СЗХим

СЗХим
Разработчик(и)	Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория
Стабильная версия	7.2.2 / 3 ноября 2023 г.
Репозиторий	https://github.com/nwchemgit/nwchem
Написано в	Фортран
Операционная система	Linux , FreeBSD , Unix и подобные операционные системы, Microsoft Windows , Mac OS X
Тип	Вычислительная химия
Лицензия	Лицензия образовательного сообщества 2.0
Веб-сайт	https://nwchemgit.github.io/

NWChem — это пакет программного обеспечения для вычислительной химии , который включает в себя функции квантовой химии и молекулярной динамики. ^[1]^[2]^[3]^[4]Он был разработан для работы на высокопроизводительных параллельных суперкомпьютерах, а также на обычных кластерах рабочих станций. Он стремится быть масштабируемым как с точки зрения способности эффективно решать большие проблемы, так и с точки зрения использования доступных ресурсов параллельных вычислений . NWChem был разработан группой программного обеспечения для молекулярных наук программы теории, моделирования и моделирования Лаборатории молекулярных наук окружающей среды (EMSL) Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL). Ранняя реализация финансировалась строительным проектом EMSL.

NWChem в настоящее время перерабатывается и повторно реализуется для эксафлопсных вычислительных платформ ( NWChemEx ^[5]).

Возможности

Молекулярная механика
Молекулярная динамика
Хартри – Фока (метод самосогласованного поля)
Теория функционала плотности
Теория функционала плотности, зависящая от времени
Методы Пост-Хартри – Фока , включая MP2 в разрешении тождественной аппроксимации (RI-MP2 ^[6]), теория многоконфигурационного самосогласованного поля (MCSCF), выбранное конфигурационное взаимодействие (CI), теория возмущений Мёллера – Плессе (MP2, MP3, MP4), конфигурационное взаимодействие (CISD, CISDT, CISDTQ) и связанных кластеров теория (CCSD, CCSDT, CCSDTQ, EOMCCSD, EOCCSDT, EOCCSDTQ). Механизм тензорного сжатия, или TCE, обеспечивает большую часть функциональности коррелированных методов и может использоваться для разработки дополнительных многочастичных методов с использованием интерфейса Python. Полный список приближенных методов связанных кластеров доступен на сайте.
КМ/ММ
ОНИОМ

