Джулиан Паркхилл
Джулиан Паркхилл | |
---|---|
Рожденный | Джулиан Паркхилл 23 сентября 1964 г. [4] |
Образование | Средняя школа Вестклиффа для мальчиков |
Альма-матер |
|
Известный | АРТЕМИДА [5] [6] [7] |
Научная карьера | |
Поля | |
Учреждения | |
Диссертация | Регуляция транскрипции оперона устойчивости к ртути Tn501 (1991) |
Веб-сайт | www |
Джулиан Паркхилл (1964 г.р.) [4] ФРС ФМедНауки [8] [9] профессор бактериальной эволюции кафедры ветеринарной медицины. [10] в Кембриджском университете . Ранее он занимал должность руководителя отдела геномики патогенов в Институте Уэлкома Сэнгера . [11] [12] [13] [14] [1] [15] [16]
Образование [ править ]
Паркхилл получил образование в средней школе для мальчиков Вестклиффа . [4] Университет Бирмингема и Бристольский университет , где ему была присуждена степень доктора философии в 1991 году. [17] исследование регуляции транскрипции оперона ртутной устойчивости . за [2] [3] [18]
и исследования Карьера
Паркхилл использует высокопроизводительное секвенирование и фенотипирование для изучения патогенов , того, как они влияют на вирулентность и передачу, а также что они говорят нам об эволюции патогенности разнообразия и изменчивости и взаимодействии хозяин-патоген . [19] [20] [21] [22] [23] [24] [25] [26] [27] [28] [29] [30] [31] [ чрезмерное цитирование ] Исследования в лаборатории Паркилла финансировались Wellcome Trust , Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC). [32] и Совет медицинских исследований (MRC) . [33]
Награды и почести [ править ]
Паркхилл был избран членом Академии медицинских наук (FMedSci) в 2009 году. [9] и член Американской академии микробиологии (FAAM) в 2012 году.
Доктор Джулиан Паркхилл в настоящее время является руководителем отдела геномики патогенов в Институте Wellcome Trust Sanger. За последнее десятилетие или около того его группа проанализировала геномы многих бактерий, имеющих фундаментальное значение для здоровья человека, включая возбудителей туберкулеза , чумы , брюшного тифа . , коклюша , проказы, ботулизма , дифтерии и менингита , а также внутрибольничных инфекций патогены, такие как Clostridium difficile и MRSA , и патогены пищевого происхождения, такие как Campylobacter jejuni , Salmonella Typhimurium и Yersinia enterocolitica . Их текущие исследования сосредоточены на применении методов высокопроизводительного секвенирования в микробиологии. В настоящее время они секвенируют очень большие коллекции бактериальных изолятов с широким географическим и временным охватом, связывая геномные вариации с эпидемиологией , приобретением устойчивости к лекарствам и недавней эволюцией. Кроме того, они работают с местными и национальными группами клинической микробиологии над созданием основы для передачи секвенирования микробов в клинические и клинические лаборатории. расследования общественного здравоохранения . Они также применяют технологии секвенирования для фенотипических исследований, в частности, мутагенеза насыщенных транспозонов , транскриптомики и высокопроизводительного фенотипирования. Они широко сотрудничают, особенно с группами в развивающихся странах, где инфекционные заболевания являются эндемичными . [34]
Паркхилл был избран членом Королевского общества (FRS) в 2014 году . [8] в его свидетельстве о выборах говорится:
Джулиан Паркхилл сыграл важную роль в определении эталонных последовательностей геномов многих ключевых бактериальных патогенов , включая Mycobacterium Tuberculosis , Yersinia pestis и Salmonella typhi . Помимо предоставления полных каталогов арсенала генов, переносимых каждой бактерией, работа Паркхилла привела к важному пониманию того, как эволюционируют бактериальные геномы, и к влиянию вариаций внутри предположительно однородных бактериальных популяций. Параллельно были разработаны и свободно распространяются по всему миру инструменты для понимания и визуализации геномных данных. Более десяти лет Паркхилл был в авангарде бактериальной геномики, совсем недавно он использовал новые технологии высокопроизводительного секвенирования для изучения эволюции и передачи бактериальных патогенов и обеспечения клинического использования этих подходов. [8]
Ссылки [ править ]
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Публикации Джулиана Паркхилла, проиндексированные Google Scholar
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Паркхилл, Дж; Браун, Нидерланды (1990). «Сайт-специфичные вставки и делеционные мутанты в области промотора-оператора mer Tn501; спейсер из девятнадцати пар оснований необходим для нормальной индукции промотора MerR» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (17): 5157–62. дои : 10.1093/нар/18.17.5157 . ПМЦ 332137 . ПМИД 2169606 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Браун, Нидерланды; Камакарис, Дж; Ли, Британская Колумбия; Уильямс, Т; Морби, AP; Паркхилл, Дж; Руш, Д.А. (1991). «Бактериальная устойчивость к ртути и меди». Журнал клеточной биохимии . 46 (2): 106–14. дои : 10.1002/jcb.240460204 . ПМИД 1717500 . S2CID 40277026 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Анон (2015). «Паркхилл, профессор Джулиан» . Кто есть кто (онлайн- изд. Oxford University Press ). А&С Черный. дои : 10.1093/ww/9780199540884.013.U281946 . (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании .)
