ОнлайнHPC
 Онлайн-конструктор рабочих процессов HPC | |
| Разработчик(и) | ОнлайнHPC |
|---|---|
| Финальный выпуск | 1.0
/ 24 сентября 2012 г. |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
| Лицензия | Собственное лицензионное соглашение |
| Веб-сайт | онлайнHPC |
OnlineHPC представлял собой бесплатный общедоступный веб-сервис, предоставлявший инструменты для работы с высокопроизводительными компьютерами и онлайн- редактор рабочих процессов . OnlineHPC позволял пользователям разрабатывать и выполнять рабочие процессы с помощью онлайн-конструктора рабочих процессов, а также работать с высокопроизводительными компьютерами — кластерами и облаками. Доступ к высокопроизводительным ресурсам был доступен как непосредственно из пользовательского интерфейса сервиса, так и из компонентов рабочего процесса. Механизмом рабочих процессов сервиса OnlineHPC была Taverna , которая традиционно использовалась для выполнения научных рабочих процессов в таких областях, как биоинформатика , [ 1 ] [ 2 ] хеминформатика , [ 3 ] медицина , астрономия , [ 4 ] социальные науки , музыка и сохранение цифровых данных . [ 5 ]
История
[ редактировать ]OnlineHPC был запущен в Институте проблем передачи информации в 2012 году как проект для сотрудников института, которым для работы необходим доступ к компьютерным кластерам и которые не являются профессиональными программистами.
Мотивация проекта заключается в том, что существует разрыв между навыками исследователя и уровнем компетентности, необходимым для выполнения высокопроизводительных вычислений . На пути к высокопроизводительным вычислениям существует как минимум три препятствия:
- Исследователю необходимо найти поставщика высокопроизводительных вычислений и пройти процедуры для получения доступа;
- Для продолжения работы исследователю необходимо установить и настроить множество низкоуровневых программных приложений и разобраться с цифровыми сертификатами;
- Исследователю необходимо ознакомиться с такими технологиями и инструментами, как MPI , пакетные менеджеры задач или даже веб-сервисы .
Последнее требование останавливает большинство даже самых отважных исследователей, прошедших первые два уровня. Сервис призван снизить барьеры, предоставляя полный предварительно настроенный набор инструментов, необходимых для работы с компьютерными кластерами: браузерный эмулятор терминала, браузер файловой системы, менеджер учетных данных и инструмент для выполнения больших задач.
Спустя некоторое время стало очевидно, что инженерные и научные задачи требуют более сложного набора инструментов, позволяющего исследователям выполнять поток задач – рабочие процессы. Если не существует ряда реализаций научных рабочих процессов, почти все они представляют собой настольные приложения, и поэтому целью было создание онлайн-среды с упором на простоту и улучшение пользовательского опыта.
Проект использовался в биоинформатике, [ 6 ] [ 7 ] здоровье человека, [ 8 ] телекоммуникации и другие области.
По состоянию на 2016–05 год http://onlinehpc.com/ был недоступен.
Возможности
[ редактировать ]
OnlineHPC имел конструктор рабочих процессов, доступный в Интернете с использованием основных браузеров (Firefox, Chrome и Internet Explorer) на настольных компьютерах и планшетах.
Рабочие процессы в OnlineHPC включали компоненты для:
- Выполнение массовых вычислений на компьютерных кластерах
- Веб-сервисы SOAP / WSDL и REST , специальный компонент для веб-сервиса BioMart .
- R Статистическая служба
- Beanshell -скрипт ( Java -подобный язык сценариев)
- Внешние инструменты на удаленных машинах (через ssh )
- XPath Извлечение XML-данных
- Импорт данных из Microsoft Excel таблиц
Служба также имела базовые инструменты для подготовки и выполнения масштабных вычислительных задач на кластерах — эмулятор терминала в браузере, браузер файловой системы и средство просмотра состояния кластера. Пользователи могли выбрать работу существующего аппаратного кластера или начать настройку нового экземпляра кластера в облаке.
См. также
[ редактировать ]- Высокопроизводительные вычисления
- электронная наука
- Рабочий процесс
- Веб-сервисы
- Системы управления рабочими процессами биоинформатики
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Домашняя страница OnlineHPC (архив http://onlinehpc.com по состоянию на 2 ноября 2015 г.)
- Домашняя страница Института проблем передачи информации
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Стивенс, РД ; Робинсон, Эй Джей; Гобл, Калифорния (2003). «MyGrid: Персонализированная биоинформатика на информационной сетке» . Биоинформатика . 19 : i302–i304. doi : 10.1093/биоинформатика/btg1041 . ПМИД 12855473 .
- ^ Стивенс, РД ; Типни, HJ; Роу, CJ; Оинн, ТМ; Сенгер, М.; Лорд, PW; Гобл, Калифорния ; Брасс, А .; Тассабехджи, М. (2004). «Изучение синдрома Вильямса-Бойрена с использованием myGrid» . Биоинформатика . 20 : i303–i310. doi : 10.1093/биоинформатика/bth944 . ПМИД 15262813 .
- ^ Трушковский А.; Джаясилан, К.; Нойманн, С.; Уиллигхаген, Эль; Зелесный, А.; Стейнбек, К. (2011). «Новые разработки в области химинформатики в открытой среде документооборота СДК-Таверна» . Журнал хеминформатики . 3:54 . дои : 10.1186/1758-2946-3-54 . ПМК 3292505 . ПМИД 22166170 .
- ^ Крюк, Р.Н.; Романьелло, М.; Уллгрен, М.; Ярвеляйнен, П.; Майсала, С.; Ойттинен, Т.; Саволайнен, В.; Солин, О.; Тюнеля, Дж.; Перон, М.; Иззо, К.; Лича, Т. (2008). «ESO Reflex: графический механизм рабочего процесса для выполнения рецептов». Семинар по калибровке приборов ESO 2007 г. Астрофизические симпозиумы ESO Европейская Южная обсерватория. стр. 169. doi : 10.1007/978-3-540-76963-7_23 . ISBN 978-3-540-76962-0 .
- ^ Радич, М.; Шларб, С.; Мёлдруп-Далум, П.; Меджкун, Л. (2012). «Рабочие процессы исполняемого веб-контента для экспериментального выполнения» (PDF) .
- ^ Taverna Online - с метагеномными примерами , доклад Кэти Уолстенкрофт о технологиях в ISMB, понедельник, 22 июля.
- ^ Taverna Online - с метагеномными примерами , Алан Уильямс, Манчестерский университет, Великобритания.
- ^ Дорожная карта проекта VPH-Share , Седьмая рамочная программа VPH-Share проекта Европейского Союза