Интеллектуальные системы для молекулярной биологии
Интеллектуальные системы для молекулярной биологии ( ISMB ) — это ежегодная научная конференция по вопросам биоинформатики и вычислительной биологии, организованная Международным обществом вычислительной биологии (ISCB). Основное внимание конференции уделяется разработке и применению передовых вычислительных методов для решения биологических задач. Конференция проводится каждый год, начиная с 1993 года, и стала одной из крупнейших и самых престижных встреч в этих областях, собрав в 2004 году более 2000 делегатов. [ 1 ] [ 2 ] С момента первой встречи ISMB проводится в разных точках мира; с 2007 года встречи поочередно проводятся в Европе и Северной Америке. С 2004 года европейские встречи проводятся совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии (ECCB).
Основная конференция ISMB обычно проводится в течение трех дней и состоит из презентаций, стендовых сессий и основных докладов . Большинство презентаций проводятся в несколько параллельных курсов; однако основные доклады представлены в рамках одного направления и выбраны с учетом выдающихся исследований в области биоинформатики. Среди известных основных докладчиков ISMB были восемь нобелевских лауреатов. Лауреатам Премии Овертона ISCB и Премии ISCB за достижения в области старших ученых приглашаются выступить с программными докладами в рамках программы. Материалы конференции в настоящее время публикуются в журнале «Биоинформатика» .
История
[ редактировать ]
Ранние встречи
[ редактировать ]Истоки конференции ISMB лежат в семинаре для исследователей искусственного интеллекта , интересующихся молекулярной биологией, который состоялся в ноябре 1991 года. [ 3 ] Семинар был организован американским исследователем Лоуренсом Хантером , в то время директором проекта машинного обучения в Национального института здравоохранения США Национальной медицинской библиотеке (NLM) в Бетесде, штат Мэриленд . [ 4 ] Последующий семинар по той же теме, проведенный в 1992 году, организованный НЛМ и Национальным научным фондом , ясно показал, что необходима регулярная международная конференция в этой области. Такая конференция будет посвящена молекулярной биологии как быстро развивающемуся применению искусственного интеллекта. [ 5 ] После успешной подачи заявки на гранты от AAAI , NIH и Управления здравоохранения и экологических исследований Министерства энергетики , первая конференция ISMB была проведена в июле 1993 года в NLM. Конференцию возглавляли Хантер, Дэвид Сирлс (доцент-исследователь Медицинской школы Пенсильванского университета ) и Джуд Шавлик (доцент кафедры информатики Университета Висконсин-Мэдисон ) и привлекла более 200 участников из 13 стран. [ 4 ] представил 69 научных работ. [ 3 ]
Успех первой конференции побудил к объявлению о проведении второй конференции ISMB в конце встречи. ISMB 1994 первоначально планировалось провести в Сиэтле . Однако конкурирующая встреча вынудила ISMB в кратчайшие сроки изменить место проведения. Конференция проводилась в Стэнфордском университете в августе 1994 года и была организована Рассом Альтманом , научным сотрудником Медицинской школы Стэнфордского университета . [ 3 ] Чтобы подчеркнуть международный аспект конференции, ISMB 1995 проводилась в Робинсон-колледже в Кембридже . ISMB 1995 также ознаменовал изменение фокуса конференции. Член правления ISCB и директор Испанского национального института биоинформатики Альфонсо Валенсия заявил, что в 1995 году «конференция превратилась из конференции по информатике в точку, когда все поняли, что если вы хотите добиться прогресса, необходимо больше внимания уделять биологии». [ 3 ]
Формирование ISCB и расширение
[ редактировать ]ISMB 1997 проходил в Халкидиках , Греция , и ознаменовал основание Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [ 5 ] ISCB был создан с упором на управление всеми научными, организационными и финансовыми аспектами конференции ISMB, а также с целью предоставить ученым форум для обсуждения растущей роли компьютеров в биологических науках. ISCB помогает в организации серии конференций ISMB с 1998 года. [ 2 ] Период после создания ISCB также ознаменовал увеличение числа участников ISMB: ISMB 2000 (проводившийся в Калифорнийском университете в Сан-Диего ) посетило более 1000 делегатов, [ 1 ] представил 141 научную работу. [ 3 ] Это собрание также было последним разом, когда ISMB проводился в университете из-за ограничений по размеру. [ 1 ]
