Оксфордские нанопоровые технологии
 | Эта статья содержит контент, написанный как реклама . ( январь 2017 г. ) |
| Тип компании | Открытое общество с ограниченной ответственностью |
|---|---|
| ЛФБ : ОНТ | |
| ISIN | ГБ00BP6S8Z30 |
| Промышленность | Нанопоровое секвенирование |
| Основан | 2005 г |
| Основатели |
|
| Штаб-квартира | , |
Ключевые люди |
|
| Веб-сайт | нанопоретех |
Oxford Nanopore Technologies plc — британская компания , которая разрабатывает и продает продукты для секвенирования нанопор (включая портативный секвенатор ДНК MinION) для прямого электронного анализа одиночных молекул . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]
История
[ редактировать ]Компания была основана в 2005 году как отделение Хэганом Оксфордского университета Бэйли , Гордоном Сангерой и Спайком Уиллкоксом при стартовом финансировании со стороны IP Group . [ 5 ] [ 6 ] Компания провела первичное публичное размещение акций на Лондонской фондовой бирже 30 сентября 2021 года под тикером ONT. [ 7 ]
Продукты
[ редактировать ]
Основной продукцией Oxford Nanopore являются:
- МинИОН: [ 3 ] [ 8 ] [ 9 ] Это портативное USB-устройство для секвенирования белковых нанопор размером с губную гармошку коммерчески доступно с мая 2015 года. [ 10 ] после первоначального запуска через программу раннего доступа MinION Access Program (MAP). [ 11 ] В редакционной статье описываются быстрые темпы разработки во время MAP: «У нас было три изменения «пор», шесть химических изменений и обновление программного обеспечения, по-видимому, каждые несколько недель». В публикациях этой программы описывается ее использование для быстрой идентификации вирусных патогенов. [ 12 ] мониторинг Эболы, [ 13 ] экологический мониторинг, [ 14 ] мониторинг безопасности пищевых продуктов, [ 15 ] мониторинг устойчивости к антибиотикам, [ 16 ] анализ структурных вариантов рака, [ 17 ] гаплотипирование, [ 18 ] анализ ДНК плода, [ 19 ] [ 20 ] и другие приложения. [ 21 ] В публикациях указывается скорость чтения 90 нуклеотидов в секунду на нанопору. [ 22 ] с уровнем ошибок 30% на ранней стадии выпуска примерно в 2014 году. [ 23 ] В последней версии R9 в 2016 году уровень необработанных ошибок снизился до 2–13 % для различных типов секвенирования ДНК («1D» и «2D», описанных ниже). [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] В октябре 2016 года был выпущен R9.4, работающий со скоростью 450 оснований в секунду на нанопору и объемом данных 10 Гб на проточную ячейку MinION. [ 28 ] Совсем недавно была разработана пора R10, которая с другой апертурой имеет разные характеристики считывания. Ранние данные ONT показывают, что поры R10 могут преодолевать гомополимерные последовательности. [ 29 ]
- GridION X5: это настольное устройство поступило в продажу с марта 2017 года. [ 30 ] Устройство обрабатывает до пяти проточных кювет MinION и позволяет генерировать до 100 Гб данных за один цикл. [ 31 ]
- PromethION: это настольное устройство с высокой пропускной способностью будет доступно через программу доступа. [ 32 ] открыт для регистрации в июле 2015 года. Устройство содержит каналы для 144 000 нанопор (по сравнению с 512 у MinION). [ 33 ]
- VolTRAX: это устройство, находящееся в настоящее время в разработке, предназначено для автоматической подготовки проб, поэтому пользователям не требуется лаборатория или лабораторные навыки для работы с устройством. [ 34 ] Регистрация на программу раннего доступа была открыта в октябре 2016 года. [ 35 ]
- Metricor: дочерняя компания Oxford Nanopore, созданная для предоставления комплексных решений для биологического анализа с использованием технологий обнаружения нанопор. [ 36 ] [ 37 ]