- ^ Резерфорд, К.; Паркхилл, Дж.; Крук, Дж.; Хорснелл, Т.; Райс, П.; Раджандрим, Массачусетс; Баррелл, Б. (2000). «Артемида: Визуализация последовательности и аннотация» . Биоинформатика . 16 (10): 944–5. дои : 10.1093/биоинформатика/16.10.944 . ПМИД 11120685 .
- ^ Карвер, Т; Берриман, М; Тайви, А; Патель, К; Бёме, У; Баррелл, Б.Г.; Паркхилл, Дж; Раджандрим, Массачусетс (2008). «Артемида и ACT: просмотр, аннотирование и сравнение последовательностей, хранящихся в реляционной базе данных» . Биоинформатика . 24 (23): 2672–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btn529 . ПМК 2606163 . ПМИД 18845581 .
- ^ Карвер, Т.; Харрис, СР; Берриман, М.; Паркхилл, Дж.; Маккуиллан, Дж. А. (2011). «Артемида: интегрированная платформа для визуализации и анализа высокопроизводительных экспериментальных данных на основе последовательностей» . Биоинформатика . 28 (4): 464–469. doi : 10.1093/биоинформатика/btr703 . ПМЦ 3278759 . ПМИД 22199388 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Анон (2014). «Профессор Джулиан Паркхилл FMedSci FRS» . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 17 ноября 2015 года. Одно или несколько предыдущих предложений включают текст с веб-сайта royalsociety.org, где:
«Весь текст, опубликованный под заголовком «Биография» на страницах профиля стипендиата, доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 ». -- «Правила, условия и политика Королевского общества» . Архивировано из оригинала 25 сентября 2015 года . Проверено 9 марта 2016 г.
{{cite web}}
: CS1 maint: bot: исходный статус URL неизвестен ( ссылка ) - ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Сотрудник | Академии медицинских наук» . Acmedsci.ac.uk . Архивировано из оригинала 18 ноября 2016 года . Проверено 18 ноября 2016 г.
- ^ «Профессор Джулиан Паркхилл» . www.vet.cam.ac.uk. 4 июня 2021 г. Проверено 10 июня 2023 г.
- ^ «Профессор Джулиан Паркхилл, FRS, FMedSci, старший руководитель группы» . Архивировано из оригинала 15 марта 2016 года.
- ^ Паркхилл, Дж. (2013). «Что нам когда-либо дало высокопроизводительное секвенирование?». Обзоры природы Микробиология . 11 (10): 664–5. дои : 10.1038/nrmicro3112 . ПМИД 23979431 . S2CID 28613490 .