Партнерство с ECCB
[ редактировать ]
В 2004 году ISMB был проведен совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии впервые . Конференция также была совмещена с конференцией «Гены, белки и компьютеры». Эта встреча, состоявшаяся в Глазго , Великобритания , была крупнейшей конференцией по биоинформатике , когда-либо проводившейся. [ 6 ] приняли участие 2136 делегатов, представивших 496 научных работ. [ 7 ] Альфонсо Валенсия считает ISMB/ECCB 2004 важной вехой в истории ISMB: «Это была первая конференция, на которой баланс между Европой и государствами стал важной частью конференции. Именно здесь мы установили правила и пути и дух сотрудничества между американцами и европейцами». [ 3 ] Успех совместной конференции проложил путь к будущим европейским встречам ISMB, которые будут проводиться совместно с ECCB. [ 3 ]
Недавние встречи
[ редактировать ]К концу 2006 года ISCB столкнулся с финансовыми трудностями. Две конференции (ISMB 2003 в Брисбене и ISMB 2006 в Форталезе ) резко сократили количество участников из-за их местоположения, что привело к соответствующему снижению доходов. [ 8 ] Чтобы позволить большему количеству делегатов принять участие, было решено ограничить места проведения конференции Северной Америкой и Европой. В январе 2007 года ISMB и ECCB договорились проводить совместные конференции в Европе раз в два года, начиная с ISMB/ECCB 2007. [ 2 ] ISMB будет проводиться в Северной Америке в годы между совместными заседаниями. По состоянию на 2016 год [update]Было подтверждено, что эта модель сохранится как минимум до 2019 года. ISMB / ECCB 2007 (проводившаяся в Вене , Австрия ) стала первой конференцией, за организацию которой ISCB взял на себя полную ответственность. [ 1 ] Вена стала первым городом, дважды принимавшим ISMB (ISMB/ECCB 2011). Этот «ответный визит» был экспериментом, призванным сократить растущие усилия, необходимые для поиска подходящих мест для проведения конференций. Хотя возвращение в Вену было сочтено успешным лишь частично из-за роста цен, Бостон (где проходили ISMB 2010 и 2014 гг.), по прогнозам, станет «безопасным» местом, куда ISMB сможет периодически возвращаться. [ 1 ]
ISMB отпраздновал свое 20-е собрание ISMB 2012, состоявшееся в Лонг-Бич, Калифорния . Мероприятие собрало около 1600 делегатов. [ 1 ] представил 268 научных работ. [ 3 ] Ричард Х. Латроп и Лоуренс Хантер представили специальную программную презентацию, оглядываясь назад на предыдущие встречи ISMB и пытаясь предсказать, в каком направлении может развиваться область биоинформатики в будущем. [ 9 ] ISMB/ECCB 2013 проходил в Берлине , Германия , и в нем приняли участие около 2000 делегатов, представивших 233 научных статьи. [ 10 ]
Формат
[ редактировать ]Основная конференция
[ редактировать ]Основная конференция ISMB обычно проводится в течение трех дней и состоит из презентаций, стендовых сессий и основных докладов . [ 1 ]
Академические работы в ISMB традиционно представлялись в одном формате. [ 3 ] Презентации на ISMB 1994 были разделены на три тематических дня, посвященных предсказанию вторичной структуры белков , анализу последовательностей , методам искусственного интеллекта и биохимическим приложениям соответственно. [ 4 ] По мере роста посещаемости ISMB однонаправленный подход становился все более неустойчивым, и на ISMB/ECCB 2004 были введены два параллельных трека. Дальнейшее расширение означало, что к ISMB 2012 было представлено более 200 докладов в девяти параллельных треках. [ 1 ] включая несколько треков заседаний , трек основных моментов и трек технологий. Введение параллельных треков в ISMB вызвало споры. Кристофер Роулингс (руководитель отдела вычислительной и системной биологии в Rothamsted Research и организатор ISMB 1995 г.) сказал: «Было много людей, которые хотели еще больше сохранить ее в модели интеллектуальных систем искусственного интеллекта и провести собрание, на которое все могли бы пойти». все. Но оно стало слишком большим. Мы просто не смогли». [ 3 ] Поскольку количество подаваемых документов увеличилось, процент их принятия резко снизился: с 75% в 1994 году до 13% в 2012 году. [ 3 ] Материалы ISMB за 1993-2000 годы были опубликованы AAAI Press . Начиная с ISMB 2001, материалы публикуются в журнале «Биоинформатика» . [ 11 ] [ 12 ] Количество плакатов, представленных на ISMB, также резко возросло. 25 плакатов были представлены на ISMB 1994 г.; [ 4 ] на недавних собраниях ISMB на нескольких стендовых сессиях было представлено 500–1000 плакатов. [ 1 ]

