Список программного обеспечения для стыковки белков и лигандов
 | Эту статью необходимо обновить . ( май 2019 г. ) |
Число известных белков и лигандов программ докинга , доступных в настоящее время, велико и неуклонно растет в течение последних десятилетий. В следующем списке представлен обзор наиболее распространенных известных программ, перечисленных в алфавитном порядке, с указанием соответствующего года публикации, задействованной организации или учреждения, краткого описания, наличия веб-сервиса и лицензии. Эта таблица является всеобъемлющей, но не полной.
| Программа | Год публикации | Организация | Описание | Веб-сервис | Лицензия |
|---|---|---|---|---|---|
| АвтоДок | 1990 | Исследовательский институт Скриппса | Автоматическая стыковка лиганда с макромолекулой с помощью генетического алгоритма Ламарка и функции эмпирической оценки свободной энергии | Нет | Открытый исходный код ( GNU GPL ) |
| ДОК | 1988 | Калифорнийский университет-Сан-Франциско | На основе алгоритма геометрического сопоставления | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| ФлексЭЙД | 2015 | Университет Шербрука | Целевая гибкость боковой цепи и функция мягкой оценки, основанная на комплементарности поверхностей | Нет | Открытый исходный код ( лицензия Apache ) |
| ЛеДок | 2016 | Лефар | Программа для быстрого и точного гибкого стыковки небольших молекул с белком. | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| Скольжение [1] | 2004 | Шредингер, Инк. | Glide — это программа стыковки лигандов, предназначенная для прогнозирования режимов связывания белков с лигандами и ранжирования лигандов с помощью высокопроизводительного виртуального скрининга. Glide использует две разные функции оценки, SP и XP GlideScore, для ранжирования соединений. Доступны три режима отбора конформационных и позиционных степеней свободы лиганда для определения оптимальной ориентации лиганда относительно жесткой геометрии белкового рецептора. | Нет | коммерческий |
| Молекулярная операционная среда (MOE) | 2008 | Группа химических вычислений | Приложение стыковки внутри МЧС; выбор методов размещения (включая методы альфа-сферы) и функций оценки (включая London dG) | Нет | Коммерческий |
| rДок | 1998 (коммерческий) 2006 г. (академический) [2] 2012 г. (с открытым исходным кодом) [3] | Vernalis R&D (коммерческий) Йоркский университет (академический) Университет Барселоны (с открытым исходным кодом) | HTVS малых молекул против белков и нуклеиновых кислот, прогнозирование режима связывания | Нет | Открытый исходный код ( GNU LGPL ) (ранее коммерческий, академический) |
| СЕМЯ | 1999 | Университет Цюриха | Автоматизированная стыковка фрагментов с оценкой свободной энергии связи, включая эффекты электростатической сольватации в приближении континуальных диэлектриков ( обобщенный Борн ) | Нет | Открытый исходный код ( GNU GPL ) |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Киркпатрик П. (апрель 2004 г.). «Скольжение к успеху» . Nature Reviews Открытие лекарств . 3 (4): 299. дои : 10.1038/nrd1364 .
- ^ «РДок» . www.ysbl.york.ac.uk. Проверено 12 февраля 2020 г.
- ^ «О программе | rDock» . Проверено 12 февраля 2020 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- «Инструменты биоинформатики для стыковки белков и лигандов | Анализ взаимодействия» . омикX . Проверено 23 мая 2019 г.