- SmidgION: секвенсор для мобильных телефонов, анонсированный в мае 2016 года, в настоящее время находится в разработке. [ 38 ]
Эти продукты предназначены для анализа ДНК , РНК , белков и малых молекул с широким спектром применений в персонализированной медицине , растениеводстве и научных исследованиях. [ 3 ] [ 39 ]
По состоянию на октябрь 2016 года было отгружено более 3000 MinION. [ 40 ] PromethION начал поставляться в раннем доступе. [ 28 ] В статье, опубликованной в ноябре 2014 года, один из участников MAP написал: «MinION — это захватывающий шаг в новом направлении секвенирования одиночных молекул, хотя для того, чтобы оправдать свои обещания, потребуется резкое снижение частоты ошибок». . [ 3 ] К августу 2016 года биоинформатик Джаред Симпсон отметил, что согласованная точность 99,96% была достигнута с помощью инструмента нанополировки после того, как исходная точность была улучшена с помощью новой нанопоры R9. [ 41 ]
В июле 2015 года группа опубликовала информацию о секвенировании нанопор генома гриппа, отметив: «Был получен полный геном вируса гриппа, который имеет более чем 99% идентичности с данными последовательностей, полученными с помощью Illumina Miseq и традиционного секвенирования Сэнгера. Лабораторная инфраструктура и вычислительные ресурсы, используемые для проведения этого эксперимента на секвенаторе нанопор MinION, будут доступны в большинстве молекулярных лабораторий по всему миру. Благодаря использованию этой системы концепция портативности и, следовательно, секвенирования вирусов гриппа в клинике или на местах становится вполне обоснованной». В статье и сопроводительной редакционной статье [ 42 ] опубликовано в октябре 2015 г., [ 43 ] группа пользователей MinION написала: «На момент написания этой статьи появилось около дюжины отчетов, рассказывающих о полезности MinION для секвенирования de novo вирусных, бактериальных и эукариотических геномов».
В марте 2016 года компания объявила об обновлении химического состава до «R9», используя белковые нанопоры CsgG в сотрудничестве с лабораторией Хана Ремаута (VIB/ Vrije Universiteit Brussel ). [ 44 ] Компания заявила в веб-трансляции, что R9 предназначен для снижения количества ошибок и производительности. [ 45 ] В конце мая 2016 года была выпущена нанопора R9, и пользователи сообщили о высоком уровне производительности модернизированных проточных ячеек. [ 24 ] Ранние сообщения в социальных сетях сообщают о высоком уровне точности «1D» (секвенирования одной цепи дуплексной ДНК). [ 25 ] Точность «2D» (секвенирование как матрицы, так и комплементарной цепи) [ 26 ] и точность сборки. [ 27 ]
Интернет живых существ
[ редактировать ]Oxford Nanopore работал над созданием концепции «Интернета живых существ», первоначально задуманного как «Интернет ДНК» Дэвидом Хаусслером , биоинформатиком из Калифорнийского университета в Санта-Крус . [ нужна ссылка ] В статье в журнале Wired в 2015 году Клайв Браун, технический директор Oxford Nanopore, отметил, что «будущие сенсорные устройства нанопор, связанные с облачным анализом, смогут работать где угодно и что угодно». [ 36 ]
