ЛАММПС

Крупномасштабный атомно-молекулярный симулятор массового параллелизма
Оригинальный автор(ы)	Стив Плимптон, Эйдан Томпсон, Стэн Мур, Аксель Кольмейер, Ричард Бергер
Разработчик(и)	Сандианские национальные лаборатории ; Университет Темпл
Первоначальный выпуск	1995 год ; 29 лет назад
Стабильная версия	2августа 2023 г. / 2 августа 2023 г .; 12 месяцев назад
Репозиторий	github .с /лампы /лампы
Написано в	С++
Операционная система	Кроссплатформенность : Linux , macOS , Windows , FreeBSD , Solaris.
Платформа	x86 , x86-64 , ARM , POWER9
Размер	534 МБ
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярная динамика
Лицензия	Стандартная общественная лицензия GNU
Веб-сайт	www .лампы .org

Крупномасштабный атомно-молекулярный массово-параллельный симулятор ( LAMMPS ) — это программа молекулярной динамики от Sandia National Laboratories . ^[1] LAMMPS использует интерфейс передачи сообщений (MPI) для параллельной связи и является бесплатным программным обеспечением с открытым исходным кодом , распространяемым на условиях GNU General Public License . ^[1]

Первоначально LAMMPS был разработан в рамках Соглашения о совместных исследованиях и разработках между двумя лабораториями Министерства энергетики США и тремя другими лабораториями фирм частного сектора. ^[1] По состоянию на 2016 год ^[update], он поддерживается и распространяется исследователями из Сандиаских национальных лабораторий и Университета Темпл . ^[1]

Функции

Для повышения эффективности вычислений LAMMPS использует списки соседей ( списки Верле ) для отслеживания близлежащих частиц. Списки оптимизированы для систем с частицами, отталкивающимися на коротких расстояниях, поэтому локальная плотность частиц никогда не становится слишком большой. ^[2]

На параллельных компьютерах LAMMPS использует методы пространственной декомпозиции для разделения области моделирования на небольшие трехмерные поддомены, один из которых назначается каждому процессору. Процессоры передают и хранят информацию о призрачных атомах для атомов, граничащих с их подобластью. LAMMPS наиболее эффективен (в смысле параллельных вычислений) для систем, частицы которых заполняют трехмерный прямоугольный ящик с примерно одинаковой плотностью. LAMMPS поддерживает множество ускорителей, включая GPU ( CUDA , OpenCL, HIP, SYCL), Intel Xeon Phi и OpenMP, благодаря интеграции с Trilinos .

LAMMPS также позволяет ускорить объединенную спиновую и молекулярную динамику. ^[3]

LAMMPS также связан со многими инструментами и механизмами анализа. ^[4]^[5]^[6] LAMMPS также можно использовать в сочетании с калькуляторами свободной энергии, такими как PLUMED и Colvar. ^[7]^[8]

