CNRS — AIX MARSEILLE UNIV» . www.afmb.univ-mrs.fr . Проверено 3 сентября 2014 г.
^ Консорциум CAZypedia (2018). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводоактивных ферментов» . Гликобиология . 28 (1): 3–8. дои : 10.1093/гликоб/cwx089 . hdl : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . ПМИД 29040563 .
^ Генрисса, Б. (1991). «Классификация гликозилгидролаз, основанная на сходстве аминокислотных последовательностей» . Биохимический журнал . 280 (Часть 2): 309–316. дои : 10.1042/bj2800309 . ПМЦ 1130547 . ПМИД 1747104 .

Внешние ссылки

«CAZy - База данных углеводно-активных ферментов» . Архитектура и функции биологических макромолекул, CNRS, Университет Прованса, Университет Средиземноморья.
«КАЗипедия» . Энциклопедия углеводоактивных ферментов .

[LombardNAR2014-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Ломбард, В.; Голаконда Рамулу, Х.; Друла, Э.; Коутиньо, премьер-министр; Генриссат, Б. (2014). «База данных углеводно-активных ферментов (CAZy) в 2013 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д490–Д495. дои : 10.1093/nar/gkt1178 . ПМЦ 3965031 . ПМИД 24270786 .

[CantarelNAR2009-2] Перейти обратно: ^а ^б Кантарел Б.Л., Коутиньо П.М., Ранкурел К., Бернар Т., Ломбард В., Хенриссат Б. (январь 2009 г.). «База данных углеводно-активных ферментов (CAZy): экспертный ресурс по гликогеномике» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных): D233–8. дои : 10.1093/нар/gkn663 . ПМК 2686590 . ПМИД 18838391 .

[:0-3] Перейти обратно: ^а ^б Генриссат, Б.; Дэвис, Г. (1997). «Структурная и последовательностная классификация гликозидгидролаз». Современное мнение в области структурной биологии . 7 (5): 637–644. дои : 10.1016/S0959-440X(97)80072-3 . ПМИД 9345621 .

[:1-4] Перейти обратно: ^а ^б Коутиньо, премьер-министр; Делери, Э.; Дэвис, Дж.Дж.; Генриссат, Б. (2003). «Развивающаяся иерархическая семейная классификация гликозилтрансфераз». Журнал молекулярной биологии . 328 (2): 307–317. дои : 10.1016/S0022-2836(03)00307-3 . ПМИД 12691742 .

[:2-5] Перейти обратно: ^а ^б Ломбард, В.; Бернард, Т.; Ранкурел, К.; Брюмер, Х.; Коутиньо, премьер-министр; Генриссат, Б. (2010). «Иерархическая классификация полисахаридлиаз для гликогеномики» . Биохимический журнал . 432 (3): 437–444. дои : 10.1042/BJ20101185 . ПМИД 20925655 .

[6] Накамура, Алин М.; Насименто, Алессандро С.; Поликарпов, Игорь (2017). «Структурное разнообразие углеводных эстераз» . Биотехнологические исследования и инновации . 1 (1): 35–51. дои : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .

[7] Армента, Сильвия; Морено-Мендьета, Сильвия; Санчес-Куапио, Заира; Санчес, Серхио; Родригес-Саноха, Ромина (2017). «Достижения молекулярной инженерии углеводсвязывающих модулей». Белки . 85 (9): 1602–1617. дои : 10.1002/прот.25327 . ПМИД 28547780 . S2CID 26493197 .

[LevasseurBiotechBiofuels2013-8] Левассер А., Друла Э., Ломбард В., Коутиньо П.М., Анриссат Б. (март 2013 г.). «Расширение ферментативного репертуара базы данных CAZy за счет интеграции вспомогательных окислительно-восстановительных ферментов» . Биотехнологии Биотопливо . 6 (1): 41. дои : 10.1186/1754-6834-6-41 . ПМК 3620520 . ПМИД 23514094 .

[DaviesSinnottBiochemist2008-9] Перейти обратно: ^а ^б ^с Дэвис Дж.Дж., Синнотт М.Л. (2008). «Сортировка разнообразия: классификации углеводоактивных ферментов на основе последовательностей» (PDF) . Биохимик . 30 (4): 26–32. дои : 10.1042/BIO03004026 .

[10] Текущая статистика доступна на каждой «Гликозидгидролаза» , «Гликозилтрансфераза» , «Полисахаридлиаза» , «Углеводная эстераза» , «Вспомогательная активность » и «Модуль связывания углеводов» . странице раздела

[cazy-about-us-11] "О" . CAZy.org . Проверено 3 сентября 2014 г.

[afmb-12] «AFMB UMR 7257 — UMR7257: CNRS — AIX MARSEILLE UNIV» . www.afmb.univ-mrs.fr . Проверено 3 сентября 2014 г.

[CAZypediaGlycobiology2018-13] Консорциум CAZypedia (2018). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводоактивных ферментов» . Гликобиология . 28 (1): 3–8. дои : 10.1093/гликоб/cwx089 . hdl : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . ПМИД 29040563 .

[HenrissatBiochemJ1991-14] Генрисса, Б. (1991). «Классификация гликозилгидролаз, основанная на сходстве аминокислотных последовательностей» . Биохимический журнал . 280 (Часть 2): 309–316. дои : 10.1042/bj2800309 . ПМЦ 1130547 . ПМИД 1747104 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]