Основные доклады представлены в виде одного трека и обычно привлекают самую большую аудиторию. [ 2 ] Эти презентации выбраны для того, чтобы осветить выдающиеся исследования в области биоинформатики . известных основных докладчиков ISMB Среди восемь лауреатов Нобелевской премии : Ричард Дж. Робертс (основной докладчик в 1994, 2006 гг.), Джон Салстон (1995 г.), Манфред Эйген (1999 г.), Джеральд Эдельман (2000 г.), Сидни Бреннер (2003 г.), Курт Вютрих ( 2006 г.), Роберт Хубер (2006 г.) и Майкл Левитт (2015 г.). [ 5 ] [ 13 ] [ 14 ]
По состоянию на 2012 год [update] Бюджет ISMB превышает 1,5 миллиона долларов, а с точки зрения доходов он приносит в четыре раза больше, чем другие конференции ISCB (ISCB-Латинская Америка, ISCB-Африка , ISCB-Азия, Конференция по биоинформатике Скалистых гор, CSHALS и Великая конференция ISCB). Озерная конференция по биоинформатике) вместе взятые. [ 1 ] Стандартные регистрационные сборы (по состоянию на 2013 год) составляют около 1000 долларов США для ученых, являющихся членами ISCB (1350 долларов США для лиц, не являющихся членами), с более низкими ставками для студентов и более высокими ставками для корпоративных делегатов соответственно. При ранней регистрации предусмотрены скидки. [ 15 ]
Сателлитные мероприятия
[ редактировать ]Учебные пособия перед конференцией сыграли важную роль в ISMB с момента первой конференции. [ 2 ] Учебные пособия в ISMB 1994 включали введение в генетические алгоритмы , нейронные сети , искусственный интеллект для молекулярных биологов и молекулярную биологию для ученых-компьютерщиков. [ 4 ] вычислительной масс-спектрометрии на основе Учебные пособия по протеомике и доступу к данным ENCODE были представлены на ISMB/ECCB 2013. [ 16 ]
По мере роста посещаемости ISMB в конце 1990-х годов параллельно с основной конференцией образовалось несколько дополнительных встреч и встреч групп по особым интересам (SIG). Встречи SIG проводятся за один или два дня до основной конференции и фокусируются на конкретной теме, что позволяет провести более детальное обсуждение, чем на основной конференции. [ 17 ] Известные встречи SIG включают Конференцию по биоинформатике с открытым исходным кодом (BOSC), которая проводится ежегодно с 2000 года. [ 18 ] и Биоонтологии, который проводится ежегодно с 1998 года. [ 19 ] Сателлитные встречи обычно длятся два дня и проводятся совместно с ISMB. 12-я конференция CAMDA и 9-е заседание 3DSIG были проведены в качестве сопутствующих заседаний ISMB/ECCB 2013. [ 20 ] [ 21 ]
Список конференций
[ редактировать ]

Запланированные мероприятия
[ редактировать ]Конференция | Расположение | Место проведения | Примечания |
---|---|---|---|
МСББ 2024 | Монреаль, Канада | Монреальский конференц-центр | 12–16 июля |
ISMB/ECCB 2025 г. | Ливерпуль, Великобритания | 20–24 июля | |
МСББ 2026 | Вашингтон, округ Колумбия, США | 12–16 июля | |
ISMB/ECCB 2027 г. | подлежит уточнению | ||
МСББ 2028 | Калгари, Альберта, Канада | 23–27 июля |
См. также
[ редактировать ]
- Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB)
- Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB)
- Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Рост, Б.; Гаастерланд, Т.; Ленгауэр, Т.; Линиал, М.; Маркель, С.; Моррисон Маккей, BJ; Шнайдер, Р.; Хортон, П.; Келсо, Дж. (13 июля 2012 г.). «Прокладывая будущее: находим подходящие площадки ISMB» . Биоинформатика . 28 (19): 2556–2559. doi : 10.1093/биоинформатика/bts420 . ПМЦ 3463122 . ПМИД 22796959 .
- ^ Jump up to: а б с д и Линиал, М.; Месиров Дж.П.; Моррисон Маккей, Би Джей; Рост, Б. (2008). «ISMB 2008 Торонто» . PLOS Вычислительная биология . 4 (6): e1000094. Бибкод : 2008PLSCB...4E0094L . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000094 . ПМК 2427177 . ПМИД 18584023 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Гибсон, Тодд А. (2012). «Корни биоинформатики в ISMB» . PLOS Вычислительная биология . 8 (8): e1002679. Бибкод : 2012PLSCB...8E2679G . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002679 . ПМЦ 3431341 . ПМИД 22952443 .