- ^ Публикации Джулиана Паркхилла, индексированные Microsoft Academic
- ^ Джулиан Паркхилл на DBLP библиографическом сервере
- ^ 57212237926 Публикации Джулиана Паркхилла, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ↑ науку, лежащую в основе генома . Профессор Джулиан Паркхилл посещает коллекцию Wellcome в Лондоне, чтобы раскрыть на YouTube
- ^ Паркхилл, Джулиан (1991). Регуляция транскрипции ртутного оперона Tn501 (кандидатская диссертация). Бристольский университет. OCLC 931563576 . ПроКвест 301408708 . (требуется подписка)
- ^ Холден, MTG; Фейл, Э.; Линдси, Дж.; Пикок, С.; День, Н.; Энрайт, М.; Фостер, Т.; Мур, К.; Херст, Л .; Аткин, Р.; Бэррон, А.; Бэйсон, Н.; Бентли, Южная Дакота; Чиллингворт, К.; Чиллингворт, Т.; Черчер, К.; Кларк, Л.; Кортон, К.; Кронин, А.; Доггетт, Дж.; Дауд, Л.; Фелтуэлл, Т.; Ханс, З.; Харрис, Б.; Хаузер, Х.; Холройд, С.; Ягельс, К.; Джеймс, К.Д.; Леннард, Н.; Линия, А. (2004). «Полные геномы двух клинических штаммов золотистого стафилококка : доказательства быстрой эволюции вирулентности и лекарственной устойчивости» . Труды Национальной академии наук . 101 (26): 9786–9791. Бибкод : 2004PNAS..101.9786H . дои : 10.1073/pnas.0402521101 . ПМК 470752 . ПМИД 15213324 .
- ^ Паркхилл, Дж .; Бирни, Э ; Керси, П. (2010). «Геномная информационная инфраструктура после потопа» . Геномная биология . 11 (7): 402. doi : 10.1186/gb-2010-11-7-402 . ПМЦ 2926780 . ПМИД 20670392 .
- ^ Коул, ST; Брош, Р.; Паркхилл, Дж.; Гарнье, Т.; Черчер, К.; Харрис, Д.; Гордон, СВ; Эйглмайер, К.; Газ, С.; Барри, CE; Текая, Ф.; Бэдкок, К.; Бэшам, Д.; Браун, Д.; Чиллингворт, Т.; Коннор, Р.; Дэвис, Р.; Девлин, К.; Фелтуэлл, Т.; Джентльс, С.; Хэмлин, Н.; Холройд, С.; Хорнсби, Т.; Ягельс, К.; Крог, А.; Маклин, Дж.; Мул, С.; Мерфи, Л.; Оливер, К.; и др. (1998). «Расшифровка биологии микобактерии туберкулеза по полной последовательности генома» . Природа . 393 (6685): 537–44. Бибкод : 1998Natur.393..537C . дои : 10.1038/31159 . ПМИД 9634230 .
- ^ Бентли, Южная Дакота; Чейтер, К.Ф.; Серденьо-Таррага, А.-М.; Чаллис, GL; Томсон, Северная Каролина; Джеймс, К.Д.; Харрис, Делавэр; Перепел, Массачусетс; Кизер, Х.; Харпер, Д.; Бейтман, А.; Браун, С.; Чандра, Г.; Чен, CW; Коллинз, М.; Кронин, А.; Фрейзер, А.; Гобл, А.; Идальго, Дж.; Хорнсби, Т.; Ховарт, С.; Хуан, Ч.-Х.; Кизер, Т.; Ларк, Л.; Мерфи, Л.; Оливер, К.; О'Нил, С.; Раббинович, Э.; Раджандрим, М.-А.; и др. (2002). «Полная последовательность генома модельного актиномицета Streptomyces coelicolor A3 (2)» . Природа . 417 (6885): 141–7. Бибкод : 2002Natur.417..141B . дои : 10.1038/417141a . ПМИД 12000953 . S2CID 4430218 .
- ^ Цинь, Дж.; Ли, Р.; Раес, Дж.; Арумугам, М.; Бургдорф, Канзас; Маничан, К.; Нильсен, Т.; Понс, Н.; Левенес, Ф.; Ямада, Т.; Менде, ДР; Ли, Дж.; Сюй, Дж.; Ли, С.; Ли, Д.; Цао, Дж.; Ван, Б.; Лян, Х.; Чжэн, Х.; Се, Ю.; Тэп, Дж.; Лепаж, П.; Берталан, М.; Батто, Дж. М.; Хансен, Т.; Ле Паслье, Д.; Линнеберг, А.; Нильсен, HBR; Пеллетье, Э.; Рено, П. (2010). «Каталог генов микробов кишечника человека, созданный с помощью метагеномного секвенирования» . Природа . 464 (7285): 59–65. Бибкод : 2010Natur.464...59. . дои : 10.1038/nature08821 . ПМЦ 3779803 . ПМИД 20203603 .