Концепция Интернета живых существ упоминается в статье Янива Эрлиха в 2015 году. [ 46 ] описывающее будущее повсеместной геномики. Эрлих отметил, что «интеграция с датчиками последовательности может принести пользу нескольким приборам, включая кондиционеры или магистраль водоснабжения для мониторинга вредных патогенов. Однако из всех возможных вариантов туалеты могут стать лучшей точкой интеграции». [ 47 ] Что касается приложений, связанных со здравоохранением, он отметил, что «быстрое определение последовательности действий на контрольно-пропускных пунктах в аэропортах может быть полезным». полезно для борьбы со вспышками патогенов и оказания медицинской помощи пострадавшим пассажирам. Аналогично, Портативный секвенатор позволит врачам ставить более точные диагнозы в полевых условиях во время гуманитарных кризисов или в клинике без необходимости тратить время на отправку образцов в лабораторию». [ 48 ]
Миссия Международной космической станции
[ редактировать ]
В июле 2016 года секвенатор нанопор MinION был включен в девятую миссию НАСА/ SpaceX по доставке коммерческих грузов на Международную космическую станцию . [ 49 ] Цель миссии — предоставить подтверждение концепции функциональности MinION в условиях микрогравитации, а затем изучить дальнейшее использование на борту. Было высказано предположение, что возможность секвенирования ДНК в космосе позволит отслеживать изменения микробов в окружающей среде или людях в ответ на космический полет и, возможно, поможет в обнаружении жизни на основе ДНК в других частях Вселенной. [ 50 ]
В ходе миссии члены экипажа МКС успешно секвенировали ДНК бактерий, бактериофагов и грызунов из образцов, приготовленных на Земле. [ 51 ] Исследователи на Земле провели синхронное наземное управление, чтобы оценить, насколько хорошо MinION работает в сложных условиях. Кроме того, использование устройства MinION в качестве исследовательского центра на космической станции потенциально может поддержать ряд дополнительных научных исследований, любое из которых может иметь применение на Земле. [ 52 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «БЭЙЛИ, профессор (Джон) Хэган (Прайс)» . Кто есть кто . Том. 2015 (онлайн-издание под ред. Oxford University Press ). А&С Черный. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании .)
- ^ Эйзенштейн, М. (2012). «Объявление Oxford Nanopore вызывает ажиотаж в секторе секвенирования» . Природная биотехнология . 30 (4): 295–6. дои : 10.1038/nbt0412-295 . ПМИД 22491260 . S2CID 205267199 .
- ^ Jump up to: а б с д Михеев А.С.; Олово, ММГ (2014). «Первый взгляд на секвенатор Oxford Nanopore MinION». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (6): 1097–102. дои : 10.1111/1755-0998.12324 . ПМИД 25187008 . S2CID 3674911 .
- ^ Ломан, Нью-Джерси; Куинлан, Арканзас (2014). «Poretools: набор инструментов для анализа данных последовательности нанопор» . Биоинформатика . 30 (23): 3399–401. doi : 10.1093/биоинформатика/btu555 . ПМК 4296151 . ПМИД 25143291 .
- ^ «История компании» . Оксфордские нанопоровые технологии. 3 декабря 2021 г.
- ^ «Секвенирование ДНК: история дыр» . Экономист . Лондон. 16 октября 2008 года . Проверено 19 октября 2014 г.
- ^ «Лондонская фондовая биржа приветствует компанию Oxford Nanopore Technologies plc на основном рынке» . 11 октября 2021 г.
- ^ Проверьте Хайден, Э. (2014). «Представлены данные карманного секвенатора генома» . Природа . дои : 10.1038/nature.2014.14724 .
- ^ Проверьте Хайден, Э. (2015). «Маленький секвенатор ДНК впечатляет первых пользователей» . Природа . 521 (7550): 15–6. Бибкод : 2015Natur.521...15C . дои : 10.1038/521015а . ПМИД 25951262 .
- ^ «IP Group PLC – Портфельная компания Oxford Nanopore объявляет о сборе средств в размере 70 миллионов фунтов стерлингов – IP Group PLC» . Архивировано из оригинала 21 ноября 2015 года . Проверено 20 ноября 2015 г.
- ^ Ломан, Николас Дж; Уотсон, Мик (2015). «Успешный тестовый запуск секвенирования нанопор». Природные методы . 12 (4): 303–304. дои : 10.1038/nmeth.3327 . ISSN 1548-7091 . ПМИД 25825834 . S2CID 5604121 .