Ссылки

^ Афра, Э.; Биласка, Э.Дж.; де Йонг, Вашингтон; Говинд, Н.; Ковальски, К.; Страасма, ТП; Валиев М.; ван Дам, HJJ; Алексеев Ю.; Анчелл, Дж.; Анисимов В. (14 мая 2020 г.). «СЗХим: прошлое, настоящее и будущее» . Журнал химической физики . 152 (18): 184102. arXiv : 2004.12023 . дои : 10.1063/5.0004997 . hdl : 10023/23151 . ISSN 0021-9606 . ПМИД 32414274 .
^ Валиев М.; Биласка, Э.Дж.; Говинд, Н.; Ковальски, К.; Страацма, ТП; Ван Дам, HJJ; Ван, Д.; Неплоча, Дж.; Апра, Э.; Виндус, TL ; Де Йонг, Вашингтон (2010). «NWChem: комплексное и масштабируемое решение с открытым исходным кодом для крупномасштабного молекулярного моделирования» . Компьютерная физика. Коммуникации . 181 (9): 1477–1489. Бибкод : 2010CoPhC.181.1477V . дои : 10.1016/j.cpc.2010.04.018 .
^ Кендалл, Рики А.; Апра, Эдоардо; Бернхольдт, Дэвид Э.; Биласка, Эрик Дж.; Дюпюи, Мишель; Фанн, Джордж I .; Харрисон, Роберт Дж.; Джу, Цзялин; Николс, Джеффри А.; Неплоча, Ярек; Страацма, ТП; Виндус, Тереза Л .; Вонг, Адриан Т. (2000). «Высокопроизводительная вычислительная химия: обзор распределенного параллельного приложения NWChem». Компьютерная физика. Коммуникации . 128 (1–2): 260–283. Бибкод : 2000CoPhC.128..260K . дои : 10.1016/S0010-4655(00)00065-5 .
^ Авторы и участники, перечисленные в версии 6.5: Э. Апра, Э. Дж. Биласка, В. А. де Йонг, Н. Говинд, К. Ковальски, Т. П. Страацма, М. Валиев, Х. Дж. Ван Дам, Д. Ванг, Т. Л. Виндус , Дж. Хаммонд, Дж. , Аучбах, К. Бхаскаран-Наир, Дж. Брабек, К. Лопата, С. Кришнамурти, В. Ма, М. Клемм, О. Вилла, Ю. Чен, В. Анисимов, Ф. Акино, С. Хирата, М.Т. Хаклер, Т. Рисхаус, М. Малаголи, А. Маренич, А. Отеро-де-ла-Роса, Дж. Маллин, П. Николс, Р. Певерати, Дж. Питтнер, Ю. Чжао, П.-Д. Фан, А. Фонари, Р. Дж. Харрисон, М. Дюпюи, Д. Сильверстайн, Д. М. А. Смит, Дж. Неплоча, В. Типпараху, М. Кришнан, Б. Е. Ван Куикен, А. Васкес-Маягойтиа, Л. Йенсен, М. Сварт, К. Ву, Т. Ван Вурхис, А. А. Ауэр, М. Нуойен, Л. Д. Кросби, Э. Браун, Г. Сиснерос, Г. И. Фанн, Х. Фрухтль, Дж. Гарза, К. Хирао, Р. А. Кендалл, Дж. А. Николс, К. Цемехман, К. Волински, Дж. Анчелл, Д. Э. Бернхольд, П. Боровски, Т. Кларк, Д. Клерк, Х. Даксел, М. Джо. Диган, К. Дьял, Д. Элвуд, Э. Гленденинг, М. Гутовски, А. С. Хесс , Дж. Джаффе, Б. Г. Джонсон, Дж. Джу, Р. Кобаяши, Р. Куттех, З. Лин, Р. Литтлфилд, К. Лонг, Б. Мэн, Т. Накадзима, С. Ню, Л. Поллак, М. Розинг, К. Глеземанн, Г. Сандроне, М. Стейв, Х. Тейлор, Г. Томас, Дж. Х. ван Ленте, А. Т. Вонг, З. Чжан. https://nwchemgit.github.io/Developer_Team.html#authors-and-contributors
^ «СЗХимЭкс» . 2021 . Проверено 10 ноября 2021 г.
^ Бернхольдт, Дэвид Э.; Харрисон, Роберт Дж. (1996). «Крупномасштабные расчеты коррелированной электронной структуры: метод РИ-МП2 на параллельных компьютерах» . Письма по химической физике . 250 (5–6): 477–484. Бибкод : 1996CPL...250..477B . дои : 10.1016/0009-2614(96)00054-1 .

Внешние ссылки

Графические оболочки

ECCE (официальный графический интерфейс NWChem), поддерживает генерацию входных данных, удаленную отправку, анализ, расширенную визуализацию.
Ascalaph Designer — бесплатный пакет программного обеспечения с открытым исходным кодом для построения моделей.
Chemcraft — фирменное программное обеспечение для визуализации и анализа результатов.

[1] Афра, Э.; Биласка, Э.Дж.; де Йонг, Вашингтон; Говинд, Н.; Ковальски, К.; Страасма, ТП; Валиев М.; ван Дам, HJJ; Алексеев Ю.; Анчелл, Дж.; Анисимов В. (14 мая 2020 г.). «СЗХим: прошлое, настоящее и будущее» . Журнал химической физики . 152 (18): 184102. arXiv : 2004.12023 . дои : 10.1063/5.0004997 . hdl : 10023/23151 . ISSN 0021-9606 . ПМИД 32414274 .