- ^ Jump up to: а б с д и Сирлс, Д.; Шавлик Дж.; Хантер, Л. (1994). «Первая международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии» . Журнал ИИ . 15 (1): 12–13 . Проверено 16 сентября 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с «Об ИСМБ» . www.iscb.org . ИСКБ . Проверено 16 сентября 2013 г.
- ^ «История ИСКБ» . www.iscb.org . Проверено 19 сентября 2013 г.
- ^ «ISMB/ECCB 2004» . Проверено 19 сентября 2013 г.
- ^ Рост, Б. (14 ноября 2013 г.). «ISCB: взгляд на прошлое и настоящее Международного общества вычислительной биологии» . Биоинформатика . 29 (24): 3243–3245. doi : 10.1093/биоинформатика/btt629 . ПМЦ 5994947 . ПМИД 24234004 .
- ^ «Ключевые доклады» . МСББ 2012 . ИСКБ . Проверено 26 августа 2013 г.
- ^ Бен-Тал, Н. (21 июня 2013 г.). «Редакция» . Биоинформатика . 29 (13): i1–i2. doi : 10.1093/биоинформатика/btt282 . ПМЦ 3694647 . ПМИД 23812973 .
- ^ «Известия ISMB» . iscb.org . ИСКБ . Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ Брунак, С.; Крог, А. (1 июня 2001 г.). «ИСМБ 2001» . Биоинформатика . 17 (Приложение 1): S1–S4. doi : 10.1093/биоинформатика/17.suppl_1.S1 .
- ^ Нешич, Горан; Борн, Филип Э.; Брунак, Сорен (1 января 2006 г.). «ИСМБ 2006» . PLOS Вычислительная биология . 2 (2): е11. Бибкод : 2006PLSCB...2...11N . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020011 . ПМЦ 1378106 . ПМИД 16758006 .
- ^ «Ключевые доклады» . ISMB/ECCB 2015 . ИСКБ . Проверено 18 мая 2015 г.
- ^ «РЕГИСТРАЦИЯ» . ISMB/ECCB 2013 . ИСКБ . Проверено 25 октября 2013 г.
- ^ «Учебники» . ISMB/ECCB 2013 . ИСКБ . Проверено 26 сентября 2013 г.
- ^ «SIG и сателлитные встречи» . ISMB/ECCB 2013 . ИСКБ . Проверено 26 сентября 2013 г.
- ^ «BOSC — Открытый Фонд Биоинформатики» . Открытый фонд биоинформатики . Проверено 26 сентября 2013 г.
- ^ Боденрейдер, Оливье; Стивенс, Роберт (2006). «Биоонтологии: современные тенденции и будущие направления» . Брифинги по биоинформатике . 7 (3): 256–274. дои : 10.1093/bib/bbl027 . ПМЦ 1847325 . ПМИД 16899495 .
- ^ «3DSIG 2013 — Структурная биоинформатика и вычислительная биофизика, Берлин, 2013» . 3ДСИГ 2013 . Проверено 26 сентября 2013 г.
- ^ «Конференция КАМДА 2013 – КАМДА 2013» . КАМДА 2013 . Проверено 26 сентября 2013 г.
- ^ «Материалы 1-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. ISMB-93». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 1 : i–ix, 1–459. 1993. ПМИД 7584323 .
- ^ «Материалы 2-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. ISMB-94». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 2 : 1–384. 1994. ПМИД 7584376 .
- ^ «Материалы 3-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. ISMB-95». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 3 : i–xii, 1–415. 1995. ПМИД 7584424 .
- ^ «Материалы 4-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. ISMB-96». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 4 : 1–262. 1996. ПМИД 9005023 .
- ^ «Материалы 5-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. Халкидики, Греция, 21-26 июня 1997 г.». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 5 : 1–371. 1997. ПМИД 9410501 .
- ^ «Материалы 6-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. Монреаль, Квебек, Канада. 28 июня - 1 июля 1998 г.». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 6 : 1–223. 1998. ПМИД 9867411 .
- ^ «ISMB '99. Материалы 7-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии. Гейдельберг, Германия, 6–10 августа 1999 г.». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии : 1–307. 1999. PMID 10809579 .