- ^ Гренингер, Александр Л .; Наккаче, Самия Н.; Федерман, шотландец; Ю, Гуйся; Мбала, Плацид; Брес, Ванесса; Страйк, Дуг; Букет, Джером; Сомасекар, Снеха; Линнен, Джеффри М.; Додд, Роджер; Мулембакани, Прайм; Шнайдер, Брэдли С.; Муйембе-Тамфум, Жан-Жак; Страмер, Сьюзен Л.; Чиу, Чарльз Ю. (2015). «Быстрая метагеномная идентификация вирусных патогенов в клинических образцах методом секвенирования нанопор в реальном времени» . Геномная медицина . 7 (1): 99. дои : 10.1186/s13073-015-0220-9 . ISSN 1756-994X . ПМЦ 4587849 . ПМИД 26416663 .
- ^ Ник Ломан (15 мая 2015 г.). «Как небольшой рюкзак для быстрого геномного секвенирования помогает в борьбе с Эболой» . Разговор .
- ^ «Взгляд TGAC на первую портативную «лабораторию» по секвенированию ДНК » . ЭврекАлерт! . 19 марта 2015 г.
- ^ [1] [ мертвая ссылка ]
- ^ «Типирование штаммов в реальном времени и анализ потенциальной устойчивости к антибиотикам с использованием секвенирования Nanopore MinION». биоRxiv 10.1101/019356 .
- ^ Норрис, Алексис Л.; Уоркман, Рэйчел Э.; Фань, Юньфан; Эшлиман, Джеймс Р.; Тимп, Уинстон (2016). «Секвенирование нанопор выявляет структурные варианты рака» . Биология и терапия рака . 17 (3): 1–8. дои : 10.1080/15384047.2016.1139236 . ISSN 1538-4047 . ПМК 4848001 . ПМИД 26787508 .
- ^ Аммар, Рон; Патон, Тара А.; Торти, Дакс; Шлиен, Адам; Бадер, Гэри Д. (2015). «Длинное секвенирование нанопор для обнаружения вариантов и гаплотипов HLA и CYP2D6» . F1000Исследования . 4 : 17. doi : 10.12688/f1000research.6037.2 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 4392832 . ПМИД 25901276 .
- ^ Ченг, Ш.; Цзян, П.; Сан, К.; Ченг, ЮКГ; Чан, KCA; Люнг, Тайвань; Чиу, РВК; Ло, YMD (2015). «Неинвазивное пренатальное тестирование путем нанопорового секвенирования ДНК материнской плазмы: оценка осуществимости» . Клиническая химия . 61 (10): 1305–1306. дои : 10.1373/clinchem.2015.245076 . ISSN 0009-9147 . ПМИД 26286915 .
- ^ Вэй, С.; Уильямс, З. (2015). «Быстрое секвенирование короткого считывания и обнаружение анеуплоидии с использованием технологии MinION Nanopore» . Генетика . 202 (1): 37–44. дои : 10.1534/genetics.115.182311 . ISSN 0016-6731 . ПМК 4701100 . ПМИД 26500254 .
- ^ «Публикации и многое другое от сообщества МАП» . Архивировано из оригинала 26 июня 2015 года.
- ^ «Нанопоры позволяют напрямую секвенировать РНК и модифицированные нуклеотиды РНК» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Идентификация и дифференциация бактерий и вирусов путем секвенирования ампликонов последовательности нанопор MinION» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б «Выпуск данных быстрого прогона Nanopore R9 · Loman Labs» . lab.loman.net . Проверено 17 августа 2016 г.
- ^ Jump up to: а б "justin ogrady on Twitter" . Retrieved 17 August 2016 .
- ^ Jump up to: а б «Лаборатория Грейвли в Твиттере» . Проверено 17 августа 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «Джаред Симпсон в Твиттере» . Проверено 17 августа 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «Основные технические обновления Клайва Дж. Брауна» . nanoporetech.com . Проверено 17 октября 2016 г.
- ^ «Р10 Пора» .
- ^ «Oxford Nanopore запускает секвенатор GridIon X5 Nanopore, подробно описывает улучшения продукта» . ГеномВеб . Проверено 6 июля 2017 г.
- ^ «ГридИОН Х5» . nanoporetech.com . Проверено 6 июля 2017 г.
