БиоМарт
 | |
 Интерфейс быстрого запроса BioMart | |
| Написано в | Ява |
|---|---|
| Операционная система | Unix-подобный |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Система федеративных баз данных |
| Лицензия | LGPL |
| Веб-сайт | ЮВОСТОК |
BioMart — это проект сообщества, целью которого является предоставление единой точки доступа к распределенным исследовательским данным . Проект BioMart предоставляет программное обеспечение с открытым исходным кодом международному научному сообществу и услуги по работе с данными . Хотя программное обеспечение BioMart в основном используется сообществом биомедицинских исследований , оно спроектировано таким образом, что в структуру BioMart можно включать любые типы данных. Проект BioMart зародился в Европейском институте биоинформатики как решение для управления данными. [1] для проекта «Геном человека» . [2] С тех пор BioMart превратился в объединение нескольких институтов, включающее различные проекты баз данных на пяти континентах. [3] [4] [5] [6]
Интеграция с ансамблем
[ редактировать ]BioMart — это мощный инструмент для исследователей и биоинформатиков, который позволяет пользователю экспортировать данные из Ensembl, включая такие данные, как идентификаторы генов, положения генов, связанные вариации, белковые домены и последовательности. BioMArt позволяет экспортировать данные в удобные типы файлов, такие как FASTA, XLS, CSV, TSV, HTML. Исследователи могут использовать экспортированные данные в различных приложениях, включая геномные исследования, анализ экспрессии генов и сравнительную геномику. Интуитивно понятный интерфейс BioMart позволяет пользователям настраивать запросы для легкого доступа к определенным наборам данных или интересующим функциям. [7]
Программное обеспечение
[ редактировать ]BioMart — это свободно доступная открытым исходным кодом с интегрированная система баз данных , которая обеспечивает унифицированный доступ к разрозненным, географически распределенным источникам данных. [8] BioMart позволяет базы данных, размещенные на разных серверах беспрепятственно представлять пользователям , что облегчает совместные проекты. BioMart содержит несколько уровней оптимизации запросов для эффективного управления большими наборами данных и предлагает широкий выбор графических пользовательских интерфейсов и интерфейсов прикладного программирования , позволяющих выполнять запросы любым удобным для пользователя способом. Возможности BioMart расширяются за счет интеграции с несколькими широко используемыми программными пакетами, такими как Bioconductor , [9] Галактика , [10] Цитоскейп , [11] и Таверна . [12]
Источники данных и сообщество
[ редактировать ]Существует около 40 источников данных BioMart, включая Атлас регуляторной деятельности UTR (AURA), базу данных о раке COSMIC , Ensembl Genomes, HapMap , InterPro , Mouse Genome Informatics (MGI), Rfam и UniProt . Доступ обеспечивают такие учреждения, как Европейский институт биоинформатики (EBI) и Институт Wellcome Trust Sanger в Великобритании, лаборатория Колд-Спринг-Харбор и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) в США и Национальный центр научных исследований Франции (CNRS) . ). [13] Центральный портал BioMart был создан, чтобы обеспечить удобную единую точку доступа к этому растущему пулу источников данных. [3] [5] [6]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Каспршик А., Киф Д., Смедли Д., Лондон Д., Спунер В., Мелсопп С. и др. (январь 2004 г.). «EnsMart: универсальная система быстрого и гибкого доступа к биологическим данным» . Геномные исследования . 14 (1): 160–169. дои : 10.1101/гр.1645104 . ПМК 314293 . ПМИД 14707178 .
- ^ Ландер Э.С., Линтон Л.М., Биррен Б., Нусбаум С., Зоди М.С., Болдуин Дж. и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . ПМИД 11237011 .
- ^ Jump up to: а б Смедли Д., Хайдер С., Баллестер Б., Холланд Р., Лондон Д., Ториссон Г. и др. (январь 2009 г.). «Биомарт: биологические вопросы стали проще» . БМК Геномика . 10:22 . дои : 10.1186/1471-2164-10-22 . ПМК 2649164 . ПМИД 19144180 .
- ^ Каспшик А (2011). «Биомарт: изменение парадигмы управления биологическими данными» . База данных . 2011 : бар049. дои : 10.1093/база данных/bar049 . ПМК 3215098 . ПМИД 22083790 .
- ^ Jump up to: а б Хайдер С., Баллестер Б., Смедли Д., Чжан Дж., Райс П., Каспршик А. (июль 2009 г.). «Центральный портал BioMart – единый доступ к биологическим данным» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (проблема с веб-сервером): W23–W27. дои : 10.1093/нар/gkp265 . ПМК 2703988 . ПМИД 19420058 .
- ^ Jump up to: а б Губерман Дж.М., Ай Дж., Арнаис О., Баран Дж., Блейк А., Бэлдок Р. и др. (2011). «Центральный портал BioMart: открытая сеть баз данных для биологического сообщества» . База данных . 2011 : бар041. дои : 10.1093/база данных/bar041 . ПМЦ 3263598 . ПМИД 21930507 .
- ^ Введение в БиоМарт . Проверено 18 апреля 2024 г. - через www.youtube.com.
- ^ Чжан Дж., Хайдер С., Баран Дж., Крос А., Губерман Дж.М., Сюй Дж. и др. (2011). «BioMart: платформа объединения данных для крупных совместных проектов» . База данных . 2011 : бар038. дои : 10.1093/база данных/bar038 . ПМЦ 3175789 . ПМИД 21930506 .
- ^ Дуринк С., Моро И., Каспшик А., Дэвис С., Де Мур Б., Бразма А. и др. (август 2005 г.). «BioMart и Bioconductor: мощная связь между биологическими базами данных и анализом данных с помощью микрочипов» . Биоинформатика . 21 (16): 3439–3440. doi : 10.1093/биоинформатика/bti525 . ПМИД 16082012 .
- ^ Лю Б., Маддури Р.К., Сотомайор Б., Чард К., Лачински Л., Дэйв У.Дж. и др. (июнь 2014 г.). «Облачная биоинформатическая платформа рабочих процессов для крупномасштабного анализа секвенирования нового поколения» . Журнал биомедицинской информатики . 49 : 119–133. дои : 10.1016/j.jbi.2014.01.005 . ПМК 4203338 . ПМИД 24462600 .
- ^ Лопес К.Т., Франц М., Кази Ф., Дональдсон С.Л., Моррис К., Бадер Г.Д. (сентябрь 2010 г.). «Cytoscape Web: интерактивный сетевой веб-браузер» . Биоинформатика . 26 (18): 2347–2348. doi : 10.1093/биоинформатика/btq430 . ПМЦ 2935447 . ПМИД 20656902 .
- ^ Уолстенкрофт К., Хейнс Р., Феллоуз Д., Уильямс А., Уизерс Д., Оуэн С. и др. (июль 2013 г.). «Пакет рабочих процессов Taverna: проектирование и выполнение рабочих процессов веб-сервисов на настольном компьютере, в Интернете или в облаке» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (проблема с веб-сервером): W557–W561. дои : 10.1093/нар/gkt328 . ПМК 3692062 . ПМИД 23640334 .
- ^ «Биомарт» . www.biomart.org . Проверено 14 июля 2016 г.