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Симулятор молекулярной динамики LAMMPS» . Сандианские национальные лаборатории . Проверено 13 июля 2022 г.
^ Плимптон, С. (1 мая 1993 г.). «Быстрые параллельные алгоритмы ближней молекулярной динамики» . дои : 10.2172/10176421 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Транчида, Жюльен Ги; Вуд, Митчелл; Мур, Стэн Джеральд (01 сентября 2018 г.). «Связанная магнитно-спиновая динамика и молекулярная динамика в массивно-параллельной системе: итоговый отчет LDRD» . дои : 10.2172/1493836 . ОСТИ 1493836 . S2CID 127973739 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Стуковский, Александр (15 декабря 2009 г.). «Визуализация и анализ данных атомистического моделирования с помощью OVITO – открытого инструмента визуализации» . Моделирование и симуляция в материаловедении и инженерии . 18 (1): 015012. doi : 10.1088/0965-0393/18/1/015012 . ISSN 0965-0393 . S2CID 42073422 .
^ Госвами, Рохит; Госвами, Амрита; Сингх, Джаянт К. (2019). «dSEAMS: анализ отложенного структурного выяснения для молекулярного моделирования». Журнал химической информации и моделирования . arXiv : 1909.09830 . doi : 10.1021/acs.jcim.0c00031.s001 .
^ МакГиббон, Роберт Т; Бошан, Кайл А; Швантес, Кристиан Р.; Ван, Ли-Пин; Эрнандес, Карлос X; Харриган, Мэтью П.; Лейн, Томас Дж; Суэйлс, Джейсон М; Панде, Виджай С (9 сентября 2014 г.). «MDTraj: современная открытая библиотека для анализа траекторий молекулярной динамики» . Биофизический журнал . 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101/008896 . дои : 10.1016/j.bpj.2015.08.015 . ПМЦ 4623899 . ПМИД 26488642 .
^ Трибелло, Гарет А.; Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Камиллони, Карло; Бюсси, Джованни (01 февраля 2014 г.). «ПЕРЬЯ 2: Новые перья для старой птицы» . Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . дои : 10.1016/j.cpc.2013.09.018 . ISSN 0010-4655 . S2CID 17904052 .
^ Фиорин, Джакомо; Кляйн, Майкл Л.; Энен, Жером (декабрь 2013 г.). «Использование коллективных переменных для моделирования молекулярной динамики» . Молекулярная физика . 111 (22–23): 3345–3362. дои : 10.1080/00268976.2013.813594 . ISSN 0026-8976 .

Внешние ссылки

Официальный сайт

Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[LAMMPS-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Симулятор молекулярной динамики LAMMPS» . Сандианские национальные лаборатории . Проверено 13 июля 2022 г.

[2] Плимптон, С. (1 мая 1993 г.). «Быстрые параллельные алгоритмы ближней молекулярной динамики» . дои : 10.2172/10176421 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[3] Транчида, Жюльен Ги; Вуд, Митчелл; Мур, Стэн Джеральд (01 сентября 2018 г.). «Связанная магнитно-спиновая динамика и молекулярная динамика в массивно-параллельной системе: итоговый отчет LDRD» . дои : 10.2172/1493836 . ОСТИ 1493836 . S2CID 127973739 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[4] Стуковский, Александр (15 декабря 2009 г.). «Визуализация и анализ данных атомистического моделирования с помощью OVITO – открытого инструмента визуализации» . Моделирование и симуляция в материаловедении и инженерии . 18 (1): 015012. doi : 10.1088/0965-0393/18/1/015012 . ISSN 0965-0393 . S2CID 42073422 .

[5] Госвами, Рохит; Госвами, Амрита; Сингх, Джаянт К. (2019). «dSEAMS: анализ отложенного структурного выяснения для молекулярного моделирования». Журнал химической информации и моделирования . arXiv : 1909.09830 . doi : 10.1021/acs.jcim.0c00031.s001 .

[6] МакГиббон, Роберт Т; Бошан, Кайл А; Швантес, Кристиан Р.; Ван, Ли-Пин; Эрнандес, Карлос X; Харриган, Мэтью П.; Лейн, Томас Дж; Суэйлс, Джейсон М; Панде, Виджай С (9 сентября 2014 г.). «MDTraj: современная открытая библиотека для анализа траекторий молекулярной динамики» . Биофизический журнал . 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101/008896 . дои : 10.1016/j.bpj.2015.08.015 . ПМЦ 4623899 . ПМИД 26488642 .

[7] Трибелло, Гарет А.; Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Камиллони, Карло; Бюсси, Джованни (01 февраля 2014 г.). «ПЕРЬЯ 2: Новые перья для старой птицы» . Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . дои : 10.1016/j.cpc.2013.09.018 . ISSN 0010-4655 . S2CID 17904052 .

[8] Фиорин, Джакомо; Кляйн, Майкл Л.; Энен, Жером (декабрь 2013 г.). «Использование коллективных переменных для моделирования молекулярной динамики» . Молекулярная физика . 111 (22–23): 3345–3362. дои : 10.1080/00268976.2013.813594 . ISSN 0026-8976 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]