[2] Валиев М.; Биласка, Э.Дж.; Говинд, Н.; Ковальски, К.; Страацма, ТП; Ван Дам, HJJ; Ван, Д.; Неплоча, Дж.; Апра, Э.; Виндус, TL ; Де Йонг, Вашингтон (2010). «NWChem: комплексное и масштабируемое решение с открытым исходным кодом для крупномасштабного молекулярного моделирования» . Компьютерная физика. Коммуникации . 181 (9): 1477–1489. Бибкод : 2010CoPhC.181.1477V . дои : 10.1016/j.cpc.2010.04.018 .

[3] Кендалл, Рики А.; Апра, Эдоардо; Бернхольдт, Дэвид Э.; Биласка, Эрик Дж.; Дюпюи, Мишель; Фанн, Джордж I .; Харрисон, Роберт Дж.; Джу, Цзялин; Николс, Джеффри А.; Неплоча, Ярек; Страацма, ТП; Виндус, Тереза Л .; Вонг, Адриан Т. (2000). «Высокопроизводительная вычислительная химия: обзор распределенного параллельного приложения NWChem». Компьютерная физика. Коммуникации . 128 (1–2): 260–283. Бибкод : 2000CoPhC.128..260K . дои : 10.1016/S0010-4655(00)00065-5 .

[4] Авторы и участники, перечисленные в версии 6.5: Э. Апра, Э. Дж. Биласка, В. А. де Йонг, Н. Говинд, К. Ковальски, Т. П. Страацма, М. Валиев, Х. Дж. Ван Дам, Д. Ванг, Т. Л. Виндус , Дж. Хаммонд, Дж. , Аучбах, К. Бхаскаран-Наир, Дж. Брабек, К. Лопата, С. Кришнамурти, В. Ма, М. Клемм, О. Вилла, Ю. Чен, В. Анисимов, Ф. Акино, С. Хирата, М.Т. Хаклер, Т. Рисхаус, М. Малаголи, А. Маренич, А. Отеро-де-ла-Роса, Дж. Маллин, П. Николс, Р. Певерати, Дж. Питтнер, Ю. Чжао, П.-Д. Фан, А. Фонари, Р. Дж. Харрисон, М. Дюпюи, Д. Сильверстайн, Д. М. А. Смит, Дж. Неплоча, В. Типпараху, М. Кришнан, Б. Е. Ван Куикен, А. Васкес-Маягойтиа, Л. Йенсен, М. Сварт, К. Ву, Т. Ван Вурхис, А. А. Ауэр, М. Нуойен, Л. Д. Кросби, Э. Браун, Г. Сиснерос, Г. И. Фанн, Х. Фрухтль, Дж. Гарза, К. Хирао, Р. А. Кендалл, Дж. А. Николс, К. Цемехман, К. Волински, Дж. Анчелл, Д. Э. Бернхольд, П. Боровски, Т. Кларк, Д. Клерк, Х. Даксел, М. Джо. Диган, К. Дьял, Д. Элвуд, Э. Гленденинг, М. Гутовски, А. С. Хесс , Дж. Джаффе, Б. Г. Джонсон, Дж. Джу, Р. Кобаяши, Р. Куттех, З. Лин, Р. Литтлфилд, К. Лонг, Б. Мэн, Т. Накадзима, С. Ню, Л. Поллак, М. Розинг, К. Глеземанн, Г. Сандроне, М. Стейв, Х. Тейлор, Г. Томас, Дж. Х. ван Ленте, А. Т. Вонг, З. Чжан. https://nwchemgit.github.io/Developer_Team.html#authors-and-contributors

[nwchemex-5] «СЗХимЭкс» . 2021 . Проверено 10 ноября 2021 г.

[6] Бернхольдт, Дэвид Э.; Харрисон, Роберт Дж. (1996). «Крупномасштабные расчеты коррелированной электронной структуры: метод РИ-МП2 на параллельных компьютерах» . Письма по химической физике . 250 (5–6): 477–484. Бибкод : 1996CPL...250..477B . дои : 10.1016/0009-2614(96)00054-1 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]