- ^ Паркхилл, Дж.; Рен, BW; Мунгалл, К.; Кетли, Дж. М.; Черчер, К.; Бэшам, Д.; Чиллингворт, Т.; Дэвис, РМ; Фелтуэлл, Т.; Холройд, С.; Ягельс, К.; Карлышев А.В.; Мул, С.; Паллен, MJ; Пенн, штат Вашингтон; Перепел, Массачусетс; Раджандрим, Массачусетс; Резерфорд, КМ; Ван Влит, AHM; Уайтхед, С.; Баррелл, Б.Г. (2000). «Последовательность генома пищевого патогена Campylobacter jejuni обнаруживает гипервариабельные последовательности» . Природа . 403 (6770): 665–8. Бибкод : 2000Natur.403..665P . дои : 10.1038/35001088 . ПМИД 10688204 .
- ^ Коул, ST; Эйглмайер, К.; Паркхилл, Дж.; Джеймс, К.Д.; Томсон, Северная Каролина; Уилер, PR; Оноре, Н.; Гарнье, Т.; Черчер, К.; Харрис, Д.; Мунгалл, К.; Бэшам, Д.; Браун, Д.; Чиллингворт, Т.; Коннор, Р.; Дэвис, РМ; Девлин, К.; Дютуа, С.; Фелтуэлл, Т.; Фрейзер, А.; Хэмлин, Н.; Холройд, С.; Хорнсби, Т.; Ягельс, К.; Лакруа, К.; Маклин, Дж.; Мул, С.; Мерфи, Л.; Оливер, К.; Перепел, Массачусетс (2001). «Массовый распад генов бациллы проказы». Природа . 409 (6823): 1007–1011. Бибкод : 2001Natur.409.1007C . дои : 10.1038/35059006 . ПМИД 11234002 . S2CID 4307207 .
- ^ Паркхилл, Дж .; Рен, BW; Томсон, Северная Каролина; Титболл, RW; Холден, MTG; Прентис, МБ; Себайхия, М.; Джеймс, К.Д.; Черчер, К.; Мунгалл, КЛ; Бейкер, С.; Бэшам, Д.; Бентли, Южная Дакота; Брукс, К.; Серденьо-Таррага, AM; Чиллингворт, Т.; Кронин, А.; Дэвис, РМ; Дэвис, П.; Дуган, Г.; Фелтуэлл, Т.; Хэмлин, Н.; Холройд, С.; Ягельс, К.; Карлышев А.В.; Кожа, С.; Мул, С.; Ойстон, PCF; Перепел, М.; и др. (2001). «Последовательность генома Yersinia pestis , возбудителя чумы» . Природа . 413 (6855): 523–7. Бибкод : 2001Natur.413..523P . дои : 10.1038/35097083 . ПМИД 11586360 .
- ^ Паркхилл, Дж .; Дуган, Г .; Джеймс, К.Д.; Томсон, Северная Каролина; Пикард, Д.; Уэйн, Дж.; Черчер, К.; Мунгалл, КЛ; Бентли, Южная Дакота; Холден, MTG; Себайхия, М.; Бейкер, С.; Бэшам, Д.; Брукс, К.; Чиллингворт, Т.; Коннертон, П.; Кронин, А.; Дэвис, П.; Дэвис, РМ; Дауд, Л.; Уайт, Н.; Фаррар, Дж.; Фелтуэлл, Т.; Хэмлин, Н.; Хак, А.; Хиен, ТТ; Холройд, С.; Ягельс, К.; Крог, А.; и др. (2001). «Полная последовательность генома серовара Salmonella enterica Typhi CT18 с множественной лекарственной устойчивостью» . Природа . 413 (6858): 848–52. Бибкод : 2001Natur.413..848P . дои : 10.1038/35101607 . ПМИД 11677608 .