- ^ «Сообщество — Oxford Nanopore Technologies» . Архивировано из оригинала 27 июня 2015 года . Проверено 17 июня 2015 г.
- ^ «Технические характеристики — Сообщество — Oxford Nanopore Technologies» . Архивировано из оригинала 1 июня 2016 года . Проверено 20 ноября 2015 г.
- ^ «Выступление технического директора Oxford Nanopore Клайва Брауна в Лондоне. Вызов: MinION ASIC, volTRAX, promethION» . Поиск следующего поколения . 14 мая 2015 г.
- ^ «ВолТРАКС» . nanoporetech.com . Проверено 17 октября 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «Оксфорд Нанопор: мы хотим создать Интернет живых существ» . Проводная Великобритания .
- ^ «Метрихор» . metrichor.com . Проверено 17 августа 2016 г.
- ^ «SmidgION - Продукты и услуги - Oxford Nanopore Technologies» . www2.nanoporetech.com . Архивировано из оригинала 23 августа 2016 года . Проверено 17 августа 2016 г.
- ^ Проверьте Хайден, Эрика (2012). «Дебют секвенатора генома Nanopore» . Природа . дои : 10.1038/nature.2012.10051 . ISSN 1744-7933 .
- ^ «Антонио Регаладо в Твиттере» . Твиттер . Проверено 17 октября 2016 .
- ^ «Поддержка данных R9 в нанополировке · Блог Simpson Lab» . simpsonlab.github.io . Проверено 17 октября 2016 г.
- ^ Ломан, Ник; Гудвин, Сара; Янсен, Ханс Дж.; Свободный, Мэтт (15 октября 2015 г.). «Прорывной секвенсор и прорывное издательское дело — F1000Research» . F1000Исследования . 4 : 1074. doi : 10.12688/f1000research.7229.1 . ПМЦ 4786906 . ПМИД 26998227 .
- ^ «Мини-секвенатор ДНК подтвердил результаты» . ЭМБЛ . 15 октября 2015 г.
- ^ «VIB объявляет о сотрудничестве с Oxford Nanopore Technologies над новой нанопорой для секвенирования ДНК» . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «Нет, спасибо, у меня уже есть один» . Ютуб . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ Эрлих, Янив (1 октября 2015 г.). «Видение повсеместного секвенирования» . Геномные исследования . 25 (10): 1411–1416. дои : 10.1101/гр.191692.115 . ISSN 1088-9051 . ПМК 4579324 . ПМИД 26430149 .
- ^ Эрлих, Янив (2015). «Видение повсеместного секвенирования» . Геномные исследования . 25 (10): 1411–1416. дои : 10.1101/гр.191692.115 . ISSN 1088-9051 . ПМК 4579324 . ПМИД 26430149 .
- ^ Палатник, Аспин; Чжоу, Бин; Гедин, Элоди; Шац, Майкл С. (декабрь 2020 г.). «iGenomics: комплексный анализ последовательности ДНК на вашем смартфоне» . ГигаСайенс . 9 (12). doi : 10.1093/gigascience/giaa138 . ISSN 2047-217X . ПМК 7720420 . PMID 33284326 .
- ^ Рэмси, Сара (21 июня 2016 г.). «Следующий запуск коммерческого груза SpaceX состоится не ранее 18 июля» . Проверено 25 июля 2016 г.
- ^ «Секвенирование ДНК в космосе — SpaceRef» . spaceref.com . Проверено 25 июля 2016 г.
- ^ Рейни, Кристин (29 августа 2016 г.). «Первое секвенирование ДНК в космосе изменило правила игры» . НАСА . Проверено 17 октября 2016 г.
- ^ Макинтайр, Алекса БР; Риццарди, Линдси; Вы, Анжела М.; Розен, Гейл Л.; Александр, Ной; Боткин, Дуглас Дж.; Джон, Кристен К.; Кастро-Уоллес, Сара Л.; Бертон, Аарон С. (10 декабря 2015 г.). «Секвенирование нанопор в условиях микрогравитации». биоRxiv 10.1101/032342 .