АПБС (программное обеспечение)

APBS и PDB2PQR
Оригинальный автор(ы)	Бейкер Н.А., сентябрь Д., Джозеф С., Холст М.Дж., Маккаммон Дж.А. (APBS); Долинский Т.Дж., Чодровски П., Ли Х., Нильсен Дж.Э., Йенсен Дж.Х., Клебе Г., Бейкер Н.А. (PDB2PQR)
Репозиторий	github .с /Электростатика /apbs-pdb2pqr
Написано в	Питон , С++ , С
Операционная система	Линукс
Тип	Молекулярная электростатика
Лицензия	[[ лицензия]]
Веб-сайт	www .пуассонбольцманн .org

APBS (ранее также Advanced Poisson-Boltzmann Solver ) — это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом для решения уравнений электростатики сплошной среды , предназначенное в первую очередь для крупных биомолекулярных систем. ^[1]^[2] Он доступен по лицензии BSD .

PDB2PQR подготавливает файлы структуры белков из банка данных белков для использования с APBS. Этапы подготовки включают, помимо прочего, добавление недостающих тяжелых атомов в структуры и присвоение зарядов из ряда силовых полей . ^[3]^[4] Формат выходного файла — PQR. ^[5] отсюда и название программного обеспечения.

Ссылки

^ Джуррус, Элизабет; Энгель, Дэйв; Стар, Кейт; Монсон, Кайл; Брэнди, Хуан; Фельберг, Лиза Э.; Брукс, Дэвид Х.; Уилсон, Лейтон; Чен, Цзяхуэй (24 августа 2017 г.). «Усовершенствования пакета программного обеспечения для биомолекулярной сольватации APBS: Улучшения пакета программного обеспечения APBS» . Белковая наука . 27 (1): 112–128. дои : 10.1002/pro.3280 . ПМЦ 5734301 . ПМИД 28836357 .
^ Маккаммон, Дж. Эндрю; Холст, Майкл Дж.; Джозеф, Симпсон; Сентябрь, Дэвид; Бейкер, Натан А. (28 августа 2001 г.). «Электростатика наносистем: применение к микротрубочкам и рибосомам» . Труды Национальной академии наук . 98 (18): 10037–10041. Бибкод : 2001PNAS...9810037B . дои : 10.1073/pnas.181342398 . ISSN 0027-8424 . ПМК 56910 . ПМИД 11517324 .
^ Бейкер, Натан А.; Маккаммон, Дж. Эндрю; Нильсен, Йенс Э.; Долинский, Тодд Дж. (1 июля 2004 г.). «PDB2PQR: автоматизированный конвейер для настройки электростатических расчетов Пуассона – Больцмана» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (дополнение_2): W665–W667. дои : 10.1093/nar/gkh381 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 441519 . ПМИД 15215472 .
^ Бейкер, Натан А.; Клебе, Герхард; Дженсен, Ян Х.; Нильсен, Йенс Э.; Ли, Хуэй; Чодровский, Пол; Долинский, Тодд Дж. (1 июля 2007 г.). «PDB2PQR: расширение и модернизация автоматизированной подготовки биомолекулярных структур для молекулярного моделирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (дополнение_2): W522–W525. дои : 10.1093/нар/gkm276 . ISSN 0305-1048 . ЧВК 1933214 . ПМИД 17488841 .
^ «Формат молекулярной структуры PQR — документация APBS-PDB2PQR 1.6» . apbs-pdb2pqr.readthedocs.io . Проверено 23 мая 2019 г.

Внешние ссылки

Эта статья о обеспечении для молекулярного моделирования незавершена . программном Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Джуррус, Элизабет; Энгель, Дэйв; Стар, Кейт; Монсон, Кайл; Брэнди, Хуан; Фельберг, Лиза Э.; Брукс, Дэвид Х.; Уилсон, Лейтон; Чен, Цзяхуэй (24 августа 2017 г.). «Усовершенствования пакета программного обеспечения для биомолекулярной сольватации APBS: Улучшения пакета программного обеспечения APBS» . Белковая наука . 27 (1): 112–128. дои : 10.1002/pro.3280 . ПМЦ 5734301 . ПМИД 28836357 .

[2] Маккаммон, Дж. Эндрю; Холст, Майкл Дж.; Джозеф, Симпсон; Сентябрь, Дэвид; Бейкер, Натан А. (28 августа 2001 г.). «Электростатика наносистем: применение к микротрубочкам и рибосомам» . Труды Национальной академии наук . 98 (18): 10037–10041. Бибкод : 2001PNAS...9810037B . дои : 10.1073/pnas.181342398 . ISSN 0027-8424 . ПМК 56910 . ПМИД 11517324 .

[3] Бейкер, Натан А.; Маккаммон, Дж. Эндрю; Нильсен, Йенс Э.; Долинский, Тодд Дж. (1 июля 2004 г.). «PDB2PQR: автоматизированный конвейер для настройки электростатических расчетов Пуассона – Больцмана» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (дополнение_2): W665–W667. дои : 10.1093/nar/gkh381 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 441519 . ПМИД 15215472 .

[4] Бейкер, Натан А.; Клебе, Герхард; Дженсен, Ян Х.; Нильсен, Йенс Э.; Ли, Хуэй; Чодровский, Пол; Долинский, Тодд Дж. (1 июля 2007 г.). «PDB2PQR: расширение и модернизация автоматизированной подготовки биомолекулярных структур для молекулярного моделирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (дополнение_2): W522–W525. дои : 10.1093/нар/gkm276 . ISSN 0305-1048 . ЧВК 1933214 . ПМИД 17488841 .

[5] «Формат молекулярной структуры PQR — документация APBS-PDB2PQR 1.6» . apbs-pdb2pqr.readthedocs.io . Проверено 23 мая 2019 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]