- ^ «Материалы 8-й Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии (ISMB 2000). Сан-Диего, Калифорния, США. 19–23 августа 2000 г.». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии . 8 : 1–419. 2000. PMID 11221647 .
- ^ «Материалы девятой международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии» . Биоинформатика . 17 : S1–S331. Июнь 2001 г. Архивировано из оригинала 30 января 2012 г. Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «Материалы Десятой Международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии» . Биоинформатика . 18 (приложение 1): S1–S363. Июль 2002 г. Архивировано из оригинала 14 мая 2011 г. Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ Майерс, Г. (3 июля 2003 г.). «Одиннадцатая международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии, Брисбен, Австралия, 29 июня - 3 июля 2003 г.» . Биоинформатика . 19 (приложение 1): i1–i349. doi : 10.1093/биоинформатика/btg1048 . ПМИД 12855430 .
- ^ «Материалы Двенадцатой международной конференции по интеллектуальным системам молекулярной биологии / Третьей европейской конференции по вычислительной биологии, 2004 г., Глазго, Великобритания, 31 июля — 4 августа 2004 г.» . Биоинформатика . 20 (Приложение 1): i1–i395. 4 августа 2004 г. Архивировано из оригинала 15 октября 2012 г. Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «Труды ISMB 2005. Тринадцатая международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии, Детройт, 25-29 июня 2005 г.» . Биоинформатика . 21 (Приложение 1): i1–i510. 2005. Архивировано из оригинала 12 августа 2013 года . Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2006, 6–10 АВГУСТА, ФОРТАЛЕЗА, БРАЗИЛИЯ» . Биоинформатика . 22 (14): е1–е568. 15 июля 2006 г. Архивировано из оригинала 4 мая 2013 г. . Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «Ismb/Eccb 2007» . Биоинформатика . 23 (13): i1–i586. 13 июля 2007 г. doi : 10.1093/bioinformatics/btm285 .
- ^ «МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2008 19-23 ИЮЛЯ 2008 ГОДА, ТОРОНТО» . Биоинформатика . 24 (13): i1–i423. 1 июля 2008 г. Архивировано из оригинала 14 марта 2011 г. Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ ISMB/ECCB 2009 С 27 ИЮНЯ ПО 2 ИЮЛЯ 2009 ГОДА, СТОКГОЛЬМ, ШВЕЦИЯ» . Биоинформатика . 25 (12): i1–i384. 15 июня 2009 года. Архивировано из оригинала 17 апреля 2011 года . Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2010 С 11 ПО 13 ИЮЛЯ 2010 ГОДА, БОСТОН, Массачусетс, США» . Биоинформатика . 26 (12): i1–i408. 15 июня 2010 года. Архивировано из оригинала 16 марта 2011 года . Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «Комитет по протоколам Ismb / Eccb 2011» . Биоинформатика . 27 (13): i1–i411. 1 июля 2011 г. doi : 10.1093/bioinformatics/btr298 . ПМК 2687993 .
- ^ «КОМИТЕТ ПО ДОКУМЕНТАМ ISMB 2012, 15–19 ИЮЛЯ 2012 ГОДА, ЛОНГ-БИЧ, Калифорния, США» . Биоинформатика . 28 (12): i1–i301. 15 июня 2012 года. Архивировано из оригинала 22 июня 2012 года . Проверено 3 октября 2013 г.
- ^ «Комитет по протоколам ISMB / ECCB 2013» . Биоинформатика . 29 (13): i1–i371. 1 июля 2013 г. doi : 10.1093/bioinformatics/btt281 . ПМЦ 4765877 .
- ^ «КОМИТЕТ ПО ПРОЦЕДУРАМ ДОКУМЕНТОВ ISMB 2014» . Биоинформатика . 30 (12): i1–i339. 15 июня 2014 года. Архивировано из оригинала 1 июля 2014 года . Проверено 17 июля 2014 г.
- ^ «КОМИТЕТ ПО ПРОЦЕДУРАМ ISMB/ECCB 2015, 10–14 ИЮЛЯ 2015 ГОДА, ДУБЛИН, ИРЛАНДИЯ» . Биоинформатика . 31 (12): i1 – i386. 15 июня 2015 года. Архивировано из оригинала 17 июня 2015 года . Проверено 29 декабря 2015 г.
- ^ «Программа предстоящих мероприятий – Конгресс-центр Праги» . Проверено 29 декабря 2015 г.
- ^ «Будущие даты ISMB» . www.iscb.org . Проверено 7 июля 2017 г.
- ^ «Об ИСМБ» . www.iscb.org . Проверено 4 декабря 2019 г.