- ^ Паркхилл, Дж .; Ахтман, М .; Джеймс, К.Д.; Бентли, Южная Дакота; Черчер, К.; Клее, СР; Морелли, Г.; Бэшам, Д.; Браун, Д.; Чиллингворт, Т.; Дэвис, РМ; Дэвис, П.; Девлин, К.; Фелтуэлл, Т.; Хэмлин, Н.; Холройд, С.; Ягельс, К.; Кожа, С.; Мул, С.; Мунгалл, К.; Перепел, Массачусетс; Раджандрим, М.-А.; Резерфорд, КМ; Симмондс, М.; Скелтон, Дж.; Уайтхед, С.; Спратт, Б.Г.; Баррелл, Б.Г. (2000). «Полная последовательность ДНК серогруппы штамма Neisseria meningitidis Z2491». Природа . 404 (6777): 502–6. Бибкод : 2000Natur.404..502P . дои : 10.1038/35006655 . ПМИД 10761919 . S2CID 4430718 .
- ^ Паркхилл, Дж.; Рен, BW (2011). «Бактериальная эпидемиология и биология – уроки секвенирования генома» . Геномная биология . 12 (10): 230. doi : 10.1186/gb-2011-12-10-230 . ПМЦ 3333767 . ПМИД 22027015 .
- ^ Гарнье, Т.; Эйглмайер, К.; Камю, Ж.-К.; Медина, Н.; Мансур, Х.; Прайор, М.; Дютуа, С.; Грондин, С.; Лакруа, К.; Монсемпе, К.; Саймон, С.; Харрис, Б.; Аткин, Р.; Доггетт, Дж.; Мэйс, Р.; Китинг, Л.; Уилер, PR; Паркхилл, Дж.; Баррелл, Б.Г.; Коул, ST; Гордон, СВ; Хьюинсон, Р.Г. (2003). «Полная последовательность генома Mycobacterium bovis » . Труды Национальной академии наук . 100 (13): 7877–82. Бибкод : 2003PNAS..100.7877G . дои : 10.1073/pnas.1130426100 . ПМК 164681 . ПМИД 12788972 .
- ^ Паркхилл, Дж .; Себайхия, М.; Престон, А.; Мерфи, LD; Томсон, Н.; Харрис, Делавэр; Холден, MTG; Черчер, CM; Бентли, Южная Дакота; Мунгалл, КЛ; Серденьо-Таррага, AM; Темпл, Л.; Джеймс, К.; Харрис, Б.; Перепел, Массачусетс; Ахтман, М .; Аткин, Р.; Бейкер, С.; Бэшам, Д.; Бэйсон, Н.; Черевач И.; Чиллингворт, Т.; Коллинз, М.; Кронин, А.; Дэвис, П.; Доггетт, Дж.; Фелтуэлл, Т.; Гобл, А.; Хэмлин, Н.; и др. (2003). «Сравнительный анализ последовательностей генома Bordetella pertussis , Bordetella parapertussis и Bordetella bronchiseptica » . Природная генетика . 35 (1): 32–40. дои : 10.1038/ng1227 . ПМИД 12910271 .
- ^ Филд, Д.; Гаррити, Дж.; Грей, Т.; Моррисон, Н.; Селенгут, Дж.; Стерк, П.; Татусова Т.; Томсон, Н.; Аллен, MJ; Ангиуоли, СВ; Эшбернер, М.; Аксельрод, Н.; Балдауф, С.; Баллард, С.; Бур, Дж.; Кокрейн, Г.; Коул, Дж.; Давиндт, П.; Де Вос, П.; Депамфилис, К.; Эдвардс, Р.; Фарук, Н.; Фельдман, Р.; Гилберт, Дж.; Гилна, П.; Глекнер, Ф.О.; Гольдштейн, П.; Гуральник, Р.; Хафт, Д.; и др. (2008). «Минимальная информация о спецификации последовательности генома (MIGS)» . Природная биотехнология . 26 (5): 541–7. дои : 10.1038/nbt1360 . ПМК 2409278 . ПМИД 18464787 .
- ^ Анон (2014). «Гранты, предоставленные Джулиану Паркхиллу от BBSRC» . ББСРК. Архивировано из оригинала 4 марта 2016 года.
- ^ Анон (2014). «Гранты правительства Великобритании предоставлены Джулиану Пархиллу» . Суиндон: Исследовательские советы Великобритании . Архивировано из оригинала 21 апреля 2015 года.
- ^ «Джулиан Паркхилл» . Академия.asm.org . Архивировано из оригинала 16 февраля 2016 года . Проверено 18 ноября 2016 г.